# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1900 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.639 0.209 0.085 0.046 0.017 0.004 0.001 2 S 0.588 0.269 0.099 0.034 0.009 0.001 0.001 3 D 0.665 0.236 0.070 0.024 0.004 0.001 0.001 4 N 0.378 0.269 0.199 0.120 0.032 0.002 0.001 5 S 0.639 0.255 0.081 0.021 0.003 0.001 0.001 6 K 0.355 0.410 0.183 0.048 0.005 0.001 0.001 7 T 0.037 0.309 0.356 0.234 0.058 0.005 0.001 8 R 0.001 0.005 0.050 0.314 0.500 0.128 0.003 9 V 0.001 0.001 0.001 0.013 0.134 0.674 0.178 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.296 0.685 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 0.939 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.955 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.109 0.882 14 S 0.001 0.001 0.001 0.010 0.063 0.291 0.634 15 G 0.001 0.002 0.007 0.034 0.121 0.401 0.435 16 G 0.001 0.005 0.021 0.086 0.245 0.420 0.223 17 V 0.001 0.004 0.020 0.086 0.240 0.410 0.238 18 D 0.001 0.001 0.003 0.011 0.053 0.334 0.597 19 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.035 0.210 0.743 20 S 0.001 0.001 0.003 0.014 0.064 0.261 0.658 21 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.222 0.738 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.129 0.864 23 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.279 0.677 24 L 0.001 0.002 0.016 0.065 0.191 0.408 0.318 25 L 0.001 0.001 0.005 0.049 0.243 0.550 0.151 26 L 0.001 0.001 0.003 0.023 0.174 0.673 0.126 27 K 0.004 0.064 0.228 0.410 0.249 0.044 0.002 28 E 0.122 0.450 0.302 0.099 0.024 0.003 0.001 29 Q 0.071 0.251 0.367 0.242 0.060 0.008 0.001 30 G 0.274 0.392 0.193 0.098 0.035 0.008 0.001 31 Y 0.016 0.071 0.203 0.345 0.292 0.070 0.003 32 D 0.060 0.232 0.286 0.247 0.125 0.044 0.007 33 V 0.002 0.006 0.016 0.063 0.215 0.527 0.171 34 I 0.001 0.003 0.013 0.061 0.200 0.459 0.264 35 G 0.001 0.002 0.007 0.020 0.072 0.325 0.574 36 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.201 0.767 37 F 0.001 0.001 0.003 0.015 0.066 0.264 0.651 38 M 0.001 0.002 0.006 0.020 0.075 0.290 0.607 39 K 0.002 0.012 0.034 0.107 0.224 0.384 0.237 40 N 0.005 0.025 0.057 0.124 0.225 0.356 0.208 41 W 0.010 0.026 0.053 0.150 0.286 0.348 0.129 42 D 0.128 0.172 0.179 0.198 0.162 0.121 0.040 43 D 0.143 0.198 0.200 0.219 0.143 0.079 0.018 44 T 0.351 0.272 0.167 0.108 0.062 0.031 0.008 45 D 0.248 0.210 0.197 0.176 0.108 0.048 0.012 46 E 0.410 0.244 0.147 0.096 0.056 0.035 0.012 47 N 0.250 0.205 0.174 0.150 0.116 0.079 0.027 48 G 0.286 0.191 0.169 0.159 0.112 0.064 0.017 49 V 0.127 0.140 0.142 0.180 0.189 0.172 0.050 50 C 0.080 0.101 0.148 0.210 0.227 0.171 0.063 51 T 0.094 0.165 0.197 0.220 0.186 0.114 0.024 52 A 0.113 0.232 0.256 0.223 0.122 0.047 0.007 53 T 0.415 0.283 0.152 0.086 0.045 0.016 0.002 54 E 0.408 0.370 0.151 0.051 0.016 0.004 0.001 55 D 0.094 0.209 0.237 0.270 0.149 0.039 0.002 56 Y 0.012 0.072 0.208 0.399 0.248 0.060 0.002 57 K 0.231 0.542 0.186 0.034 0.006 0.001 0.001 58 D 0.016 0.134 0.359 0.366 0.110 0.015 0.001 59 V 0.001 0.001 0.005 