# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0221 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.085 0.020 0.004 0.019 0.011 0.022 0.111 0.004 0.001 0.042 0.681 2 G 0.022 0.011 0.001 0.016 0.026 0.053 0.108 0.005 0.001 0.030 0.726 3 H 0.048 0.005 0.001 0.017 0.058 0.055 0.104 0.003 0.001 0.035 0.674 4 L 0.015 0.016 0.001 0.041 0.053 0.040 0.121 0.001 0.001 0.030 0.682 5 E 0.014 0.130 0.001 0.015 0.020 0.020 0.094 0.005 0.001 0.041 0.660 6 K 0.027 0.618 0.001 0.007 0.013 0.009 0.042 0.014 0.001 0.035 0.234 7 P 0.014 0.888 0.001 0.010 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.020 0.053 8 E 0.002 0.870 0.001 0.013 0.005 0.005 0.007 0.001 0.001 0.064 0.033 9 V 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 10 R 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 11 R 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 12 L 0.004 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.024 0.008 13 A 0.006 0.012 0.560 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.362 0.047 0.006 14 E 0.814 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.002 0.027 0.090 15 E 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.002 0.020 0.912 16 A 0.020 0.016 0.005 0.010 0.001 0.002 0.108 0.001 0.001 0.027 0.810 17 G 0.009 0.022 0.001 0.013 0.011 0.026 0.107 0.006 0.001 0.053 0.753 18 L 0.089 0.032 0.002 0.010 0.012 0.014 0.114 0.007 0.001 0.036 0.683 19 S 0.091 0.132 0.002 0.120 0.028 0.062 0.094 0.011 0.001 0.065 0.396 20 T 0.147 0.033 0.001 0.035 0.018 0.050 0.094 0.003 0.001 0.052 0.566 21 A 0.013 0.015 0.002 0.173 0.053 0.088 0.127 0.005 0.001 0.026 0.497 22 K 0.033 0.015 0.003 0.096 0.029 0.052 0.100 0.003 0.002 0.038 0.630 23 K 0.112 0.007 0.006 0.082 0.065 0.054 0.091 0.005 0.003 0.104 0.471 24 K 0.022 0.001 0.003 0.035 0.013 0.029 0.109 0.001 0.002 0.037 0.748 25 D 0.092 0.003 0.002 0.028 0.031 0.058 0.115 0.005 0.001 0.070 0.595 26 S 0.099 0.005 0.001 0.032 0.012 0.018 0.145 0.003 0.001 0.092 0.593 27 T 0.006 0.002 0.001 0.037 0.034 0.077 0.168 0.003 0.001 0.070 0.601 28 G 0.002 0.002 0.001 0.088 0.094 0.261 0.084 0.002 0.001 0.095 0.371 29 I 0.003 0.002 0.001 0.159 0.183 0.240 0.058 0.001 0.001 0.065 0.289 30 C 0.001 0.001 0.001 0.210 0.246 0.322 0.035 0.001 0.001 0.046 0.139 31 F 0.007 0.002 0.001 0.148 0.217 0.350 0.034 0.001 0.001 0.069 0.171 32 I 0.062 0.009 0.002 0.165 0.092 0.174 0.096 0.006 0.003 0.076 0.316 33 G 0.313 0.117 0.002 0.022 0.014 0.019 0.074 0.010 0.003 0.052 0.372 34 E 0.166 0.090 0.002 0.008 0.007 0.011 0.072 0.005 0.001 0.024 0.614 35 K 0.010 0.042 0.001 0.014 0.017 0.024 0.102 0.003 0.001 0.046 0.739 36 N 0.017 0.713 0.002 0.006 0.016 0.012 0.032 0.004 0.001 0.069 0.129 37 F 0.024 0.924 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 0.001 0.003 0.031 38 K 0.058 0.428 0.002 0.004 0.010 0.014 0.017 0.006 0.001 0.334 0.127 39 N 0.015 0.595 0.011 0.004 0.004 0.006 0.020 0.003 0.005 0.240 0.098 40 F 0.182 0.513 0.046 0.004 0.004 0.008 0.032 0.051 0.014 0.066 0.080 41 L 0.210 0.285 0.086 0.012 0.009 0.015 0.031 0.059 0.055 0.041 0.196 42 S 0.172 0.019 0.001 0.003 0.004 0.008 0.086 0.002 0.001 0.014 0.691 43 N 0.018 0.011 0.001 