# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0221 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.007 0.026 0.261 0.013 0.070 0.077 0.002 0.002 0.014 0.184 0.273 0.018 0.054 2 G 0.004 0.010 0.377 0.006 0.022 0.035 0.001 0.001 0.015 0.160 0.310 0.042 0.015 3 H 0.004 0.023 0.487 0.002 0.021 0.016 0.002 0.001 0.009 0.159 0.205 0.017 0.054 4 L 0.001 0.042 0.629 0.001 0.008 0.026 0.002 0.001 0.009 0.159 0.060 0.040 0.022 5 E 0.001 0.013 0.840 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 0.004 0.071 0.023 0.002 0.014 6 K 0.001 0.002 0.369 0.001 0.020 0.535 0.001 0.001 0.002 0.045 0.023 0.002 0.001 7 P 0.001 0.001 0.215 0.001 0.017 0.713 0.001 0.001 0.001 0.022 0.030 0.001 0.001 8 E 0.001 0.003 0.044 0.001 0.022 0.888 0.001 0.001 0.003 0.003 0.033 0.003 0.001 9 V 0.001 0.002 0.013 0.001 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 10 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.646 0.001 0.001 0.001 0.004 0.345 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.031 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.016 0.922 0.001 0.001 18 L 0.001 0.006 0.868 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.006 0.070 0.030 0.001 0.002 19 S 0.001 0.024 0.541 0.002 0.049 0.020 0.001 0.001 0.097 0.134 0.052 0.060 0.018 20 T 0.002 0.009 0.180 0.014 0.109 0.021 0.006 0.036 0.331 0.106 0.074 0.006 0.106 21 A 0.006 0.017 0.170 0.041 0.061 0.035 0.011 0.051 0.382 0.107 0.043 0.058 0.017 22 K 0.005 0.019 0.396 0.015 0.031 0.021 0.009 0.046 0.228 0.096 0.035 0.024 0.075 23 K 0.001 0.023 0.608 0.006 0.049 0.026 0.001 0.005 0.050 0.091 0.069 0.024 0.047 24 K 0.001 0.007 0.132 0.016 0.148 0.028 0.001 0.003 0.004 0.181 0.460 0.006 0.013 25 D 0.003 0.019 0.271 0.012 0.109 0.019 0.002 0.004 0.008 0.168 0.348 0.024 0.014 26 S 0.015 0.030 0.244 0.004 0.092 0.019 0.003 0.005 0.039 0.172 0.116 0.026 0.234 27 T 0.024 0.014 0.196 0.203 0.049 0.013 0.003 0.004 0.018 0.232 0.172 0.046 0.027 28 G 0.165 0.007 0.224 0.047 0.049 0.010 0.018 0.007 0.030 0.106 0.082 0.084 0.170 29 I 0.437 0.005 0.051 0.005 0.011 0.003 0.070 0.028 0.047 0.010 0.009 0.080 0.246 30 C 0.462 0.009 0.021 0.012 0.009 0.006 0.143 0.035 0.038 0.013 0.008 0.196 0.049 31 F 0.410 0.011 0.034 0.003 0.005 0.003 0.140 0.039 0.099 0.009 0.007 0.046 0.195 32 I 0.163 0.016 0.233 0.011 0.003 0.005 0.046 0.011 0.124 0.029 0.008 0.249 0.102 33 G 0.006 0.018 0.509 0.006 0.006 0.009 0.005 0.002 0.045 0.195 0.042 0.014 0.144 34 E 0.002 0.010 0.253 0.032 0.031 0.045 0.001 0.001 0.008 0.399 0.200 0.007 0.013 35 K 0.001 0.007 0.159 0.002 0.043 0.136 0.001 0.001 0.003 0.415 0.218 0.012 0.003 36 N 0.001 0.024 0.296 0.001 0.072 0.215 0.001 0.001 0.004 