# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1900 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.140 0.013 0.005 0.011 0.030 0.028 0.085 0.005 0.002 0.100 0.582 2 S 0.024 0.001 0.001 0.003 0.008 0.012 0.070 0.001 0.001 0.025 0.855 3 D 0.075 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.079 0.003 0.001 0.036 0.788 4 N 0.114 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.133 0.003 0.001 0.069 0.661 5 S 0.034 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.131 0.002 0.001 0.026 0.793 6 K 0.008 0.001 0.001 0.022 0.011 0.011 0.188 0.002 0.001 0.014 0.744 7 T 0.005 0.002 0.001 0.183 0.029 0.028 0.143 0.001 0.001 0.037 0.570 8 R 0.001 0.001 0.001 0.714 0.039 0.047 0.032 0.001 0.001 0.049 0.116 9 V 0.001 0.001 0.001 0.793 0.036 0.029 0.014 0.001 0.001 0.031 0.096 10 V 0.001 0.001 0.001 0.950 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.009 0.011 11 V 0.001 0.001 0.001 0.954 0.010 0.008 0.004 0.001 0.001 0.012 0.012 12 G 0.001 0.001 0.001 0.899 0.011 0.024 0.013 0.001 0.001 0.018 0.034 13 M 0.016 0.002 0.001 0.590 0.012 0.054 0.085 0.001 0.001 0.060 0.178 14 S 0.052 0.017 0.001 0.227 0.020 0.063 0.176 0.002 0.002 0.114 0.326 15 G 0.035 0.089 0.002 0.086 0.018 0.035 0.217 0.003 0.002 0.104 0.410 16 G 0.063 0.282 0.002 0.018 0.019 0.024 0.143 0.005 0.001 0.166 0.278 17 V 0.036 0.538 0.001 0.008 0.006 0.010 0.070 0.007 0.001 0.114 0.209 18 D 0.008 0.233 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.693 0.041 19 S 0.001 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.068 0.011 20 S 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 21 V 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 22 T 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 24 L 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 25 L 0.007 0.806 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.005 0.129 0.029 26 L 0.016 0.018 0.542 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.295 0.100 0.018 27 K 0.795 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.006 0.043 0.110 28 E 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.015 0.902 29 Q 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.006 0.912 30 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.015 0.147 0.002 0.001 0.021 0.802 31 Y 0.010 0.001 0.001 0.016 0.015 0.018 0.111 0.001 0.001 0.065 0.764 32 D 0.004 0.001 0.001 0.417 0.047 0.110 0.070 0.001 0.001 0.082 0.269 33 V 0.001 0.001 0.001 0.164 0.037 0.096 0.066 0.001 0.001 0.048 0.589 34 I 0.001 0.001 0.001 0.547 0.170 0.207 0.011 0.001 0.001 0.032 0.032 35 G 0.001 0.001 0.001 0.459 0.122 0.190 0.016 0.001 0.001 0.052 0.159 36 I 0.001 0.001 0.001 0.439 0.258 0.238 0.005 0.001 0.001 0.023 0.036 37 F 0.001 0.001 0.001 0.340 0.194 0.307 0.017 0.001 0.001 0.049 0.092 38 M 0.001 0.001 0.001 0.140 0.433 0.297 0.014 0.001 0.001 0.033 0.080 39 K 0.006 0.001 0.001 0.217 0.210 0.342 0.043 0.001 0.001 0.057 0.123 40 N 0.080 0.002 0.001 0.107 0.105 0.161 0.098 0.002 0.001 0.082 0.362 41 W 0.020 0.001 0.001 0.056 0.067 0.138 0.130 0.003 0.001 0.051 0.532 42 D 0.023 0.007 0.001 0.021 0.022 0.045 0.133 0.001 0.001 0.031 0.716 43 D 0.021 0.010 0.006 0.019 0.034 0.050 0.154 0.005 0.004 0.051 0.646 44 T 0.246 0.015 0.007 0.006 0.009 0.010 0.083 0.010 0.005 0.085 0.524 45 D 0.306 0.005 0.001 0.003 0.005 0.008 0.061 0.010 0.001 0.085 