0.056 0.378 0.532 0.029 60 V 0.004 0.082 0.346 0.411 0.137 0.020 0.001 61 A 0.077 0.615 0.248 0.052 0.007 0.001 0.001 62 V 0.002 0.019 0.097 0.377 0.405 0.099 0.001 63 A 0.004 0.018 0.091 0.322 0.450 0.113 0.002 64 D 0.299 0.528 0.147 0.023 0.002 0.001 0.001 65 Q 0.352 0.424 0.174 0.044 0.005 0.001 0.001 66 I 0.011 0.051 0.173 0.359 0.316 0.088 0.003 67 G 0.167 0.431 0.259 0.106 0.029 0.007 0.001 68 I 0.021 0.043 0.123 0.293 0.379 0.132 0.008 69 P 0.069 0.297 0.341 0.195 0.071 0.024 0.003 70 Y 0.014 0.035 0.068 0.172 0.349 0.325 0.036 71 Y 0.022 0.071 0.161 0.282 0.297 0.151 0.017 72 S 0.020 0.070 0.134 0.243 0.293 0.214 0.026 73 V 0.027 0.068 0.133 0.261 0.286 0.197 0.027 74 N 0.076 0.294 0.287 0.199 0.095 0.042 0.007 75 F 0.017 0.044 0.119 0.296 0.351 0.161 0.013 76 E 0.223 0.368 0.234 0.114 0.045 0.014 0.002 77 K 0.515 0.306 0.118 0.043 0.013 0.004 0.001 78 E 0.279 0.367 0.217 0.097 0.032 0.008 0.001 79 Y 0.054 0.111 0.190 0.308 0.257 0.076 0.004 80 W 0.070 0.144 0.236 0.315 0.182 0.049 0.003 81 D 0.338 0.411 0.176 0.058 0.014 0.003 0.001 82 R 0.107 0.219 0.301 0.253 0.098 0.020 0.001 83 V 0.022 0.023 0.049 0.164 0.371 0.344 0.027 84 F 0.035 0.112 0.256 0.336 0.198 0.058 0.004 85 E 0.285 0.384 0.194 0.089 0.033 0.013 0.002 86 Y 0.033 0.094 0.173 0.277 0.264 0.142 0.016 87 F 0.029 0.070 0.142 0.244 0.279 0.208 0.028 88 L 0.060 0.155 0.217 0.249 0.202 0.102 0.014 89 A 0.258 0.297 0.210 0.135 0.067 0.026 0.007 90 E 0.225 0.286 0.196 0.143 0.086 0.054 0.011 91 Y 0.071 0.132 0.214 0.280 0.207 0.089 0.006 92 R 0.238 0.292 0.235 0.151 0.066 0.015 0.002 93 A 0.538 0.243 0.124 0.064 0.024 0.006 0.001 94 G 0.557 0.223 0.106 0.065 0.033 0.014 0.002 95 R 0.253 0.240 0.211 0.172 0.086 0.034 0.004 96 T 0.192 0.198 0.194 0.206 0.141 0.061 0.008 97 P 0.105 0.108 0.133 0.209 0.233 0.174 0.037 98 N 0.094 0.119 0.144 0.176 0.182 0.191 0.094 99 P 0.043 0.052 0.075 0.124 0.174 0.279 0.254 100 D 0.033 0.062 0.088 0.137 0.172 0.238 0.270 101 V 0.033 0.060 0.078 0.113 0.165 0.284 0.268 102 M 0.032 0.049 0.061 0.103 0.188 0.305 0.263 103 C 0.013 0.017 0.032 0.078 0.176 0.377 0.307 104 N 0.011 0.033 0.078 0.186 0.275 0.313 0.102 105 K 0.035 0.146 0.208 0.242 0.200 0.131 0.038 106 E 0.036 0.150 0.211 0.222 0.198 0.151 0.033 107 I 0.010 0.022 0.057 0.158 0.346 0.341 0.067 108 K 0.013 0.064 0.118 0.181 0.243 0.292 0.089 109 F 0.003 0.015 0.039 0.138 0.329 0.410 0.065 110 K 0.012 0.110 0.290 0.336 0.193 0.052 0.007 111 A 0.002 0.016 0.085 0.218 0.378 0.270 0.032 112 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.502 0.439 113 L 0.001 0.012 0.076 0.315 0.374 0.203 0.021 114 D 0.005 0.175 0.406 0.300 0.093 0.019 0.002 115 Y 0.001 0.005 0.038 0.241 0.427 0.272 0.016 116 A 0.001 0.002 0.009 0.081 0.412 0.447 0.049 117 I 0.022 0.284 0.392 0.225 0.067 0.010 0.001 118 T 0.145 0.468 0.254 0.104 0.025 0.004 0.001 119 L 0.005 0.072 0.278 0.403 0.210 0.030 0.001 120 G 0.031 0.328 0.374 0.202 0.054 0.011 0.001 121 A 0.001 0.004 0.020 0.123 0.467 0.360 0.026 122 D 0.001 0.014 0.076 0.305 