0.175 0.188 0.003 0.019 37 F 0.001 0.022 0.097 0.001 0.078 0.669 0.001 0.001 0.004 0.030 0.090 0.002 0.007 38 K 0.001 0.003 0.032 0.001 0.097 0.770 0.001 0.001 0.001 0.013 0.078 0.002 0.002 39 N 0.002 0.002 0.029 0.001 0.174 0.659 0.001 0.001 0.001 0.033 0.090 0.003 0.004 40 F 0.008 0.012 0.032 0.001 0.176 0.630 0.001 0.002 0.004 0.019 0.091 0.003 0.021 41 L 0.004 0.018 0.045 0.004 0.210 0.597 0.001 0.001 0.001 0.037 0.071 0.007 0.005 42 S 0.001 0.002 0.030 0.003 0.305 0.502 0.001 0.001 0.001 0.013 0.139 0.001 0.004 43 N 0.002 0.008 0.073 0.001 0.260 0.370 0.001 0.001 0.001 0.049 0.224 0.006 0.005 44 Y 0.002 0.031 0.209 0.001 0.130 0.263 0.001 0.001 0.013 0.122 0.211 0.002 0.013 45 L 0.001 0.012 0.590 0.003 0.019 0.018 0.001 0.001 0.004 0.245 0.096 0.009 0.003 46 P 0.001 0.023 0.630 0.003 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.147 0.148 0.004 0.016 47 A 0.001 0.018 0.485 0.003 0.021 0.006 0.001 0.001 0.005 0.231 0.191 0.007 0.032 48 Q 0.001 0.009 0.569 0.012 0.014 0.003 0.001 0.001 0.004 0.268 0.055 0.056 0.008 49 P 0.003 0.007 0.287 0.027 0.033 0.005 0.001 0.001 0.006 0.121 0.431 0.013 0.065 50 G 0.015 0.016 0.291 0.011 0.016 0.001 0.004 0.001 0.023 0.182 0.272 0.113 0.056 51 R 0.043 0.031 0.249 0.007 0.003 0.001 0.016 0.002 0.031 0.076 0.005 0.360 0.175 52 M 0.036 0.021 0.068 0.002 0.001 0.001 0.024 0.003 0.029 0.004 0.001 0.079 0.732 53 M 0.074 0.054 0.090 0.034 0.003 0.001 0.034 0.004 0.055 0.011 0.005 0.495 0.140 54 T 0.013 0.010 0.334 0.013 0.005 0.002 0.003 0.001 0.048 0.023 0.026 0.061 0.461 55 V 0.006 0.008 0.137 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.067 0.581 0.128 0.032 56 D 0.001 0.001 0.008 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.940 0.003 0.003 57 G 0.002 0.004 0.186 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.408 0.351 0.025 0.013 58 R 0.027 0.024 0.524 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.056 0.005 0.208 0.139 59 D 0.052 0.046 0.065 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.006 0.003 0.066 0.734 60 M 0.115 0.012 0.046 0.284 0.004 0.002 0.022 0.001 0.005 0.014 0.005 0.362 0.129 61 G 0.165 0.006 0.066 0.019 0.004 0.003 0.023 0.001 0.009 0.016 0.012 0.258 0.417 62 E 0.067 0.010 0.178 0.025 0.009 0.005 0.010 0.002 0.007 0.030 0.034 0.099 0.524 63 H 0.022 0.014 0.160 0.067 0.016 0.013 0.003 0.001 0.006 0.125 0.140 0.324 0.109 64 A 0.019 0.003 0.105 0.050 0.020 0.010 0.001 0.001 0.002 0.128 0.486 0.052 0.121 65 G 0.073 0.007 0.160 0.024 0.011 0.008 0.007 0.002 0.007 0.132 0.137 0.272 0.160 66 L 0.274 0.011 0.095 0.017 0.003 0.007 0.024 0.003 0.007 0.033 0.009 0.107 0.410 67 M 0.401 0.004 0.047 0.017 0.001 0.005 0.030 0.004 