0.515 46 E 0.081 0.004 0.001 0.005 0.003 0.008 0.091 0.002 0.001 0.043 0.762 47 N 0.012 0.003 0.001 0.011 0.009 0.026 0.122 0.002 0.001 0.030 0.785 48 G 0.014 0.004 0.001 0.020 0.053 0.075 0.147 0.004 0.001 0.072 0.612 49 V 0.018 0.002 0.001 0.019 0.066 0.057 0.143 0.001 0.001 0.045 0.648 50 C 0.004 0.003 0.001 0.035 0.056 0.074 0.189 0.001 0.001 0.026 0.612 51 T 0.054 0.046 0.001 0.030 0.029 0.042 0.165 0.005 0.001 0.076 0.549 52 A 0.109 0.300 0.002 0.014 0.005 0.008 0.084 0.020 0.001 0.069 0.389 53 T 0.123 0.437 0.002 0.006 0.003 0.004 0.045 0.006 0.001 0.081 0.292 54 E 0.023 0.471 0.005 0.007 0.003 0.004 0.047 0.003 0.001 0.167 0.268 55 D 0.016 0.844 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.060 0.060 56 Y 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.019 57 K 0.008 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.040 0.019 58 D 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.013 59 V 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 60 V 0.002 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.010 61 A 0.003 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.012 62 V 0.011 0.909 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.041 0.018 63 A 0.004 0.006 0.470 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.480 0.028 0.007 64 D 0.866 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.011 0.099 65 Q 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.002 0.019 0.918 66 I 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.125 0.001 0.001 0.009 0.843 67 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.006 0.122 0.001 0.001 0.017 0.841 68 I 0.007 0.001 0.001 0.021 0.019 0.012 0.172 0.002 0.001 0.073 0.692 69 P 0.003 0.002 0.001 0.606 0.026 0.072 0.041 0.001 0.001 0.100 0.148 70 Y 0.003 0.003 0.001 0.230 0.031 0.080 0.054 0.001 0.001 0.040 0.558 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.620 0.137 0.090 0.025 0.001 0.001 0.017 0.108 72 S 0.010 0.005 0.001 0.309 0.096 0.091 0.054 0.001 0.001 0.037 0.396 73 V 0.005 0.006 0.001 0.260 0.072 0.069 0.069 0.005 0.001 0.030 0.483 74 N 0.150 0.329 0.006 0.054 0.012 0.017 0.074 0.009 0.006 0.069 0.272 75 F 0.111 0.563 0.021 0.014 0.007 0.006 0.029 0.014 0.005 0.041 0.188 76 E 0.102 0.575 0.003 0.003 0.007 0.009 0.022 0.018 0.002 0.023 0.236 77 K 0.093 0.567 0.004 0.004 0.008 0.009 0.025 0.007 0.002 0.053 0.228 78 E 0.038 0.623 0.014 0.006 0.007 0.010 0.035 0.009 0.005 0.057 0.196 79 Y 0.159 0.497 0.021 0.004 0.008 0.011 0.034 0.023 0.007 0.038 0.198 80 W 0.178 0.360 0.007 0.006 0.011 0.017 0.046 0.012 0.004 0.035 0.324 81 D 0.115 0.240 0.010 0.015 0.010 0.026 0.080 0.007 0.004 0.040 0.452 82 R 0.091 0.158 0.013 0.029 0.016 0.038 0.095 0.010 0.004 0.045 0.500 83 V 0.118 0.098 0.004 0.020 0.020 0.030 0.108 0.012 0.002 0.046 0.542 84 F 0.100 0.089 0.001 0.037 0.028 0.044 0.115 0.009 0.001 0.036 0.540 85 E 0.039 0.041 0.001 0.029 0.017 0.035 0.101 0.002 0.001 0.026 0.709 86 Y 0.011 0.056 0.003 0.042 0.052 0.060 0.151 0.003 0.002 0.027 0.593 87 F 0.024 0.433 0.004 0.020 0.016 0.013 0.055 0.006 0.002 0.011 0.417 88 L 0.118 0.822 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.017 0.001 0.003 0.032 89 A 0.025 0.781 0.003 0.003 0.002 0.003 0.013 0.003 0.001 0.031 0.136 90 E 0.024 0.269 0.342 0.002 0.004 0.007 0.022 0.003 0.095 0.081 0.151 91 Y 0.661 0.057 0.012 