# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2231 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.627 0.242 0.084 0.034 0.010 0.002 0.001 2 S 0.526 0.268 0.129 0.058 0.016 0.002 0.001 3 D 0.708 0.206 0.062 0.020 0.004 0.001 0.001 4 N 0.797 0.148 0.037 0.014 0.003 0.001 0.001 5 S 0.706 0.215 0.062 0.015 0.002 0.001 0.001 6 K 0.250 0.438 0.236 0.068 0.007 0.001 0.001 7 T 0.028 0.271 0.350 0.273 0.072 0.006 0.001 8 R 0.001 0.005 0.058 0.323 0.496 0.114 0.003 9 V 0.001 0.001 0.001 0.011 0.123 0.684 0.181 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.318 0.661 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.944 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.958 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.105 0.888 14 S 0.001 0.001 0.001 0.011 0.066 0.301 0.621 15 G 0.001 0.002 0.007 0.035 0.127 0.412 0.417 16 G 0.001 0.006 0.023 0.093 0.257 0.418 0.203 17 V 0.001 0.005 0.025 0.098 0.255 0.399 0.217 18 D 0.001 0.001 0.003 0.011 0.054 0.342 0.587 19 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.035 0.210 0.743 20 S 0.001 0.001 0.003 0.017 0.070 0.265 0.643 21 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.231 0.722 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.153 0.839 23 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.276 0.681 24 L 0.001 0.003 0.019 0.067 0.183 0.400 0.327 25 L 0.001 0.001 0.009 0.075 0.292 0.498 0.125 26 L 0.001 0.001 0.005 0.042 0.243 0.625 0.084 27 K 0.005 0.087 0.270 0.405 0.201 0.029 0.001 28 E 0.183 0.470 0.257 0.073 0.016 0.002 0.001 29 Q 0.110 0.322 0.368 0.168 0.030 0.003 0.001 30 G 0.303 0.412 0.182 0.078 0.021 0.004 0.001 31 Y 0.010 0.053 0.167 0.350 0.343 0.075 0.002 32 D 0.023 0.161 0.293 0.305 0.155 0.054 0.009 33 V 0.001 0.002 0.007 0.037 0.180 0.570 0.204 34 I 0.001 0.001 0.003 0.029 0.165 0.512 0.290 35 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.272 0.689 36 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.161 0.827 37 F 0.001 0.001 0.001 0.012 0.070 0.295 0.622 38 M 0.001 0.001 0.001 0.009 0.073 0.367 0.550 39 K 0.001 0.013 0.059 0.196 0.319 0.328 0.084 40 N 0.002 0.025 0.091 0.220 0.328 0.283 0.050 41 W 0.009 0.040 0.103 0.237 0.328 0.246 0.037 42 D 0.159 0.203 0.205 0.212 0.147 0.065 0.010 43 D 0.291 0.249 0.190 0.154 0.077 0.034 0.005 44 T 0.498 0.251 0.130 0.075 0.033 0.012 0.001 45 D 0.532 0.229 0.124 0.074 0.030 0.009 0.001 46 E 0.647 0.213 0.080 0.037 0.016 0.005 0.001 47 N 0.419 0.259 0.166 0.095 0.044 0.015 0.003 48 G 0.281 0.248 0.201 0.155 0.082 0.029 0.004 49 V 0.116 0.162 0.191 0.231 0.193 0.095 0.012 50 C 0.063 0.114 0.197 0.269 0.241 0.103 0.014 51 T 0.119 0.238 0.251 0.222 0.123 0.041 0.005 52 A 0.072 0.206 0.282 0.255 0.136 0.045 0.004 53 T 0.417 0.284 0.153 0.087 0.043 0.015 0.002 54 E 0.392 0.384 0.154 0.051 0.015 0.003 0.001 55 D 0.097 0.199 0.237 0.281 0.152 0.033 0.001 56 Y 0.010 0.079 0.249 0.402 0.214 0.045 0.001 57 K 0.293 0.540 0.140 0.023 0.004 0.001 0.001 58 D 0.018 0.155 0.391 0.333 0.091 0.011 0.001 59 V 0.001 0.001 