# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.617 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.007 0.026 0.265 0.014 0.069 0.075 0.002 0.002 0.014 0.186 0.267 0.019 0.055 2 G 0.004 0.011 0.384 0.006 0.021 0.034 0.002 0.001 0.016 0.159 0.301 0.044 0.016 3 H 0.004 0.023 0.488 0.002 0.020 0.015 0.002 0.001 0.009 0.160 0.203 0.017 0.056 4 L 0.001 0.041 0.632 0.001 0.008 0.024 0.002 0.001 0.009 0.161 0.058 0.041 0.022 5 E 0.001 0.012 0.845 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 0.004 0.069 0.024 0.002 0.014 6 K 0.001 0.002 0.351 0.001 0.020 0.550 0.001 0.001 0.002 0.045 0.025 0.002 0.001 7 P 0.001 0.001 0.215 0.001 0.017 0.711 0.001 0.001 0.001 0.022 0.031 0.001 0.001 8 E 0.001 0.003 0.043 0.001 0.022 0.889 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 0.003 0.001 9 V 0.001 0.002 0.012 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 10 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.646 0.001 0.001 0.001 0.004 0.345 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.034 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.016 0.918 0.001 0.001 18 L 0.001 0.006 0.866 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.005 0.071 0.030 0.001 0.002 19 S 0.001 0.023 0.531 0.002 0.053 0.021 0.001 0.001 0.094 0.140 0.054 0.061 0.018 20 T 0.002 0.009 0.179 0.014 0.108 0.020 0.006 0.036 0.330 0.107 0.075 0.006 0.109 21 A 0.006 0.017 0.173 0.039 0.059 0.034 0.012 0.052 0.383 0.106 0.043 0.060 0.018 22 K 0.005 0.020 0.395 0.014 0.030 0.021 0.009 0.047 0.229 0.096 0.035 0.024 0.074 23 K 0.001 0.022 0.610 0.006 0.050 0.025 0.001 0.005 0.048 0.094 0.072 0.023 0.044 24 K 0.001 0.006 0.122 0.015 0.151 0.027 0.001 0.002 0.004 0.176 0.479 0.005 0.011 25 D 0.003 0.018 0.258 0.011 0.113 0.019 0.002 0.004 0.007 0.167 0.365 0.022 0.013 26 S 0.015 0.032 0.247 0.004 0.096 0.020 0.003 0.005 0.039 0.175 0.115 0.025 0.226 27 T 0.023 0.014 0.197 0.198 0.050 0.014 0.003 0.004 0.018 0.238 0.169 0.046 0.026 28 G 0.159 0.007 0.229 0.049 0.050 0.011 0.018 0.007 0.030 0.107 0.084 0.079 0.170 29 I 0.432 0.005 0.053 0.005 0.011 0.003 0.069 0.028 0.049 0.010 0.010 0.083 0.242 30 C 0.456 0.009 0.022 0.012 0.009 0.006 0.143 0.036 0.039 0.013 0.008 0.195 0.050 31 F 0.405 0.011 0.035 0.003 0.005 0.003 0.142 0.040 0.100 0.009 0.008 0.046 0.193 32 I 0.160 0.016 0.238 0.010 0.003 0.005 0.045 0.011 0.126 0.029 0.008 0.249 0.099 33 G 0.006 0.018 0.511 0.006 0.006 0.009 0.005 0.002 0.045 0.192 0.042 0.013 0.144 34 E 0.002 0.010 0.256 0.032 0.030 0.045 0.001 0.001 0.008 0.400 0.196 0.007 0.013 35 K 0.001 0.007 0.158 0.002 0.042 0.136 0.001 0.001 0.003 0.419 0.217 0.012 0.003 36 N 0.001 0.024 0.297 0.001 0.070 0.218 0.001 0.001 0.004 0.174 0.188 0.003 0.019 37 F 0.001 0.021 