# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 338 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.046 0.116 0.085 0.124 0.077 0.111 0.115 0.123 0.081 0.090 0.032 2 G 0.025 0.151 0.129 0.177 0.077 0.078 0.039 0.077 0.067 0.144 0.035 3 H 0.132 0.085 0.042 0.012 0.135 0.009 0.017 0.064 0.109 0.279 0.117 4 L 0.066 0.275 0.120 0.016 0.161 0.012 0.020 0.090 0.080 0.108 0.051 5 E 0.032 0.482 0.231 0.013 0.093 0.004 0.008 0.043 0.021 0.055 0.018 6 K 0.032 0.195 0.093 0.014 0.102 0.005 0.007 0.365 0.142 0.033 0.012 7 P 0.002 0.008 0.003 0.002 0.006 0.006 0.012 0.837 0.119 0.004 0.002 8 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.925 0.053 0.007 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.061 0.023 0.001 10 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.038 0.003 0.001 11 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.030 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.037 0.002 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.927 0.062 0.005 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.843 0.131 0.006 0.001 15 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.034 0.790 0.131 0.032 0.001 16 A 0.001 0.657 0.322 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 G 0.044 0.008 0.004 0.005 0.009 0.001 0.002 0.006 0.008 0.567 0.347 18 L 0.072 0.347 0.108 0.012 0.255 0.010 0.008 0.043 0.035 0.071 0.039 19 S 0.119 0.181 0.042 0.022 0.289 0.012 0.021 0.129 0.067 0.041 0.078 20 T 0.152 0.166 0.079 0.018 0.227 0.019 0.024 0.099 0.109 0.074 0.033 21 A 0.073 0.212 0.053 0.015 0.210 0.013 0.059 0.202 0.102 0.041 0.021 22 K 0.099 0.186 0.122 0.021 0.155 0.011 0.030 0.049 0.051 0.198 0.078 23 K 0.053 0.423 0.246 0.021 0.186 0.003 0.004 0.023 0.017 0.012 0.012 24 K 0.014 0.039 0.024 0.032 0.028 0.069 0.112 0.347 0.294 0.032 0.010 25 D 0.042 0.050 0.026 0.017 0.046 0.017 0.048 0.146 0.270 0.288 0.050 26 S 0.169 0.054 0.012 0.008 0.150 0.012 0.030 0.064 0.092 0.306 0.103 27 T 0.089 0.260 0.074 0.029 0.211 0.028 0.026 0.056 0.078 0.101 0.048 28 G 0.104 0.062 0.099 0.151 0.134 0.016 0.008 0.043 0.059 0.199 0.124 29 I 0.205 0.190 0.022 0.005 0.466 0.003 0.006 0.032 0.017 0.023 0.028 30 C 0.109 0.150 0.028 0.004 0.611 0.005 0.015 0.028 0.012 0.017 0.022 31 F 0.256 0.148 0.038 0.005 0.434 0.002 0.002 0.008 0.005 0.023 0.079 32 I 0.088 0.262 0.132 0.049 0.214 0.031 0.039 0.038 0.027 0.067 0.052 33 G 0.023 0.286 0.327 0.097 0.099 0.035 0.031 0.040 0.021 0.030 0.010 34 E 0.028 0.069 0.040 0.050 0.053 0.071 0.165 0.204 0.153 0.132 0.033 35 K 0.011 0.140 0.132 0.106 0.044 0.103 0.063 0.118 0.097 0.155 0.032 36 N 0.078 0.253 0.084 0.009 0.139 0.006 0.013 0.138 0.084 0.134 0.062 37 F 0.029 0.045 0.024 0.002 0.036 0.002 0.002 0.523 0.239 0.080 0.018 38 K 0.002 0.007 0.002 0.001 0.005 0.002 0.006 0.841 0.126 0.006 0.002 39 N 0.001 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.010 0.875 0.089 0.009 0.001 40 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.861 0.098 0.016 0.001 41 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.706 0.233 0.035 0.003 42 S 0.002 0.011 0.002 0.003 0.005 0.009 0.049 0.705 0.200 0.013 0.002 43 N 0.009 0.009 0.002 0.003 0.018 0.007 0.114 0.573 0.137 0.118 