# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1900 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.052 0.046 0.086 0.097 0.113 0.184 0.114 0.100 0.074 0.048 2 S 0.340 0.144 0.151 0.157 0.086 0.050 0.038 0.014 0.011 0.006 0.003 3 D 0.222 0.196 0.147 0.199 0.108 0.060 0.040 0.016 0.008 0.003 0.001 4 N 0.084 0.060 0.035 0.044 0.057 0.091 0.168 0.184 0.121 0.089 0.066 5 S 0.289 0.315 0.064 0.145 0.086 0.050 0.026 0.015 0.007 0.002 0.001 6 K 0.374 0.206 0.126 0.132 0.084 0.044 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 7 T 0.135 0.086 0.045 0.141 0.153 0.146 0.136 0.062 0.049 0.029 0.018 8 R 0.018 0.035 0.019 0.134 0.164 0.192 0.218 0.107 0.068 0.030 0.015 9 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.011 0.022 0.082 0.126 0.201 0.266 0.280 10 V 0.001 0.001 0.005 0.011 0.026 0.045 0.138 0.215 0.196 0.187 0.175 11 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.008 0.033 0.093 0.226 0.297 0.333 12 G 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.014 0.055 0.130 0.245 0.263 0.280 13 M 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.020 0.072 0.161 0.254 0.238 0.236 14 S 0.001 0.003 0.007 0.012 0.023 0.047 0.122 0.180 0.226 0.189 0.190 15 G 0.016 0.034 0.025 0.082 0.108 0.142 0.185 0.148 0.127 0.077 0.057 16 G 0.019 0.022 0.014 0.056 0.063 0.097 0.171 0.122 0.164 0.140 0.131 17 V 0.022 0.030 0.013 0.099 0.104 0.133 0.235 0.116 0.102 0.078 0.066 18 D 0.003 0.008 0.007 0.043 0.056 0.075 0.182 0.143 0.157 0.170 0.157 19 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.016 0.031 0.096 0.125 0.209 0.243 0.267 20 S 0.001 0.003 0.009 0.040 0.057 0.080 0.180 0.177 0.182 0.146 0.125 21 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.022 0.032 0.120 0.184 0.212 0.226 0.192 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.026 0.095 0.252 0.286 0.332 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.043 0.108 0.286 0.269 0.282 24 L 0.001 0.001 0.018 0.039 0.096 0.120 0.272 0.236 0.116 0.066 0.035 25 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.018 0.104 0.171 0.264 0.229 0.197 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.056 0.219 0.334 0.369 27 K 0.002 0.010 0.052 0.086 0.170 0.207 0.293 0.097 0.045 0.027 0.010 28 E 0.022 0.059 0.314 0.174 0.117 0.127 0.106 0.042 0.022 0.011 0.005 29 Q 0.042 0.054 0.037 0.090 0.087 0.145 0.294 0.134 0.067 0.033 0.016 30 G 0.318 0.184 0.077 0.112 0.074 0.067 0.070 0.045 0.029 0.016 0.007 31 Y 0.093 0.057 0.056 0.103 0.113 0.139 0.177 0.092 0.074 0.055 0.041 32 D 0.148 0.216 0.133 0.230 0.148 0.071 0.032 0.013 0.006 0.002 0.001 33 V 0.002 0.002 0.003 0.008 0.011 0.025 0.089 0.108 0.194 0.263 0.294 34 I 0.016 0.035 0.034 0.101 0.130 0.144 0.183 0.136 0.100 0.069 0.051 35 G 0.002 