# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0221 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.011 0.966 2 G 0.006 0.011 0.024 0.025 0.018 0.082 0.835 3 H 0.011 0.011 0.112 0.040 0.131 0.182 0.512 4 L 0.011 0.008 0.040 0.034 0.187 0.110 0.609 5 E 0.009 0.018 0.025 0.064 0.160 0.074 0.650 6 K 0.004 0.003 0.006 0.337 0.185 0.010 0.455 7 P 0.001 0.001 0.006 0.971 0.002 0.007 0.014 8 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 9 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 10 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.026 0.001 16 A 0.001 0.001 0.003 0.435 0.003 0.556 0.002 17 G 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.957 0.020 18 L 0.004 0.003 0.001 0.002 0.024 0.003 0.963 19 S 0.079 0.031 0.018 0.007 0.048 0.008 0.808 20 T 0.240 0.070 0.085 0.018 0.083 0.033 0.471 21 A 0.210 0.022 0.074 0.013 0.191 0.084 0.407 22 K 0.172 0.038 0.045 0.013 0.195 0.077 0.460 23 K 0.112 0.024 0.026 0.010 0.254 0.017 0.556 24 K 0.062 0.018 0.150 0.025 0.170 0.266 0.309 25 D 0.071 0.017 0.162 0.012 0.163 0.352 0.223 26 S 0.172 0.040 0.145 0.008 0.087 0.142 0.407 27 T 0.251 0.017 0.055 0.005 0.226 0.156 0.289 28 G 0.539 0.004 0.025 0.003 0.177 0.064 0.189 29 I 0.840 0.012 0.004 0.003 0.008 0.004 0.129 30 C 0.951 0.012 0.002 0.002 0.003 0.001 0.029 31 F 0.934 0.012 0.002 0.002 0.005 0.003 0.042 32 I 0.650 0.021 0.006 0.002 0.053 0.032 0.236 33 G 0.137 0.009 0.011 0.002 0.288 0.099 0.453 34 E 0.027 0.011 0.075 0.035 0.248 0.271 0.334 35 K 0.013 0.011 0.078 0.128 0.398 0.248 0.124 36 N 0.020 0.032 0.086 0.216 0.194 0.159 0.293 37 F 0.002 0.001 0.055 0.893 0.004 0.021 0.024 38 K 0.001 0.001 0.032 0.950 0.003 0.009 0.005 39 N 0.001 0.001 0.028 0.959 0.001 0.008 0.003 40 F 0.001 0.001 0.029 0.959 0.002 0.007 0.003 41 L 0.002 0.001 0.032 0.942 0.004 0.017 0.003 42 S 0.002 0.001 0.070 0.850 0.003 0.073 0.002 43 N 0.002 0.001 0.077 0.509 0.005 0.401 0.005 44 Y 0.010 0.030 0.113 0.269 0.089 0.387 0.102 45 L 0.012 0.016 0.007 0.007 0.550 0.043 0.366 46 P 0.045 0.032 0.007 0.001 0.188 0.060 0.667 47 A 0.034 0.118 0.007 0.001 0.218 0.033 0.589 48 Q 0.073 0.017 0.006 0.001 0.244 0.063 0.597 49 P 0.029 0.006 0.024 0.001 0.256 0.371 0.314 50 G 0.166 0.005 0.040 0.001 0.420 0.176 0.193 51 R 0.550 0.017 0.017 0.004 0.030 0.006 0.376 52 M 0.974 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 53 M 0.951 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 54 T 0.637 0.009 0.001 0.001 0.005 0.002 0.345 55 V 0.150 0.004 0.014 0.003 0.151 0.478 0.202 56 D 0.009 0.001 0.007 0.001 0.075 0.889 0.018 57 G 0.047 0.001 0.018 0.002 0.406 0.466 0.060 58 R 0.313 0.037 0.010 0.008 0.098 0.032 0.502 59 D 0.782 0.098 0.008 0.005 0.028 0.009 0.070 60 M 0.739 0.017 0.027 0.012 0.048 0.027 0.130 61 G 0.513 0.009 0.037 0.019 0.096 0.083 0.243 62 E 0.463 0.014 0.055 0.030 0.119 0.074 0.245 63 H 0.394 0.041 0.047 0.060 0.116 0.075 0.267 64 A 0.148 0.006 0.039 0.047 0.186 0.439 0.134 65 G 0.190 0.006 0.025 0.028 0.201 0.395 0.155 66 L 0.548 0.021 0.013 0.046 0.094 0.038 0.240 67 M 0.859 0.014 0.005 0.024 