# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0221 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.065 0.183 0.054 0.052 0.109 0.037 0.061 0.141 0.130 0.121 0.045 2 G 0.009 0.055 0.101 0.381 0.018 0.104 0.032 0.092 0.081 0.108 0.019 3 H 0.095 0.123 0.055 0.007 0.202 0.012 0.042 0.130 0.117 0.148 0.068 4 L 0.095 0.207 0.053 0.003 0.198 0.003 0.014 0.169 0.124 0.091 0.044 5 E 0.033 0.338 0.227 0.013 0.078 0.009 0.028 0.098 0.061 0.094 0.023 6 K 0.019 0.190 0.117 0.009 0.070 0.003 0.008 0.505 0.071 0.005 0.005 7 P 0.001 0.012 0.005 0.001 0.005 0.004 0.007 0.873 0.089 0.004 0.002 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.054 0.012 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.052 0.012 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.006 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.002 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.890 0.103 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.907 0.043 0.004 0.001 16 A 0.001 0.680 0.288 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 17 G 0.101 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.002 0.008 0.007 0.358 0.509 18 L 0.115 0.355 0.074 0.004 0.343 0.004 0.005 0.029 0.022 0.021 0.028 19 S 0.077 0.123 0.049 0.027 0.226 0.048 0.087 0.210 0.073 0.030 0.050 20 T 0.185 0.128 0.068 0.013 0.219 0.010 0.022 0.072 0.098 0.120 0.064 21 A 0.117 0.199 0.071 0.013 0.307 0.019 0.034 0.110 0.060 0.036 0.035 22 K 0.072 0.203 0.170 0.042 0.136 0.017 0.026 0.061 0.044 0.172 0.057 23 K 0.063 0.267 0.166 0.062 0.169 0.028 0.027 0.092 0.052 0.038 0.037 24 K 0.045 0.191 0.056 0.024 0.116 0.045 0.057 0.184 0.179 0.077 0.026 25 D 0.116 0.079 0.044 0.010 0.111 0.010 0.063 0.115 0.134 0.228 0.091 26 S 0.262 0.120 0.037 0.008 0.300 0.007 0.017 0.039 0.047 0.080 0.083 27 T 0.041 0.168 0.045 0.067 0.121 0.085 0.119 0.118 0.117 0.094 0.026 28 G 0.126 0.024 0.022 0.053 0.088 0.039 0.035 0.034 0.066 0.366 0.146 29 I 0.204 0.147 0.023 0.004 0.589 0.002 0.003 0.004 0.003 0.005 0.017 30 C 0.211 0.106 0.009 0.002 0.609 0.002 0.004 0.007 0.003 0.007 0.040 31 F 0.275 0.137 0.064 0.010 0.327 0.006 0.006 0.009 0.005 0.039 0.122 32 I 0.101 0.160 0.075 0.082 0.153 0.067 0.087 0.053 0.033 0.107 0.083 33 G 0.031 0.160 0.311 0.161 0.055 0.052 0.019 0.038 0.037 0.094 0.041 34 E 0.057 0.132 0.066 0.025 0.133 0.021 0.025 0.231 0.134 0.125 0.050 35 K 0.014 0.103 0.070 0.031 0.056 0.089 0.096 0.321 0.130 0.075 0.016 36 N 0.109 0.100 0.056 0.006 0.081 0.003 0.010 0.247 0.052 0.247 0.089 37 F 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.768 0.175 0.040 0.004 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.052 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.028 0.001 0.001 40 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.038 0.005 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.734 0.217 0.043 0.001 42 S 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.010 0.051 0.686 0.232 0.009 0.001 43 N 0.002 0.007 0.005 0.007 0.004 0.011 0.248 0.491 0.128 0.093 0.004 44 Y 0.016 0.008 0.005 0.007 0.014 0.020 0.182 0.183 0.164 0.378 0.024 45 L 0.113 