# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 338 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.025 0.011 0.036 0.039 0.051 0.053 0.785 2 G 0.058 0.029 0.056 0.111 0.093 0.168 0.485 3 H 0.023 0.010 0.085 0.266 0.182 0.239 0.194 4 L 0.018 0.011 0.070 0.293 0.139 0.265 0.204 5 E 0.012 0.011 0.023 0.363 0.150 0.137 0.305 6 K 0.007 0.004 0.004 0.531 0.136 0.016 0.301 7 P 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.004 0.002 8 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.007 0.001 15 E 0.001 0.001 0.003 0.949 0.001 0.047 0.001 16 A 0.001 0.001 0.004 0.343 0.006 0.645 0.001 17 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.018 0.944 0.024 18 L 0.007 0.007 0.004 0.004 0.029 0.010 0.939 19 S 0.159 0.045 0.035 0.012 0.046 0.025 0.676 20 T 0.267 0.021 0.150 0.022 0.097 0.066 0.376 21 A 0.309 0.025 0.097 0.028 0.140 0.082 0.320 22 K 0.236 0.016 0.032 0.020 0.250 0.061 0.385 23 K 0.136 0.025 0.036 0.029 0.258 0.035 0.481 24 K 0.047 0.009 0.199 0.058 0.130 0.328 0.229 25 D 0.038 0.014 0.182 0.026 0.096 0.544 0.101 26 S 0.104 0.054 0.137 0.021 0.140 0.146 0.398 27 T 0.106 0.026 0.043 0.020 0.194 0.181 0.430 28 G 0.150 0.009 0.037 0.019 0.279 0.278 0.229 29 I 0.498 0.097 0.025 0.017 0.076 0.056 0.231 30 C 0.603 0.037 0.013 0.016 0.041 0.035 0.255 31 F 0.570 0.053 0.013 0.010 0.085 0.053 0.215 32 I 0.318 0.039 0.008 0.007 0.255 0.058 0.315 33 G 0.115 0.014 0.006 0.006 0.246 0.082 0.531 34 E 0.020 0.011 0.097 0.062 0.294 0.308 0.208 35 K 0.013 0.022 0.090 0.101 0.425 0.185 0.164 36 N 0.025 0.057 0.043 0.189 0.170 0.078 0.437 37 F 0.001 0.001 0.044 0.932 0.005 0.011 0.006 38 K 0.001 0.001 0.026 0.962 0.002 0.008 0.002 39 N 0.001 0.001 0.047 0.939 0.001 0.011 0.001 40 F 0.001 0.001 0.023 0.958 0.002 0.016 0.001 41 L 0.001 0.001 0.035 0.911 0.002 0.046 0.004 42 S 0.001 0.001 0.099 0.695 0.007 0.192 0.006 43 N 0.001 0.001 0.127 0.632 0.024 0.196 0.020 44 Y 0.007 0.021 0.140 0.421 0.117 0.194 0.100 45 L 0.015 0.021 0.021 0.032 0.192 0.105 0.614 46 P 0.022 0.015 0.013 0.006 0.153 0.109 0.682 47 A 0.066 0.019 0.013 0.004 0.284 0.059 0.554 48 Q 0.137 0.009 0.010 0.001 0.331 0.025 0.486 49 P 0.368 0.009 0.017 0.001 0.133 0.138 0.333 50 G 0.585 0.004 0.008 0.001 0.133 0.074 0.195 51 R 0.851 0.022 0.001 0.001 0.015 0.002 0.110 52 M 0.879 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.103 53 M 0.865 0.050 0.001 0.001 0.012 0.001 0.072 54 T 0.283 0.017 0.002 0.001 0.011 0.006 0.682 55 V 0.056 0.003 0.007 0.001 0.114 0.725 0.096 56 D 0.006 0.002 0.004 0.001 0.105 0.874 0.010 57 G 0.026 0.002 0.003 0.001 0.731 0.140 0.099 58 R 0.266 0.034 0.001 0.002 0.071 0.013 0.613 59 D 0.770 0.159 0.001 0.001 0.005 0.002 0.063 60 M 0.915 0.005 0.002 0.001 0.011 0.007 0.060 61 G 0.882 0.004 0.003 0.001 0.037 0.015 0.058 62 E 0.752 0.017 0.009 0.004 0.073 0.032 0.113 63 H 0.643 0.013 0.007 0.002 0.079 0.024 0.231 64 A 0.459 0.013 0.017 0.004 0.188 0.105 0.214 65 G 0.484 0.009 0.027 0.007 0.154 0.173 0.146 66 L 0.716 0.012 0.019 0.014 0.038 0.067 0.133 67 M 0.734 0.015 0.034 0.023 0.032 0.049 0.113 68 Y 0.717 0.019 0.023 