# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2231 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.342 0.171 0.019 0.224 0.009 0.014 0.046 0.025 0.037 0.030 2 S 0.040 0.441 0.234 0.008 0.188 0.006 0.008 0.033 0.017 0.014 0.009 3 D 0.054 0.092 0.048 0.017 0.068 0.030 0.085 0.294 0.211 0.069 0.031 4 N 0.060 0.099 0.081 0.047 0.070 0.029 0.044 0.140 0.154 0.206 0.070 5 S 0.037 0.193 0.111 0.049 0.107 0.026 0.059 0.124 0.138 0.129 0.028 6 K 0.067 0.042 0.021 0.010 0.061 0.014 0.049 0.099 0.176 0.349 0.112 7 T 0.077 0.340 0.090 0.013 0.268 0.009 0.022 0.028 0.032 0.086 0.035 8 R 0.266 0.100 0.011 0.002 0.583 0.002 0.004 0.002 0.002 0.006 0.023 9 V 0.165 0.085 0.004 0.001 0.740 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 V 0.214 0.034 0.001 0.001 0.737 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 11 V 0.246 0.048 0.004 0.004 0.647 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.038 12 G 0.299 0.090 0.016 0.008 0.405 0.009 0.012 0.007 0.003 0.026 0.127 13 M 0.242 0.109 0.043 0.024 0.264 0.013 0.017 0.016 0.014 0.083 0.174 14 S 0.091 0.199 0.109 0.093 0.204 0.051 0.038 0.040 0.033 0.088 0.057 15 G 0.030 0.077 0.089 0.216 0.041 0.104 0.058 0.046 0.084 0.213 0.043 16 G 0.038 0.063 0.132 0.177 0.058 0.086 0.044 0.099 0.085 0.168 0.051 17 V 0.017 0.044 0.031 0.018 0.033 0.038 0.079 0.441 0.218 0.066 0.016 18 D 0.027 0.057 0.035 0.011 0.043 0.011 0.035 0.514 0.169 0.075 0.022 19 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.758 0.218 0.011 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.065 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.041 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.035 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.038 0.002 0.001 27 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.881 0.105 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.076 0.833 0.071 0.013 0.001 29 Q 0.001 0.599 0.354 0.009 0.026 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 30 G 0.035 0.004 0.004 0.008 0.003 0.003 0.001 0.004 0.007 0.436 0.495 31 Y 0.026 0.612 0.144 0.003 0.187 0.001 0.002 0.005 0.005 0.009 0.007 32 D 0.187 0.129 0.016 0.002 0.517 0.008 0.025 0.026 0.023 0.027 0.040 33 V 0.483 0.045 0.006 0.001 0.421 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 34 I 0.164 0.053 0.011 0.060 0.561 0.058 0.050 0.006 0.003 0.006 0.026 35 G 0.223 0.078 0.015 0.006 0.654 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 36 I 0.189 0.074 0.003 0.001 0.711 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 37 F 0.350 0.045 0.005 0.001 0.456 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.131 38 M 0.140 0.283 0.102 0.019 0.344 0.010 0.007 0.008 0.009 0.027 0.052 39 K 0.116 0.123 0.058 0.047 0.166 0.077 0.149 0.058 0.055 0.096 0.054 40 N 0.131 0.207 0.159 0.012 0.263 0.005 0.010 0.033 0.043 0.079 0.058 41 W 0.084 0.170 0.063 0.022 0.177 0.025 0.030 0.118 0.164 0.112 0.035 42 D 0.118 0.126 0.102 0.029 0.224 0.028 0.058 0.121 0.064 0.086 0.044 43 D 0.106 0.143 0.037 0.008 0.235 0.015 0.047 0.173 0.060 0.111 0.064 44 T 0.047 0.191 0.120 0.017 0.248 0.010 0.022 0.097 0.052 0.165 0.030 45 D 0.024 0.059 0.221 0.026 0.024 0.014 0.036 0.393 0.148 0.038 0.017 46 E 0.005 0.019 