# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22.7135 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.011 0.041 0.295 0.021 0.080 0.096 0.004 0.007 0.030 0.155 0.166 0.045 0.051 2 G 0.006 0.009 0.280 0.014 0.073 0.090 0.002 0.004 0.021 0.124 0.328 0.027 0.023 3 H 0.004 0.013 0.335 0.004 0.072 0.041 0.002 0.001 0.008 0.168 0.303 0.015 0.034 4 L 0.002 0.026 0.587 0.001 0.018 0.055 0.001 0.001 0.009 0.163 0.091 0.029 0.018 5 E 0.001 0.019 0.778 0.001 0.010 0.054 0.001 0.001 0.006 0.078 0.036 0.002 0.016 6 K 0.001 0.003 0.351 0.001 0.020 0.555 0.001 0.001 0.002 0.045 0.020 0.003 0.001 7 P 0.001 0.001 0.224 0.001 0.018 0.699 0.001 0.001 0.001 0.023 0.033 0.001 0.001 8 E 0.001 0.003 0.044 0.001 0.022 0.876 0.001 0.001 0.003 0.003 0.043 0.003 0.001 9 V 0.001 0.003 0.019 0.001 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.002 10 R 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.635 0.001 0.001 0.001 0.003 0.357 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.031 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.015 0.921 0.001 0.001 18 L 0.001 0.006 0.861 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.005 0.076 0.031 0.001 0.002 19 S 0.001 0.023 0.544 0.003 0.059 0.023 0.001 0.001 0.076 0.142 0.057 0.055 0.017 20 T 0.002 0.010 0.191 0.013 0.123 0.024 0.005 0.030 0.291 0.113 0.080 0.007 0.111 21 A 0.006 0.018 0.184 0.041 0.066 0.042 0.010 0.048 0.354 0.111 0.044 0.058 0.020 22 K 0.005 0.019 0.396 0.015 0.033 0.025 0.008 0.045 0.221 0.095 0.036 0.026 0.075 23 K 0.001 0.024 0.591 0.006 0.054 0.032 0.001 0.005 0.051 0.088 0.069 0.025 0.053 24 K 0.001 0.007 0.126 0.018 0.154 0.034 0.001 0.003 0.004 0.171 0.461 0.007 0.014 25 D 0.003 0.018 0.265 0.012 0.110 0.022 0.002 0.004 0.007 0.164 0.354 0.025 0.014 26 S 0.016 0.029 0.240 0.004 0.089 0.021 0.003 0.005 0.038 0.162 0.121 0.028 0.243 27 T 0.026 0.014 0.198 0.194 0.046 0.014 0.003 0.004 0.018 0.227 0.178 0.049 0.028 28 G 0.165 0.007 0.228 0.046 0.046 0.011 0.019 0.007 0.032 0.105 0.080 0.083 0.170 29 I 0.435 0.005 0.050 0.005 0.010 0.003 0.072 0.029 0.049 0.010 0.009 0.082 0.241 30 C 0.461 0.009 0.020 0.013 0.009 0.006 0.149 0.038 0.039 0.012 0.007 0.188 0.050 31 F 0.417 0.010 0.032 0.003 0.005 0.003 0.141 0.040 0.096 0.008 0.007 0.048 0.191 32 I 0.172 0.015 0.220 0.011 0.003 0.004 0.048 0.012 0.126 0.026 0.008 0.246 0.108 33 G 0.006 0.017 0.514 0.007 0.006 0.008 0.005 0.002 0.050 0.188 0.037 0.016 0.145 34 E 0.002 0.009 0.268 0.036 0.028 0.037 0.001 0.001 0.009 0.414 0.175 0.006 0.014 35 K 0.001 0.008 0.178 0.002 0.038 0.107 0.001 0.001 0.003 0.462 0.186 0.013 0.003 36 N 0.001 0.025 0.336 0.001 0.067 0.177 0.001 0.001 