0.010 44 Y 0.037 0.021 0.011 0.008 0.037 0.008 0.033 0.116 0.103 0.570 0.054 45 L 0.049 0.252 0.137 0.037 0.161 0.013 0.033 0.102 0.089 0.100 0.026 46 P 0.039 0.371 0.303 0.013 0.165 0.003 0.003 0.030 0.035 0.026 0.012 47 A 0.122 0.190 0.053 0.004 0.234 0.008 0.046 0.131 0.099 0.075 0.037 48 Q 0.057 0.190 0.182 0.048 0.170 0.055 0.159 0.070 0.021 0.028 0.020 49 P 0.125 0.066 0.032 0.117 0.114 0.167 0.071 0.019 0.036 0.127 0.125 50 G 0.020 0.150 0.163 0.318 0.074 0.125 0.022 0.010 0.014 0.086 0.018 51 R 0.251 0.163 0.013 0.001 0.538 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 52 M 0.310 0.148 0.010 0.001 0.484 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 53 M 0.046 0.225 0.010 0.002 0.681 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 54 T 0.024 0.190 0.724 0.039 0.013 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 55 V 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.034 0.047 0.550 0.350 0.003 0.001 56 D 0.001 0.692 0.257 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.005 0.006 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.612 0.355 58 R 0.017 0.636 0.049 0.001 0.273 0.003 0.007 0.007 0.002 0.003 0.002 59 D 0.674 0.011 0.001 0.001 0.243 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 60 M 0.031 0.089 0.065 0.257 0.078 0.275 0.155 0.025 0.009 0.009 0.009 61 G 0.147 0.247 0.132 0.076 0.233 0.018 0.012 0.031 0.029 0.027 0.047 62 E 0.198 0.079 0.084 0.031 0.168 0.022 0.041 0.067 0.083 0.108 0.119 63 H 0.136 0.192 0.097 0.047 0.222 0.057 0.067 0.061 0.032 0.057 0.032 64 A 0.119 0.116 0.051 0.040 0.159 0.023 0.040 0.128 0.096 0.146 0.083 65 G 0.058 0.098 0.184 0.240 0.109 0.039 0.016 0.069 0.034 0.104 0.050 66 L 0.151 0.159 0.029 0.017 0.344 0.011 0.018 0.168 0.050 0.027 0.026 67 M 0.168 0.100 0.026 0.010 0.350 0.011 0.035 0.205 0.049 0.017 0.029 68 Y 0.219 0.113 0.033 0.010 0.316 0.006 0.020 0.160 0.029 0.044 0.050 69 Y 0.125 0.236 0.053 0.005 0.411 0.007 0.021 0.097 0.009 0.014 0.022 70 T 0.141 0.246 0.264 0.042 0.140 0.014 0.006 0.056 0.013 0.028 0.049 71 I 0.007 0.048 0.020 0.041 0.022 0.151 0.179 0.389 0.122 0.016 0.004 72 G 0.100 0.063 0.032 0.012 0.074 0.003 0.006 0.110 0.083 0.349 0.168 73 Q 0.163 0.119 0.025 0.008 0.180 0.020 0.032 0.191 0.087 0.099 0.076 74 R 0.190 0.083 0.034 0.025 0.223 0.026 0.037 0.200 0.070 0.048 0.063 75 G 0.031 0.107 0.074 0.200 0.053 0.070 0.115 0.201 0.091 0.041 0.018 76 G 0.027 0.060 0.072 0.141 0.046 0.067 0.074 0.148 0.073 0.263 0.030 77 L 0.099 0.188 0.096 0.058 0.148 0.038 0.064 0.086 0.058 0.096 0.069 78 G 0.092 0.095 0.116 0.139 0.138 0.040 0.032 0.051 0.040 0.133 0.122 79 I 0.111 0.126 0.081 0.093 0.135 0.071 0.068 0.106 0.063 0.097 0.050 80 G 0.034 0.108 0.094 0.087 0.081 0.079 0.136 0.119 0.086 0.146 0.030 81 G 0.064 0.079 0.107 0.127 0.083 0.027 0.020 0.055 0.055 0.276 0.108 82 Q 0.058 0.204 0.232 0.075 0.113 0.027 0.032 0.100 0.066 0.067 0.027 83 H 0.033 0.176 0.219 0.082 0.069 0.054 0.084 0.129 0.062 0.070 0.022 84 G 0.037 0.165 0.108 0.068 0.088 0.060 0.144 0.148 0.073 0.079 0.029 85 G 0.040 0.060 0.056 0.075 0.047 0.061 0.050 0.088 0.077 0.350 0.096 86 D 0.069 0.160 0.064 0.037 0.154 0.038 0.086 0.108 0.106 0.138 0.041 87 N 0.108 