0.001 0.007 0.007 0.018 0.051 0.005 0.066 0.114 92 R 0.429 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.022 0.013 0.002 0.037 0.482 93 A 0.032 0.003 0.001 0.008 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.008 0.900 94 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.024 0.066 0.001 0.001 0.010 0.883 95 R 0.009 0.001 0.001 0.003 0.018 0.010 0.104 0.001 0.001 0.025 0.828 96 T 0.029 0.002 0.001 0.028 0.028 0.019 0.168 0.004 0.001 0.057 0.665 97 P 0.087 0.020 0.001 0.013 0.002 0.004 0.131 0.004 0.001 0.028 0.709 98 N 0.300 0.118 0.001 0.019 0.005 0.008 0.134 0.026 0.001 0.038 0.352 99 P 0.076 0.148 0.002 0.027 0.006 0.013 0.126 0.011 0.001 0.041 0.549 100 D 0.094 0.119 0.005 0.045 0.017 0.039 0.105 0.006 0.002 0.096 0.471 101 V 0.068 0.333 0.003 0.040 0.035 0.038 0.075 0.007 0.001 0.101 0.300 102 M 0.114 0.528 0.005 0.014 0.017 0.025 0.051 0.005 0.002 0.037 0.202 103 C 0.022 0.691 0.002 0.017 0.013 0.022 0.034 0.004 0.001 0.021 0.175 104 N 0.019 0.717 0.001 0.004 0.008 0.012 0.026 0.003 0.001 0.101 0.109 105 K 0.004 0.925 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.031 0.023 106 E 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.022 0.016 107 I 0.003 0.904 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.073 0.011 108 K 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 109 F 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 110 K 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 111 A 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.005 112 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 114 D 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.914 0.010 115 Y 0.014 0.640 0.033 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.012 0.227 0.047 116 A 0.088 0.019 0.497 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.255 0.054 0.050 117 I 0.604 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 0.004 0.027 0.303 118 T 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.005 0.920 119 L 0.011 0.011 0.008 0.008 0.001 0.001 0.115 0.002 0.001 0.022 0.820 120 G 0.027 0.016 0.001 0.019 0.007 0.007 0.211 0.005 0.001 0.038 0.669 121 A 0.013 0.031 0.001 0.071 0.009 0.010 0.109 0.002 0.001 0.044 0.711 122 D 0.005 0.020 0.001 0.502 0.025 0.035 0.063 0.002 0.001 0.201 0.147 123 Y 0.003 0.009 0.001 0.717 0.026 0.050 0.027 0.001 0.001 0.078 0.089 124 V 0.003 0.003 0.001 0.777 0.056 0.048 0.016 0.001 0.001 0.032 0.062 125 A 0.007 0.004 0.001 0.677 0.057 0.074 0.027 0.001 0.001 0.030 0.122 126 T 0.045 0.012 0.002 0.325 0.056 0.130 0.077 0.004 0.002 0.061 0.286 127 G 0.116 0.020 0.005 0.074 0.055 0.096 0.126 0.004 0.005 0.039 0.458 128 H 0.025 0.013 0.002 0.030 0.091 0.136 0.124 0.007 0.002 0.019 0.550 129 Y 0.228 0.093 0.003 0.019 0.048 0.070 0.093 0.011 0.003 0.029 0.401 130 A 0.201 0.055 0.007 0.024 0.051 0.058 0.086 0.013 0.002 0.044 0.458 131 R 0.033 0.073 0.002 0.016 0.033 0.082 0.096 0.008 0.001 0.031 0.623 132 V 0.069 0.063 0.002 0.046 0.086 0.177 0.094 0.007 0.001 0.083 0.372 133 A 0.032 0.021 0.005 0.067 0.111 0.149 0.105 0.002 0.002 0.076 0.430 134 R 0.011 0.013 0.005 0.064 0.097 0.149 0.099 0.001 0.002 0.031 0.527 135 D 0.198 0.013 0.004 0.028 0.063 0.084 0.083 0.007 0.003 0.108 0.411 136 E 0.254 0.059 0.002 0.017 0.013 0.018 0.093 0.013 0.001 0.080 0.450 137 D 0.059 0.050 0.002 0.010 0.010 0.023 0.115 