# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1900 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.192 0.100 0.033 0.011 0.196 0.015 0.030 0.152 0.106 0.103 0.063 2 S 0.059 0.230 0.112 0.037 0.182 0.054 0.052 0.148 0.072 0.034 0.018 3 D 0.156 0.095 0.044 0.017 0.153 0.017 0.053 0.151 0.086 0.140 0.088 4 N 0.095 0.117 0.087 0.062 0.117 0.029 0.028 0.083 0.111 0.197 0.076 5 S 0.029 0.093 0.082 0.081 0.064 0.066 0.107 0.214 0.184 0.063 0.017 6 K 0.046 0.040 0.022 0.011 0.052 0.014 0.053 0.111 0.196 0.367 0.089 7 T 0.083 0.284 0.078 0.014 0.266 0.010 0.024 0.031 0.037 0.126 0.047 8 R 0.272 0.087 0.009 0.002 0.599 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.021 9 V 0.152 0.074 0.003 0.001 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 V 0.224 0.028 0.001 0.001 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 11 V 0.248 0.042 0.003 0.003 0.654 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.038 12 G 0.301 0.084 0.014 0.008 0.398 0.010 0.012 0.007 0.003 0.027 0.135 13 M 0.251 0.109 0.040 0.021 0.278 0.011 0.014 0.013 0.012 0.078 0.174 14 S 0.096 0.193 0.106 0.088 0.212 0.050 0.033 0.036 0.030 0.092 0.063 15 G 0.032 0.074 0.083 0.218 0.043 0.109 0.064 0.045 0.084 0.204 0.043 16 G 0.040 0.062 0.129 0.176 0.060 0.084 0.042 0.098 0.087 0.169 0.052 17 V 0.016 0.042 0.029 0.017 0.031 0.035 0.075 0.445 0.227 0.067 0.016 18 D 0.024 0.054 0.032 0.011 0.040 0.011 0.036 0.533 0.171 0.068 0.019 19 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.754 0.221 0.011 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.068 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.046 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.041 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.877 0.108 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.105 0.820 0.057 0.010 0.001 29 Q 0.001 0.630 0.323 0.009 0.026 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 30 G 0.046 0.005 0.005 0.013 0.005 0.004 0.002 0.005 0.009 0.404 0.500 31 Y 0.031 0.580 0.123 0.006 0.191 0.003 0.005 0.017 0.015 0.018 0.010 32 D 0.188 0.133 0.019 0.003 0.487 0.006 0.017 0.035 0.030 0.035 0.048 33 V 0.514 0.051 0.007 0.002 0.365 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.050 34 I 0.134 0.086 0.023 0.090 0.420 0.075 0.091 0.024 0.011 0.017 0.029 35 G 0.254 0.094 0.024 0.013 0.576 0.005 0.002 0.002 0.001 0.006 0.023 36 I 0.219 0.092 0.005 0.002 0.656 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 37 F 0.330 0.052 0.005 0.001 0.537 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.065 38 M 0.361 0.089 0.018 0.008 0.380 0.008 0.006 0.006 0.008 0.024 0.092 39 K 0.167 0.143 0.033 0.032 0.295 0.058 0.091 0.046 0.035 0.047 0.051 40 N 0.250 0.145 0.076 0.009 0.295 0.005 0.010 0.027 0.022 0.080 0.082 41 W 0.120 0.203 0.060 0.048 0.212 0.043 0.045 0.054 0.068 0.093 0.053 42 D 0.096 0.198 0.209 0.084 0.224 0.041 0.025 0.039 0.023 0.031 0.030 43 D 0.081 0.127 0.037 0.014 0.189 0.025 0.064 0.188 0.103 0.114 0.057 44 T 0.070 0.141 0.095 0.023 0.226 0.016 0.033 0.070 0.058 0.218 0.051 45 D 0.060 0.096 0.220 0.034 0.069 0.017 0.045 0.252 0.121 0.056 0.030 46 E 0.012 0.026 0.027 0.021 0.016 0.046 0.184 0.426 0.137 0.091 0.014 47 N 0.007 0.564 0.201 0.065 0.061 0.008 0.019 0.015 