# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0221 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.732 0.148 0.054 0.037 0.019 0.008 0.001 2 G 0.607 0.203 0.093 0.058 0.029 0.009 0.001 3 H 0.699 0.193 0.068 0.030 0.009 0.002 0.001 4 L 0.458 0.263 0.159 0.080 0.033 0.007 0.001 5 E 0.396 0.402 0.154 0.039 0.008 0.001 0.001 6 K 0.109 0.196 0.267 0.295 0.118 0.014 0.001 7 P 0.507 0.346 0.109 0.029 0.007 0.001 0.001 8 E 0.076 0.317 0.366 0.198 0.037 0.005 0.001 9 V 0.006 0.011 0.035 0.231 0.508 0.202 0.007 10 R 0.034 0.222 0.427 0.259 0.054 0.005 0.001 11 R 0.365 0.549 0.073 0.012 0.001 0.001 0.001 12 L 0.050 0.109 0.292 0.394 0.139 0.015 0.001 13 A 0.074 0.072 0.158 0.359 0.293 0.044 0.001 14 E 0.558 0.351 0.078 0.011 0.001 0.001 0.001 15 E 0.657 0.274 0.057 0.012 0.001 0.001 0.001 16 A 0.281 0.247 0.251 0.157 0.055 0.009 0.001 17 G 0.383 0.378 0.161 0.060 0.015 0.003 0.001 18 L 0.180 0.122 0.181 0.256 0.210 0.048 0.003 19 S 0.359 0.334 0.185 0.090 0.027 0.005 0.001 20 T 0.421 0.296 0.145 0.091 0.035 0.010 0.001 21 A 0.276 0.163 0.197 0.220 0.122 0.021 0.001 22 K 0.539 0.311 0.106 0.035 0.008 0.002 0.001 23 K 0.195 0.212 0.215 0.226 0.114 0.035 0.004 24 K 0.209 0.229 0.192 0.177 0.131 0.055 0.006 25 D 0.286 0.322 0.204 0.120 0.047 0.018 0.004 26 S 0.093 0.140 0.185 0.245 0.185 0.118 0.033 27 T 0.036 0.091 0.136 0.185 0.224 0.248 0.080 28 G 0.032 0.071 0.144 0.244 0.249 0.197 0.064 29 I 0.015 0.034 0.054 0.092 0.194 0.433 0.179 30 C 0.009 0.038 0.082 0.174 0.312 0.313 0.070 31 F 0.005 0.011 0.030 0.109 0.323 0.450 0.072 32 I 0.015 0.058 0.138 0.289 0.349 0.141 0.010 33 G 0.059 0.238 0.307 0.269 0.107 0.019 0.001 34 E 0.171 0.407 0.279 0.113 0.026 0.004 0.001 35 K 0.542 0.318 0.103 0.030 0.006 0.001 0.001 36 N 0.230 0.409 0.235 0.101 0.022 0.003 0.001 37 F 0.016 0.038 0.113 0.335 0.387 0.109 0.003 38 K 0.102 0.345 0.352 0.156 0.039 0.006 0.001 39 N 0.198 0.522 0.217 0.053 0.008 0.001 0.001 40 F 0.007 0.021 0.086 0.317 0.422 0.143 0.004 41 L 0.012 0.036 0.124 0.330 0.372 0.121 0.004 42 S 0.161 0.447 0.279 0.094 0.017 0.002 0.001 43 N 0.151 0.378 0.299 0.135 0.031 0.005 0.001 44 Y 0.014 0.060 0.160 0.299 0.323 0.139 0.006 45 L 0.035 0.118 0.228 0.327 0.228 0.062 0.002 46 P 0.473 0.350 0.120 0.044 0.012 0.002 0.001 47 A 0.382 0.272 0.187 0.111 0.040 0.007 0.001 48 Q 0.447 0.318 0.150 0.065 0.017 0.004 0.001 49 P 0.485 0.324 0.126 0.049 0.013 0.002 0.001 50 G 0.184 0.215 0.251 0.204 0.116 0.028 0.002 51 R 0.128 0.285 0.284 0.194 0.083 0.023 0.002 52 M 0.025 0.036 0.080 0.237 0.385 0.218 0.019 53 M 0.045 0.168 0.286 0.299 0.155 0.044 0.003 54 T 0.138 0.307 0.267 0.180 0.082 0.024 0.002 55 V 0.211 0.261 0.251 0.185 0.076 0.015 0.001 56 D 0.606 0.252 0.093 0.036 0.010 0.002 0.001 57 G 0.455 0.252 0.165 0.091 0.031 0.006 0.001 58 R 0.428 0.346 0.153 0.055 0.015 0.003 0.001 59 D 0.219 0.300 0.218 0.167 0.077 0.018 0.001 60 M 0.068 0.123 0.198 0.299 0.219 0.085 0.008 61 G 0.087 0.213 0.274 0.255 0.127 0.041 0.004 62 E 0.110 0.355 0.331 0.150 0.043 0.010 0.001 63 H 0.017 0.021 0.054 0.205 0.410 0.268 0.025 64 A 0.106 0.304 0.297 0.180 0.082 0.026 0.004 65 G 0.075 