# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0221 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.254 0.097 0.246 0.328 0.008 0.027 0.016 0.002 0.019 0.001 0.002 2 G 0.082 0.017 0.072 0.033 0.077 0.002 0.074 0.260 0.002 0.380 0.001 3 H 0.178 0.125 0.256 0.230 0.030 0.071 0.069 0.009 0.026 0.005 0.003 4 L 0.049 0.257 0.587 0.022 0.021 0.027 0.016 0.001 0.019 0.001 0.001 5 E 0.040 0.087 0.774 0.017 0.003 0.065 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 6 K 0.175 0.105 0.640 0.003 0.030 0.010 0.001 0.001 0.026 0.008 0.001 7 P 0.985 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.974 0.002 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.980 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.169 0.001 0.004 0.825 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 G 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.531 0.451 0.002 0.005 0.001 18 L 0.018 0.198 0.680 0.014 0.012 0.062 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 19 S 0.173 0.143 0.444 0.099 0.036 0.079 0.012 0.003 0.007 0.002 0.001 20 T 0.142 0.438 0.156 0.103 0.103 0.024 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 21 A 0.149 0.322 0.283 0.092 0.087 0.027 0.010 0.003 0.024 0.003 0.001 22 K 0.054 0.207 0.436 0.082 0.040 0.120 0.020 0.003 0.036 0.002 0.001 23 K 0.074 0.249 0.504 0.029 0.028 0.048 0.008 0.002 0.058 0.001 0.001 24 K 0.531 0.064 0.332 0.019 0.015 0.013 0.004 0.004 0.005 0.012 0.001 25 D 0.238 0.031 0.086 0.556 0.021 0.016 0.030 0.008 0.012 0.001 0.001 26 S 0.049 0.094 0.625 0.037 0.134 0.023 0.006 0.012 0.005 0.013 0.001 27 T 0.150 0.220 0.083 0.477 0.049 0.006 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 28 G 0.011 0.090 0.085 0.014 0.567 0.002 0.024 0.038 0.006 0.163 0.001 29 I 0.005 0.746 0.172 0.003 0.052 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 30 C 0.012 0.716 0.125 0.007 0.020 0.057 0.002 0.001 0.061 0.001 0.001 31 F 0.009 0.610 0.213 0.008 0.054 0.068 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 32 I 0.034 0.465 0.224 0.064 0.041 0.070 0.008 0.001 0.093 0.001 0.001 33 G 0.011 0.045 0.212 0.009 0.358 0.017 0.011 0.019 0.005 0.312 0.001 34 E 0.640 0.041 0.050 0.195 0.023 0.018 0.011 0.005 0.009 0.006 0.001 35 K 0.617 0.023 0.050 0.222 0.026 0.011 0.023 0.015 0.005 0.009 0.001 36 N 0.356 0.026 0.115 0.162 0.024 0.150 0.049 0.005 0.110 0.003 0.002 37 F 0.892 0.002 0.003 0.093 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 K 0.979 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.906 0.001 0.003 0.074 0.001 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 40 F 0.947 0.001 0.003 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.961 0.002 0.004 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.972 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 N 0.618 0.003 0.006 0.359 0.002 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.500 0.027 0.114 0.316 0.002 0.016 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 45 L 0.068 0.240 0.333 0.006 0.017 0.015 0.019 0.002 0.298 0.004 0.001 46 P 0.207 0.003 0.725 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 47 A 0.279 0.048 0.392 0.203 0.015 0.027 0.011 0.013 0.008 0.003 0.002 48 Q 0.011 0.319 0.377 0.001 0.031 0.013 0.008 0.001 0.238 0.001 