0.006 0.015 0.046 0.051 0.072 0.148 0.152 0.188 0.180 0.140 36 I 0.001 0.003 0.007 0.013 0.025 0.040 0.102 0.153 0.201 0.230 0.223 37 F 0.002 0.004 0.005 0.025 0.037 0.049 0.119 0.167 0.224 0.197 0.170 38 M 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.017 0.052 0.086 0.212 0.286 0.324 39 K 0.008 0.016 0.023 0.085 0.133 0.151 0.218 0.142 0.109 0.069 0.046 40 N 0.003 0.004 0.009 0.016 0.019 0.030 0.087 0.116 0.212 0.253 0.250 41 W 0.010 0.012 0.011 0.032 0.047 0.077 0.169 0.166 0.176 0.154 0.146 42 D 0.048 0.053 0.047 0.083 0.074 0.085 0.138 0.115 0.138 0.116 0.104 43 D 0.061 0.066 0.037 0.107 0.109 0.125 0.172 0.094 0.089 0.072 0.068 44 T 0.200 0.139 0.049 0.123 0.098 0.089 0.103 0.060 0.064 0.044 0.031 45 D 0.112 0.087 0.030 0.118 0.096 0.102 0.150 0.083 0.086 0.073 0.063 46 E 0.150 0.128 0.053 0.144 0.118 0.104 0.119 0.063 0.055 0.039 0.027 47 N 0.068 0.057 0.042 0.111 0.095 0.097 0.150 0.098 0.108 0.097 0.077 48 G 0.090 0.074 0.066 0.128 0.121 0.120 0.150 0.083 0.079 0.054 0.036 49 V 0.051 0.048 0.063 0.131 0.109 0.103 0.163 0.093 0.098 0.081 0.059 50 C 0.059 0.050 0.053 0.105 0.094 0.103 0.189 0.116 0.096 0.079 0.054 51 T 0.080 0.110 0.085 0.142 0.108 0.098 0.127 0.089 0.076 0.052 0.035 52 A 0.100 0.124 0.076 0.132 0.121 0.122 0.145 0.079 0.056 0.031 0.017 53 T 0.397 0.144 0.096 0.153 0.102 0.051 0.031 0.013 0.008 0.004 0.001 54 E 0.468 0.122 0.092 0.119 0.065 0.051 0.043 0.019 0.012 0.006 0.002 55 D 0.051 0.310 0.095 0.131 0.119 0.109 0.082 0.056 0.032 0.011 0.004 56 Y 0.004 0.009 0.013 0.037 0.064 0.152 0.320 0.163 0.114 0.074 0.050 57 K 0.273 0.072 0.411 0.165 0.051 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 58 D 0.010 0.040 0.092 0.254 0.221 0.196 0.134 0.039 0.009 0.002 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.036 0.184 0.334 0.435 60 V 0.001 0.004 0.024 0.064 0.225 0.313 0.278 0.061 0.019 0.009 0.002 61 A 0.005 0.011 0.890 0.068 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.009 0.018 0.029 0.090 0.402 0.240 0.120 0.062 0.030 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.085 0.216 0.336 0.326 64 D 0.006 0.030 0.329 0.309 0.178 0.079 0.052 0.009 0.004 0.003 0.001 65 Q 0.027 0.053 0.496 0.172 0.107 0.075 0.043 0.018 0.006 0.003 0.001 66 I 0.005 0.003 0.003 0.006 0.011 0.035 0.165 0.219 0.233 0.189 0.131 67 G 0.301 0.325 0.059 0.135 0.084 0.048 0.021 0.018 0.007 0.002 0.001 68 I 0.004 0.003 0.003 0.005 0.013 0.032 0.073 0.143 0.217 0.252 0.254 69 P 0.293 0.339 0.055 0.185 0.088 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.009 0.006 0.004 0.018 0.019 0.034 0.100 0.097 0.195 0.256 0.261 71 Y 0.067 0.137 0.042 0.156 0.133 0.098 0.119 0.083 0.069 0.053 0.042 72 S 0.012 0.022 0.016 0.089 0.079 0.106 0.202 0.147 0.151 0.109 