0.350 0.090 0.011 0.246 0.007 0.018 0.060 0.038 0.027 0.040 46 P 0.048 0.243 0.126 0.036 0.152 0.027 0.022 0.125 0.114 0.084 0.023 47 A 0.145 0.235 0.138 0.006 0.276 0.005 0.022 0.030 0.025 0.068 0.049 48 Q 0.026 0.356 0.392 0.024 0.145 0.013 0.015 0.014 0.004 0.005 0.006 49 P 0.031 0.048 0.046 0.069 0.049 0.086 0.441 0.093 0.058 0.054 0.026 50 G 0.035 0.116 0.255 0.190 0.084 0.056 0.007 0.009 0.032 0.158 0.057 51 R 0.166 0.154 0.021 0.002 0.586 0.002 0.006 0.008 0.009 0.013 0.033 52 M 0.216 0.143 0.021 0.001 0.567 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.036 53 M 0.122 0.324 0.030 0.001 0.484 0.001 0.003 0.003 0.002 0.009 0.021 54 T 0.202 0.228 0.209 0.007 0.297 0.001 0.002 0.009 0.004 0.009 0.031 55 V 0.012 0.020 0.021 0.094 0.014 0.192 0.095 0.350 0.167 0.027 0.009 56 D 0.004 0.208 0.171 0.286 0.025 0.054 0.130 0.071 0.026 0.020 0.006 57 G 0.031 0.017 0.021 0.019 0.019 0.004 0.002 0.009 0.025 0.641 0.212 58 R 0.031 0.464 0.143 0.003 0.250 0.003 0.014 0.044 0.033 0.012 0.004 59 D 0.371 0.108 0.031 0.003 0.330 0.006 0.017 0.030 0.012 0.013 0.079 60 M 0.058 0.136 0.057 0.137 0.097 0.109 0.140 0.070 0.070 0.088 0.039 61 G 0.051 0.132 0.168 0.213 0.097 0.066 0.015 0.040 0.032 0.134 0.053 62 E 0.226 0.101 0.047 0.026 0.208 0.029 0.039 0.063 0.055 0.121 0.085 63 H 0.150 0.160 0.118 0.077 0.203 0.043 0.028 0.070 0.032 0.064 0.056 64 A 0.031 0.041 0.030 0.123 0.034 0.097 0.310 0.161 0.079 0.068 0.025 65 G 0.046 0.130 0.186 0.244 0.093 0.071 0.018 0.032 0.031 0.115 0.034 66 L 0.148 0.202 0.016 0.007 0.452 0.007 0.009 0.048 0.036 0.044 0.030 67 M 0.349 0.053 0.010 0.005 0.437 0.007 0.013 0.023 0.012 0.018 0.072 68 Y 0.223 0.122 0.022 0.011 0.479 0.020 0.035 0.022 0.012 0.020 0.034 69 Y 0.198 0.178 0.033 0.011 0.482 0.005 0.009 0.023 0.009 0.014 0.038 70 T 0.234 0.177 0.054 0.015 0.339 0.011 0.010 0.047 0.014 0.026 0.074 71 I 0.052 0.089 0.028 0.036 0.087 0.051 0.112 0.148 0.170 0.162 0.064 72 G 0.066 0.131 0.134 0.111 0.106 0.033 0.021 0.080 0.072 0.186 0.059 73 Q 0.084 0.164 0.079 0.019 0.143 0.015 0.033 0.196 0.116 0.109 0.041 74 R 0.053 0.130 0.092 0.058 0.105 0.060 0.122 0.209 0.101 0.041 0.027 75 G 0.010 0.057 0.090 0.144 0.017 0.104 0.154 0.213 0.130 0.063 0.017 76 G 0.038 0.058 0.077 0.051 0.058 0.027 0.035 0.122 0.119 0.351 0.064 77 L 0.064 0.457 0.090 0.015 0.193 0.017 0.022 0.042 0.035 0.033 0.031 78 G 0.234 0.058 0.061 0.028 0.185 0.014 0.017 0.023 0.019 0.121 0.239 79 I 0.195 0.088 0.045 0.040 0.192 0.040 0.046 0.085 0.091 0.104 0.074 80 G 0.018 0.083 0.083 0.214 0.038 0.110 0.187 0.096 0.071 0.076 0.024 81 G 0.022 0.067 0.141 0.178 0.035 0.050 0.016 0.054 0.083 0.317 0.038 82 Q 0.095 0.185 0.118 0.031 0.176 0.036 0.068 0.106 0.081 0.066 0.038 83 H 0.034 0.141 0.172 0.147 0.072 0.130 0.080 0.063 0.046 0.079 0.036 84 G 0.037 0.101 0.128 0.329 0.049 0.114 0.066 0.035 0.027 0.073 0.041 85 G 0.023 0.029 0.069 0.153 0.022 0.049 0.014 0.030 0.074 0.471 0.067 86 D 0.035 0.204 0.099 0.079 0.118 0.077 0.121 0.117 0.077 0.054 0.019 87 N 0.054 0.018 0.025 0.022 0.029 0.015 0.024 0.033 0.105 0.546 0.129 88 A 0.018 0.406 0.385 0.023 0.114 