0.009 0.007 0.004 0.300 0.172 68 Y 0.442 0.004 0.027 0.063 0.002 0.008 0.041 0.003 0.006 0.009 0.002 0.063 0.328 69 Y 0.382 0.002 0.042 0.004 0.002 0.012 0.033 0.002 0.008 0.004 0.002 0.381 0.125 70 T 0.318 0.004 0.060 0.022 0.007 0.055 0.037 0.005 0.017 0.020 0.020 0.053 0.381 71 I 0.221 0.007 0.066 0.023 0.017 0.117 0.054 0.015 0.026 0.027 0.065 0.227 0.133 72 G 0.215 0.006 0.098 0.064 0.022 0.070 0.030 0.012 0.025 0.056 0.111 0.099 0.192 73 Q 0.148 0.017 0.138 0.021 0.050 0.105 0.029 0.009 0.018 0.073 0.080 0.113 0.200 74 R 0.098 0.022 0.083 0.022 0.054 0.120 0.013 0.008 0.020 0.057 0.157 0.096 0.250 75 G 0.045 0.010 0.122 0.053 0.076 0.130 0.005 0.004 0.008 0.092 0.276 0.113 0.068 76 G 0.034 0.012 0.192 0.024 0.053 0.047 0.003 0.003 0.015 0.149 0.325 0.046 0.096 77 L 0.019 0.024 0.430 0.012 0.046 0.039 0.003 0.001 0.015 0.166 0.133 0.059 0.053 78 G 0.011 0.024 0.471 0.010 0.032 0.022 0.003 0.001 0.019 0.116 0.094 0.089 0.107 79 I 0.033 0.026 0.289 0.012 0.088 0.045 0.005 0.003 0.018 0.145 0.144 0.038 0.154 80 G 0.054 0.040 0.254 0.020 0.069 0.047 0.009 0.003 0.018 0.170 0.139 0.116 0.061 81 G 0.016 0.025 0.365 0.003 0.096 0.047 0.003 0.001 0.018 0.164 0.117 0.043 0.103 82 Q 0.004 0.034 0.248 0.003 0.177 0.106 0.001 0.001 0.003 0.104 0.282 0.008 0.029 83 H 0.002 0.016 0.120 0.002 0.180 0.071 0.001 0.001 0.001 0.142 0.444 0.011 0.010 84 G 0.001 0.010 0.136 0.002 0.155 0.055 0.001 0.001 0.001 0.139 0.482 0.006 0.011 85 G 0.002 0.014 0.294 0.007 0.122 0.031 0.001 0.001 0.002 0.132 0.369 0.005 0.023 86 D 0.003 0.037 0.318 0.006 0.089 0.028 0.001 0.001 0.002 0.264 0.217 0.022 0.012 87 N 0.011 0.030 0.229 0.009 0.033 0.017 0.002 0.001 0.009 0.362 0.182 0.014 0.102 88 A 0.006 0.005 0.397 0.070 0.004 0.003 0.001 0.001 0.009 0.327 0.008 0.161 0.010 89 P 0.010 0.005 0.474 0.031 0.010 0.007 0.002 0.001 0.018 0.047 0.023 0.005 0.368 90 W 0.170 0.018 0.143 0.023 0.013 0.005 0.086 0.023 0.052 0.017 0.022 0.355 0.072 91 F 0.360 0.009 0.025 0.008 0.006 0.003 0.093 0.020 0.047 0.015 0.005 0.279 0.129 92 V 0.266 0.005 0.040 0.016 0.006 0.002 0.033 0.009 0.042 0.005 0.003 0.181 0.392 93 V 0.160 0.003 0.085 0.137 0.006 0.004 0.021 0.002 0.045 0.014 0.019 0.316 0.187 94 G 0.119 0.002 0.094 0.008 0.008 0.002 0.005 0.001 0.019 0.075 0.020 0.282 0.364 95 K 0.077 0.011 0.150 0.055 0.010 0.006 0.005 0.001 0.008 0.135 0.048 0.091 0.401 96 D 0.014 0.019 0.348 0.016 0.038 0.016 0.001 0.001 0.008 0.073 0.073 0.267 0.127 97 L 0.008 0.014 0.155 0.020 0.125 0.034 0.001 0.002 0.003 0.128 0.317 0.017 0.175 98 S 0.009 0.010 0.160 0.020 0.102 0.022 0.001 0.001 0.002 0.110 0.414 0.134 0.014 99 K 0.017 0.006 0.090 0.009 0.133 0.027 0.002 0.002 0.008 0.160 