0.003 0.197 0.170 0.003 0.020 37 F 0.001 0.024 0.127 0.001 0.072 0.637 0.001 0.001 0.004 0.037 0.089 0.002 0.007 38 K 0.001 0.003 0.034 0.001 0.090 0.777 0.001 0.001 0.001 0.013 0.076 0.002 0.002 39 N 0.002 0.002 0.033 0.001 0.158 0.679 0.001 0.001 0.001 0.034 0.080 0.003 0.005 40 F 0.007 0.012 0.035 0.001 0.167 0.641 0.001 0.002 0.005 0.020 0.085 0.003 0.022 41 L 0.003 0.018 0.041 0.004 0.194 0.598 0.001 0.001 0.001 0.040 0.090 0.006 0.004 42 S 0.001 0.002 0.034 0.002 0.273 0.477 0.001 0.001 0.001 0.016 0.188 0.001 0.005 43 N 0.002 0.009 0.078 0.001 0.216 0.331 0.001 0.001 0.001 0.062 0.289 0.005 0.005 44 Y 0.001 0.028 0.246 0.001 0.100 0.208 0.001 0.001 0.011 0.146 0.245 0.002 0.010 45 L 0.001 0.013 0.600 0.003 0.014 0.012 0.001 0.001 0.004 0.243 0.100 0.008 0.003 46 P 0.001 0.025 0.653 0.003 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.151 0.129 0.004 0.014 47 A 0.001 0.018 0.536 0.003 0.015 0.005 0.001 0.001 0.005 0.212 0.166 0.007 0.032 48 Q 0.001 0.009 0.610 0.012 0.012 0.002 0.001 0.001 0.004 0.245 0.042 0.055 0.008 49 P 0.003 0.009 0.325 0.028 0.034 0.005 0.001 0.001 0.007 0.114 0.379 0.014 0.080 50 G 0.017 0.018 0.300 0.014 0.017 0.001 0.005 0.001 0.027 0.163 0.242 0.134 0.061 51 R 0.044 0.032 0.242 0.008 0.003 0.001 0.017 0.002 0.035 0.071 0.005 0.344 0.196 52 M 0.034 0.020 0.072 0.002 0.001 0.001 0.024 0.003 0.033 0.004 0.001 0.091 0.716 53 M 0.071 0.056 0.095 0.032 0.003 0.001 0.037 0.004 0.064 0.011 0.005 0.465 0.155 54 T 0.011 0.011 0.354 0.013 0.006 0.002 0.003 0.001 0.055 0.024 0.028 0.062 0.431 55 V 0.005 0.007 0.129 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.067 0.611 0.113 0.029 56 D 0.001 0.001 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.942 0.003 0.002 57 G 0.002 0.004 0.189 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.415 0.342 0.025 0.013 58 R 0.026 0.025 0.532 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.058 0.006 0.202 0.134 59 D 0.049 0.049 0.067 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.007 0.003 0.062 0.734 60 M 0.107 0.013 0.049 0.282 0.004 0.002 0.023 0.001 0.005 0.014 0.005 0.372 0.124 61 G 0.151 0.007 0.073 0.020 0.005 0.004 0.024 0.002 0.009 0.019 0.013 0.246 0.428 62 E 0.062 0.011 0.195 0.026 0.010 0.006 0.010 0.002 0.007 0.034 0.037 0.100 0.501 63 H 0.022 0.015 0.165 0.066 0.016 0.014 0.003 0.001 0.006 0.133 0.151 0.302 0.105 64 A 0.019 0.004 0.113 0.049 0.020 0.011 0.001 0.001 0.002 0.131 0.475 0.050 0.124 65 G 0.075 0.008 0.161 0.023 0.011 0.009 0.007 0.002 0.007 0.131 0.130 0.276 0.160 66 L 0.281 0.011 0.093 0.017 0.003 0.007 0.023 0.003 0.007 0.033 0.010 0.098 0.413 67 M 0.423 0.004 0.044 0.018 0.001 0.005 