# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 338 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.059 0.021 0.032 0.075 0.303 0.510 2 G 0.053 0.012 0.052 0.066 0.290 0.528 3 H 0.074 0.025 0.099 0.077 0.312 0.413 4 L 0.049 0.029 0.060 0.083 0.279 0.500 5 E 0.033 0.016 0.014 0.070 0.142 0.725 6 K 0.007 0.003 0.045 0.745 0.090 0.111 7 P 0.001 0.001 0.025 0.910 0.035 0.029 8 E 0.001 0.001 0.014 0.970 0.008 0.007 9 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 13 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 14 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.002 15 E 0.001 0.001 0.007 0.974 0.012 0.007 16 A 0.001 0.001 0.005 0.925 0.018 0.051 17 G 0.001 0.001 0.001 0.019 0.045 0.934 18 L 0.010 0.003 0.014 0.028 0.129 0.816 19 S 0.127 0.019 0.094 0.046 0.262 0.452 20 T 0.138 0.043 0.347 0.060 0.279 0.134 21 A 0.167 0.007 0.220 0.057 0.286 0.262 22 K 0.153 0.014 0.082 0.027 0.353 0.372 23 K 0.139 0.040 0.038 0.018 0.330 0.436 24 K 0.131 0.036 0.066 0.019 0.351 0.397 25 D 0.137 0.033 0.085 0.020 0.375 0.350 26 S 0.214 0.024 0.070 0.014 0.383 0.296 27 T 0.285 0.013 0.032 0.014 0.361 0.296 28 G 0.406 0.006 0.017 0.009 0.277 0.284 29 I 0.667 0.026 0.008 0.009 0.120 0.170 30 C 0.770 0.010 0.006 0.008 0.076 0.130 31 F 0.788 0.012 0.005 0.005 0.077 0.113 32 I 0.538 0.026 0.005 0.003 0.186 0.242 33 G 0.131 0.010 0.006 0.004 0.516 0.333 34 E 0.014 0.005 0.042 0.026 0.762 0.151 35 K 0.009 0.006 0.073 0.073 0.683 0.155 36 N 0.019 0.033 0.067 0.212 0.459 0.209 37 F 0.001 0.001 0.017 0.941 0.025 0.016 38 K 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.003 39 N 0.001 0.001 0.013 0.978 0.008 0.001 40 F 0.001 0.001 0.009 0.977 0.012 0.001 41 L 0.001 0.001 0.007 0.970 0.018 0.004 42 S 0.001 0.001 0.018 0.932 0.040 0.008 43 N 0.001 0.001 0.021 0.839 0.093 0.046 44 Y 0.003 0.009 0.021 0.540 0.201 0.226 45 L 0.005 0.014 0.040 0.095 0.309 0.537 46 P 0.012 0.006 0.033 0.020 0.319 0.610 47 A 0.039 0.015 0.046 0.013 0.324 0.564 48 Q 0.052 0.017 0.017 0.004 0.306 0.604 49 P 0.198 0.006 0.021 0.004 0.244 0.527 50 G 0.365 0.015 0.020 0.003 0.184 0.413 51 R 0.684 0.017 0.010 0.002 0.084 0.203 52 M 0.847 0.014 0.005 0.002 0.036 0.096 53 M 0.909 0.025 0.001 0.001 0.021 0.043 54 T 0.682 0.020 0.002 0.001 0.279 0.016 55 V 0.148 0.004 0.003 0.001 0.828 0.015 56 D 0.016 0.001 0.001 0.001 0.976 0.007 57 G 0.043 0.002 0.002 0.001 0.934 0.018 58 R 0.626 0.013 0.001 0.001 0.109 0.249 59 D 0.937 0.027 0.001 0.001 0.012 0.024 60 M 0.922 0.004 0.001 0.001 0.012 0.061 61 G 0.901 0.015 0.001 0.001 0.022 0.059 62 E 0.720 0.011 0.007 0.003 0.085 0.175 63 H 0.572 0.013 0.038 0.010 0.157 0.210 64 A 0.312 0.010 0.084 0.016 0.334 0.244 65 G 0.260 0.008 0.118 0.020 0.395 0.198 66 L 0.461 0.017 0.042 0.025 