# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1900 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.011 0.007 0.024 0.050 0.066 0.035 0.002 0.001 0.003 0.753 2 S 0.018 0.005 0.002 0.019 0.050 0.067 0.079 0.001 0.001 0.002 0.757 3 D 0.098 0.007 0.001 0.019 0.045 0.056 0.203 0.003 0.001 0.011 0.556 4 N 0.192 0.016 0.002 0.016 0.027 0.029 0.190 0.003 0.001 0.017 0.508 5 S 0.096 0.007 0.002 0.006 0.009 0.009 0.246 0.002 0.001 0.016 0.608 6 K 0.140 0.002 0.005 0.008 0.007 0.007 0.132 0.001 0.001 0.029 0.669 7 T 0.184 0.001 0.017 0.036 0.034 0.026 0.245 0.001 0.001 0.036 0.420 8 R 0.034 0.001 0.044 0.200 0.137 0.113 0.155 0.001 0.001 0.013 0.303 9 V 0.001 0.001 0.001 0.488 0.215 0.265 0.014 0.001 0.001 0.001 0.016 10 V 0.001 0.001 0.001 0.667 0.149 0.178 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 11 V 0.001 0.001 0.001 0.793 0.090 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 G 0.001 0.001 0.001 0.886 0.040 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 M 0.001 0.001 0.001 0.882 0.045 0.061 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 14 S 0.001 0.001 0.001 0.623 0.089 0.180 0.032 0.001 0.001 0.002 0.073 15 G 0.003 0.001 0.001 0.200 0.040 0.119 0.166 0.001 0.001 0.009 0.460 16 G 0.034 0.002 0.002 0.040 0.012 0.021 0.306 0.001 0.001 0.027 0.555 17 V 0.075 0.010 0.038 0.024 0.006 0.015 0.302 0.001 0.001 0.015 0.515 18 D 0.013 0.021 0.002 0.018 0.006 0.013 0.197 0.001 0.001 0.002 0.727 19 S 0.040 0.049 0.001 0.004 0.002 0.002 0.082 0.001 0.001 0.003 0.816 20 S 0.016 0.171 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.001 0.001 0.001 0.705 21 V 0.006 0.400 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.002 0.001 0.002 0.355 22 T 0.003 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.002 0.033 23 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 24 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 28 E 0.080 0.893 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.013 29 Q 0.060 0.645 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.001 0.001 0.033 30 G 0.507 0.072 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.001 0.002 0.082 31 Y 0.004 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 32 D 0.006 0.003 0.017 0.266 0.043 0.036 0.087 0.002 0.001 0.001 0.539 33 V 0.022 0.001 0.012 0.191 0.011 0.019 0.024 0.001 0.001 0.002 0.719 34 I 0.002 0.001 0.001 0.791 0.075 0.086 0.024 0.001 0.001 0.001 0.020 35 G 0.007 0.002 0.001 0.402 0.033 0.056 0.041 0.001 0.001 0.003 0.455 36 I 0.003 0.001 0.001 0.770 0.090 0.108 0.008 0.001 0.001 0.001 0.019 37 F 0.003 0.003 0.001 0.440 0.140 0.243 0.042 0.001 0.001 0.002 0.126 38 M 0.004 0.004 0.001 0.314 0.206 0.352 0.023 0.001 0.001 0.003 0.093 39 K 0.004 0.005 0.001 0.190 0.208 0.462 0.039 0.001 0.001 0.003 0.087 40 N 0.015 0.014 0.003 0.107 0.170 0.280 0.059 0.002 0.001 0.007 0.343 41 W 0.025 0.021 0.008 0.102 0.223 0.342 0.067 0.002 0.001 0.009 0.201 42 D 0.017 0.019 0.003 0.059 0.224 0.292 0.089 0.002 0.001 0.006 0.289 43 D 0.038 0.022 0.004 0.041 0.200 0.215 0.102 0.003 0.001 0.010 0.364 44 T 0.055 0.037 0.004 0.036 0.146 0.225 0.235 0.003 0.001 0.014 0.244 45 D 0.056 0.068 0.005 0.050 0.135 0.132 0.212 0.006 0.001 0.020 0.315 46 E 0.116 0.078 