0.029 0.004 0.008 0.007 0.004 0.298 0.156 68 Y 0.465 0.004 0.026 0.054 0.002 0.009 0.040 0.003 0.005 0.008 0.002 0.060 0.322 69 Y 0.408 0.002 0.038 0.004 0.002 0.012 0.034 0.002 0.007 0.003 0.002 0.362 0.123 70 T 0.361 0.004 0.051 0.022 0.006 0.055 0.037 0.004 0.015 0.018 0.018 0.055 0.353 71 I 0.256 0.006 0.057 0.021 0.016 0.106 0.053 0.013 0.022 0.023 0.061 0.229 0.137 72 G 0.239 0.005 0.086 0.064 0.021 0.066 0.030 0.012 0.025 0.051 0.109 0.100 0.192 73 Q 0.169 0.016 0.135 0.019 0.050 0.099 0.029 0.008 0.017 0.065 0.084 0.112 0.198 74 R 0.103 0.021 0.085 0.020 0.055 0.103 0.012 0.007 0.018 0.061 0.163 0.106 0.244 75 G 0.037 0.010 0.122 0.052 0.077 0.116 0.004 0.003 0.007 0.101 0.309 0.098 0.064 76 G 0.025 0.012 0.198 0.018 0.049 0.040 0.003 0.002 0.013 0.156 0.371 0.042 0.071 77 L 0.017 0.032 0.457 0.008 0.038 0.035 0.003 0.001 0.013 0.167 0.128 0.045 0.055 78 G 0.007 0.027 0.520 0.006 0.027 0.020 0.002 0.001 0.016 0.118 0.085 0.088 0.083 79 I 0.018 0.025 0.290 0.012 0.086 0.047 0.003 0.002 0.014 0.169 0.189 0.025 0.120 80 G 0.031 0.038 0.254 0.017 0.071 0.050 0.006 0.002 0.013 0.195 0.197 0.086 0.040 81 G 0.010 0.023 0.376 0.002 0.087 0.045 0.002 0.001 0.014 0.192 0.141 0.028 0.080 82 Q 0.003 0.037 0.271 0.002 0.162 0.101 0.001 0.001 0.003 0.116 0.273 0.008 0.022 83 H 0.001 0.020 0.110 0.002 0.167 0.070 0.001 0.001 0.001 0.144 0.466 0.008 0.009 84 G 0.001 0.010 0.169 0.002 0.160 0.053 0.001 0.001 0.002 0.156 0.427 0.008 0.010 85 G 0.002 0.016 0.331 0.007 0.130 0.033 0.001 0.001 0.002 0.128 0.313 0.005 0.032 86 D 0.004 0.041 0.322 0.007 0.089 0.028 0.001 0.001 0.002 0.249 0.218 0.027 0.012 87 N 0.010 0.029 0.227 0.009 0.034 0.017 0.001 0.001 0.008 0.377 0.173 0.013 0.100 88 A 0.005 0.004 0.415 0.068 0.004 0.003 0.001 0.001 0.009 0.333 0.008 0.141 0.009 89 P 0.010 0.006 0.479 0.028 0.011 0.007 0.002 0.001 0.018 0.049 0.026 0.004 0.359 90 W 0.170 0.019 0.148 0.022 0.014 0.005 0.083 0.023 0.051 0.018 0.023 0.354 0.070 91 F 0.366 0.009 0.025 0.008 0.007 0.004 0.095 0.021 0.047 0.016 0.005 0.270 0.127 92 V 0.273 0.006 0.041 0.015 0.006 0.002 0.033 0.010 0.042 0.005 0.003 0.181 0.382 93 V 0.160 0.004 0.087 0.135 0.006 0.004 0.021 0.002 0.045 0.015 0.020 0.314 0.187 94 G 0.116 0.002 0.095 0.008 0.008 0.002 0.005 0.001 0.019 0.077 0.021 0.285 0.362 95 K 0.075 0.011 0.154 0.054 0.010 0.007 0.005 0.001 0.008 0.142 0.052 0.090 0.391 96 D 0.013 0.019 0.363 0.016 0.039 0.017 0.001 0.001 0.008 0.077 0.079 0.248 0.119 97 L 0.007 0.013 0.159 0.018 0.134 0.037 0.001 0.002 0.003 0.131 0.329 0.016 0.151 98 S 0.007 0.010 0.160 0.019 0.105 0.024 0.001 0.001 0.002 0.112 0.433 0.114 0.012 99 K 0.013 0.006 0.105 0.007 0.134 