0.409 0.016 0.121 100 N 0.037 0.004 0.312 0.098 0.015 0.005 0.006 0.002 0.017 0.204 0.192 0.081 0.025 101 I 0.301 0.005 0.101 0.014 0.005 0.002 0.073 0.029 0.089 0.048 0.006 0.101 0.226 102 L 0.429 0.003 0.018 0.008 0.001 0.001 0.224 0.098 0.052 0.004 0.001 0.031 0.131 103 Y 0.292 0.007 0.009 0.010 0.002 0.001 0.216 0.172 0.084 0.005 0.001 0.169 0.032 104 V 0.193 0.008 0.038 0.003 0.001 0.001 0.157 0.118 0.190 0.005 0.003 0.037 0.246 105 G 0.026 0.006 0.491 0.033 0.005 0.002 0.027 0.022 0.192 0.032 0.026 0.093 0.046 106 Q 0.004 0.011 0.244 0.012 0.008 0.003 0.005 0.003 0.040 0.398 0.228 0.009 0.037 107 G 0.001 0.009 0.245 0.006 0.011 0.003 0.001 0.001 0.005 0.280 0.431 0.004 0.004 108 F 0.001 0.023 0.292 0.001 0.017 0.016 0.001 0.001 0.003 0.374 0.258 0.010 0.005 109 Y 0.001 0.048 0.497 0.001 0.018 0.020 0.001 0.001 0.003 0.158 0.237 0.003 0.015 110 H 0.001 0.012 0.535 0.001 0.033 0.049 0.001 0.001 0.001 0.277 0.081 0.004 0.006 111 D 0.001 0.004 0.196 0.011 0.219 0.206 0.001 0.001 0.001 0.092 0.264 0.001 0.005 112 S 0.004 0.009 0.082 0.003 0.296 0.266 0.002 0.001 0.001 0.083 0.229 0.018 0.008 113 L 0.019 0.015 0.171 0.005 0.248 0.176 0.004 0.002 0.005 0.052 0.123 0.022 0.157 114 M 0.067 0.076 0.138 0.031 0.126 0.165 0.011 0.003 0.006 0.108 0.128 0.098 0.043 115 S 0.035 0.016 0.237 0.010 0.083 0.131 0.003 0.007 0.024 0.099 0.148 0.039 0.167 116 T 0.024 0.006 0.252 0.078 0.043 0.086 0.003 0.004 0.020 0.278 0.138 0.044 0.023 117 S 0.065 0.011 0.257 0.037 0.032 0.053 0.017 0.013 0.086 0.176 0.080 0.037 0.136 118 L 0.160 0.019 0.194 0.008 0.013 0.023 0.050 0.050 0.072 0.033 0.028 0.208 0.142 119 E 0.162 0.029 0.120 0.009 0.014 0.021 0.096 0.100 0.102 0.043 0.029 0.125 0.149 120 A 0.116 0.015 0.163 0.004 0.040 0.029 0.045 0.084 0.183 0.026 0.034 0.057 0.202 121 S 0.049 0.008 0.187 0.146 0.081 0.039 0.021 0.029 0.074 0.145 0.131 0.055 0.036 122 Q 0.035 0.009 0.287 0.060 0.109 0.030 0.010 0.006 0.052 0.207 0.081 0.029 0.084 123 V 0.063 0.023 0.293 0.015 0.055 0.029 0.015 0.020 0.111 0.101 0.043 0.053 0.180 124 H 0.054 0.062 0.183 0.023 0.053 0.046 0.015 0.038 0.095 0.104 0.064 0.199 0.065 125 F 0.052 0.017 0.182 0.014 0.097 0.051 0.018 0.075 0.068 0.051 0.133 0.025 0.218 126 T 0.086 0.026 0.199 0.046 0.088 0.059 0.021 0.040 0.090 0.083 0.133 0.075 0.052 127 R 0.016 0.012 0.250 0.021 0.085 0.044 0.009 0.005 0.059 0.237 0.155 0.056 0.051 128 E 0.006 0.022 0.445 0.005 0.031 0.012 0.003 0.001 0.016 0.262 0.132 0.008 0.057 129 M 0.001 0.034 0.667 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.005 0.229 0.009 0.036 0.006 130 P 0.001 0.010 0.887 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.002 0.046 0.014 0.001 0.019