0.001 49 P 0.073 0.003 0.774 0.013 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 50 G 0.023 0.036 0.101 0.024 0.267 0.003 0.041 0.371 0.005 0.130 0.001 51 R 0.043 0.305 0.435 0.047 0.042 0.087 0.007 0.001 0.029 0.001 0.004 52 M 0.006 0.545 0.368 0.004 0.011 0.048 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 53 M 0.029 0.632 0.139 0.124 0.029 0.035 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 54 T 0.002 0.390 0.433 0.001 0.153 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 55 V 0.511 0.272 0.042 0.067 0.019 0.024 0.002 0.002 0.059 0.002 0.001 56 D 0.072 0.033 0.141 0.329 0.007 0.017 0.335 0.002 0.061 0.004 0.001 57 G 0.007 0.001 0.009 0.006 0.010 0.001 0.031 0.883 0.001 0.053 0.001 58 R 0.121 0.349 0.454 0.036 0.018 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 59 D 0.039 0.141 0.724 0.005 0.006 0.060 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 60 M 0.277 0.280 0.191 0.169 0.023 0.035 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 61 G 0.096 0.088 0.133 0.016 0.441 0.005 0.013 0.033 0.006 0.170 0.001 62 E 0.203 0.205 0.324 0.131 0.063 0.041 0.004 0.002 0.011 0.002 0.014 63 H 0.076 0.313 0.277 0.074 0.067 0.058 0.032 0.005 0.093 0.004 0.001 64 A 0.204 0.093 0.450 0.121 0.023 0.026 0.058 0.008 0.011 0.005 0.002 65 G 0.068 0.009 0.043 0.019 0.090 0.001 0.026 0.308 0.002 0.432 0.001 66 L 0.191 0.267 0.383 0.047 0.055 0.036 0.004 0.001 0.010 0.001 0.004 67 M 0.214 0.361 0.262 0.062 0.020 0.047 0.007 0.002 0.024 0.001 0.001 68 Y 0.094 0.567 0.158 0.045 0.080 0.029 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 69 Y 0.080 0.587 0.160 0.023 0.087 0.029 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 70 T 0.068 0.560 0.229 0.019 0.055 0.037 0.001 0.001 0.028 0.002 0.001 71 I 0.204 0.247 0.337 0.085 0.023 0.041 0.016 0.002 0.044 0.001 0.001 72 G 0.112 0.010 0.061 0.020 0.062 0.005 0.060 0.286 0.003 0.382 0.001 73 Q 0.350 0.195 0.210 0.136 0.026 0.052 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 74 R 0.269 0.190 0.253 0.167 0.028 0.032 0.029 0.007 0.017 0.006 0.001 75 G 0.122 0.060 0.163 0.177 0.125 0.007 0.172 0.116 0.010 0.048 0.001 76 G 0.050 0.011 0.069 0.024 0.079 0.005 0.141 0.345 0.003 0.271 0.002 77 L 0.190 0.242 0.268 0.209 0.056 0.016 0.004 0.002 0.007 0.003 0.002 78 G 0.067 0.114 0.226 0.068 0.215 0.035 0.095 0.072 0.017 0.089 0.001 79 I 0.115 0.384 0.263 0.143 0.038 0.024 0.003 0.002 0.024 0.001 0.001 80 G 0.107 0.093 0.217 0.098 0.179 0.014 0.067 0.082 0.018 0.123 0.002 81 G 0.088 0.040 0.201 0.028 0.180 0.006 0.020 0.127 0.004 0.305 0.003 82 Q 0.242 0.172 0.376 0.107 0.039 0.028 0.008 0.004 0.014 0.004 0.007 83 H 0.143 0.183 0.283 0.169 0.061 0.034 0.051 0.021 0.037 0.016 0.003 84 G 0.074 0.025 0.132 0.058 0.101 0.003 0.089 0.237 0.004 0.274 0.001 85 G 0.126 0.028 0.121 0.070 0.075 0.010 0.069 0.318 0.006 0.174 0.003 86 D 0.176 0.163 0.305 0.218 0.039 0.034 0.039 0.004 0.014 0.007 0.001 87 N 0.125 0.039 0.117 0.333 0.043 0.036 0.219 0.058 0.015 0.013 0.002 88 A 0.022 0.478 0.340 0.003 0.027 0.013 0.006 0.001 0.111 0.001 0.001 89 P 0.028 0.015 0.898 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 90 W 0.089 0.445 0.290 0.047 0.080 0.022 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 91 F 0.015 0.579 0.276 