# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1900 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.002 0.008 0.015 0.022 0.018 0.923 2 S 0.050 0.030 0.030 0.046 0.028 0.087 0.730 3 D 0.044 0.019 0.069 0.032 0.087 0.150 0.600 4 N 0.031 0.004 0.080 0.013 0.125 0.231 0.516 5 S 0.017 0.004 0.110 0.008 0.142 0.510 0.209 6 K 0.035 0.003 0.052 0.002 0.293 0.334 0.282 7 T 0.141 0.005 0.012 0.001 0.221 0.080 0.540 8 R 0.743 0.007 0.001 0.001 0.056 0.008 0.183 9 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 13 M 0.922 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.064 14 S 0.471 0.008 0.008 0.002 0.093 0.018 0.401 15 G 0.098 0.005 0.015 0.003 0.451 0.048 0.380 16 G 0.031 0.010 0.079 0.054 0.394 0.173 0.259 17 V 0.007 0.008 0.163 0.454 0.112 0.178 0.078 18 D 0.002 0.003 0.113 0.744 0.019 0.070 0.048 19 S 0.001 0.001 0.014 0.969 0.002 0.008 0.007 20 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 28 E 0.001 0.001 0.003 0.954 0.002 0.042 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.005 0.219 0.007 0.766 0.003 30 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.963 0.022 31 Y 0.009 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 0.946 32 D 0.437 0.011 0.003 0.001 0.113 0.012 0.424 33 V 0.924 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.065 34 I 0.967 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.023 35 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 36 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 37 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 38 M 0.889 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.100 39 K 0.839 0.004 0.005 0.002 0.037 0.010 0.103 40 N 0.730 0.008 0.013 0.008 0.042 0.020 0.178 41 W 0.429 0.028 0.047 0.024 0.141 0.057 0.273 42 D 0.226 0.017 0.057 0.042 0.193 0.086 0.379 43 D 0.102 0.025 0.114 0.071 0.199 0.250 0.240 44 T 0.058 0.028 0.087 0.058 0.192 0.203 0.375 45 D 0.033 0.014 0.113 0.055 0.250 0.321 0.215 46 E 0.017 0.009 0.115 0.064 0.166 0.492 0.135 47 N 0.021 0.016 0.112 0.052 0.198 0.454 0.147 48 G 0.022 0.019 0.085 0.036 0.222 0.257 0.358 49 V 0.046 0.035 0.058 0.035 0.150 0.140 0.536 50 C 0.060 0.053 0.050 0.040 0.142 0.135 0.521 51 T 0.050 0.039 0.033 0.041 0.217 0.100 0.519 52 A 0.036 0.014 0.039 0.091 0.253 0.096 0.471 53 T 0.013 0.006 0.090 0.520 0.108 0.116 0.146 54 E 0.010 0.008 0.072 0.650 0.087 0.083 0.091 55 D 0.006 0.011 0.031 0.700 0.040 0.046 0.166 56 Y 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.004 0.005 57 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 58 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 59 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.002 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.023 0.001 66 I 0.001 0.001 0.004 0.631 0.005 0.356 0.003 67 G 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.934 0.040 68 I 0.007 0.002 0.001 0.001 0.033 0.001 0.957 69 P 0.131 0.004 0.001 0.001 0.038 0.003 0.823 70 Y 0.865 0.009 0.002 0.001 0.023 0.004 0.095 71 Y 0.972 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.019 72 S 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 73 V 0.896 0.006 0.001 0.003 0.009 0.002 0.083 74 N 0.302 0.008 0.001 0.003 0.061 0.007 0.618 75 F 0.034 0.004 0.105 0.200 0.071 0.226 0.361 76 E 0.014 0.005 0.161 0.513 0.044 0.144 0.120 77 K 0.004 0.001 0.146 0.744 0.027 0.039 0.039 78 E 0.004 0.004 0.061 0.857 0.009 0.043 0.022 79 Y 0.002 0.001 0.023 0.896 0.005 0.060 0.013 80 W 0.001 0.001 0.013 0.959 0.003 0.015 0.008 81 D 0.001 0.001 0.008 0.978 0.002 0.010 0.002 82 R 0.001 0.001 0.009 0.973 0.002 0.013 0.003 83 V 0.001 0.001 0.008 0.959 0.003 0.025 0.003 84 F 0.001 0.001 0.008 0.945 0.005 0.035 0.005 85 E 0.002 0.001 0.010 0.928 0.008 0.046 0.006 86 Y 0.004 0.002 0.011 0.887 0.012 0.048 0.036 87 F 0.010 0.005 0.017 0.770 0.023 0.071 0.104 88 L 0.003 0.002 0.024 0.903 0.009 0.024 0.035 89 A 0.002 0.001 0.019 0.939 0.009 0.015 0.016 90 E 0.003 0.001 0.028 0.936 0.005 0.019 0.009 91 Y 0.014 0.004 0.025 0.900 0.009 0.032 0.016 92 R 0.020 0.007 0.031 0.793 0.016 0.097 0.036 93 A 0.004 0.001 0.020 0.260 0.014 0.689 0.011 94 G 0.003 0.001 