0.017 0.006 0.020 0.111 0.006 0.001 0.033 0.776 44 Y 0.033 0.016 0.004 0.022 0.004 0.012 0.173 0.003 0.001 0.038 0.694 45 L 0.059 0.002 0.002 0.029 0.042 0.059 0.127 0.005 0.001 0.069 0.605 46 P 0.011 0.001 0.002 0.024 0.013 0.027 0.124 0.001 0.001 0.034 0.763 47 A 0.070 0.001 0.003 0.025 0.022 0.039 0.130 0.006 0.002 0.056 0.646 48 Q 0.291 0.003 0.001 0.023 0.008 0.013 0.134 0.007 0.001 0.102 0.417 49 P 0.011 0.001 0.001 0.022 0.009 0.035 0.156 0.003 0.001 0.056 0.707 50 G 0.003 0.002 0.001 0.045 0.041 0.199 0.097 0.002 0.001 0.066 0.545 51 R 0.002 0.001 0.001 0.087 0.248 0.357 0.038 0.001 0.001 0.053 0.213 52 M 0.001 0.001 0.001 0.053 0.265 0.389 0.030 0.001 0.001 0.042 0.219 53 M 0.001 0.001 0.001 0.062 0.314 0.390 0.031 0.001 0.001 0.029 0.171 54 T 0.332 0.002 0.003 0.029 0.100 0.132 0.043 0.006 0.005 0.086 0.262 55 V 0.417 0.001 0.001 0.011 0.010 0.013 0.057 0.005 0.001 0.093 0.390 56 D 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.024 0.083 0.001 0.001 0.017 0.857 57 G 0.008 0.002 0.001 0.040 0.044 0.118 0.117 0.001 0.001 0.040 0.627 58 R 0.004 0.002 0.001 0.023 0.343 0.218 0.058 0.001 0.001 0.050 0.300 59 D 0.008 0.004 0.001 0.045 0.219 0.294 0.046 0.001 0.001 0.073 0.309 60 M 0.006 0.006 0.002 0.063 0.193 0.258 0.076 0.001 0.001 0.053 0.342 61 G 0.016 0.003 0.003 0.064 0.211 0.331 0.067 0.001 0.002 0.065 0.237 62 E 0.093 0.007 0.001 0.048 0.114 0.215 0.082 0.006 0.001 0.124 0.309 63 H 0.170 0.007 0.002 0.044 0.061 0.122 0.113 0.004 0.002 0.070 0.404 64 A 0.018 0.002 0.002 0.037 0.073 0.183 0.133 0.002 0.001 0.040 0.508 65 G 0.005 0.002 0.001 0.037 0.157 0.287 0.115 0.002 0.001 0.040 0.354 66 L 0.005 0.003 0.001 0.078 0.252 0.259 0.082 0.001 0.001 0.077 0.242 67 M 0.001 0.003 0.001 0.119 0.260 0.373 0.040 0.001 0.001 0.059 0.143 68 Y 0.003 0.003 0.001 0.078 0.247 0.445 0.030 0.001 0.001 0.045 0.147 69 Y 0.002 0.004 0.001 0.093 0.329 0.358 0.024 0.001 0.001 0.034 0.154 70 T 0.014 0.014 0.001 0.054 0.260 0.434 0.029 0.002 0.001 0.067 0.124 71 I 0.031 0.017 0.006 0.091 0.185 0.279 0.070 0.004 0.005 0.104 0.210 72 G 0.061 0.006 0.015 0.064 0.125 0.185 0.090 0.005 0.013 0.091 0.345 73 Q 0.302 0.008 0.002 0.034 0.086 0.103 0.078 0.011 0.001 0.097 0.277 74 R 0.083 0.005 0.001 0.040 0.023 0.046 0.125 0.003 0.001 0.048 0.625 75 G 0.011 0.004 0.001 0.067 0.025 0.064 0.132 0.003 0.001 0.040 0.654 76 G 0.018 0.003 0.001 0.049 0.092 0.116 0.149 0.003 0.001 0.106 0.463 77 L 0.009 0.002 0.001 0.089 0.069 0.078 0.162 0.002 0.001 0.049 0.538 78 G 0.050 0.010 0.001 0.138 0.059 0.118 0.142 0.005 0.001 0.119 0.357 79 I 0.093 0.009 0.001 0.085 0.026 0.058 0.140 0.002 0.001 0.143 0.442 80 G 0.012 0.007 0.002 0.091 0.025 0.094 0.202 0.002 0.002 0.074 0.490 81 G 0.070 0.005 0.007 0.034 0.029 0.065 0.135 0.004 0.005 0.087 0.558 82 Q 0.291 0.004 0.002 0.016 0.016 0.024 0.104 0.009 0.001 0.111 0.422 83 H 0.113 0.002 0.001 0.007 0.004 0.007 0.098 0.002 0.001 0.051 0.714 84 G 0.018 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.099 0.002 0.001 0.028 0.826 85 G 0.028 0.001 0.001 0.003 0.015 0.016 0.122 0.002 0.001 0.023 0.790 86 D 0.010 0.001 0.001 0.011 0.059 0.057 0.136 0.003 0.001 0.022 0.702 87 N 