0.006 0.001 0.024 0.699 138 G 0.020 0.141 0.002 0.031 0.067 0.110 0.102 0.007 0.001 0.020 0.500 139 T 0.045 0.206 0.002 0.022 0.150 0.205 0.065 0.013 0.001 0.032 0.260 140 V 0.042 0.183 0.004 0.049 0.157 0.123 0.048 0.006 0.001 0.051 0.336 141 H 0.051 0.146 0.015 0.049 0.126 0.183 0.081 0.006 0.006 0.077 0.259 142 M 0.099 0.135 0.006 0.038 0.092 0.136 0.073 0.013 0.003 0.069 0.335 143 L 0.121 0.074 0.005 0.040 0.082 0.120 0.077 0.007 0.003 0.068 0.403 144 R 0.036 0.047 0.006 0.033 0.070 0.115 0.106 0.003 0.003 0.039 0.541 145 G 0.045 0.053 0.010 0.024 0.041 0.079 0.091 0.006 0.006 0.039 0.606 146 V 0.301 0.083 0.006 0.009 0.026 0.022 0.061 0.017 0.003 0.060 0.413 147 D 0.178 0.054 0.002 0.011 0.010 0.017 0.088 0.006 0.001 0.041 0.591 148 N 0.037 0.047 0.002 0.019 0.009 0.026 0.094 0.004 0.001 0.030 0.732 149 G 0.069 0.023 0.004 0.031 0.027 0.039 0.110 0.003 0.001 0.130 0.563 150 K 0.031 0.101 0.002 0.038 0.061 0.057 0.127 0.007 0.001 0.089 0.485 151 D 0.114 0.119 0.004 0.030 0.031 0.051 0.108 0.008 0.001 0.048 0.487 152 Q 0.051 0.112 0.003 0.055 0.067 0.093 0.104 0.014 0.001 0.065 0.434 153 T 0.070 0.055 0.002 0.032 0.042 0.086 0.114 0.005 0.001 0.130 0.463 154 Y 0.039 0.082 0.011 0.082 0.066 0.095 0.110 0.009 0.003 0.106 0.396 155 F 0.124 0.099 0.006 0.049 0.042 0.077 0.108 0.015 0.003 0.073 0.404 156 L 0.160 0.050 0.004 0.041 0.049 0.069 0.099 0.009 0.002 0.094 0.422 157 S 0.031 0.044 0.001 0.038 0.046 0.089 0.129 0.003 0.001 0.042 0.575 158 Q 0.059 0.075 0.008 0.024 0.034 0.060 0.118 0.004 0.003 0.037 0.577 159 L 0.057 0.161 0.006 0.020 0.037 0.040 0.113 0.016 0.004 0.037 0.510 160 S 0.348 0.258 0.008 0.005 0.007 0.011 0.049 0.013 0.006 0.043 0.253 161 Q 0.263 0.302 0.010 0.007 0.007 0.012 0.043 0.018 0.003 0.037 0.298 162 E 0.159 0.109 0.005 0.008 0.011 0.028 0.072 0.006 0.002 0.033 0.566 163 Q 0.064 0.105 0.005 0.032 0.060 0.092 0.094 0.004 0.001 0.067 0.475 164 L 0.035 0.088 0.004 0.044 0.066 0.107 0.122 0.007 0.001 0.065 0.461 165 Q 0.040 0.074 0.004 0.041 0.111 0.113 0.087 0.008 0.001 0.034 0.486 166 K 0.045 0.023 0.001 0.062 0.161 0.206 0.076 0.003 0.001 0.072 0.349 167 T 0.005 0.021 0.001 0.060 0.135 0.225 0.068 0.001 0.001 0.035 0.448 168 M 0.024 0.054 0.011 0.098 0.113 0.157 0.076 0.006 0.004 0.053 0.406 169 F 0.150 0.044 0.014 0.057 0.156 0.105 0.074 0.024 0.008 0.097 0.271 170 P 0.176 0.049 0.004 0.039 0.026 0.044 0.071 0.010 0.003 0.047 0.532 171 L 0.160 0.035 0.005 0.043 0.024 0.051 0.087 0.011 0.002 0.045 0.535 172 G 0.050 0.015 0.002 0.041 0.027 0.054 0.110 0.005 0.001 0.035 0.660 173 H 0.056 0.011 0.001 0.029 0.043 0.053 0.115 0.002 0.001 0.035 0.654 174 L 0.012 0.011 0.001 0.046 0.046 0.035 0.127 0.002 0.001 0.029 0.691 175 E 0.035 0.285 0.001 0.019 0.019 0.016 0.100 0.008 0.001 0.023 0.491 176 K 0.089 0.699 0.002 0.004 0.006 0.005 0.026 0.029 0.001 0.008 0.132 177 P 0.036 0.684 0.002 0.013 0.007 0.010 0.025 0.009 0.001 0.020 0.194 178 E 0.029 0.734 0.010 0.009 0.010 0.021 0.020 0.006 0.003 0.046 0.111 179 V 0.140 0.555 0.018 0.015 0.021 0.020 0.028 0.023 0.006 0.056 0.118 180 R 0.222 0.178 0.038 0.029 0.027 0.032 0.055 0.021 0.021 0.067 0.310 181 R 0.141 0.082 0.004 0.027 0.022 0.036 0.076 0.006 0.002 0.033 0.571 182 L 0.042 0.045 0.006 0.027 0.011 0.029 0.097 0.004 0.003 0.032 0.704 183 A 0.058 0.036 0.010 0.021 0.028 0.041 0.133 0.010 0.003 0.047 0.613