0.025 0.010 0.063 68 Y 0.880 0.007 0.006 0.029 0.020 0.013 0.046 69 Y 0.841 0.009 0.005 0.059 0.016 0.016 0.054 70 T 0.676 0.017 0.004 0.077 0.021 0.016 0.188 71 I 0.308 0.010 0.031 0.254 0.066 0.206 0.127 72 G 0.226 0.007 0.059 0.199 0.098 0.288 0.124 73 Q 0.273 0.025 0.089 0.224 0.089 0.098 0.203 74 R 0.226 0.050 0.095 0.184 0.112 0.166 0.167 75 G 0.079 0.016 0.103 0.110 0.090 0.458 0.144 76 G 0.064 0.014 0.091 0.059 0.120 0.318 0.334 77 L 0.094 0.035 0.069 0.048 0.179 0.178 0.398 78 G 0.130 0.055 0.058 0.025 0.150 0.179 0.403 79 I 0.098 0.057 0.066 0.025 0.167 0.110 0.477 80 G 0.075 0.044 0.050 0.017 0.158 0.233 0.423 81 G 0.038 0.038 0.059 0.012 0.210 0.249 0.395 82 Q 0.030 0.035 0.056 0.010 0.184 0.162 0.523 83 H 0.019 0.031 0.075 0.009 0.202 0.352 0.312 84 G 0.011 0.024 0.047 0.007 0.232 0.494 0.185 85 G 0.013 0.015 0.048 0.004 0.216 0.246 0.458 86 D 0.028 0.030 0.032 0.005 0.268 0.282 0.356 87 N 0.055 0.039 0.025 0.004 0.356 0.189 0.331 88 A 0.092 0.012 0.003 0.001 0.464 0.008 0.420 89 P 0.219 0.013 0.008 0.002 0.059 0.016 0.682 90 W 0.662 0.022 0.015 0.004 0.124 0.017 0.156 91 F 0.930 0.007 0.005 0.004 0.010 0.006 0.038 92 V 0.962 0.006 0.001 0.003 0.002 0.002 0.025 93 V 0.957 0.006 0.001 0.004 0.006 0.005 0.020 94 G 0.842 0.002 0.002 0.004 0.031 0.023 0.095 95 K 0.701 0.020 0.005 0.007 0.113 0.026 0.127 96 D 0.444 0.045 0.026 0.004 0.083 0.025 0.372 97 L 0.029 0.003 0.316 0.022 0.032 0.579 0.018 98 S 0.023 0.004 0.255 0.007 0.029 0.655 0.026 99 K 0.055 0.006 0.203 0.002 0.160 0.486 0.086 100 N 0.119 0.002 0.022 0.001 0.260 0.421 0.175 101 I 0.877 0.015 0.003 0.001 0.011 0.005 0.087 102 L 0.983 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 103 Y 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 104 V 0.951 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 105 G 0.570 0.006 0.003 0.002 0.061 0.041 0.317 106 Q 0.175 0.009 0.012 0.004 0.248 0.277 0.276 107 G 0.066 0.009 0.030 0.008 0.321 0.323 0.243 108 F 0.065 0.032 0.034 0.020 0.313 0.132 0.405 109 Y 0.057 0.047 0.042 0.035 0.193 0.128 0.499 110 H 0.037 0.017 0.136 0.113 0.130 0.134 0.433 111 D 0.020 0.006 0.288 0.248 0.086 0.201 0.151 112 S 0.018 0.006 0.336 0.290 0.059 0.194 0.095 113 L 0.065 0.017 0.189 0.323 0.066 0.230 0.109 114 M 0.134 0.023 0.083 0.233 0.085 0.204 0.237 115 S 0.184 0.013 0.086 0.175 0.153 0.156 0.232 116 T 0.280 0.007 0.057 0.108 0.200 0.161 0.187 117 S 0.544 0.016 0.036 0.072 0.078 0.102 0.152 118 L 0.715 0.020 0.005 0.028 0.035 0.011 0.186 119 E 0.808 0.011 0.004 0.022 0.014 0.009 0.132 120 A 0.700 0.017 0.026 0.059 0.018 0.029 0.151 121 S 0.506 0.007 0.042 0.058 0.103 0.104 0.180 122 Q 0.514 0.004 0.066 0.050 0.126 0.089 0.152 123 V 0.647 0.016 0.032 0.041 0.046 0.029 0.189 124 H 0.685 0.018 0.031 0.046 0.050 0.041 0.129 125 F 0.600 0.015 0.038 0.051 0.053 0.071 0.171 126 T 0.513 0.016 0.041 0.046 0.063 0.068 0.253 127 R 0.282 0.015 0.039 0.030 0.234 0.086 0.314 128 E 0.119 0.022 0.041 0.024 0.277 0.118 0.398 129 M 0.030 0.010 0.003 0.004 0.209 0.007 0.738 130 P 0.009 0.004 0.003 0.002 0.015 0.008 0.958