0.017 0.012 0.009 0.033 0.191 0.537 0.119 0.051 0.006 47 N 0.002 0.699 0.206 0.027 0.037 0.002 0.004 0.004 0.002 0.013 0.003 48 G 0.031 0.013 0.036 0.053 0.011 0.018 0.004 0.015 0.022 0.449 0.349 49 V 0.065 0.361 0.092 0.008 0.263 0.007 0.021 0.085 0.048 0.031 0.019 50 C 0.120 0.266 0.104 0.012 0.265 0.008 0.021 0.071 0.044 0.040 0.049 51 T 0.070 0.272 0.172 0.031 0.125 0.017 0.034 0.091 0.082 0.074 0.033 52 A 0.052 0.264 0.126 0.018 0.120 0.012 0.021 0.164 0.115 0.073 0.034 53 T 0.031 0.104 0.042 0.010 0.054 0.013 0.025 0.261 0.303 0.117 0.039 54 E 0.012 0.086 0.046 0.011 0.031 0.016 0.053 0.431 0.228 0.073 0.012 55 D 0.031 0.160 0.043 0.003 0.049 0.002 0.010 0.422 0.102 0.156 0.021 56 Y 0.006 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.771 0.188 0.017 0.004 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.928 0.054 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.037 0.014 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.053 0.008 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.003 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.863 0.128 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.856 0.060 0.007 0.001 66 I 0.001 0.792 0.171 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.102 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.293 0.592 68 I 0.005 0.706 0.190 0.001 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 P 0.190 0.185 0.039 0.012 0.426 0.011 0.026 0.026 0.013 0.016 0.057 70 Y 0.246 0.181 0.030 0.007 0.442 0.013 0.013 0.006 0.016 0.012 0.035 71 Y 0.096 0.140 0.014 0.002 0.693 0.003 0.004 0.008 0.006 0.007 0.026 72 S 0.380 0.050 0.009 0.001 0.492 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.048 73 V 0.080 0.343 0.076 0.016 0.343 0.022 0.036 0.018 0.008 0.021 0.037 74 N 0.302 0.157 0.025 0.001 0.435 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.071 75 F 0.064 0.063 0.012 0.004 0.068 0.005 0.004 0.148 0.378 0.185 0.069 76 E 0.012 0.184 0.118 0.029 0.043 0.018 0.030 0.318 0.183 0.060 0.005 77 K 0.008 0.023 0.008 0.004 0.016 0.006 0.029 0.728 0.150 0.022 0.005 78 E 0.008 0.027 0.012 0.005 0.017 0.009 0.046 0.714 0.109 0.044 0.008 79 Y 0.012 0.011 0.005 0.003 0.009 0.006 0.009 0.710 0.128 0.093 0.013 80 W 0.006 0.012 0.003 0.002 0.011 0.003 0.003 0.784 0.149 0.021 0.005 81 D 0.002 0.005 0.002 0.002 0.004 0.006 0.033 0.832 0.101 0.012 0.002 82 R 0.003 0.006 0.004 0.002 0.005 0.002 0.034 0.773 0.104 0.063 0.003 83 V 0.011 0.009 0.004 0.001 0.009 0.002 0.010 0.783 0.123 0.042 0.007 84 F 0.007 0.024 0.006 0.004 0.014 0.006 0.014 0.763 0.135 0.024 0.005 85 E 0.008 0.014 0.005 0.004 0.017 0.010 0.046 0.765 0.102 0.023 0.006 86 Y 0.019 0.033 0.022 0.006 0.028 0.011 0.049 0.681 0.078 0.062 0.011 87 F 0.030 0.025 0.012 0.005 0.027 0.003 0.009 0.664 0.107 0.101 0.017 88 L 0.015 0.044 0.010 0.003 0.029 0.003 0.008 0.717 0.138 0.027 0.006 89 A 0.002 0.008 0.003 0.001 0.005 0.002 0.013 0.843 0.115 0.007 0.002 90 E 0.003 0.010 0.006 0.001 0.012 0.005 0.047 0.821 0.076 0.018 0.002 91 Y 0.034 0.069 0.036 0.003 0.040 0.004 0.028 0.593 0.112 0.066 0.014 92 R 0.026 0.029 0.038 0.018 0.025 0.019 0.035 0.520 0.156 0.110 0.024 93 A 0.004 0.415 0.171 0.066 0.039 0.060 0.093 0.104 0.032 0.013 0.003 