0.017 0.047 0.047 0.130 69 Y 0.594 0.038 0.020 0.018 0.076 0.037 0.218 70 T 0.444 0.025 0.015 0.014 0.113 0.027 0.361 71 I 0.300 0.016 0.090 0.070 0.101 0.204 0.219 72 G 0.171 0.019 0.172 0.093 0.094 0.250 0.201 73 Q 0.170 0.021 0.190 0.111 0.095 0.189 0.224 74 R 0.115 0.054 0.099 0.148 0.123 0.167 0.294 75 G 0.085 0.015 0.054 0.121 0.152 0.430 0.143 76 G 0.079 0.017 0.037 0.064 0.116 0.552 0.136 77 L 0.114 0.037 0.021 0.039 0.187 0.107 0.494 78 G 0.163 0.098 0.025 0.027 0.159 0.083 0.445 79 I 0.190 0.042 0.053 0.041 0.208 0.163 0.303 80 G 0.095 0.032 0.092 0.037 0.170 0.261 0.313 81 G 0.061 0.038 0.079 0.043 0.241 0.186 0.353 82 Q 0.049 0.053 0.090 0.043 0.250 0.185 0.330 83 H 0.028 0.026 0.100 0.036 0.243 0.309 0.259 84 G 0.016 0.020 0.092 0.035 0.171 0.422 0.245 85 G 0.011 0.020 0.091 0.025 0.154 0.410 0.290 86 D 0.026 0.032 0.057 0.028 0.264 0.274 0.320 87 N 0.041 0.018 0.018 0.012 0.339 0.211 0.360 88 A 0.072 0.020 0.004 0.007 0.393 0.021 0.484 89 P 0.350 0.033 0.002 0.002 0.047 0.009 0.557 90 W 0.830 0.006 0.002 0.001 0.027 0.003 0.131 91 F 0.975 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 92 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 93 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 94 G 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 95 K 0.754 0.003 0.001 0.001 0.031 0.002 0.209 96 D 0.430 0.009 0.002 0.003 0.029 0.005 0.522 97 L 0.033 0.003 0.282 0.063 0.036 0.557 0.025 98 S 0.012 0.001 0.227 0.021 0.052 0.679 0.009 99 K 0.048 0.004 0.196 0.018 0.121 0.558 0.054 100 N 0.118 0.003 0.012 0.003 0.146 0.333 0.385 101 I 0.790 0.003 0.001 0.001 0.057 0.017 0.132 102 L 0.976 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 103 Y 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 104 V 0.958 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 105 G 0.601 0.008 0.001 0.001 0.063 0.011 0.315 106 Q 0.072 0.007 0.012 0.012 0.335 0.130 0.432 107 G 0.005 0.003 0.213 0.161 0.248 0.265 0.105 108 F 0.002 0.003 0.363 0.218 0.123 0.241 0.051 109 Y 0.003 0.005 0.276 0.339 0.101 0.192 0.084 110 H 0.006 0.008 0.116 0.463 0.114 0.113 0.181 111 D 0.007 0.004 0.103 0.557 0.042 0.193 0.093 112 S 0.018 0.004 0.107 0.632 0.039 0.133 0.068 113 L 0.049 0.006 0.086 0.624 0.060 0.099 0.076 114 M 0.153 0.011 0.042 0.576 0.051 0.072 0.096 115 S 0.257 0.010 0.032 0.508 0.043 0.048 0.102 116 T 0.246 0.007 0.037 0.556 0.036 0.049 0.070 117 S 0.316 0.007 0.042 0.460 0.031 0.063 0.081 118 L 0.333 0.005 0.040 0.408 0.059 0.075 0.080 119 E 0.404 0.011 0.036 0.284 0.052 0.087 0.126 120 A 0.368 0.011 0.040 0.129 0.109 0.115 0.228 121 S 0.259 0.007 0.044 0.059 0.196 0.210 0.225 122 Q 0.296 0.011 0.095 0.091 0.111 0.168 0.228 123 V 0.436 0.028 0.063 0.073 0.068 0.075 0.257 124 H 0.543 0.017 0.038 0.055 0.070 0.035 0.242 125 F 0.497 0.037 0.033 0.077 0.064 0.034 0.258 126 T 0.295 0.036 0.025 0.100 0.080 0.066 0.399 127 R 0.138 0.014 0.029 0.079 0.193 0.220 0.326 128 E 0.052 0.016 0.012 0.036 0.333 0.202 0.348 129 M 0.040 0.032 0.005 0.015 0.049 0.071 0.788 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995