# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0221 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.024 0.016 0.126 0.134 0.455 0.245 2 G 0.015 0.009 0.076 0.057 0.520 0.324 3 H 0.011 0.012 0.049 0.032 0.481 0.414 4 L 0.013 0.033 0.020 0.049 0.309 0.576 5 E 0.011 0.015 0.008 0.059 0.117 0.791 6 K 0.004 0.003 0.012 0.811 0.044 0.126 7 P 0.002 0.001 0.009 0.950 0.016 0.022 8 E 0.002 0.001 0.010 0.980 0.005 0.004 9 V 0.004 0.001 0.007 0.982 0.003 0.003 10 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 15 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.003 16 A 0.001 0.001 0.003 0.958 0.005 0.033 17 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.976 18 L 0.004 0.003 0.003 0.002 0.050 0.938 19 S 0.050 0.012 0.027 0.005 0.144 0.762 20 T 0.075 0.023 0.287 0.018 0.266 0.331 21 A 0.110 0.019 0.323 0.021 0.290 0.237 22 K 0.153 0.016 0.280 0.022 0.301 0.228 23 K 0.125 0.044 0.161 0.038 0.470 0.162 24 K 0.091 0.022 0.152 0.033 0.539 0.163 25 D 0.056 0.014 0.215 0.020 0.585 0.110 26 S 0.077 0.030 0.095 0.014 0.625 0.159 27 T 0.123 0.011 0.037 0.007 0.476 0.346 28 G 0.256 0.005 0.007 0.002 0.274 0.456 29 I 0.808 0.015 0.002 0.002 0.061 0.113 30 C 0.934 0.011 0.001 0.001 0.018 0.035 31 F 0.929 0.008 0.001 0.001 0.024 0.037 32 I 0.665 0.016 0.002 0.003 0.097 0.217 33 G 0.226 0.010 0.007 0.005 0.388 0.365 34 E 0.055 0.008 0.040 0.019 0.574 0.304 35 K 0.019 0.013 0.070 0.033 0.553 0.313 36 N 0.019 0.022 0.052 0.116 0.437 0.354 37 F 0.002 0.002 0.038 0.919 0.024 0.016 38 K 0.003 0.001 0.028 0.931 0.024 0.012 39 N 0.002 0.001 0.034 0.925 0.031 0.007 40 F 0.003 0.002 0.033 0.934 0.022 0.007 41 L 0.003 0.002 0.042 0.928 0.017 0.007 42 S 0.002 0.001 0.076 0.894 0.018 0.011 43 N 0.002 0.002 0.070 0.843 0.034 0.048 44 Y 0.011 0.020 0.095 0.347 0.197 0.330 45 L 0.017 0.017 0.016 0.019 0.426 0.506 46 P 0.024 0.004 0.028 0.010 0.478 0.455 47 A 0.050 0.025 0.031 0.007 0.417 0.471 48 Q 0.081 0.026 0.014 0.004 0.487 0.388 49 P 0.130 0.013 0.008 0.005 0.423 0.422 50 G 0.266 0.010 0.007 0.006 0.303 0.409 51 R 0.786 0.012 0.003 0.006 0.091 0.102 52 M 0.954 0.002 0.001 0.003 0.013 0.027 53 M 0.976 0.003 0.001 0.002 0.005 0.014 54 T 0.950 0.005 0.001 0.001 0.040 0.004 55 V 0.383 0.003 0.001 0.002 0.609 0.002 56 D 0.023 0.001 0.002 0.001 0.971 0.003 57 G 0.039 0.003 0.001 0.001 0.952 0.004 58 R 0.659 0.060 0.001 0.002 0.213 0.064 59 D 0.842 0.044 0.002 0.003 0.028 0.082 60 M 0.836 0.015 0.011 0.008 0.061 0.068 61 G 0.781 0.004 0.028 0.007 0.075 0.105 62 E 0.677 0.007 0.060 0.014 0.118 0.124 63 H 0.503 0.018 0.042 0.024 0.220 0.192 64 A 0.332 0.007 0.025 0.015 0.333 0.288 65 G 0.400 0.006 0.016 0.009 0.277 0.291 66 L 0.689 0.014 0.013 0.009 0.131 0.144 67 M 0.867 0.007 