0.007 0.085 0.452 0.438 0.016 60 V 0.006 0.117 0.399 0.367 0.099 0.012 0.001 61 A 0.097 0.618 0.231 0.048 0.006 0.001 0.001 62 V 0.003 0.020 0.093 0.354 0.413 0.116 0.002 63 A 0.004 0.020 0.104 0.340 0.430 0.099 0.002 64 D 0.312 0.523 0.140 0.022 0.002 0.001 0.001 65 Q 0.340 0.418 0.184 0.050 0.007 0.001 0.001 66 I 0.013 0.052 0.170 0.353 0.318 0.090 0.003 67 G 0.182 0.439 0.251 0.097 0.025 0.006 0.001 68 I 0.023 0.046 0.125 0.292 0.375 0.130 0.008 69 P 0.072 0.290 0.334 0.197 0.076 0.027 0.003 70 Y 0.018 0.043 0.081 0.186 0.344 0.293 0.033 71 Y 0.028 0.084 0.174 0.281 0.278 0.138 0.017 72 S 0.024 0.096 0.177 0.268 0.259 0.157 0.019 73 V 0.024 0.054 0.110 0.247 0.319 0.220 0.026 74 N 0.079 0.311 0.298 0.195 0.083 0.030 0.004 75 F 0.019 0.045 0.128 0.321 0.351 0.128 0.007 76 E 0.302 0.395 0.198 0.076 0.023 0.006 0.001 77 K 0.607 0.270 0.087 0.028 0.007 0.001 0.001 78 E 0.356 0.339 0.190 0.084 0.024 0.006 0.001 79 Y 0.094 0.136 0.208 0.297 0.210 0.053 0.002 80 W 0.113 0.200 0.276 0.265 0.119 0.026 0.001 81 D 0.464 0.356 0.126 0.041 0.011 0.002 0.001 82 R 0.157 0.252 0.265 0.205 0.093 0.027 0.003 83 V 0.032 0.053 0.106 0.238 0.331 0.225 0.015 84 F 0.047 0.114 0.222 0.300 0.220 0.088 0.009 85 E 0.309 0.348 0.194 0.095 0.037 0.014 0.002 86 Y 0.049 0.132 0.201 0.260 0.218 0.124 0.015 87 F 0.034 0.066 0.124 0.231 0.286 0.228 0.031 88 L 0.077 0.174 0.235 0.249 0.177 0.079 0.010 89 A 0.347 0.310 0.179 0.100 0.044 0.016 0.004 90 E 0.263 0.274 0.184 0.140 0.085 0.048 0.007 91 Y 0.120 0.177 0.236 0.249 0.158 0.055 0.003 92 R 0.360 0.308 0.187 0.101 0.036 0.007 0.001 93 A 0.623 0.218 0.095 0.045 0.016 0.003 0.001 94 G 0.529 0.249 0.119 0.062 0.029 0.011 0.001 95 R 0.212 0.256 0.226 0.182 0.089 0.032 0.004 96 T 0.129 0.148 0.182 0.247 0.197 0.084 0.012 97 P 0.096 0.096 0.119 0.201 0.240 0.203 0.045 98 N 0.107 0.122 0.149 0.177 0.174 0.180 0.091 99 P 0.049 0.047 0.065 0.117 0.171 0.278 0.273 100 D 0.042 0.075 0.103 0.155 0.170 0.207 0.248 101 V 0.060 0.098 0.099 0.125 0.160 0.244 0.213 102 M 0.060 0.083 0.090 0.126 0.186 0.242 0.212 103 C 0.023 0.030 0.056 0.119 0.203 0.325 0.244 104 N 0.020 0.053 0.093 0.175 0.233 0.300 0.127 105 K 0.034 0.141 0.200 0.245 0.205 0.135 0.039 106 E 0.031 0.143 0.202 0.222 0.214 0.155 0.033 107 I 0.008 0.019 0.052 0.150 0.321 0.360 0.091 108 K 0.010 0.058 0.111 0.170 0.228 0.310 0.113 109 F 0.002 0.010 0.030 0.117 0.316 0.437 0.088 110 K 0.008 0.062 0.208 0.346 0.272 0.092 0.013 111 A 0.001 0.009 0.047 0.133 0.330 0.411 0.069 112 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.415 0.543 113 L 0.001 0.009 0.059 0.261 0.371 0.257 0.042 114 D 0.005 0.148 0.363 0.321 0.126 0.032 0.005 115 Y 0.001 0.004 0.032 0.216 0.419 0.308 0.021 116 A 0.001 0.002 0.009 0.079 0.413 0.449 0.048 117 I 0.021 0.289 0.396 0.221 0.064 0.009 0.001 118 T 0.149 0.464 0.257 0.105 0.023 0.003 0.001 119 L 0.006 0.083 0.301 0.401 0.185 0.023 0.001 120 G 0.057 0.442 0.345 0.130 0.023 0.003 0.001 121 A 0.001 0.005 0.027 0.169 0.514 0.271 0.013 122 D 0.003 0.026 0.117 0.342 0.376 