0.130 0.182 0.236 0.195 0.154 0.030 66 L 0.029 0.065 0.114 0.196 0.267 0.260 0.068 67 M 0.030 0.062 0.111 0.178 0.229 0.259 0.131 68 Y 0.087 0.097 0.131 0.191 0.183 0.188 0.124 69 Y 0.048 0.053 0.059 0.090 0.148 0.340 0.263 70 T 0.057 0.054 0.075 0.121 0.161 0.269 0.263 71 I 0.059 0.074 0.084 0.121 0.149 0.284 0.230 72 G 0.057 0.082 0.095 0.147 0.200 0.245 0.173 73 Q 0.011 0.036 0.056 0.135 0.227 0.354 0.181 74 R 0.023 0.111 0.163 0.238 0.224 0.161 0.078 75 G 0.018 0.101 0.160 0.222 0.231 0.211 0.057 76 G 0.013 0.098 0.240 0.307 0.203 0.103 0.035 77 L 0.005 0.014 0.041 0.132 0.304 0.400 0.103 78 G 0.018 0.113 0.254 0.321 0.206 0.074 0.014 79 I 0.023 0.047 0.082 0.200 0.326 0.278 0.044 80 G 0.094 0.216 0.274 0.250 0.122 0.041 0.003 81 G 0.297 0.284 0.202 0.146 0.056 0.013 0.001 82 Q 0.432 0.280 0.156 0.091 0.033 0.008 0.001 83 H 0.478 0.287 0.142 0.067 0.021 0.004 0.001 84 G 0.520 0.270 0.124 0.061 0.020 0.005 0.001 85 G 0.535 0.268 0.115 0.058 0.020 0.004 0.001 86 D 0.380 0.255 0.184 0.121 0.049 0.009 0.001 87 N 0.360 0.308 0.182 0.102 0.037 0.010 0.001 88 A 0.078 0.216 0.285 0.243 0.128 0.044 0.006 89 P 0.009 0.043 0.120 0.254 0.323 0.218 0.033 90 W 0.002 0.012 0.053 0.154 0.327 0.378 0.073 91 F 0.001 0.004 0.018 0.065 0.215 0.532 0.165 92 V 0.001 0.004 0.012 0.046 0.179 0.550 0.207 93 V 0.001 0.004 0.012 0.059 0.240 0.525 0.160 94 G 0.017 0.085 0.190 0.290 0.246 0.148 0.024 95 K 0.035 0.186 0.275 0.280 0.160 0.059 0.006 96 D 0.223 0.392 0.222 0.108 0.040 0.013 0.002 97 L 0.052 0.099 0.200 0.316 0.268 0.063 0.002 98 S 0.499 0.321 0.123 0.042 0.011 0.002 0.001 99 K 0.296 0.418 0.200 0.070 0.014 0.002 0.001 100 N 0.026 0.096 0.211 0.322 0.250 0.091 0.004 101 I 0.011 0.054 0.183 0.324 0.301 0.118 0.010 102 L 0.005 0.009 0.020 0.052 0.194 0.549 0.171 103 Y 0.006 0.030 0.068 0.175 0.322 0.324 0.076 104 V 0.005 0.012 0.030 0.101 0.267 0.449 0.134 105 G 0.019 0.049 0.085 0.187 0.298 0.300 0.063 106 Q 0.079 0.199 0.253 0.253 0.147 0.060 0.008 107 G 0.182 0.280 0.249 0.180 0.080 0.025 0.005 108 F 0.237 0.246 0.213 0.175 0.093 0.032 0.004 109 Y 0.387 0.285 0.161 0.097 0.048 0.019 0.003 110 H 0.205 0.228 0.232 0.194 0.104 0.032 0.003 111 D 0.418 0.300 0.152 0.074 0.035 0.016 0.004 112 S 0.229 0.294 0.227 0.152 0.067 0.026 0.004 113 L 0.065 0.103 0.158 0.247 0.259 0.150 0.018 114 M 0.081 0.150 0.215 0.262 0.189 0.090 0.013 115 S 0.135 0.231 0.245 0.211 0.122 0.048 0.007 116 T 0.136 0.221 0.228 0.209 0.134 0.063 0.010 117 S 0.063 0.177 0.249 0.255 0.163 0.081 0.012 118 L 0.009 0.016 0.043 0.150 0.338 0.388 0.055 119 E 0.076 0.274 0.296 0.213 0.099 0.037 0.005 120 A 0.047 0.068 0.121 0.249 0.306 0.190 0.019 121 S 0.250 0.330 0.227 0.128 0.047 0.015 0.003 122 Q 0.197 0.296 0.254 0.162 0.065 0.023 0.003 123 V 0.102 0.110 0.152 0.243 0.255 0.127 0.011 124 H 0.150 0.219 0.235 0.206 0.135 0.050 0.005 125 F 0.131 0.123 0.156 0.232 0.214 0.131 0.012 126 T 0.143 0.141 0.171 0.227 0.210 0.101 0.008 127 R 0.282 0.280 0.226 0.144 0.055 0.012 0.001 128 E 0.518 0.301 0.118 0.045 0.013 0.004 0.001 129 M 0.441 0.244 0.172 0.100 0.036 0.007 0.001 130 P 0.725 0.178 0.060 0.026 0.009 0.002 0.001