0.007 0.005 0.046 0.067 68 Y 0.941 0.003 0.004 0.003 0.017 0.032 69 Y 0.940 0.005 0.003 0.006 0.013 0.034 70 T 0.917 0.005 0.004 0.007 0.029 0.037 71 I 0.845 0.005 0.009 0.012 0.065 0.065 72 G 0.597 0.008 0.015 0.011 0.217 0.152 73 Q 0.609 0.021 0.012 0.010 0.240 0.108 74 R 0.444 0.024 0.014 0.009 0.295 0.215 75 G 0.290 0.028 0.025 0.010 0.407 0.240 76 G 0.310 0.028 0.037 0.008 0.358 0.260 77 L 0.418 0.032 0.055 0.010 0.258 0.227 78 G 0.374 0.047 0.035 0.011 0.306 0.228 79 I 0.257 0.061 0.031 0.012 0.351 0.288 80 G 0.191 0.040 0.018 0.009 0.452 0.290 81 G 0.107 0.029 0.032 0.013 0.589 0.231 82 Q 0.068 0.045 0.055 0.021 0.640 0.172 83 H 0.067 0.044 0.048 0.014 0.592 0.236 84 G 0.037 0.020 0.036 0.010 0.655 0.242 85 G 0.027 0.016 0.027 0.006 0.610 0.315 86 D 0.034 0.014 0.031 0.006 0.502 0.413 87 N 0.063 0.029 0.021 0.005 0.428 0.454 88 A 0.078 0.011 0.006 0.002 0.363 0.540 89 P 0.138 0.007 0.004 0.001 0.226 0.624 90 W 0.791 0.011 0.003 0.001 0.048 0.145 91 F 0.975 0.004 0.001 0.001 0.006 0.013 92 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 93 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 94 G 0.835 0.001 0.002 0.003 0.063 0.097 95 K 0.639 0.010 0.008 0.007 0.135 0.201 96 D 0.291 0.052 0.017 0.008 0.392 0.240 97 L 0.027 0.005 0.308 0.022 0.624 0.014 98 S 0.026 0.002 0.378 0.019 0.551 0.024 99 K 0.025 0.003 0.215 0.012 0.718 0.027 100 N 0.161 0.006 0.011 0.003 0.536 0.283 101 I 0.761 0.008 0.001 0.001 0.026 0.204 102 L 0.990 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 103 Y 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 104 V 0.969 0.002 0.001 0.001 0.006 0.023 105 G 0.593 0.004 0.002 0.001 0.160 0.241 106 Q 0.107 0.005 0.005 0.001 0.411 0.470 107 G 0.030 0.009 0.019 0.003 0.563 0.376 108 F 0.031 0.026 0.036 0.017 0.616 0.274 109 Y 0.030 0.024 0.044 0.058 0.452 0.392 110 H 0.026 0.027 0.073 0.222 0.388 0.264 111 D 0.014 0.004 0.184 0.303 0.368 0.127 112 S 0.011 0.004 0.309 0.360 0.248 0.068 113 L 0.038 0.013 0.290 0.280 0.279 0.100 114 M 0.135 0.023 0.149 0.204 0.283 0.206 115 S 0.197 0.010 0.072 0.128 0.306 0.287 116 T 0.289 0.004 0.047 0.090 0.263 0.306 117 S 0.649 0.010 0.017 0.057 0.106 0.162 118 L 0.832 0.015 0.005 0.017 0.036 0.095 119 E 0.827 0.011 0.005 0.017 0.036 0.104 120 A 0.623 0.010 0.038 0.042 0.124 0.163 121 S 0.414 0.006 0.072 0.028 0.254 0.226 122 Q 0.375 0.009 0.113 0.034 0.277 0.191 123 V 0.400 0.016 0.066 0.032 0.239 0.248 124 H 0.530 0.020 0.047 0.029 0.149 0.226 125 F 0.624 0.031 0.037 0.030 0.100 0.178 126 T 0.527 0.027 0.038 0.034 0.156 0.217 127 R 0.409 0.016 0.030 0.020 0.213 0.312 128 E 0.187 0.021 0.019 0.023 0.231 0.520 129 M 0.066 0.028 0.004 0.009 0.147 0.746 130 P 0.024 0.008 0.001 0.003 0.093 0.871