0.022 0.002 0.001 0.021 0.019 0.031 0.124 0.001 0.001 0.030 0.749 88 A 0.009 0.001 0.001 0.034 0.122 0.103 0.176 0.009 0.001 0.043 0.503 89 P 0.005 0.003 0.001 0.183 0.061 0.092 0.130 0.001 0.001 0.028 0.496 90 W 0.001 0.001 0.001 0.295 0.161 0.313 0.037 0.001 0.001 0.038 0.153 91 F 0.003 0.001 0.001 0.351 0.160 0.210 0.036 0.001 0.001 0.047 0.191 92 V 0.006 0.004 0.001 0.278 0.205 0.274 0.041 0.001 0.001 0.036 0.155 93 V 0.029 0.004 0.001 0.184 0.113 0.182 0.070 0.002 0.001 0.073 0.340 94 G 0.039 0.003 0.002 0.080 0.075 0.103 0.116 0.001 0.002 0.081 0.497 95 K 0.007 0.002 0.001 0.032 0.034 0.057 0.136 0.003 0.001 0.034 0.693 96 D 0.414 0.016 0.004 0.019 0.020 0.026 0.101 0.007 0.004 0.092 0.298 97 L 0.199 0.003 0.010 0.023 0.011 0.014 0.100 0.003 0.004 0.117 0.515 98 S 0.022 0.003 0.001 0.015 0.012 0.022 0.131 0.003 0.001 0.021 0.772 99 K 0.018 0.003 0.001 0.052 0.031 0.037 0.143 0.002 0.001 0.041 0.672 100 N 0.002 0.004 0.001 0.302 0.095 0.105 0.093 0.002 0.001 0.086 0.310 101 I 0.001 0.001 0.001 0.400 0.109 0.219 0.033 0.001 0.001 0.083 0.154 102 L 0.001 0.001 0.001 0.793 0.064 0.041 0.012 0.001 0.001 0.018 0.071 103 Y 0.001 0.001 0.001 0.822 0.054 0.065 0.009 0.001 0.001 0.026 0.022 104 V 0.012 0.001 0.001 0.614 0.029 0.076 0.043 0.001 0.001 0.048 0.175 105 G 0.148 0.007 0.001 0.270 0.017 0.039 0.117 0.004 0.002 0.048 0.346 106 Q 0.039 0.006 0.001 0.049 0.010 0.030 0.178 0.006 0.001 0.056 0.624 107 G 0.068 0.014 0.001 0.027 0.014 0.022 0.155 0.001 0.001 0.029 0.666 108 F 0.033 0.012 0.002 0.021 0.057 0.051 0.129 0.005 0.001 0.051 0.639 109 Y 0.050 0.213 0.002 0.009 0.013 0.015 0.103 0.009 0.001 0.037 0.548 110 H 0.158 0.515 0.005 0.004 0.009 0.011 0.043 0.024 0.001 0.028 0.201 111 D 0.110 0.361 0.005 0.007 0.008 0.013 0.056 0.010 0.001 0.080 0.348 112 S 0.042 0.163 0.004 0.007 0.021 0.037 0.073 0.005 0.001 0.389 0.257 113 L 0.072 0.193 0.012 0.018 0.028 0.047 0.078 0.011 0.003 0.269 0.269 114 M 0.066 0.419 0.010 0.022 0.028 0.042 0.061 0.012 0.003 0.054 0.283 115 S 0.055 0.309 0.006 0.020 0.039 0.070 0.076 0.008 0.002 0.048 0.367 116 T 0.043 0.420 0.003 0.024 0.032 0.074 0.056 0.014 0.001 0.044 0.290 117 S 0.053 0.125 0.010 0.031 0.039 0.070 0.070 0.009 0.003 0.261 0.329 118 L 0.031 0.167 0.021 0.060 0.054 0.068 0.095 0.007 0.008 0.135 0.353 119 E 0.156 0.167 0.014 0.035 0.034 0.051 0.083 0.014 0.006 0.082 0.359 120 A 0.143 0.083 0.015 0.048 0.043 0.045 0.088 0.017 0.007 0.072 0.439 121 S 0.108 0.061 0.003 0.047 0.028 0.061 0.114 0.010 0.002 0.052 0.514 122 Q 0.067 0.036 0.006 0.050 0.024 0.061 0.105 0.007 0.002 0.071 0.570 123 V 0.040 0.027 0.007 0.057 0.052 0.076 0.132 0.007 0.003 0.065 0.533 124 H 0.097 0.024 0.007 0.072 0.047 0.085 0.113 0.006 0.003 0.066 0.480 125 F 0.058 0.012 0.003 0.063 0.049 0.087 0.098 0.008 0.001 0.064 0.557 126 T 0.086 0.005 0.001 0.035 0.030 0.047 0.114 0.003 0.001 0.048 0.630 127 R 0.016 0.002 0.001 0.039 0.033 0.059 0.128 0.003 0.001 0.034 0.687 128 E 0.015 0.004 0.001 0.021 0.014 0.022 0.114 0.001 0.001 0.021 0.786 129 M 0.056 0.005 0.002 0.019 0.045 0.041 0.138 0.015 0.001 0.052 0.627 130 P 0.118 0.015 0.002 0.016 0.010 0.012 0.114 0.006 0.001 0.049 0.658