0.006 0.065 0.033 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 92 V 0.020 0.540 0.334 0.003 0.005 0.076 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 93 V 0.116 0.519 0.107 0.150 0.033 0.035 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 94 G 0.017 0.220 0.160 0.008 0.488 0.009 0.023 0.036 0.004 0.034 0.001 95 K 0.079 0.644 0.125 0.036 0.077 0.014 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 96 D 0.029 0.102 0.317 0.017 0.040 0.280 0.017 0.001 0.192 0.004 0.001 97 L 0.837 0.017 0.046 0.076 0.004 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 98 S 0.865 0.010 0.021 0.096 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.276 0.053 0.042 0.559 0.033 0.003 0.022 0.005 0.006 0.002 0.001 100 N 0.004 0.011 0.032 0.044 0.008 0.022 0.843 0.018 0.017 0.001 0.001 101 I 0.014 0.665 0.246 0.015 0.030 0.018 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 102 L 0.003 0.776 0.144 0.002 0.015 0.030 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 103 Y 0.003 0.620 0.297 0.001 0.007 0.058 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 104 V 0.009 0.778 0.112 0.009 0.021 0.028 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 105 G 0.032 0.431 0.189 0.011 0.226 0.032 0.009 0.007 0.033 0.029 0.001 106 Q 0.101 0.173 0.322 0.160 0.033 0.067 0.069 0.003 0.064 0.004 0.004 107 G 0.050 0.017 0.076 0.034 0.101 0.005 0.062 0.432 0.002 0.217 0.002 108 F 0.168 0.275 0.359 0.073 0.049 0.029 0.014 0.004 0.022 0.005 0.002 109 Y 0.154 0.127 0.386 0.113 0.023 0.086 0.050 0.011 0.034 0.011 0.004 110 H 0.364 0.110 0.218 0.073 0.066 0.037 0.063 0.012 0.038 0.017 0.001 111 D 0.774 0.014 0.066 0.095 0.006 0.014 0.016 0.008 0.003 0.004 0.002 112 S 0.733 0.048 0.060 0.096 0.020 0.011 0.013 0.005 0.010 0.002 0.001 113 L 0.703 0.048 0.081 0.129 0.010 0.014 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 114 M 0.593 0.118 0.090 0.114 0.029 0.025 0.014 0.004 0.011 0.002 0.001 115 S 0.457 0.180 0.126 0.133 0.062 0.017 0.009 0.003 0.010 0.003 0.001 116 T 0.469 0.150 0.083 0.205 0.060 0.009 0.012 0.002 0.006 0.002 0.001 117 S 0.172 0.377 0.106 0.133 0.096 0.032 0.042 0.006 0.034 0.001 0.001 118 L 0.021 0.673 0.203 0.010 0.050 0.017 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 119 E 0.028 0.687 0.165 0.014 0.035 0.043 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 120 A 0.089 0.483 0.256 0.016 0.054 0.068 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 121 S 0.605 0.090 0.029 0.231 0.027 0.007 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 122 Q 0.057 0.371 0.097 0.059 0.236 0.030 0.109 0.002 0.035 0.001 0.001 123 V 0.095 0.596 0.206 0.031 0.020 0.027 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 124 H 0.115 0.507 0.081 0.078 0.100 0.038 0.017 0.002 0.060 0.002 0.001 125 F 0.083 0.361 0.263 0.090 0.099 0.042 0.024 0.004 0.029 0.003 0.001 126 T 0.137 0.459 0.218 0.103 0.038 0.023 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 127 R 0.142 0.379 0.183 0.063 0.139 0.025 0.026 0.004 0.022 0.018 0.001 128 E 0.130 0.189 0.405 0.126 0.029 0.064 0.017 0.003 0.030 0.003 0.004 129 M 0.028 0.260 0.471 0.004 0.021 0.023 0.009 0.001 0.181 0.001 0.001 130 P 0.237 0.007 0.654 0.013 0.001 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054