0.010 0.037 0.011 48 G 0.027 0.023 0.058 0.067 0.017 0.022 0.005 0.021 0.037 0.510 0.213 49 V 0.062 0.326 0.100 0.007 0.249 0.007 0.023 0.105 0.066 0.039 0.017 50 C 0.136 0.243 0.086 0.009 0.246 0.007 0.024 0.077 0.053 0.055 0.064 51 T 0.059 0.332 0.257 0.032 0.130 0.011 0.018 0.051 0.039 0.043 0.027 52 A 0.044 0.216 0.085 0.015 0.101 0.016 0.032 0.249 0.155 0.060 0.027 53 T 0.034 0.111 0.057 0.013 0.051 0.015 0.025 0.218 0.278 0.154 0.045 54 E 0.018 0.120 0.065 0.015 0.046 0.016 0.049 0.374 0.183 0.097 0.018 55 D 0.037 0.259 0.066 0.003 0.073 0.002 0.009 0.345 0.074 0.114 0.019 56 Y 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.788 0.173 0.014 0.003 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.946 0.041 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.026 0.006 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.045 0.006 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.007 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.032 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.865 0.127 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.871 0.056 0.006 0.001 66 I 0.001 0.765 0.199 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.098 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.289 0.601 68 I 0.005 0.728 0.166 0.001 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 P 0.218 0.152 0.028 0.009 0.452 0.009 0.024 0.023 0.011 0.015 0.059 70 Y 0.233 0.182 0.028 0.007 0.472 0.013 0.012 0.006 0.012 0.009 0.027 71 Y 0.095 0.137 0.011 0.001 0.711 0.002 0.003 0.007 0.004 0.005 0.024 72 S 0.395 0.043 0.008 0.001 0.486 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.051 73 V 0.071 0.340 0.075 0.020 0.314 0.028 0.046 0.024 0.009 0.028 0.044 74 N 0.291 0.190 0.035 0.001 0.420 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.056 75 F 0.037 0.025 0.005 0.002 0.030 0.003 0.002 0.219 0.484 0.151 0.042 76 E 0.008 0.097 0.049 0.015 0.025 0.015 0.030 0.487 0.222 0.049 0.003 77 K 0.008 0.016 0.005 0.004 0.015 0.005 0.027 0.800 0.098 0.018 0.005 78 E 0.007 0.020 0.010 0.005 0.016 0.009 0.043 0.772 0.081 0.030 0.005 79 Y 0.011 0.008 0.004 0.002 0.008 0.004 0.006 0.778 0.097 0.070 0.012 80 W 0.006 0.009 0.002 0.002 0.010 0.002 0.003 0.781 0.161 0.021 0.004 81 D 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.006 0.036 0.841 0.094 0.009 0.002 82 R 0.002 0.006 0.005 0.002 0.005 0.003 0.046 0.769 0.105 0.053 0.002 83 V 0.018 0.010 0.004 0.002 0.014 0.004 0.021 0.736 0.130 0.051 0.010 84 F 0.011 0.031 0.009 0.009 0.022 0.013 0.025 0.657 0.155 0.059 0.009 85 E 0.021 0.034 0.014 0.008 0.046 0.014 0.045 0.627 0.125 0.052 0.014 86 Y 0.035 0.060 0.032 0.007 0.053 0.010 0.042 0.589 0.090 0.064 0.018 87 F 0.042 0.048 0.021 0.007 0.047 0.004 0.015 0.574 0.111 0.107 0.023 88 L 0.020 0.062 0.015 0.004 0.040 0.003 0.009 0.656 0.149 0.033 0.008 89 A 0.002 0.011 0.004 0.001 0.006 0.003 0.013 0.813 0.138 0.007 0.002 90 E 0.004 0.011 0.006 0.002 0.014 0.005 0.044 0.800 0.086 0.026 0.002 91 Y 0.030 0.056 0.031 0.003 0.034 0.005 0.030 0.604 0.122 0.071 0.014 92 R 0.025 0.030 0.037 0.017 0.025 0.017 0.032 0.526 0.165 0.103 0.023 93 A 0.003 0.398 0.168 0.063 0.038 0.061 0.100 0.120 0.035 0.012 0.002 94 G 0.018 0.012 0.017 0.033 0.012 0.010 0.016 0.040 0.056 0.614 