0.109 0.081 0.052 0.146 0.024 0.028 0.067 0.090 0.215 0.079 88 A 0.053 0.386 0.215 0.031 0.178 0.012 0.021 0.033 0.024 0.028 0.018 89 P 0.187 0.253 0.059 0.008 0.398 0.004 0.006 0.017 0.012 0.018 0.039 90 W 0.204 0.122 0.023 0.010 0.427 0.012 0.035 0.036 0.022 0.035 0.075 91 F 0.061 0.378 0.092 0.005 0.435 0.002 0.002 0.005 0.003 0.009 0.007 92 V 0.530 0.040 0.006 0.001 0.365 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.048 93 V 0.052 0.067 0.018 0.069 0.107 0.370 0.187 0.048 0.019 0.040 0.023 94 G 0.217 0.157 0.048 0.004 0.427 0.001 0.002 0.011 0.008 0.040 0.086 95 K 0.156 0.253 0.040 0.008 0.328 0.018 0.012 0.030 0.019 0.071 0.065 96 D 0.203 0.114 0.023 0.003 0.599 0.002 0.002 0.012 0.005 0.005 0.031 97 L 0.021 0.009 0.006 0.011 0.016 0.009 0.017 0.407 0.452 0.039 0.014 98 S 0.001 0.004 0.010 0.039 0.001 0.091 0.534 0.244 0.065 0.011 0.001 99 K 0.022 0.382 0.062 0.020 0.084 0.030 0.078 0.147 0.095 0.066 0.014 100 N 0.070 0.018 0.005 0.012 0.064 0.008 0.010 0.021 0.038 0.300 0.455 101 I 0.095 0.104 0.009 0.001 0.740 0.001 0.007 0.011 0.005 0.014 0.012 102 L 0.137 0.065 0.002 0.001 0.788 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 103 Y 0.258 0.051 0.004 0.001 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 104 V 0.244 0.030 0.003 0.003 0.157 0.007 0.013 0.008 0.015 0.248 0.272 105 G 0.014 0.312 0.512 0.067 0.074 0.005 0.005 0.002 0.002 0.004 0.004 106 Q 0.047 0.237 0.125 0.063 0.090 0.085 0.080 0.076 0.072 0.084 0.040 107 G 0.011 0.023 0.019 0.033 0.027 0.030 0.051 0.209 0.456 0.120 0.021 108 F 0.013 0.035 0.021 0.009 0.030 0.015 0.038 0.414 0.325 0.092 0.008 109 Y 0.028 0.023 0.009 0.006 0.029 0.021 0.090 0.160 0.150 0.446 0.039 110 H 0.123 0.240 0.089 0.011 0.245 0.004 0.005 0.103 0.077 0.055 0.048 111 D 0.014 0.031 0.014 0.007 0.027 0.008 0.026 0.476 0.326 0.057 0.015 112 S 0.021 0.034 0.013 0.005 0.039 0.011 0.054 0.551 0.208 0.058 0.007 113 L 0.029 0.031 0.009 0.005 0.037 0.008 0.052 0.533 0.191 0.088 0.017 114 M 0.077 0.041 0.012 0.007 0.083 0.011 0.036 0.357 0.148 0.174 0.053 115 S 0.142 0.098 0.015 0.007 0.226 0.010 0.025 0.320 0.085 0.038 0.034 116 T 0.063 0.040 0.013 0.011 0.094 0.020 0.055 0.453 0.129 0.093 0.028 117 S 0.126 0.052 0.013 0.014 0.162 0.009 0.024 0.340 0.121 0.094 0.045 118 L 0.069 0.129 0.037 0.033 0.141 0.030 0.058 0.347 0.096 0.040 0.019 119 E 0.166 0.078 0.029 0.011 0.247 0.011 0.031 0.194 0.065 0.096 0.072 120 A 0.244 0.063 0.012 0.012 0.202 0.014 0.019 0.140 0.097 0.094 0.101 121 S 0.031 0.115 0.067 0.093 0.091 0.088 0.113 0.236 0.096 0.056 0.014 122 Q 0.176 0.080 0.024 0.014 0.216 0.009 0.017 0.163 0.095 0.130 0.075 123 V 0.214 0.114 0.024 0.018 0.311 0.014 0.018 0.071 0.064 0.083 0.068 124 H 0.142 0.158 0.081 0.020 0.346 0.008 0.023 0.081 0.041 0.052 0.049 125 F 0.129 0.206 0.077 0.014 0.251 0.009 0.024 0.130 0.068 0.053 0.041 126 T 0.100 0.171 0.118 0.062 0.173 0.046 0.078 0.112 0.044 0.057 0.039 127 R 0.042 0.167 0.076 0.057 0.116 0.103 0.163 0.131 0.069 0.055 0.021 128 E 0.090 0.064 0.080 0.059 0.089 0.019 0.023 0.069 0.094 0.294 0.119 129 M 0.059 0.261 0.243 0.049 0.143 0.031 0.036 0.075 0.041 0.036 0.027 130 P 0.080 0.235 0.111 0.025 0.188 0.017 0.026 0.089 0.066 0.106 0.059