# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1900 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.322 0.205 0.222 0.127 0.042 0.032 0.017 0.007 0.022 0.004 0.002 2 S 0.354 0.257 0.214 0.059 0.048 0.024 0.011 0.005 0.019 0.007 0.001 3 D 0.336 0.107 0.167 0.236 0.012 0.064 0.033 0.003 0.039 0.001 0.002 4 N 0.173 0.178 0.196 0.254 0.026 0.056 0.033 0.004 0.078 0.002 0.001 5 S 0.161 0.043 0.152 0.245 0.037 0.037 0.241 0.030 0.015 0.038 0.001 6 K 0.103 0.073 0.098 0.319 0.061 0.019 0.180 0.122 0.010 0.014 0.001 7 T 0.041 0.456 0.302 0.105 0.057 0.014 0.007 0.002 0.014 0.001 0.001 8 R 0.004 0.523 0.366 0.007 0.066 0.017 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 9 V 0.001 0.832 0.129 0.001 0.021 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 10 V 0.001 0.771 0.192 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 11 V 0.001 0.841 0.108 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 12 G 0.002 0.780 0.107 0.001 0.036 0.041 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 13 M 0.015 0.647 0.162 0.019 0.078 0.044 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 14 S 0.020 0.316 0.157 0.028 0.416 0.023 0.007 0.002 0.013 0.016 0.001 15 G 0.085 0.059 0.138 0.217 0.221 0.017 0.069 0.054 0.025 0.114 0.002 16 G 0.076 0.034 0.301 0.024 0.165 0.022 0.025 0.074 0.010 0.261 0.008 17 V 0.781 0.020 0.024 0.135 0.003 0.015 0.009 0.005 0.003 0.003 0.001 18 D 0.791 0.019 0.051 0.072 0.010 0.021 0.016 0.004 0.008 0.007 0.001 19 S 0.982 0.001 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.938 0.002 0.004 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.251 0.003 0.018 0.723 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.009 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.191 0.758 0.001 0.027 0.001 31 Y 0.078 0.195 0.575 0.058 0.042 0.030 0.008 0.002 0.008 0.005 0.001 32 D 0.070 0.171 0.382 0.121 0.024 0.143 0.048 0.005 0.032 0.001 0.002 33 V 0.011 0.534 0.375 0.003 0.018 0.041 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 34 I 0.181 0.547 0.085 0.109 0.022 0.026 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 35 G 0.012 0.494 0.211 0.005 0.258 0.010 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 36 I 0.008 0.864 0.042 0.003 0.051 0.009 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 37 F 0.016 0.627 0.199 0.007 0.029 0.071 0.002 0.001 0.047 0.001 0.001 38 M 0.062 0.500 0.201 0.036 0.084 0.064 0.005 0.001 0.044 0.002 0.001 39 K 0.097 0.421 0.243 0.030 0.079 0.069 0.018 0.002 0.037 0.003 0.001 40 N 0.123 0.212 0.209 0.114 0.049 0.111 0.094 0.004 0.074 0.002 0.006 41 W 0.194 0.284 0.220 0.101 0.102 0.044 0.014 0.008 0.026 0.005 0.002 42 D 0.213 0.235 0.176 0.132 0.066 0.081 0.035 0.012 0.039 0.012 0.001 43 D 0.242 0.200 0.139 0.236 0.051 0.049 0.027 0.008 0.041 0.006 0.001 44 T 0.176 0.121 0.157 0.224 0.032 0.136 0.059 0.008 0.081 0.005 0.001 45 D 0.407 0.053 0.129 0.195 0.021 0.056 0.091 0.013 0.026 0.009 0.001 46 E 0.555 0.029 0.048 0.256 0.007 0.027 0.051 0.012 0.010 0.002 0.002 47 N 0.224 0.039 0.074 0.578 0.012 0.008 0.049 0.006 0.009 0.001 0.001 48 G 0.072 0.013 0.072 0.052 0.051 0.005 0.228 0.401 0.003 0.103 0.001 49 V 0.301 0.239 0.256 0.140 0.022 0.021 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 50 C 0.219 0.182 0.349 0.108 0.039 0.054 0.018 0.006 0.018 0.007 0.001 51 T 0.142 0.257 0.290 0.161 0.065 0.037 0.016 0.004 0.024 0.003 0.001 52 A 0.182 0.164 0.433 0.047 0.100 0.018 0.010 0.007 0.013 0.026 0.001 53 T 0.601 0.062 0.175 0.078 0.031 0.022 0.008 0.006 0.008 0.006 0.002 54 E 0.833 0.015 0.049 0.060 0.016 0.004 0.007 0.009 0.002 0.005 0.001 55 D 0.696 0.021 0.101 0.084 0.013 0.039 0.008 0.004 0.026 0.008 0.001 56 Y 0.976 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.988 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.980 0.001 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.123 0.001 0.002 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.552 0.442 0.001 0.002 0.001 68 I 0.001 0.286 0.658 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 69 P 0.008 0.009 0.856 