0.173 95 R 0.099 0.251 0.118 0.013 0.237 0.013 0.044 0.066 0.054 0.069 0.036 96 T 0.045 0.467 0.146 0.004 0.283 0.002 0.005 0.024 0.009 0.007 0.007 97 P 0.046 0.261 0.232 0.037 0.124 0.038 0.077 0.066 0.049 0.047 0.022 98 N 0.239 0.178 0.083 0.006 0.335 0.004 0.011 0.024 0.012 0.021 0.087 99 P 0.028 0.090 0.023 0.003 0.082 0.004 0.008 0.278 0.363 0.099 0.022 100 D 0.038 0.046 0.014 0.004 0.057 0.012 0.053 0.384 0.187 0.185 0.019 101 V 0.040 0.071 0.018 0.005 0.105 0.004 0.017 0.537 0.147 0.043 0.012 102 M 0.039 0.049 0.019 0.007 0.057 0.013 0.038 0.626 0.085 0.049 0.019 103 C 0.018 0.046 0.023 0.010 0.028 0.008 0.018 0.481 0.166 0.180 0.021 104 N 0.017 0.060 0.020 0.004 0.042 0.005 0.010 0.695 0.119 0.019 0.009 105 K 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.013 0.779 0.166 0.020 0.003 106 E 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.025 0.871 0.065 0.020 0.001 107 I 0.021 0.037 0.007 0.001 0.029 0.002 0.008 0.787 0.072 0.027 0.010 108 K 0.014 0.012 0.006 0.002 0.011 0.002 0.007 0.827 0.073 0.034 0.013 109 F 0.003 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.882 0.086 0.008 0.002 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.033 0.902 0.053 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.936 0.048 0.009 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.074 0.011 0.001 113 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.035 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.010 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.009 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.023 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.837 0.156 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.917 0.038 0.003 0.001 119 L 0.001 0.481 0.469 0.001 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.274 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.660 121 A 0.271 0.125 0.013 0.001 0.464 0.001 0.001 0.006 0.011 0.023 0.084 122 D 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.242 0.538 0.157 0.038 0.005 0.001 123 Y 0.147 0.148 0.017 0.003 0.662 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.007 124 V 0.252 0.024 0.001 0.001 0.680 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.032 125 A 0.257 0.047 0.011 0.005 0.496 0.004 0.004 0.009 0.003 0.033 0.130 126 T 0.117 0.102 0.022 0.031 0.149 0.022 0.027 0.019 0.015 0.271 0.225 127 G 0.085 0.113 0.086 0.142 0.105 0.077 0.033 0.022 0.028 0.234 0.076 128 H 0.132 0.153 0.089 0.029 0.214 0.021 0.042 0.094 0.061 0.086 0.079 129 Y 0.081 0.234 0.137 0.040 0.130 0.019 0.021 0.096 0.075 0.128 0.038 130 A 0.036 0.174 0.108 0.053 0.109 0.044 0.050 0.233 0.139 0.041 0.013 131 R 0.085 0.050 0.022 0.017 0.094 0.024 0.064 0.261 0.163 0.138 0.082 132 V 0.129 0.062 0.025 0.005 0.148 0.006 0.023 0.211 0.137 0.193 0.060 133 A 0.116 0.107 0.026 0.003 0.210 0.006 0.022 0.263 0.131 0.083 0.033 134 R 0.068 0.231 0.040 0.006 0.309 0.013 0.026 0.166 0.065 0.057 0.018 135 D 0.208 0.121 0.144 0.009 0.153 0.005 0.034 0.203 0.039 0.032 0.051 136 E 0.027 0.031 0.048 0.104 0.026 0.135 0.121 0.312 0.106 0.067 0.023 137 D 0.005 0.321 0.157 0.319 0.031 0.058 0.057 0.036 0.008 0.006 0.003 138 G 0.011 0.009 0.017 0.035 0.005 0.006 0.003 0.012 0.023 0.714 0.166 139 T 0.015 0.521 0.140 