0.124 0.012 123 Y 0.001 0.001 0.003 0.016 0.107 0.602 0.271 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.209 0.779 125 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.121 0.863 126 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.096 0.893 127 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.053 0.287 0.648 128 H 0.001 0.002 0.011 0.049 0.165 0.460 0.313 129 Y 0.002 0.008 0.022 0.066 0.195 0.405 0.301 130 A 0.006 0.016 0.042 0.109 0.229 0.415 0.182 131 R 0.024 0.081 0.142 0.196 0.202 0.225 0.130 132 V 0.027 0.052 0.078 0.137 0.206 0.305 0.194 133 A 0.046 0.080 0.099 0.148 0.202 0.273 0.153 134 R 0.106 0.153 0.165 0.181 0.161 0.154 0.080 135 D 0.133 0.154 0.145 0.158 0.149 0.161 0.101 136 E 0.181 0.184 0.161 0.157 0.138 0.118 0.061 137 D 0.154 0.165 0.162 0.164 0.147 0.138 0.070 138 G 0.105 0.094 0.105 0.141 0.178 0.241 0.137 139 T 0.083 0.100 0.121 0.159 0.182 0.226 0.128 140 V 0.066 0.092 0.129 0.189 0.213 0.213 0.097 141 H 0.080 0.107 0.143 0.189 0.209 0.186 0.086 142 M 0.067 0.066 0.099 0.153 0.220 0.273 0.122 143 L 0.113 0.120 0.145 0.195 0.206 0.170 0.052 144 R 0.188 0.211 0.196 0.183 0.127 0.074 0.021 145 G 0.324 0.212 0.145 0.136 0.106 0.061 0.016 146 V 0.292 0.235 0.169 0.141 0.090 0.058 0.015 147 D 0.258 0.204 0.171 0.163 0.116 0.070 0.018 148 N 0.230 0.255 0.197 0.147 0.100 0.057 0.014 149 G 0.155 0.187 0.198 0.197 0.161 0.086 0.018 150 K 0.206 0.198 0.187 0.177 0.135 0.079 0.018 151 D 0.240 0.244 0.204 0.152 0.096 0.054 0.012 152 Q 0.061 0.094 0.161 0.236 0.238 0.177 0.034 153 T 0.079 0.066 0.085 0.159 0.244 0.280 0.088 154 Y 0.033 0.063 0.114 0.211 0.260 0.250 0.070 155 F 0.077 0.103 0.138 0.182 0.210 0.216 0.075 156 L 0.040 0.055 0.090 0.172 0.275 0.296 0.071 157 S 0.110 0.136 0.184 0.232 0.200 0.117 0.021 158 Q 0.161 0.270 0.227 0.168 0.104 0.056 0.013 159 L 0.063 0.079 0.129 0.259 0.289 0.163 0.017 160 S 0.272 0.314 0.209 0.127 0.054 0.020 0.003 161 Q 0.402 0.294 0.160 0.090 0.037 0.014 0.003 162 E 0.429 0.284 0.142 0.083 0.043 0.017 0.003 163 Q 0.221 0.246 0.220 0.169 0.097 0.040 0.008 164 L 0.096 0.159 0.207 0.248 0.183 0.095 0.013 165 Q 0.123 0.192 0.223 0.221 0.156 0.074 0.011 166 K 0.093 0.169 0.225 0.250 0.168 0.080 0.015 167 T 0.030 0.038 0.068 0.154 0.267 0.352 0.092 168 M 0.022 0.034 0.060 0.131 0.242 0.368 0.144 169 F 0.038 0.049 0.093 0.178 0.248 0.275 0.118 170 P 0.030 0.043 0.059 0.102 0.183 0.381 0.202 171 L 0.024 0.025 0.040 0.088 0.197 0.368 0.257 172 G 0.031 0.078 0.107 0.194 0.243 0.267 0.080 173 H 0.052 0.157 0.241 0.269 0.181 0.084 0.016 174 L 0.012 0.023 0.069 0.201 0.374 0.292 0.029 175 E 0.171 0.352 0.194 0.102 0.084 0.077 0.020 176 K 0.016 0.060 0.155 0.317 0.293 0.147 0.012 177 P 0.173 0.370 0.248 0.137 0.055 0.015 0.003 178 E 0.014 0.119 0.301 0.367 0.154 0.042 0.004 179 V 0.004 0.004 0.009 0.088 0.384 0.468 0.042 180 R 0.041 0.212 0.376 0.272 0.085 0.013 0.001 181 R 0.239 0.537 0.161 0.048 0.011 0.003 0.001 182 L 0.072 0.103 0.217 0.331 0.204 0.067 0.006 183 A 0.074 0.066 0.141 0.273 0.303 0.130 0.014