0.001 0.001 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 70 Y 0.028 0.644 0.160 0.016 0.095 0.026 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 71 Y 0.011 0.818 0.063 0.004 0.049 0.021 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 72 S 0.014 0.434 0.461 0.010 0.013 0.054 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 73 V 0.031 0.702 0.115 0.017 0.056 0.039 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 74 N 0.013 0.116 0.358 0.013 0.044 0.328 0.014 0.001 0.108 0.003 0.001 75 F 0.666 0.022 0.030 0.228 0.007 0.020 0.013 0.004 0.008 0.001 0.001 76 E 0.755 0.046 0.100 0.068 0.008 0.009 0.004 0.002 0.005 0.003 0.001 77 K 0.915 0.007 0.019 0.036 0.003 0.005 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 78 E 0.920 0.007 0.020 0.039 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 79 Y 0.899 0.006 0.009 0.068 0.002 0.005 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 80 W 0.965 0.005 0.009 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.970 0.002 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.909 0.004 0.006 0.070 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 83 V 0.913 0.007 0.009 0.062 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 84 F 0.911 0.019 0.025 0.029 0.003 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 85 E 0.935 0.006 0.014 0.030 0.002 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.923 0.010 0.013 0.047 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 87 F 0.913 0.014 0.021 0.035 0.001 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 88 L 0.952 0.009 0.018 0.011 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 89 A 0.973 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.899 0.005 0.009 0.081 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.728 0.031 0.072 0.136 0.006 0.010 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 92 R 0.714 0.051 0.069 0.086 0.008 0.016 0.034 0.005 0.012 0.004 0.001 93 A 0.259 0.043 0.192 0.410 0.013 0.011 0.050 0.005 0.012 0.003 0.001 94 G 0.024 0.003 0.017 0.023 0.016 0.001 0.170 0.701 0.001 0.044 0.001 95 R 0.135 0.253 0.336 0.175 0.028 0.045 0.011 0.002 0.013 0.002 0.001 96 T 0.005 0.328 0.415 0.001 0.035 0.017 0.009 0.001 0.188 0.001 0.001 97 P 0.434 0.004 0.426 0.026 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 98 N 0.039 0.174 0.363 0.021 0.066 0.082 0.010 0.001 0.242 0.001 0.001 99 P 0.591 0.018 0.296 0.057 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 100 D 0.495 0.072 0.190 0.154 0.021 0.029 0.009 0.010 0.018 0.003 0.001 101 V 0.378 0.265 0.177 0.078 0.036 0.031 0.005 0.003 0.025 0.002 0.001 102 M 0.473 0.075 0.277 0.095 0.005 0.049 0.010 0.002 0.011 0.002 0.001 103 C 0.421 0.107 0.150 0.172 0.052 0.023 0.028 0.014 0.019 0.013 0.001 104 N 0.518 0.023 0.165 0.072 0.027 0.035 0.093 0.030 0.010 0.026 0.001 105 K 0.927 0.005 0.012 0.038 0.001 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 106 E 0.941 0.008 0.009 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.954 0.017 0.010 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.974 0.007 0.006 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.259 0.001 0.005 0.734 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.193 0.800 0.001 0.004 0.001 121 A 0.003 0.030 0.914 0.001 0.005 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 122 D 0.748 0.001 0.003 0.248 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.006 0.629 0.008 0.002 0.350 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 124 V 0.019 0.899 0.036 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 125 A 0.052 0.656 0.107 0.010 0.084 0.051 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 126 T 0.083 0.574 0.087 0.055 0.094 0.052 0.004 0.001 0.048 0.002 0.001 127 G 0.187 0.164 0.181 0.064 0.245 0.032 0.030 0.041 0.016 0.039 0.001 128 H 0.316 0.274 0.133 0.127 0.076 0.031 0.021 0.002 0.013 0.005 0.001 129 Y 0.235 0.279 0.209 0.111 0.050 0.053 0.024 0.006 0.029 0.003 0.001 130 A 0.409 0.204 0.191 0.049 0.067 0.018 0.028 0.006 0.014 0.013 0.001 131 R 0.560 0.065 