0.094 0.001 0.074 0.682 0.001 0.001 0.003 0.029 0.088 0.002 0.006 38 K 0.001 0.003 0.029 0.001 0.090 0.784 0.001 0.001 0.001 0.012 0.074 0.001 0.002 39 N 0.002 0.002 0.028 0.001 0.164 0.677 0.001 0.001 0.001 0.031 0.086 0.003 0.004 40 F 0.008 0.012 0.030 0.001 0.167 0.648 0.001 0.002 0.004 0.018 0.086 0.002 0.021 41 L 0.004 0.018 0.041 0.004 0.200 0.615 0.001 0.001 0.001 0.035 0.070 0.007 0.005 42 S 0.001 0.001 0.028 0.003 0.293 0.519 0.001 0.001 0.001 0.012 0.137 0.001 0.004 43 N 0.002 0.008 0.071 0.001 0.252 0.384 0.001 0.001 0.001 0.048 0.222 0.006 0.005 44 Y 0.002 0.030 0.206 0.001 0.127 0.271 0.001 0.001 0.013 0.121 0.213 0.002 0.013 45 L 0.001 0.012 0.584 0.003 0.019 0.018 0.001 0.001 0.004 0.250 0.098 0.009 0.003 46 P 0.001 0.023 0.635 0.003 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.146 0.146 0.003 0.016 47 A 0.001 0.018 0.495 0.003 0.020 0.006 0.001 0.001 0.005 0.228 0.186 0.007 0.031 48 Q 0.001 0.009 0.576 0.012 0.014 0.003 0.001 0.001 0.004 0.265 0.053 0.055 0.008 49 P 0.003 0.007 0.287 0.027 0.033 0.005 0.001 0.001 0.006 0.120 0.435 0.012 0.064 50 G 0.015 0.016 0.291 0.011 0.016 0.001 0.004 0.001 0.024 0.182 0.272 0.113 0.055 51 R 0.043 0.031 0.251 0.007 0.003 0.001 0.016 0.002 0.031 0.076 0.005 0.359 0.175 52 M 0.035 0.021 0.069 0.002 0.001 0.001 0.024 0.003 0.030 0.004 0.001 0.078 0.732 53 M 0.072 0.054 0.090 0.034 0.003 0.001 0.034 0.004 0.057 0.011 0.005 0.497 0.138 54 T 0.012 0.010 0.337 0.013 0.005 0.002 0.003 0.001 0.049 0.023 0.026 0.060 0.458 55 V 0.005 0.008 0.139 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.068 0.582 0.126 0.032 56 D 0.001 0.001 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.940 0.003 0.002 57 G 0.002 0.004 0.187 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.353 0.024 0.013 58 R 0.026 0.024 0.531 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.056 0.005 0.207 0.135 59 D 0.052 0.046 0.065 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.006 0.003 0.065 0.734 60 M 0.117 0.012 0.046 0.285 0.004 0.001 0.023 0.001 0.005 0.013 0.004 0.361 0.128 61 G 0.169 0.006 0.063 0.018 0.004 0.003 0.024 0.001 0.009 0.016 0.011 0.262 0.412 62 E 0.069 0.010 0.174 0.024 0.009 0.005 0.011 0.002 0.007 0.029 0.032 0.097 0.530 63 H 0.022 0.015 0.166 0.066 0.016 0.013 0.003 0.001 0.007 0.122 0.134 0.327 0.109 64 A 0.018 0.003 0.102 0.050 0.020 0.010 0.001 0.001 0.002 0.129 0.500 0.050 0.114 65 G 0.067 0.008 0.163 0.024 0.012 0.008 0.006 0.002 0.007 0.142 0.153 0.255 0.154 66 L 0.259 0.012 0.102 0.016 0.003 0.007 0.023 0.003 0.007 0.035 0.010 0.113 0.409 67 M 0.387 0.005 0.051 0.018 0.001 0.005 0.029 0.004 0.010 0.008 0.004 0.297 0.182 68 Y 0.429 0.004 0.030 0.070 0.003 0.009 0.041 0.003 0.006 0.009 0.002 0.066 0.328 69 