# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22.7135 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.342 0.107 0.194 0.316 0.006 0.014 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 2 G 0.071 0.007 0.034 0.019 0.054 0.001 0.061 0.269 0.001 0.482 0.001 3 H 0.219 0.097 0.225 0.284 0.031 0.057 0.054 0.008 0.017 0.004 0.003 4 L 0.066 0.260 0.561 0.028 0.021 0.026 0.017 0.001 0.018 0.001 0.001 5 E 0.045 0.094 0.770 0.017 0.004 0.057 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 6 K 0.205 0.102 0.620 0.003 0.025 0.010 0.001 0.001 0.025 0.008 0.001 7 P 0.987 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.978 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.191 0.001 0.005 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 G 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.384 0.595 0.001 0.007 0.001 18 L 0.027 0.167 0.685 0.020 0.011 0.072 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 19 S 0.208 0.120 0.459 0.088 0.037 0.061 0.012 0.004 0.005 0.003 0.001 20 T 0.192 0.369 0.149 0.148 0.087 0.024 0.003 0.002 0.027 0.001 0.001 21 A 0.148 0.293 0.322 0.079 0.090 0.026 0.011 0.004 0.023 0.003 0.001 22 K 0.068 0.190 0.444 0.089 0.033 0.120 0.016 0.003 0.034 0.002 0.001 23 K 0.079 0.236 0.513 0.030 0.025 0.048 0.007 0.001 0.059 0.001 0.001 24 K 0.537 0.062 0.332 0.018 0.014 0.013 0.004 0.004 0.005 0.011 0.001 25 D 0.258 0.031 0.087 0.539 0.020 0.017 0.028 0.008 0.012 0.001 0.001 26 S 0.052 0.096 0.616 0.039 0.135 0.024 0.006 0.012 0.005 0.013 0.001 27 T 0.139 0.233 0.087 0.471 0.049 0.006 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 28 G 0.011 0.078 0.084 0.014 0.532 0.002 0.026 0.046 0.006 0.200 0.001 29 I 0.005 0.731 0.184 0.003 0.054 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 30 C 0.012 0.706 0.130 0.007 0.020 0.060 0.002 0.001 0.063 0.001 0.001 31 F 0.009 0.606 0.220 0.007 0.054 0.067 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 32 I 0.033 0.474 0.224 0.060 0.037 0.072 0.007 0.001 0.092 0.001 0.001 33 G 0.011 0.049 0.228 0.009 0.367 0.018 0.010 0.018 0.006 0.285 0.001 34 E 0.665 0.038 0.042 0.190 0.021 0.016 0.010 0.004 0.008 0.005 0.001 35 K 0.559 0.027 0.056 0.256 0.032 0.012 0.027 0.015 0.006 0.009 0.001 36 N 0.278 0.028 0.120 0.171 0.026 0.180 0.056 0.005 0.131 0.003 0.002 37 F 0.876 0.002 0.005 0.105 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 K 0.973 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.888 0.001 0.005 0.085 0.002 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 40 F 0.946 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.952 0.003 0.006 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.956 0.003 0.009 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 43 N 0.476 0.004 0.011 0.475 0.003 0.003 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.422 0.049 0.180 0.284 0.004 0.023 0.023 0.003 0.013 0.001 0.001 45 L 0.061 0.260 0.386 0.004 0.017 0.016 0.017 0.001 0.233 0.004 0.001 46 P 0.184 0.003 0.748 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 47 A 0.272 0.046 0.417 0.187 0.015 0.029 0.011 0.012 0.008 0.003 0.002 48 Q 0.012 0.330 0.367 0.001 0.031 0.012 0.008 0.001 0.238 0.001 0.001 49 P 0.070 0.003 0.775 