0.122 0.114 0.022 0.044 0.043 0.010 0.016 0.003 0.001 132 V 0.511 0.167 0.120 0.129 0.019 0.027 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 133 A 0.400 0.290 0.127 0.097 0.033 0.027 0.006 0.002 0.017 0.001 0.001 134 R 0.267 0.339 0.194 0.099 0.034 0.038 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 135 D 0.233 0.225 0.285 0.116 0.063 0.036 0.012 0.004 0.021 0.005 0.001 136 E 0.476 0.169 0.062 0.158 0.054 0.016 0.016 0.012 0.024 0.014 0.001 137 D 0.134 0.031 0.104 0.310 0.025 0.011 0.337 0.012 0.020 0.013 0.001 138 G 0.017 0.003 0.024 0.016 0.027 0.001 0.076 0.776 0.001 0.060 0.001 139 T 0.126 0.425 0.326 0.046 0.039 0.019 0.004 0.001 0.012 0.002 0.001 140 V 0.074 0.421 0.408 0.013 0.017 0.038 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 141 H 0.200 0.460 0.164 0.052 0.024 0.059 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 142 M 0.189 0.279 0.337 0.064 0.055 0.039 0.012 0.002 0.022 0.001 0.001 143 L 0.209 0.316 0.270 0.038 0.047 0.048 0.018 0.003 0.044 0.003 0.003 144 R 0.257 0.150 0.391 0.116 0.024 0.021 0.014 0.003 0.021 0.002 0.001 145 G 0.144 0.022 0.158 0.032 0.099 0.007 0.032 0.242 0.003 0.262 0.001 146 V 0.451 0.183 0.175 0.137 0.021 0.016 0.003 0.001 0.009 0.003 0.001 147 D 0.380 0.109 0.133 0.159 0.054 0.034 0.069 0.015 0.024 0.022 0.001 148 N 0.272 0.067 0.142 0.329 0.040 0.022 0.090 0.014 0.018 0.005 0.001 149 G 0.194 0.050 0.173 0.104 0.081 0.014 0.096 0.211 0.009 0.067 0.002 150 K 0.433 0.175 0.223 0.088 0.022 0.027 0.011 0.002 0.016 0.003 0.001 151 D 0.187 0.118 0.339 0.101 0.037 0.088 0.066 0.006 0.052 0.004 0.001 152 Q 0.481 0.096 0.166 0.144 0.035 0.030 0.024 0.008 0.012 0.003 0.001 153 T 0.406 0.198 0.148 0.181 0.025 0.021 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 154 Y 0.391 0.193 0.172 0.108 0.059 0.017 0.021 0.006 0.025 0.009 0.001 155 F 0.264 0.081 0.275 0.090 0.028 0.130 0.074 0.007 0.044 0.004 0.003 156 L 0.497 0.099 0.116 0.237 0.010 0.020 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 157 S 0.517 0.084 0.206 0.081 0.045 0.015 0.019 0.013 0.007 0.011 0.001 158 Q 0.357 0.117 0.177 0.218 0.033 0.033 0.027 0.013 0.020 0.004 0.001 159 L 0.155 0.254 0.415 0.077 0.025 0.035 0.009 0.001 0.026 0.002 0.001 160 S 0.077 0.113 0.619 0.021 0.056 0.064 0.007 0.002 0.027 0.011 0.001 161 Q 0.924 0.003 0.009 0.046 0.002 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 162 E 0.885 0.005 0.012 0.085 0.002 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 163 Q 0.766 0.011 0.021 0.185 0.002 0.004 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 164 L 0.570 0.022 0.091 0.175 0.006 0.030 0.086 0.008 0.009 0.002 0.001 165 Q 0.551 0.118 0.167 0.083 0.036 0.012 0.014 0.006 0.008 0.004 0.001 166 K 0.552 0.129 0.204 0.044 0.025 0.020 0.011 0.003 0.009 0.002 0.001 167 T 0.480 0.281 0.136 0.056 0.016 0.020 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 168 M 0.350 0.279 0.184 0.100 0.014 0.041 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 169 F 0.131 0.333 0.263 0.003 0.049 0.011 0.015 0.001 0.188 0.007 0.001 170 P 0.441 0.005 0.420 0.006 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 171 L 0.375 0.040 0.236 0.280 0.005 0.036 0.012 0.003 0.010 0.001 0.003 172 G 0.177 0.041 0.104 0.091 0.114 0.004 0.116 0.215 0.003 0.135 0.001 173 H 0.097 0.079 0.141 0.360 0.026 0.079 0.173 0.013 0.027 0.003 0.001 174 L 0.006 0.357 0.546 0.010 0.029 0.030 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 175 E 0.003 0.075 0.814 0.003 0.006 0.087 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 176 K 0.574 0.066 0.295 0.004 0.023 0.010 0.001 0.002 0.019 0.005 0.001 177 P 0.996 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 E 0.979 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 V 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 R 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 R 0.977 0.003 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.668 0.004 0.012 0.308 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 183 A 0.462 0.056 0.268 0.083 0.025 0.017 0.031 0.021 0.023 0.015 0.001