0.066 73 V 0.086 0.054 0.083 0.096 0.104 0.110 0.126 0.114 0.096 0.082 0.048 74 N 0.118 0.176 0.076 0.270 0.144 0.091 0.067 0.032 0.017 0.006 0.003 75 F 0.004 0.007 0.005 0.008 0.012 0.025 0.084 0.128 0.217 0.264 0.246 76 E 0.108 0.153 0.067 0.213 0.195 0.125 0.084 0.029 0.016 0.007 0.003 77 K 0.300 0.124 0.252 0.177 0.076 0.038 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 78 E 0.108 0.075 0.080 0.164 0.139 0.147 0.167 0.068 0.031 0.015 0.007 79 Y 0.010 0.027 0.022 0.030 0.030 0.052 0.157 0.183 0.210 0.165 0.114 80 W 0.013 0.027 0.066 0.105 0.140 0.178 0.216 0.109 0.071 0.049 0.027 81 D 0.124 0.079 0.513 0.158 0.070 0.033 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 82 R 0.036 0.046 0.059 0.186 0.161 0.174 0.214 0.076 0.030 0.013 0.005 83 V 0.002 0.003 0.005 0.005 0.006 0.012 0.058 0.118 0.233 0.282 0.277 84 F 0.022 0.033 0.056 0.113 0.148 0.169 0.212 0.116 0.068 0.039 0.022 85 E 0.131 0.099 0.526 0.140 0.063 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 86 Y 0.028 0.026 0.032 0.071 0.091 0.149 0.264 0.141 0.099 0.060 0.039 87 F 0.047 0.074 0.029 0.059 0.052 0.072 0.170 0.169 0.158 0.102 0.069 88 L 0.037 0.059 0.070 0.162 0.148 0.139 0.170 0.089 0.058 0.041 0.026 89 A 0.281 0.131 0.304 0.136 0.078 0.039 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 90 E 0.142 0.094 0.082 0.218 0.152 0.114 0.107 0.046 0.028 0.013 0.005 91 Y 0.018 0.016 0.016 0.021 0.030 0.056 0.169 0.164 0.196 0.176 0.139 92 R 0.063 0.129 0.121 0.259 0.161 0.099 0.092 0.039 0.020 0.012 0.006 93 A 0.137 0.117 0.253 0.160 0.116 0.086 0.061 0.033 0.020 0.012 0.005 94 G 0.318 0.155 0.112 0.146 0.100 0.069 0.050 0.025 0.015 0.007 0.003 95 R 0.266 0.157 0.039 0.103 0.100 0.095 0.092 0.070 0.045 0.022 0.010 96 T 0.110 0.080 0.030 0.062 0.083 0.099 0.119 0.141 0.125 0.086 0.065 97 P 0.248 0.229 0.084 0.173 0.107 0.068 0.040 0.024 0.015 0.007 0.004 98 N 0.098 0.086 0.049 0.119 0.117 0.113 0.115 0.091 0.089 0.070 0.053 99 P 0.045 0.065 0.021 0.079 0.089 0.107 0.149 0.127 0.136 0.100 0.082 100 D 0.042 0.052 0.026 0.143 0.130 0.133 0.161 0.107 0.099 0.064 0.043 101 V 0.039 0.027 0.036 0.072 0.076 0.090 0.151 0.138 0.149 0.132 0.090 102 M 0.033 0.060 0.057 0.173 0.135 0.111 0.147 0.103 0.084 0.056 0.041 103 C 0.003 0.006 0.008 0.012 0.016 0.028 0.096 0.133 0.221 0.254 0.223 104 N 0.053 0.093 0.087 0.184 0.192 0.147 0.116 0.056 0.036 0.022 0.012 105 K 0.118 0.135 0.162 0.207 0.129 0.103 0.076 0.034 0.022 0.010 0.003 106 E 0.147 0.084 0.079 0.164 0.150 0.130 0.119 0.067 0.037 0.017 0.006 107 I 0.018 0.012 0.013 0.019 0.023 0.053 0.157 0.190 0.207 0.179 0.129 108 K 0.015 0.137 0.139 0.180 0.175 0.147 0.096 0.056 0.033 0.015 0.007 109 F 0.002 0.006 0.029 0.040 0.050 0.112 0.241 0.136 0.146 0.136 