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 50 G 0.022 0.035 0.103 0.022 0.275 0.003 0.038 0.359 0.005 0.138 0.001 51 R 0.043 0.299 0.447 0.046 0.041 0.084 0.006 0.001 0.027 0.001 0.004 52 M 0.006 0.542 0.371 0.004 0.011 0.048 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 53 M 0.030 0.641 0.133 0.122 0.028 0.033 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 54 T 0.002 0.399 0.425 0.002 0.150 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 55 V 0.475 0.296 0.044 0.069 0.019 0.025 0.002 0.002 0.066 0.002 0.001 56 D 0.065 0.033 0.143 0.304 0.007 0.018 0.363 0.002 0.060 0.005 0.001 57 G 0.007 0.001 0.009 0.006 0.010 0.001 0.033 0.885 0.001 0.049 0.001 58 R 0.113 0.373 0.441 0.033 0.017 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 59 D 0.037 0.147 0.722 0.005 0.005 0.060 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 60 M 0.285 0.279 0.186 0.166 0.023 0.036 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 61 G 0.096 0.088 0.125 0.016 0.452 0.004 0.013 0.033 0.005 0.168 0.001 62 E 0.198 0.228 0.314 0.123 0.068 0.038 0.004 0.002 0.011 0.002 0.012 63 H 0.073 0.312 0.274 0.079 0.066 0.061 0.034 0.005 0.093 0.004 0.001 64 A 0.201 0.104 0.432 0.121 0.024 0.026 0.064 0.008 0.012 0.005 0.002 65 G 0.068 0.009 0.042 0.019 0.091 0.001 0.024 0.288 0.002 0.456 0.001 66 L 0.194 0.268 0.377 0.048 0.057 0.035 0.004 0.001 0.010 0.001 0.005 67 M 0.217 0.368 0.253 0.062 0.021 0.045 0.007 0.002 0.024 0.001 0.001 68 Y 0.096 0.570 0.157 0.043 0.080 0.029 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 69 Y 0.089 0.589 0.158 0.022 0.082 0.028 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 70 T 0.079 0.557 0.223 0.019 0.052 0.037 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 71 I 0.230 0.238 0.328 0.084 0.021 0.040 0.015 0.002 0.041 0.001 0.001 72 G 0.137 0.010 0.058 0.019 0.057 0.005 0.061 0.276 0.003 0.372 0.001 73 Q 0.428 0.174 0.180 0.126 0.023 0.044 0.007 0.002 0.013 0.002 0.001 74 R 0.332 0.173 0.215 0.170 0.024 0.030 0.027 0.006 0.016 0.005 0.001 75 G 0.133 0.057 0.165 0.226 0.106 0.007 0.168 0.089 0.011 0.039 0.001 76 G 0.042 0.007 0.052 0.021 0.061 0.004 0.186 0.397 0.002 0.226 0.002 77 L 0.211 0.222 0.258 0.231 0.045 0.017 0.004 0.002 0.007 0.003 0.002 78 G 0.071 0.099 0.217 0.075 0.214 0.029 0.087 0.086 0.014 0.107 0.001 79 I 0.116 0.358 0.266 0.156 0.045 0.024 0.005 0.002 0.025 0.002 0.001 80 G 0.102 0.083 0.211 0.097 0.173 0.011 0.069 0.096 0.016 0.141 0.001 81 G 0.083 0.033 0.193 0.026 0.162 0.005 0.021 0.142 0.003 0.329 0.003 82 Q 0.227 0.183 0.374 0.106 0.042 0.029 0.008 0.005 0.015 0.004 0.006 83 H 0.140 0.166 0.309 0.160 0.062 0.036 0.054 0.022 0.034 0.016 0.003 84 G 0.077 0.026 0.125 0.056 0.111 0.003 0.067 0.264 0.004 0.266 0.001 85 G 0.151 0.037 0.151 0.074 0.086 0.011 0.052 0.243 0.007 0.184 0.004 86 D 0.176 0.158 0.289 0.221 0.042 0.036 0.048 0.005 0.016 0.008 0.001 87 N 0.133 0.033 0.104 0.333 0.044 0.031 0.224 0.069 0.012 0.014 0.003 88 A 0.023 0.472 0.343 0.003 0.027 0.013 0.006 0.001 0.113 0.001 0.001 89 P 0.029 0.014 0.889 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 90 W 0.090 0.440 0.288 0.048 0.082 0.022 0.006 0.002 0.018 0.001 0.001 91 F 0.014 0.589 0.267 0.006 0.064 