0.007 0.014 0.034 0.046 0.390 0.004 0.001 0.043 0.266 47 N 0.161 0.067 0.014 0.014 0.023 0.030 0.284 0.008 0.001 0.040 0.359 48 G 0.224 0.049 0.016 0.015 0.023 0.022 0.270 0.011 0.001 0.048 0.320 49 V 0.168 0.032 0.100 0.009 0.015 0.023 0.264 0.002 0.001 0.025 0.360 50 C 0.014 0.020 0.010 0.017 0.021 0.043 0.089 0.001 0.001 0.003 0.782 51 T 0.051 0.017 0.003 0.026 0.053 0.097 0.149 0.002 0.001 0.007 0.596 52 A 0.093 0.026 0.003 0.008 0.012 0.026 0.096 0.001 0.001 0.005 0.730 53 T 0.076 0.067 0.002 0.017 0.011 0.023 0.197 0.004 0.001 0.008 0.594 54 E 0.075 0.056 0.005 0.005 0.002 0.004 0.197 0.002 0.001 0.008 0.648 55 D 0.106 0.157 0.003 0.006 0.003 0.005 0.381 0.006 0.001 0.008 0.324 56 Y 0.154 0.380 0.005 0.008 0.002 0.004 0.109 0.010 0.001 0.011 0.319 57 K 0.020 0.660 0.002 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.001 0.238 58 D 0.022 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.006 0.001 0.001 0.289 59 V 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 60 V 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 61 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 62 V 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 63 A 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 65 Q 0.035 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.008 66 I 0.101 0.805 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 0.007 67 G 0.385 0.064 0.028 0.001 0.001 0.001 0.004 0.453 0.001 0.002 0.063 68 I 0.003 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 69 P 0.001 0.001 0.005 0.021 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.961 70 Y 0.006 0.001 0.006 0.165 0.007 0.011 0.033 0.001 0.001 0.001 0.771 71 Y 0.016 0.001 0.001 0.764 0.026 0.039 0.058 0.001 0.001 0.002 0.094 72 S 0.021 0.001 0.001 0.496 0.012 0.020 0.043 0.001 0.001 0.003 0.403 73 V 0.004 0.001 0.001 0.855 0.014 0.030 0.027 0.001 0.001 0.001 0.067 74 N 0.016 0.003 0.001 0.350 0.021 0.042 0.191 0.001 0.001 0.005 0.372 75 F 0.014 0.005 0.002 0.112 0.016 0.031 0.073 0.001 0.001 0.005 0.742 76 E 0.014 0.013 0.001 0.050 0.025 0.072 0.368 0.001 0.001 0.007 0.450 77 K 0.087 0.046 0.001 0.012 0.007 0.016 0.170 0.001 0.001 0.012 0.648 78 E 0.141 0.292 0.001 0.003 0.005 0.004 0.064 0.002 0.001 0.002 0.485 79 Y 0.141 0.508 0.003 0.004 0.011 0.016 0.086 0.005 0.001 0.009 0.217 80 W 0.066 0.744 0.007 0.004 0.007 0.021 0.018 0.003 0.001 0.002 0.127 81 D 0.029 0.676 0.001 0.003 0.007 0.016 0.011 0.012 0.001 0.001 0.245 82 R 0.187 0.644 0.002 0.003 0.006 0.007 0.005 0.021 0.001 0.001 0.123 83 V 0.178 0.640 0.011 0.005 0.007 0.009 0.009 0.029 0.001 0.001 0.111 84 F 0.068 0.600 0.047 0.023 0.022 0.035 0.016 0.017 0.001 0.001 0.171 85 E 0.083 0.265 0.009 0.019 0.011 0.033 0.033 0.017 0.001 0.001 0.530 86 Y 0.187 0.166 0.025 0.030 0.015 0.021 0.020 0.010 0.001 0.001 0.527 87 F 0.090 0.143 0.011 0.033 0.013 0.028 0.084 0.006 0.001 0.003 0.589 88 L 0.030 0.094 0.008 0.029 0.013 0.035 0.098 0.002 0.001 0.003 0.688 89 A 0.029 0.157 0.001 0.014 0.009 0.012 0.052 0.001 0.001 0.001 0.725 90 E 0.146 0.284 0.001 0.011 0.015 0.028 0.139 0.005 0.001 0.005 0.368 91 Y 0.146 0.541 0.003 0.009 0.011 0.022 0.037 0.006 0.001 0.003 0.221 92 R 0.148 0.586 0.009 0.003 0.007 0.012 0.017 0.004 