0.102 110 K 0.130 0.067 0.235 0.244 0.145 0.087 0.058 0.018 0.009 0.005 0.001 111 A 0.008 0.022 0.038 0.161 0.111 0.150 0.276 0.128 0.061 0.033 0.012 112 F 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.005 0.029 0.074 0.220 0.331 0.332 113 L 0.002 0.007 0.028 0.066 0.149 0.239 0.305 0.105 0.056 0.032 0.012 114 D 0.028 0.034 0.745 0.115 0.047 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.002 0.003 0.010 0.040 0.053 0.119 0.441 0.185 0.083 0.043 0.022 116 A 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.004 0.031 0.065 0.199 0.319 0.368 117 I 0.006 0.028 0.180 0.196 0.198 0.158 0.163 0.038 0.018 0.011 0.004 118 T 0.037 0.077 0.633 0.116 0.070 0.040 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 119 L 0.019 0.012 0.011 0.030 0.044 0.121 0.304 0.222 0.123 0.073 0.043 120 G 0.337 0.324 0.085 0.113 0.068 0.035 0.016 0.012 0.006 0.002 0.001 121 A 0.002 0.002 0.002 0.005 0.011 0.030 0.093 0.122 0.204 0.242 0.287 122 D 0.075 0.135 0.110 0.251 0.205 0.118 0.061 0.022 0.013 0.005 0.004 123 Y 0.001 0.003 0.008 0.041 0.048 0.073 0.215 0.152 0.164 0.174 0.122 124 V 0.001 0.002 0.007 0.015 0.018 0.022 0.064 0.115 0.183 0.263 0.309 125 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.061 0.139 0.270 0.275 0.230 126 T 0.003 0.010 0.036 0.067 0.101 0.111 0.153 0.161 0.148 0.116 0.094 127 G 0.002 0.003 0.010 0.016 0.026 0.048 0.120 0.135 0.231 0.209 0.198 128 H 0.009 0.015 0.013 0.049 0.059 0.076 0.175 0.163 0.173 0.146 0.120 129 Y 0.009 0.017 0.015 0.046 0.049 0.067 0.162 0.148 0.172 0.165 0.151 130 A 0.023 0.026 0.023 0.058 0.075 0.101 0.174 0.138 0.147 0.127 0.107 131 R 0.129 0.128 0.087 0.199 0.156 0.109 0.087 0.043 0.034 0.018 0.009 132 V 0.033 0.025 0.022 0.066 0.071 0.093 0.199 0.130 0.143 0.126 0.093 133 A 0.081 0.058 0.048 0.107 0.099 0.096 0.163 0.102 0.101 0.081 0.064 134 R 0.062 0.073 0.075 0.138 0.104 0.103 0.163 0.094 0.084 0.062 0.042 135 D 0.084 0.114 0.107 0.159 0.132 0.107 0.126 0.068 0.045 0.035 0.025 136 E 0.181 0.143 0.052 0.133 0.108 0.097 0.116 0.071 0.050 0.031 0.018 137 D 0.470 0.210 0.064 0.112 0.072 0.036 0.016 0.009 0.006 0.003 0.001 138 G 0.170 0.114 0.036 0.084 0.106 0.120 0.128 0.094 0.079 0.045 0.025 139 T 0.129 0.140 0.048 0.178 0.162 0.123 0.091 0.059 0.040 0.019 0.011 140 V 0.016 0.012 0.018 0.032 0.045 0.074 0.155 0.161 0.197 0.166 0.124 141 H 0.028 0.060 0.086 0.224 0.182 0.131 0.125 0.075 0.043 0.027 0.019 142 M 0.001 0.002 0.007 0.009 0.011 0.019 0.071 0.099 0.212 0.289 0.280 143 L 0.020 0.028 0.045 0.095 0.119 0.120 0.183 0.138 0.108 0.088 0.055 144 R 0.051 0.064 0.095 0.164 0.126 0.122 0.145 0.085 0.075 0.048 0.026 145 G 0.116 0.106 0.086 0.136 0.120 0.118 0.129 0.076 0.058 0.035 0.019 146 V 0.114 0.087 0.032 0.099 0.096 