0.006 0.008 0.015 0.009 0.010 0.005 89 P 0.298 0.173 0.025 0.002 0.409 0.001 0.005 0.011 0.009 0.013 0.054 90 W 0.185 0.187 0.024 0.005 0.482 0.014 0.017 0.017 0.021 0.016 0.032 91 F 0.142 0.217 0.025 0.001 0.584 0.001 0.002 0.006 0.003 0.006 0.013 92 V 0.478 0.058 0.018 0.002 0.357 0.002 0.003 0.005 0.002 0.008 0.068 93 V 0.078 0.112 0.059 0.099 0.156 0.112 0.167 0.090 0.041 0.046 0.041 94 G 0.164 0.151 0.109 0.028 0.252 0.014 0.009 0.039 0.046 0.108 0.081 95 K 0.064 0.286 0.125 0.034 0.245 0.038 0.024 0.056 0.044 0.053 0.031 96 D 0.365 0.052 0.015 0.001 0.473 0.001 0.002 0.005 0.003 0.010 0.073 97 L 0.108 0.039 0.015 0.005 0.060 0.006 0.012 0.168 0.407 0.116 0.066 98 S 0.007 0.019 0.018 0.025 0.013 0.063 0.254 0.315 0.209 0.072 0.006 99 K 0.042 0.281 0.049 0.024 0.120 0.016 0.050 0.084 0.094 0.197 0.042 100 N 0.128 0.041 0.024 0.012 0.100 0.007 0.005 0.009 0.030 0.380 0.264 101 I 0.125 0.220 0.035 0.002 0.600 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 102 L 0.207 0.109 0.006 0.001 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 103 Y 0.344 0.083 0.015 0.002 0.477 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.067 104 V 0.181 0.173 0.097 0.047 0.233 0.033 0.034 0.030 0.014 0.061 0.097 105 G 0.055 0.185 0.300 0.159 0.123 0.057 0.022 0.017 0.015 0.040 0.027 106 Q 0.041 0.088 0.088 0.123 0.072 0.127 0.162 0.103 0.075 0.081 0.040 107 G 0.030 0.054 0.104 0.162 0.051 0.072 0.034 0.052 0.078 0.299 0.064 108 F 0.073 0.168 0.093 0.049 0.164 0.048 0.069 0.104 0.077 0.115 0.040 109 Y 0.067 0.122 0.096 0.030 0.095 0.026 0.039 0.105 0.092 0.249 0.079 110 H 0.076 0.173 0.090 0.029 0.177 0.016 0.024 0.198 0.116 0.058 0.044 111 D 0.018 0.023 0.010 0.005 0.025 0.011 0.023 0.385 0.359 0.123 0.018 112 S 0.031 0.041 0.015 0.005 0.055 0.007 0.047 0.495 0.188 0.099 0.016 113 L 0.086 0.056 0.016 0.005 0.096 0.008 0.028 0.431 0.151 0.099 0.024 114 M 0.084 0.076 0.030 0.015 0.107 0.015 0.036 0.287 0.143 0.156 0.050 115 S 0.155 0.110 0.024 0.014 0.224 0.017 0.037 0.206 0.096 0.059 0.058 116 T 0.048 0.080 0.026 0.025 0.136 0.049 0.115 0.288 0.122 0.082 0.028 117 S 0.202 0.106 0.026 0.004 0.304 0.004 0.019 0.077 0.056 0.143 0.057 118 L 0.275 0.153 0.019 0.001 0.496 0.001 0.002 0.009 0.005 0.008 0.031 119 E 0.312 0.096 0.015 0.002 0.427 0.001 0.003 0.005 0.003 0.018 0.118 120 A 0.373 0.084 0.021 0.008 0.313 0.004 0.003 0.011 0.018 0.030 0.136 121 S 0.005 0.017 0.011 0.043 0.015 0.226 0.401 0.192 0.072 0.014 0.003 122 Q 0.226 0.112 0.033 0.004 0.297 0.002 0.006 0.041 0.045 0.139 0.094 123 V 0.279 0.111 0.014 0.005 0.403 0.006 0.006 0.027 0.031 0.033 0.086 124 H 0.174 0.119 0.049 0.019 0.345 0.022 0.031 0.053 0.040 0.065 0.085 125 F 0.226 0.138 0.029 0.008 0.287 0.005 0.012 0.060 0.044 0.087 0.104 126 T 0.135 0.132 0.056 0.029 0.199 0.024 0.043 0.085 0.085 0.151 0.061 127 R 0.050 0.206 0.145 0.046 0.145 0.037 0.067 0.155 0.081 0.047 0.021 128 E 0.110 0.133 0.098 0.027 0.144 0.018 0.045 0.083 0.080 0.184 0.077 129 M 0.047 0.385 0.283 0.029 0.144 0.010 0.019 0.043 0.015 0.009 0.016 130 P 0.039 0.382 0.153 0.022 0.130 0.023 0.035 0.109 0.059 0.029 0.019