0.001 0.001 0.212 93 A 0.076 0.422 0.004 0.007 0.018 0.030 0.023 0.021 0.001 0.001 0.397 94 G 0.287 0.057 0.002 0.008 0.017 0.008 0.016 0.127 0.001 0.002 0.477 95 R 0.401 0.026 0.407 0.006 0.002 0.003 0.019 0.005 0.001 0.006 0.125 96 T 0.029 0.006 0.021 0.075 0.058 0.048 0.209 0.011 0.001 0.002 0.541 97 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 98 N 0.012 0.001 0.001 0.106 0.023 0.047 0.458 0.001 0.001 0.004 0.349 99 P 0.034 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.943 100 D 0.032 0.001 0.001 0.117 0.009 0.014 0.268 0.001 0.001 0.004 0.555 101 V 0.222 0.002 0.002 0.093 0.008 0.016 0.136 0.001 0.001 0.018 0.503 102 M 0.060 0.034 0.001 0.212 0.021 0.035 0.226 0.001 0.001 0.005 0.406 103 C 0.060 0.049 0.002 0.072 0.022 0.056 0.217 0.001 0.001 0.008 0.513 104 N 0.056 0.197 0.002 0.067 0.018 0.055 0.139 0.002 0.001 0.006 0.458 105 K 0.044 0.229 0.002 0.007 0.007 0.010 0.094 0.002 0.001 0.003 0.603 106 E 0.072 0.506 0.003 0.005 0.005 0.010 0.125 0.004 0.001 0.005 0.266 107 I 0.036 0.734 0.003 0.003 0.003 0.004 0.034 0.003 0.001 0.001 0.179 108 K 0.021 0.896 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.001 0.059 109 F 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.034 110 K 0.007 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.055 111 A 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.033 112 F 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 113 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 114 D 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 115 Y 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 116 A 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 117 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 118 T 0.024 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 119 L 0.095 0.751 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.001 0.001 0.021 120 G 0.621 0.083 0.028 0.001 0.001 0.001 0.005 0.187 0.001 0.004 0.070 121 A 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 122 D 0.004 0.004 0.008 0.380 0.068 0.057 0.067 0.004 0.001 0.001 0.408 123 Y 0.045 0.003 0.009 0.586 0.023 0.025 0.026 0.001 0.001 0.003 0.280 124 V 0.003 0.009 0.001 0.710 0.045 0.096 0.044 0.001 0.001 0.001 0.090 125 A 0.002 0.003 0.001 0.851 0.043 0.059 0.015 0.001 0.001 0.001 0.026 126 T 0.006 0.017 0.001 0.619 0.049 0.092 0.040 0.001 0.001 0.002 0.174 127 G 0.029 0.021 0.002 0.428 0.117 0.152 0.040 0.002 0.001 0.006 0.203 128 H 0.037 0.041 0.005 0.142 0.064 0.133 0.234 0.002 0.001 0.011 0.329 129 Y 0.043 0.027 0.006 0.076 0.069 0.121 0.157 0.004 0.001 0.012 0.485 130 A 0.045 0.071 0.017 0.047 0.042 0.091 0.100 0.002 0.001 0.007 0.577 131 R 0.052 0.094 0.003 0.026 0.041 0.111 0.109 0.005 0.001 0.013 0.546 132 V 0.229 0.152 0.009 0.014 0.029 0.053 0.056 0.006 0.001 0.008 0.443 133 A 0.156 0.254 0.005 0.018 0.047 0.042 0.030 0.010 0.001 0.003 0.434 134 R 0.117 0.204 0.011 0.026 0.094 0.134 0.041 0.007 0.001 0.004 0.361 135 D 0.051 0.168 0.006 0.039 0.124 0.169 0.080 0.008 0.001 0.003 0.352 136 E 0.117 0.170 0.008 0.023 0.044 0.072 0.097 0.010 0.001 0.006 0.453 137 D 0.131 0.138 0.012 0.017 0.022 0.042 0.210 0.009 0.001 0.015 0.405 138 G 0.177 0.061 0.017 0.017 0.024 0.027 0.261 0.011 0.001 0.043 0.361 