94 G 0.017 0.014 0.021 0.044 0.011 0.011 0.016 0.036 0.055 0.600 0.175 95 R 0.104 0.226 0.108 0.015 0.222 0.016 0.046 0.071 0.063 0.085 0.042 96 T 0.046 0.453 0.136 0.005 0.285 0.003 0.006 0.032 0.013 0.010 0.009 97 P 0.050 0.208 0.189 0.043 0.120 0.053 0.106 0.084 0.063 0.059 0.026 98 N 0.257 0.148 0.087 0.008 0.300 0.005 0.013 0.027 0.016 0.032 0.106 99 P 0.034 0.112 0.030 0.005 0.105 0.005 0.008 0.283 0.296 0.094 0.026 100 D 0.037 0.043 0.012 0.005 0.054 0.017 0.062 0.397 0.180 0.174 0.020 101 V 0.034 0.093 0.027 0.007 0.114 0.006 0.019 0.530 0.124 0.035 0.010 102 M 0.044 0.048 0.017 0.006 0.065 0.012 0.032 0.637 0.075 0.043 0.021 103 C 0.018 0.042 0.021 0.009 0.026 0.007 0.017 0.522 0.162 0.156 0.020 104 N 0.013 0.046 0.014 0.003 0.031 0.003 0.008 0.740 0.115 0.019 0.009 105 K 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.002 0.012 0.812 0.141 0.012 0.002 106 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.021 0.880 0.059 0.024 0.001 107 I 0.012 0.020 0.004 0.001 0.016 0.001 0.005 0.839 0.074 0.023 0.005 108 K 0.006 0.007 0.003 0.001 0.006 0.002 0.004 0.883 0.065 0.018 0.005 109 F 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.904 0.069 0.007 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.926 0.043 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.043 0.006 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.067 0.009 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.031 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.008 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.009 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.846 0.147 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.916 0.039 0.003 0.001 119 L 0.001 0.498 0.454 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.239 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.675 121 A 0.224 0.182 0.021 0.001 0.494 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 0.054 122 D 0.003 0.001 0.001 0.017 0.007 0.259 0.526 0.139 0.038 0.007 0.002 123 Y 0.168 0.132 0.014 0.002 0.664 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 124 V 0.253 0.027 0.001 0.001 0.662 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.043 125 A 0.257 0.053 0.015 0.007 0.475 0.004 0.005 0.008 0.003 0.037 0.136 126 T 0.100 0.120 0.031 0.047 0.139 0.029 0.027 0.020 0.016 0.276 0.197 127 G 0.060 0.092 0.085 0.174 0.076 0.079 0.032 0.025 0.035 0.269 0.072 128 H 0.097 0.149 0.095 0.036 0.178 0.028 0.053 0.129 0.079 0.090 0.066 129 Y 0.078 0.222 0.105 0.021 0.126 0.011 0.019 0.129 0.100 0.150 0.040 130 A 0.034 0.107 0.053 0.019 0.084 0.019 0.030 0.392 0.207 0.039 0.015 131 R 0.037 0.048 0.016 0.008 0.062 0.016 0.048 0.518 0.165 0.055 0.026 132 V 0.057 0.036 0.012 0.003 0.065 0.004 0.021 0.447 0.178 0.146 0.030 133 A 0.047 0.040 0.013 0.003 0.061 0.005 0.017 0.532 0.185 0.077 0.019 134 R 0.030 0.097 0.025 0.011 0.080 0.024 0.062 0.430 0.156 0.070 0.016 135 D 0.092 0.088 0.067 0.015 0.101 0.012 0.054 0.334 0.087 0.102 0.048 136 E 0.045 0.065 0.056 0.034 0.059 0.045 0.075 0.330 0.124 0.134 0.032 137 D 0.046 0.205 0.102 0.114 0.094 0.051 0.079 0.174 0.052 0.056 0.028 138 G 0.039 0.040 0.044 0.068 0.031 0.027 0.019 0.112 0.095 0.424 0.101 139 T 0.027 0.234 