0.104 0.168 0.112 0.090 0.061 0.038 147 D 0.324 0.163 0.072 0.112 0.088 0.071 0.067 0.044 0.032 0.018 0.011 148 N 0.290 0.215 0.081 0.161 0.104 0.065 0.043 0.021 0.012 0.006 0.003 149 G 0.231 0.162 0.061 0.095 0.093 0.085 0.090 0.067 0.059 0.036 0.022 150 K 0.191 0.134 0.047 0.162 0.134 0.108 0.098 0.051 0.038 0.022 0.015 151 D 0.210 0.148 0.118 0.166 0.118 0.087 0.066 0.035 0.029 0.016 0.008 152 Q 0.042 0.060 0.054 0.155 0.142 0.139 0.171 0.099 0.067 0.045 0.027 153 T 0.018 0.018 0.027 0.041 0.046 0.070 0.143 0.151 0.188 0.169 0.131 154 Y 0.026 0.037 0.064 0.125 0.126 0.133 0.168 0.113 0.094 0.069 0.046 155 F 0.027 0.048 0.085 0.126 0.111 0.114 0.159 0.112 0.097 0.074 0.047 156 L 0.017 0.017 0.020 0.048 0.061 0.085 0.172 0.152 0.168 0.147 0.113 157 S 0.132 0.079 0.080 0.129 0.110 0.101 0.130 0.080 0.080 0.049 0.029 158 Q 0.129 0.114 0.106 0.193 0.127 0.094 0.102 0.053 0.041 0.026 0.015 159 L 0.064 0.068 0.034 0.067 0.080 0.107 0.194 0.143 0.112 0.077 0.054 160 S 0.214 0.235 0.082 0.165 0.102 0.068 0.061 0.034 0.022 0.011 0.007 161 Q 0.362 0.175 0.100 0.146 0.099 0.058 0.034 0.013 0.008 0.003 0.001 162 E 0.513 0.133 0.099 0.102 0.067 0.040 0.024 0.010 0.007 0.003 0.001 163 Q 0.114 0.113 0.065 0.151 0.124 0.127 0.156 0.073 0.044 0.022 0.011 164 L 0.030 0.058 0.082 0.097 0.095 0.115 0.175 0.132 0.101 0.071 0.043 165 Q 0.044 0.052 0.154 0.146 0.129 0.135 0.143 0.082 0.055 0.039 0.022 166 K 0.080 0.097 0.224 0.216 0.153 0.109 0.065 0.029 0.016 0.008 0.003 167 T 0.013 0.018 0.030 0.055 0.064 0.093 0.185 0.156 0.166 0.136 0.083 168 M 0.014 0.014 0.020 0.038 0.051 0.082 0.175 0.164 0.180 0.150 0.112 169 F 0.026 0.046 0.106 0.155 0.136 0.124 0.148 0.095 0.076 0.054 0.033 170 P 0.022 0.038 0.061 0.102 0.096 0.108 0.175 0.143 0.108 0.089 0.059 171 L 0.020 0.019 0.016 0.037 0.048 0.069 0.135 0.148 0.191 0.167 0.149 172 G 0.139 0.102 0.080 0.151 0.121 0.104 0.121 0.062 0.062 0.037 0.022 173 H 0.169 0.125 0.092 0.222 0.150 0.087 0.074 0.037 0.023 0.015 0.007 174 L 0.075 0.043 0.020 0.040 0.048 0.086 0.171 0.164 0.156 0.112 0.085 175 E 0.095 0.399 0.068 0.166 0.100 0.066 0.046 0.031 0.018 0.007 0.004 176 K 0.054 0.063 0.035 0.107 0.125 0.168 0.198 0.100 0.074 0.047 0.030 177 P 0.577 0.124 0.099 0.109 0.052 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 178 E 0.046 0.078 0.036 0.237 0.204 0.174 0.149 0.052 0.017 0.006 0.002 179 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.022 0.055 0.207 0.329 0.375 180 R 0.004 0.009 0.054 0.091 0.187 0.241 0.260 0.077 0.041 0.025 0.009 181 R 0.008 0.028 0.609 0.182 0.075 0.047 0.029 0.012 0.006 0.003 0.001 182 L 0.001 0.003 0.017 0.026 0.036 0.093 0.316 0.221 0.135 0.096 0.056 183 A 0.006 0.005 0.014 0.009 0.012 0.027 0.107 0.177 0.248 0.236 0.159