0.421 0.162 0.021 123 Y 0.001 0.001 0.002 0.011 0.082 0.544 0.360 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.138 0.856 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.078 0.915 126 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 0.927 127 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.210 0.755 128 H 0.001 0.001 0.004 0.019 0.085 0.392 0.499 129 Y 0.001 0.003 0.008 0.030 0.117 0.385 0.456 130 A 0.004 0.013 0.038 0.100 0.220 0.416 0.210 131 R 0.008 0.035 0.089 0.171 0.236 0.298 0.163 132 V 0.012 0.025 0.044 0.098 0.191 0.381 0.249 133 A 0.021 0.050 0.069 0.121 0.218 0.357 0.165 134 R 0.058 0.112 0.156 0.210 0.224 0.171 0.068 135 D 0.117 0.177 0.192 0.199 0.161 0.112 0.042 136 E 0.307 0.252 0.167 0.127 0.083 0.048 0.016 137 D 0.222 0.254 0.198 0.155 0.092 0.057 0.021 138 G 0.085 0.129 0.163 0.205 0.211 0.162 0.044 139 T 0.060 0.067 0.123 0.225 0.250 0.193 0.082 140 V 0.029 0.038 0.050 0.084 0.156 0.385 0.259 141 H 0.027 0.056 0.088 0.160 0.234 0.271 0.166 142 M 0.017 0.021 0.042 0.100 0.206 0.369 0.246 143 L 0.029 0.062 0.098 0.187 0.274 0.263 0.086 144 R 0.042 0.121 0.199 0.247 0.204 0.151 0.037 145 G 0.066 0.136 0.164 0.219 0.219 0.155 0.041 146 V 0.112 0.167 0.205 0.222 0.168 0.101 0.024 147 D 0.182 0.202 0.183 0.188 0.141 0.085 0.019 148 N 0.213 0.228 0.169 0.142 0.114 0.098 0.035 149 G 0.135 0.188 0.200 0.194 0.164 0.096 0.022 150 K 0.129 0.162 0.187 0.214 0.175 0.110 0.023 151 D 0.197 0.225 0.207 0.167 0.114 0.072 0.018 152 Q 0.071 0.107 0.174 0.221 0.216 0.171 0.040 153 T 0.082 0.059 0.077 0.159 0.248 0.283 0.093 154 Y 0.053 0.070 0.110 0.198 0.238 0.250 0.082 155 F 0.086 0.098 0.114 0.149 0.183 0.251 0.118 156 L 0.060 0.071 0.100 0.166 0.246 0.267 0.090 157 S 0.100 0.111 0.155 0.216 0.218 0.161 0.039 158 Q 0.141 0.192 0.175 0.179 0.161 0.121 0.032 159 L 0.100 0.150 0.199 0.252 0.197 0.090 0.011 160 S 0.296 0.313 0.199 0.120 0.051 0.018 0.003 161 Q 0.395 0.287 0.163 0.098 0.041 0.014 0.003 162 E 0.538 0.262 0.105 0.055 0.027 0.011 0.002 163 Q 0.253 0.265 0.217 0.153 0.077 0.029 0.005 164 L 0.089 0.155 0.212 0.259 0.186 0.088 0.012 165 Q 0.108 0.179 0.221 0.230 0.166 0.083 0.013 166 K 0.084 0.151 0.213 0.257 0.190 0.091 0.015 167 T 0.033 0.037 0.069 0.151 0.267 0.349 0.094 168 M 0.023 0.034 0.056 0.122 0.235 0.375 0.156 169 F 0.032 0.045 0.090 0.173 0.239 0.281 0.140 170 P 0.030 0.045 0.060 0.102 0.174 0.373 0.215 171 L 0.025 0.025 0.039 0.083 0.185 0.362 0.282 172 G 0.031 0.073 0.096 0.177 0.233 0.289 0.101 173 H 0.048 0.141 0.231 0.277 0.191 0.093 0.019 174 L 0.013 0.024 0.067 0.193 0.363 0.307 0.034 175 E 0.157 0.327 0.188 0.106 0.097 0.098 0.027 176 K 0.016 0.058 0.147 0.303 0.297 0.163 0.014 177 P 0.171 0.364 0.253 0.141 0.054 0.014 0.003 178 E 0.015 0.125 0.300 0.364 0.151 0.041 0.004 179 V 0.004 0.004 0.009 0.086 0.386 0.467 0.043 180 R 0.041 0.215 0.384 0.268 0.081 0.012 0.001 181 R 0.251 0.540 0.153 0.044 0.010 0.002 0.001 182 L 0.074 0.106 0.222 0.332 0.198 0.063 0.006 183 A 0.076 0.067 0.143 0.276 0.301 0.124 0.013