0.033 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 92 V 0.019 0.527 0.346 0.003 0.004 0.078 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 93 V 0.127 0.507 0.104 0.158 0.031 0.034 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 94 G 0.017 0.227 0.155 0.007 0.493 0.009 0.022 0.034 0.004 0.031 0.001 95 K 0.078 0.653 0.123 0.034 0.074 0.013 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 96 D 0.029 0.101 0.306 0.017 0.040 0.287 0.017 0.001 0.197 0.004 0.001 97 L 0.839 0.016 0.047 0.073 0.004 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 98 S 0.875 0.008 0.019 0.091 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.245 0.049 0.041 0.598 0.033 0.003 0.020 0.005 0.005 0.002 0.001 100 N 0.004 0.012 0.031 0.044 0.008 0.021 0.845 0.018 0.018 0.001 0.001 101 I 0.008 0.695 0.227 0.009 0.032 0.017 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 102 L 0.002 0.805 0.133 0.001 0.009 0.023 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 103 Y 0.002 0.609 0.304 0.001 0.006 0.065 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 104 V 0.007 0.793 0.095 0.007 0.016 0.034 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 105 G 0.026 0.416 0.169 0.008 0.257 0.038 0.010 0.004 0.050 0.021 0.001 106 Q 0.137 0.108 0.426 0.157 0.019 0.071 0.033 0.002 0.035 0.003 0.008 107 G 0.070 0.027 0.090 0.040 0.137 0.006 0.075 0.375 0.003 0.175 0.002 108 F 0.314 0.225 0.216 0.104 0.057 0.023 0.022 0.012 0.014 0.011 0.002 109 Y 0.213 0.222 0.187 0.148 0.034 0.061 0.067 0.012 0.046 0.008 0.001 110 H 0.246 0.177 0.245 0.085 0.056 0.066 0.058 0.004 0.057 0.005 0.001 111 D 0.632 0.029 0.118 0.119 0.010 0.043 0.027 0.008 0.008 0.004 0.003 112 S 0.679 0.093 0.076 0.092 0.025 0.011 0.010 0.004 0.008 0.002 0.001 113 L 0.651 0.075 0.107 0.112 0.011 0.023 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 114 M 0.604 0.135 0.090 0.088 0.027 0.022 0.015 0.004 0.012 0.002 0.001 115 S 0.630 0.124 0.093 0.081 0.039 0.014 0.008 0.003 0.007 0.002 0.001 116 T 0.586 0.162 0.075 0.112 0.038 0.012 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 117 S 0.511 0.196 0.106 0.084 0.048 0.023 0.012 0.004 0.014 0.002 0.001 118 L 0.520 0.226 0.108 0.084 0.031 0.013 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 119 E 0.287 0.358 0.163 0.058 0.053 0.032 0.019 0.003 0.025 0.002 0.001 120 A 0.422 0.190 0.259 0.041 0.020 0.044 0.006 0.001 0.015 0.002 0.001 121 S 0.592 0.074 0.032 0.251 0.026 0.006 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 122 Q 0.228 0.268 0.129 0.124 0.108 0.036 0.069 0.004 0.032 0.002 0.001 123 V 0.171 0.483 0.241 0.044 0.016 0.026 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 124 H 0.186 0.471 0.081 0.080 0.093 0.029 0.013 0.002 0.043 0.002 0.001 125 F 0.134 0.336 0.328 0.053 0.056 0.045 0.015 0.002 0.028 0.002 0.001 126 T 0.223 0.381 0.201 0.100 0.035 0.029 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 127 R 0.308 0.229 0.179 0.106 0.087 0.026 0.029 0.006 0.013 0.014 0.001 128 E 0.203 0.179 0.227 0.232 0.046 0.042 0.030 0.008 0.027 0.004 0.002 129 M 0.026 0.326 0.370 0.004 0.021 0.019 0.010 0.001 0.222 0.001 0.001 130 P 0.180 0.006 0.718 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057