0.028 0.002 0.002 0.009 0.169 0.414 0.014 0.098 100 N 0.025 0.004 0.333 0.082 0.013 0.005 0.005 0.002 0.019 0.252 0.173 0.067 0.019 101 I 0.219 0.005 0.118 0.017 0.005 0.002 0.088 0.058 0.141 0.061 0.007 0.082 0.196 102 L 0.316 0.003 0.016 0.006 0.001 0.001 0.276 0.178 0.069 0.003 0.001 0.026 0.106 103 Y 0.197 0.011 0.011 0.010 0.001 0.001 0.268 0.229 0.117 0.004 0.001 0.117 0.033 104 V 0.122 0.007 0.050 0.005 0.001 0.001 0.156 0.144 0.256 0.007 0.003 0.045 0.203 105 G 0.013 0.005 0.489 0.027 0.003 0.002 0.017 0.018 0.224 0.050 0.016 0.110 0.027 106 Q 0.002 0.009 0.455 0.008 0.010 0.003 0.003 0.001 0.043 0.301 0.112 0.002 0.052 107 G 0.001 0.011 0.393 0.003 0.025 0.005 0.001 0.001 0.005 0.279 0.271 0.004 0.002 108 F 0.001 0.014 0.207 0.001 0.046 0.028 0.001 0.001 0.002 0.300 0.397 0.002 0.002 109 Y 0.001 0.027 0.384 0.001 0.058 0.033 0.001 0.001 0.002 0.184 0.300 0.002 0.007 110 H 0.001 0.008 0.467 0.001 0.053 0.043 0.001 0.001 0.002 0.312 0.104 0.005 0.006 111 D 0.001 0.011 0.296 0.004 0.114 0.160 0.001 0.001 0.001 0.156 0.241 0.004 0.010 112 S 0.006 0.014 0.175 0.004 0.165 0.298 0.002 0.001 0.003 0.083 0.194 0.017 0.037 113 L 0.030 0.021 0.196 0.025 0.118 0.303 0.005 0.003 0.007 0.071 0.108 0.061 0.052 114 M 0.045 0.026 0.185 0.020 0.077 0.294 0.008 0.004 0.013 0.073 0.086 0.061 0.109 115 S 0.049 0.013 0.207 0.011 0.055 0.339 0.007 0.010 0.026 0.043 0.067 0.069 0.103 116 T 0.043 0.013 0.155 0.017 0.051 0.324 0.009 0.017 0.036 0.087 0.074 0.114 0.060 117 S 0.048 0.021 0.145 0.016 0.069 0.237 0.011 0.013 0.042 0.065 0.088 0.037 0.208 118 L 0.047 0.016 0.230 0.057 0.075 0.161 0.010 0.017 0.026 0.071 0.101 0.119 0.070 119 E 0.048 0.031 0.270 0.007 0.055 0.070 0.010 0.020 0.034 0.077 0.085 0.096 0.197 120 A 0.026 0.022 0.228 0.006 0.110 0.092 0.003 0.008 0.033 0.088 0.087 0.043 0.253 121 S 0.010 0.007 0.159 0.132 0.150 0.100 0.001 0.002 0.006 0.161 0.247 0.016 0.010 122 Q 0.025 0.007 0.232 0.017 0.172 0.077 0.005 0.005 0.019 0.141 0.215 0.035 0.050 123 V 0.085 0.023 0.211 0.004 0.066 0.043 0.023 0.029 0.076 0.056 0.038 0.036 0.311 124 H 0.084 0.053 0.145 0.010 0.042 0.051 0.023 0.025 0.083 0.087 0.036 0.331 0.030 125 F 0.052 0.025 0.221 0.003 0.062 0.040 0.018 0.037 0.112 0.035 0.059 0.014 0.321 126 T 0.024 0.025 0.369 0.035 0.104 0.048 0.009 0.014 0.075 0.081 0.127 0.049 0.040 127 R 0.004 0.008 0.172 0.019 0.129 0.037 0.002 0.002 0.018 0.243 0.327 0.019 0.019 128 E 0.002 0.015 0.288 0.003 0.058 0.016 0.001 0.001 0.007 0.300 0.278 0.006 0.024 129 M 0.001 0.030 0.646 0.001 0.013 0.010 0.001 0.001 0.007 0.257 0.017 0.012 0.006 130 P 0.001 0.015 0.829 0.001 0.027 0.018 0.001 0.001 0.004 0.069 0.028 0.001 0.009