0.005 0.021 0.028 0.904 0.039 95 R 0.026 0.049 0.006 0.007 0.212 0.068 0.631 96 T 0.048 0.050 0.002 0.001 0.229 0.020 0.650 97 P 0.032 0.039 0.005 0.003 0.233 0.214 0.474 98 N 0.022 0.022 0.007 0.006 0.197 0.139 0.608 99 P 0.027 0.019 0.028 0.052 0.200 0.184 0.490 100 D 0.068 0.030 0.049 0.142 0.142 0.129 0.439 101 V 0.127 0.049 0.065 0.210 0.245 0.059 0.244 102 M 0.138 0.035 0.049 0.312 0.079 0.113 0.273 103 C 0.071 0.033 0.036 0.354 0.101 0.156 0.248 104 N 0.025 0.009 0.038 0.372 0.131 0.066 0.359 105 K 0.004 0.001 0.031 0.806 0.045 0.091 0.023 106 E 0.004 0.001 0.017 0.904 0.008 0.054 0.012 107 I 0.018 0.014 0.010 0.895 0.013 0.015 0.035 108 K 0.011 0.004 0.004 0.915 0.009 0.021 0.037 109 F 0.001 0.001 0.003 0.978 0.003 0.009 0.005 110 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 111 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 112 F 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.023 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.541 0.003 0.453 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.980 0.009 121 A 0.013 0.002 0.001 0.001 0.013 0.005 0.966 122 D 0.106 0.001 0.006 0.002 0.733 0.004 0.147 123 Y 0.937 0.001 0.015 0.004 0.017 0.008 0.018 124 V 0.989 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 125 A 0.990 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 126 T 0.909 0.001 0.001 0.005 0.006 0.003 0.075 127 G 0.481 0.003 0.006 0.008 0.138 0.046 0.318 128 H 0.274 0.012 0.019 0.023 0.318 0.097 0.257 129 Y 0.150 0.021 0.089 0.131 0.185 0.144 0.279 130 A 0.148 0.010 0.110 0.313 0.099 0.118 0.202 131 R 0.132 0.007 0.113 0.405 0.072 0.122 0.148 132 V 0.194 0.013 0.103 0.380 0.064 0.089 0.157 133 A 0.333 0.017 0.062 0.327 0.048 0.112 0.101 134 R 0.357 0.029 0.047 0.259 0.055 0.142 0.111 135 D 0.214 0.008 0.030 0.179 0.049 0.151 0.370 136 E 0.128 0.016 0.027 0.201 0.110 0.206 0.310 137 D 0.052 0.008 0.023 0.103 0.146 0.525 0.143 138 G 0.060 0.004 0.018 0.054 0.390 0.319 0.156 139 T 0.255 0.022 0.025 0.180 0.138 0.092 0.288 140 V 0.424 0.059 0.046 0.216 0.064 0.040 0.153 141 H 0.379 0.019 0.089 0.220 0.062 0.059 0.172 142 M 0.287 0.012 0.126 0.304 0.047 0.086 0.137 143 L 0.303 0.016 0.105 0.253 0.088 0.063 0.172 144 R 0.210 0.018 0.101 0.244 0.078 0.184 0.164 145 G 0.119 0.008 0.108 0.161 0.094 0.246 0.264 146 V 0.145 0.032 0.082 0.213 0.125 0.160 0.245 147 D 0.073 0.016 0.084 0.186 0.140 0.302 0.200 148 N 0.032 0.006 0.050 0.107 0.162 0.523 0.120 149 G 0.065 0.015 0.051 0.107 0.192 0.292 0.278 150 K 0.126 0.054 0.049 0.136 0.169 0.111 0.355 151 D 0.158 0.020 0.076 0.120 0.112 0.150 0.364 152 Q 0.175 0.019 0.103 0.195 0.100 0.127 0.282 153 T 0.213 0.027 0.119 0.223 0.088 0.107 0.223 154 Y 0.226 0.023 0.117 0.235 0.110 0.129 0.160 155 F 0.207 0.019 0.118 0.231 0.065 0.122 0.237 156 L 0.109 0.024 0.207 0.253 0.073 0.096 0.239 157 S 0.078 0.010 0.182 0.223 0.091 0.200 0.215 158 Q 0.072 0.017 0.140 0.193 0.125 0.203 0.250 159 L 0.057 0.044 0.029 0.119 0.283 0.054 0.412 160 S 0.030 0.013 0.032 0.071 0.071 0.035 0.748 161 Q 0.002 0.001 0.208 0.655 0.011 0.102 0.020 162 E 0.002 0.001 0.262 0.604 0.011 0.104 0.015 163 Q 0.005 0.003 0.260 0.588 0.015 0.089 0.039 164 L 0.014 0.006 0.075 0.758 0.017 0.072 0.058 165 Q 0.060 0.012 0.072 0.651 0.040 0.053 0.111 166 K 0.157 0.008 0.080 0.553 0.058 0.071 0.071 167 T 0.239 0.010 0.050 0.451 0.051 0.115 0.084 168 M 0.398 0.029 0.037 0.234 0.052 0.074 0.175 169 F 0.449 0.030 0.019 0.101 0.145 0.032 0.223 170 P 0.259 0.026 0.030 0.068 0.055 0.043 0.518 171 L 0.028 0.008 0.396 0.203 0.042 0.145 0.179 172 G 0.020 0.004 0.386 0.092 0.094 0.317 0.087 173 H 0.021 0.007 0.318 0.044 0.109 0.293 0.207 174 L 0.041 0.061 0.012 0.040 0.213 0.035 0.598 175 E 0.025 0.017 0.006 0.032 0.079 0.020 0.822 176 K 0.003 0.001 0.023 0.904 0.013 0.016 0.041 177 P 0.001 0.001 0.018 0.966 0.002 0.008 0.005 178 E 0.001 0.001 0.026 0.963 0.001 0.004 0.004 179 V 0.003 0.001 0.016 0.970 0.001 0.006 0.004 180 R 0.006 0.001 0.022 0.949 0.003 0.014 0.004 181 R 0.010 0.001 0.032 0.865 0.006 0.078 0.008 182 L 0.012 0.003 0.032 0.745 0.014 0.129 0.065 183 A 0.018 0.007 0.025 0.311 0.095 0.056 0.487