0.098 0.021 0.125 0.016 0.027 0.284 0.097 0.061 0.010 140 V 0.213 0.081 0.017 0.005 0.225 0.009 0.024 0.220 0.096 0.046 0.064 141 H 0.085 0.132 0.045 0.023 0.184 0.037 0.080 0.243 0.080 0.059 0.032 142 M 0.205 0.095 0.032 0.009 0.208 0.011 0.031 0.195 0.061 0.089 0.064 143 L 0.121 0.141 0.071 0.048 0.170 0.041 0.045 0.185 0.058 0.069 0.050 144 R 0.030 0.109 0.103 0.151 0.055 0.094 0.086 0.155 0.078 0.109 0.029 145 G 0.069 0.096 0.109 0.088 0.091 0.036 0.036 0.179 0.072 0.160 0.064 146 V 0.071 0.125 0.059 0.030 0.108 0.035 0.053 0.239 0.123 0.114 0.042 147 D 0.095 0.111 0.067 0.054 0.139 0.054 0.073 0.221 0.068 0.068 0.050 148 N 0.044 0.113 0.103 0.057 0.064 0.039 0.047 0.230 0.132 0.141 0.030 149 G 0.032 0.078 0.091 0.079 0.048 0.040 0.028 0.288 0.097 0.186 0.034 150 K 0.043 0.105 0.031 0.018 0.077 0.027 0.041 0.341 0.170 0.114 0.032 151 D 0.097 0.074 0.031 0.013 0.125 0.020 0.056 0.316 0.102 0.102 0.064 152 Q 0.052 0.085 0.027 0.009 0.094 0.009 0.020 0.269 0.161 0.245 0.030 153 T 0.070 0.153 0.072 0.018 0.139 0.011 0.023 0.273 0.119 0.097 0.026 154 Y 0.041 0.112 0.059 0.018 0.096 0.021 0.040 0.448 0.113 0.035 0.016 155 F 0.065 0.078 0.030 0.009 0.109 0.008 0.028 0.450 0.098 0.086 0.040 156 L 0.090 0.046 0.011 0.007 0.090 0.010 0.028 0.380 0.182 0.108 0.048 157 S 0.019 0.084 0.033 0.014 0.059 0.029 0.061 0.479 0.163 0.048 0.011 158 Q 0.082 0.073 0.036 0.005 0.083 0.007 0.038 0.286 0.097 0.245 0.048 159 L 0.076 0.284 0.109 0.031 0.148 0.017 0.026 0.130 0.040 0.093 0.046 160 S 0.017 0.458 0.314 0.031 0.063 0.009 0.005 0.068 0.016 0.016 0.005 161 Q 0.003 0.008 0.005 0.002 0.006 0.002 0.006 0.730 0.212 0.022 0.003 162 E 0.005 0.015 0.006 0.002 0.011 0.003 0.012 0.809 0.104 0.028 0.005 163 Q 0.004 0.006 0.002 0.002 0.007 0.004 0.016 0.842 0.077 0.038 0.003 164 L 0.010 0.010 0.006 0.003 0.013 0.004 0.008 0.804 0.094 0.044 0.005 165 Q 0.009 0.032 0.013 0.007 0.026 0.008 0.016 0.683 0.130 0.069 0.006 166 K 0.018 0.041 0.015 0.003 0.045 0.008 0.040 0.637 0.129 0.058 0.007 167 T 0.044 0.051 0.013 0.005 0.094 0.005 0.043 0.572 0.091 0.065 0.018 168 M 0.068 0.092 0.028 0.015 0.141 0.022 0.074 0.281 0.127 0.119 0.032 169 F 0.091 0.184 0.139 0.016 0.179 0.009 0.044 0.238 0.058 0.018 0.025 170 P 0.025 0.201 0.109 0.013 0.083 0.013 0.036 0.335 0.132 0.040 0.013 171 L 0.032 0.087 0.026 0.014 0.061 0.019 0.061 0.256 0.295 0.126 0.023 172 G 0.011 0.074 0.042 0.041 0.029 0.053 0.115 0.336 0.216 0.069 0.013 173 H 0.069 0.051 0.025 0.004 0.074 0.015 0.036 0.086 0.104 0.430 0.107 174 L 0.108 0.308 0.080 0.005 0.265 0.003 0.012 0.063 0.043 0.071 0.041 175 E 0.011 0.459 0.344 0.009 0.041 0.003 0.006 0.031 0.020 0.069 0.007 176 K 0.008 0.039 0.023 0.002 0.028 0.001 0.003 0.767 0.123 0.003 0.003 177 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.054 0.001 0.001 178 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.048 0.017 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.050 0.008 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.881 0.107 0.004 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.924 0.034 0.008 0.001 182 L 0.002 0.005 0.005 0.003 0.004 0.007 0.059 0.727 0.128 0.057 0.002 183 A 0.019 0.033 0.013 0.008 0.026 0.009 0.030 0.633 0.158 0.057 0.013