139 T 0.214 0.084 0.052 0.020 0.017 0.023 0.296 0.003 0.001 0.024 0.265 140 V 0.025 0.071 0.009 0.025 0.030 0.029 0.095 0.002 0.001 0.004 0.711 141 H 0.041 0.106 0.004 0.038 0.071 0.134 0.157 0.002 0.001 0.008 0.440 142 M 0.087 0.194 0.005 0.030 0.085 0.192 0.083 0.004 0.001 0.008 0.313 143 L 0.097 0.271 0.004 0.036 0.099 0.171 0.047 0.008 0.001 0.005 0.262 144 R 0.093 0.115 0.007 0.015 0.038 0.066 0.047 0.009 0.001 0.004 0.606 145 G 0.132 0.064 0.014 0.036 0.054 0.075 0.070 0.016 0.001 0.008 0.531 146 V 0.109 0.058 0.039 0.045 0.033 0.055 0.128 0.008 0.001 0.009 0.516 147 D 0.046 0.039 0.007 0.034 0.025 0.035 0.137 0.007 0.001 0.004 0.665 148 N 0.097 0.028 0.006 0.018 0.012 0.017 0.097 0.003 0.001 0.008 0.714 149 G 0.147 0.023 0.005 0.013 0.013 0.017 0.327 0.005 0.001 0.022 0.429 150 K 0.220 0.041 0.024 0.018 0.010 0.017 0.217 0.002 0.001 0.020 0.431 151 D 0.038 0.052 0.004 0.026 0.016 0.019 0.163 0.003 0.001 0.007 0.672 152 Q 0.130 0.070 0.005 0.017 0.018 0.020 0.167 0.003 0.001 0.019 0.550 153 T 0.207 0.137 0.007 0.019 0.020 0.036 0.207 0.007 0.001 0.021 0.340 154 Y 0.108 0.180 0.015 0.044 0.052 0.072 0.119 0.009 0.001 0.011 0.390 155 F 0.090 0.178 0.007 0.032 0.051 0.081 0.121 0.008 0.001 0.010 0.421 156 L 0.113 0.237 0.016 0.045 0.062 0.108 0.047 0.009 0.001 0.008 0.355 157 S 0.081 0.214 0.007 0.055 0.063 0.101 0.090 0.019 0.001 0.005 0.365 158 Q 0.169 0.098 0.014 0.031 0.031 0.044 0.075 0.022 0.001 0.009 0.507 159 L 0.217 0.118 0.027 0.057 0.054 0.084 0.141 0.015 0.001 0.013 0.275 160 S 0.072 0.056 0.011 0.027 0.030 0.032 0.244 0.008 0.001 0.007 0.513 161 Q 0.022 0.035 0.004 0.010 0.008 0.008 0.083 0.002 0.001 0.004 0.824 162 E 0.055 0.046 0.002 0.008 0.009 0.017 0.462 0.004 0.001 0.033 0.364 163 Q 0.275 0.061 0.005 0.007 0.013 0.016 0.421 0.008 0.001 0.050 0.145 164 L 0.215 0.282 0.013 0.019 0.020 0.023 0.093 0.008 0.001 0.011 0.316 165 Q 0.115 0.317 0.016 0.032 0.039 0.051 0.051 0.005 0.001 0.007 0.367 166 K 0.079 0.148 0.007 0.052 0.099 0.123 0.056 0.011 0.001 0.004 0.420 167 T 0.105 0.119 0.009 0.063 0.094 0.147 0.051 0.016 0.001 0.003 0.392 168 M 0.100 0.114 0.020 0.144 0.123 0.238 0.046 0.011 0.001 0.004 0.199 169 F 0.023 0.031 0.008 0.129 0.114 0.246 0.058 0.002 0.001 0.002 0.387 170 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.965 171 L 0.020 0.007 0.001 0.131 0.059 0.232 0.099 0.001 0.001 0.004 0.447 172 G 0.165 0.025 0.001 0.085 0.040 0.061 0.058 0.002 0.001 0.004 0.560 173 H 0.232 0.060 0.001 0.040 0.022 0.024 0.054 0.005 0.001 0.003 0.559 174 L 0.295 0.039 0.014 0.058 0.023 0.061 0.071 0.003 0.001 0.007 0.430 175 E 0.107 0.022 0.008 0.050 0.025 0.049 0.147 0.005 0.001 0.004 0.584 176 K 0.040 0.006 0.015 0.017 0.005 0.016 0.056 0.001 0.001 0.002 0.842 177 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.988 178 E 0.014 0.003 0.001 0.017 0.009 0.014 0.328 0.001 0.001 0.003 0.611 179 V 0.227 0.098 0.001 0.015 0.006 0.016 0.108 0.001 0.001 0.006 0.523 180 R 0.065 0.667 0.001 0.026 0.016 0.028 0.041 0.001 0.001 0.002 0.154 181 R 0.105 0.593 0.001 0.004 0.003 0.012 0.029 0.001 0.001 0.002 0.249 182 L 0.143 0.695 0.001 0.006 0.009 0.011 0.005 0.011 0.001 0.001 0.118 183 A 0.106 0.718 0.011 0.004 0.006 0.008 0.007 0.009 0.001 0.001 0.132