0.292 0.163 67 M 0.511 0.024 0.026 0.045 0.172 0.221 68 Y 0.574 0.021 0.048 0.079 0.167 0.112 69 Y 0.489 0.008 0.046 0.098 0.171 0.187 70 T 0.446 0.017 0.024 0.122 0.142 0.250 71 I 0.444 0.021 0.032 0.143 0.177 0.183 72 G 0.331 0.014 0.060 0.203 0.231 0.161 73 Q 0.214 0.021 0.137 0.225 0.279 0.124 74 R 0.145 0.012 0.172 0.265 0.307 0.098 75 G 0.099 0.013 0.124 0.289 0.311 0.164 76 G 0.109 0.008 0.067 0.152 0.367 0.298 77 L 0.158 0.046 0.036 0.122 0.238 0.399 78 G 0.136 0.047 0.025 0.049 0.249 0.495 79 I 0.131 0.068 0.050 0.056 0.368 0.328 80 G 0.092 0.031 0.075 0.061 0.422 0.319 81 G 0.056 0.032 0.058 0.028 0.617 0.209 82 Q 0.030 0.021 0.052 0.032 0.678 0.187 83 H 0.017 0.019 0.072 0.028 0.641 0.222 84 G 0.013 0.015 0.069 0.021 0.709 0.172 85 G 0.020 0.021 0.093 0.014 0.616 0.236 86 D 0.036 0.020 0.067 0.012 0.479 0.387 87 N 0.084 0.044 0.045 0.010 0.356 0.461 88 A 0.174 0.039 0.014 0.004 0.275 0.494 89 P 0.282 0.007 0.010 0.003 0.170 0.529 90 W 0.840 0.010 0.004 0.002 0.044 0.100 91 F 0.966 0.002 0.001 0.001 0.009 0.022 92 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 93 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 94 G 0.954 0.003 0.002 0.001 0.014 0.028 95 K 0.855 0.011 0.002 0.001 0.035 0.098 96 D 0.621 0.019 0.003 0.001 0.224 0.132 97 L 0.022 0.003 0.190 0.004 0.766 0.015 98 S 0.008 0.001 0.288 0.007 0.685 0.011 99 K 0.046 0.005 0.187 0.004 0.748 0.010 100 N 0.226 0.001 0.011 0.003 0.539 0.220 101 I 0.891 0.009 0.001 0.001 0.025 0.075 102 L 0.991 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 103 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 104 V 0.981 0.003 0.001 0.001 0.004 0.011 105 G 0.839 0.005 0.001 0.001 0.042 0.111 106 Q 0.317 0.007 0.011 0.005 0.313 0.347 107 G 0.022 0.004 0.140 0.027 0.626 0.181 108 F 0.010 0.005 0.340 0.061 0.478 0.107 109 Y 0.013 0.011 0.254 0.092 0.485 0.145 110 H 0.021 0.007 0.081 0.107 0.496 0.288 111 D 0.020 0.005 0.150 0.269 0.385 0.171 112 S 0.044 0.008 0.194 0.306 0.355 0.094 113 L 0.087 0.006 0.213 0.271 0.319 0.104 114 M 0.230 0.015 0.109 0.229 0.245 0.172 115 S 0.332 0.010 0.062 0.228 0.174 0.194 116 T 0.484 0.010 0.044 0.215 0.114 0.132 117 S 0.575 0.009 0.042 0.191 0.084 0.099 118 L 0.620 0.007 0.027 0.156 0.081 0.109 119 E 0.657 0.009 0.022 0.112 0.091 0.108 120 A 0.501 0.014 0.025 0.106 0.175 0.180 121 S 0.273 0.008 0.034 0.095 0.336 0.253 122 Q 0.269 0.008 0.063 0.140 0.307 0.213 123 V 0.459 0.024 0.040 0.104 0.208 0.165 124 H 0.549 0.030 0.026 0.070 0.163 0.161 125 F 0.324 0.020 0.046 0.078 0.264 0.268 126 T 0.181 0.018 0.089 0.057 0.365 0.290 127 R 0.052 0.005 0.092 0.044 0.504 0.303 128 E 0.026 0.009 0.107 0.043 0.439 0.376 129 M 0.027 0.015 0.027 0.030 0.284 0.617 130 P 0.002 0.004 0.005 0.007 0.092 0.889