0.014 0.139 0.009 0.013 0.088 0.032 0.026 0.003 140 V 0.440 0.056 0.008 0.002 0.350 0.002 0.004 0.026 0.014 0.013 0.084 141 H 0.145 0.149 0.035 0.033 0.307 0.054 0.075 0.079 0.035 0.035 0.052 142 M 0.267 0.137 0.033 0.005 0.329 0.004 0.008 0.069 0.028 0.051 0.066 143 L 0.241 0.134 0.083 0.017 0.256 0.013 0.019 0.076 0.030 0.060 0.071 144 R 0.054 0.228 0.123 0.070 0.131 0.076 0.076 0.102 0.049 0.060 0.030 145 G 0.118 0.110 0.115 0.071 0.123 0.027 0.036 0.138 0.053 0.109 0.098 146 V 0.076 0.078 0.042 0.052 0.076 0.074 0.084 0.183 0.125 0.148 0.062 147 D 0.055 0.124 0.096 0.141 0.105 0.087 0.063 0.167 0.071 0.060 0.032 148 N 0.030 0.075 0.071 0.055 0.045 0.041 0.058 0.195 0.162 0.235 0.033 149 G 0.044 0.105 0.093 0.056 0.075 0.033 0.038 0.209 0.083 0.218 0.045 150 K 0.081 0.146 0.048 0.020 0.138 0.024 0.035 0.201 0.115 0.137 0.056 151 D 0.168 0.115 0.055 0.014 0.265 0.015 0.034 0.164 0.049 0.053 0.068 152 Q 0.082 0.089 0.026 0.009 0.123 0.009 0.015 0.306 0.167 0.143 0.033 153 T 0.078 0.094 0.040 0.018 0.131 0.018 0.040 0.324 0.129 0.102 0.026 154 Y 0.055 0.137 0.046 0.018 0.143 0.024 0.046 0.400 0.086 0.030 0.015 155 F 0.102 0.083 0.029 0.011 0.178 0.012 0.036 0.330 0.075 0.090 0.055 156 L 0.093 0.076 0.019 0.011 0.119 0.017 0.039 0.283 0.152 0.138 0.053 157 S 0.056 0.124 0.054 0.019 0.134 0.021 0.048 0.281 0.138 0.092 0.032 158 Q 0.087 0.105 0.047 0.006 0.101 0.009 0.034 0.203 0.112 0.248 0.048 159 L 0.056 0.407 0.163 0.023 0.161 0.010 0.021 0.059 0.021 0.051 0.029 160 S 0.012 0.577 0.313 0.007 0.059 0.001 0.001 0.018 0.004 0.006 0.002 161 Q 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.701 0.268 0.012 0.001 162 E 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.874 0.090 0.013 0.002 163 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.871 0.069 0.034 0.001 164 L 0.007 0.006 0.003 0.001 0.008 0.002 0.004 0.819 0.091 0.054 0.004 165 Q 0.006 0.026 0.011 0.004 0.021 0.004 0.009 0.746 0.123 0.047 0.003 166 K 0.014 0.041 0.013 0.002 0.043 0.006 0.044 0.704 0.096 0.033 0.004 167 T 0.036 0.041 0.010 0.004 0.079 0.004 0.043 0.606 0.094 0.067 0.015 168 M 0.062 0.074 0.026 0.015 0.123 0.024 0.078 0.318 0.142 0.112 0.027 169 F 0.077 0.170 0.122 0.017 0.158 0.010 0.046 0.292 0.066 0.019 0.022 170 P 0.025 0.193 0.100 0.012 0.084 0.014 0.040 0.363 0.121 0.037 0.012 171 L 0.031 0.076 0.023 0.015 0.055 0.020 0.064 0.262 0.293 0.138 0.023 172 G 0.013 0.095 0.054 0.044 0.037 0.051 0.096 0.327 0.202 0.066 0.014 173 H 0.072 0.068 0.029 0.005 0.087 0.017 0.040 0.101 0.109 0.373 0.098 174 L 0.109 0.308 0.080 0.005 0.262 0.004 0.015 0.064 0.041 0.072 0.040 175 E 0.010 0.447 0.368 0.009 0.039 0.004 0.005 0.028 0.018 0.065 0.007 176 K 0.008 0.043 0.026 0.002 0.029 0.001 0.004 0.762 0.121 0.003 0.003 177 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.060 0.001 0.001 178 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.052 0.019 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.050 0.009 0.001 180 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.881 0.106 0.005 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.922 0.033 0.008 0.001 182 L 0.002 0.006 0.005 0.004 0.005 0.008 0.059 0.724 0.126 0.060 0.003 183 A 0.021 0.035 0.014 0.008 0.028 0.010 0.032 0.630 0.154 0.056 0.013