Y 0.373 0.002 0.043 0.004 0.002 0.012 0.033 0.002 0.008 0.004 0.002 0.384 0.129 70 T 0.314 0.005 0.062 0.022 0.007 0.058 0.038 0.005 0.017 0.021 0.019 0.052 0.381 71 I 0.222 0.007 0.065 0.022 0.017 0.122 0.055 0.015 0.026 0.026 0.061 0.233 0.130 72 G 0.217 0.006 0.099 0.064 0.021 0.072 0.031 0.012 0.025 0.055 0.103 0.097 0.200 73 Q 0.147 0.017 0.136 0.021 0.047 0.109 0.030 0.009 0.018 0.070 0.077 0.115 0.203 74 R 0.101 0.021 0.078 0.023 0.051 0.124 0.014 0.008 0.019 0.055 0.158 0.098 0.250 75 G 0.046 0.010 0.117 0.051 0.065 0.135 0.005 0.004 0.008 0.093 0.276 0.118 0.071 76 G 0.032 0.012 0.186 0.024 0.047 0.045 0.003 0.003 0.016 0.151 0.350 0.041 0.090 77 L 0.024 0.023 0.421 0.013 0.046 0.037 0.003 0.001 0.017 0.151 0.139 0.071 0.053 78 G 0.013 0.024 0.424 0.012 0.045 0.020 0.003 0.001 0.019 0.110 0.109 0.092 0.127 79 I 0.031 0.023 0.288 0.015 0.116 0.035 0.006 0.004 0.021 0.134 0.152 0.035 0.139 80 G 0.048 0.042 0.252 0.018 0.086 0.041 0.009 0.003 0.022 0.163 0.139 0.122 0.054 81 G 0.018 0.029 0.400 0.006 0.090 0.035 0.004 0.001 0.020 0.150 0.087 0.033 0.127 82 Q 0.006 0.031 0.375 0.002 0.127 0.075 0.001 0.001 0.008 0.130 0.185 0.028 0.032 83 H 0.003 0.030 0.142 0.003 0.132 0.055 0.001 0.001 0.002 0.181 0.423 0.008 0.020 84 G 0.001 0.013 0.246 0.002 0.129 0.038 0.001 0.001 0.003 0.179 0.364 0.013 0.012 85 G 0.002 0.014 0.297 0.008 0.157 0.030 0.001 0.001 0.002 0.163 0.299 0.004 0.025 86 D 0.002 0.024 0.214 0.010 0.101 0.028 0.001 0.001 0.001 0.253 0.343 0.016 0.007 87 N 0.007 0.023 0.219 0.005 0.028 0.010 0.001 0.001 0.009 0.390 0.221 0.008 0.078 88 A 0.003 0.004 0.498 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.248 0.004 0.195 0.006 89 P 0.005 0.007 0.468 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.025 0.032 0.015 0.003 0.418 90 W 0.118 0.020 0.171 0.034 0.013 0.004 0.080 0.021 0.085 0.017 0.021 0.369 0.047 91 F 0.302 0.012 0.035 0.009 0.007 0.003 0.106 0.021 0.085 0.019 0.005 0.235 0.161 92 V 0.182 0.007 0.052 0.016 0.006 0.002 0.039 0.010 0.058 0.005 0.003 0.211 0.408 93 V 0.109 0.004 0.102 0.147 0.007 0.004 0.026 0.003 0.065 0.014 0.018 0.312 0.189 94 G 0.107 0.003 0.108 0.009 0.010 0.003 0.007 0.001 0.027 0.081 0.021 0.251 0.372 95 K 0.078 0.014 0.164 0.054 0.013 0.007 0.006 0.002 0.011 0.135 0.048 0.089 0.379 96 D 0.013 0.022 0.374 0.015 0.041 0.018 0.002 0.001 0.010 0.068 0.071 0.240 0.126 97 L 0.007 0.015 0.165 0.020 0.133 0.037 0.001 0.002 0.003 0.125 0.312 0.017 0.163 98 S 0.007 0.010 0.163 0.019 0.106 0.024 0.001 0.001 0.002 0.111 0.424 0.120 0.012 99 K 0.013 0.006 0.100 0.008 0.131 0.026 0.002 0.002 0.009 0.171 0.422 0.014 0.097 100 N 0.029 0.004 0.325 0.092 0.014 0.005 0.005 0.002 0.020 0.233 0.181 0.070 0.021 101 I 0.261 0.005 0.108 0.015 0.005 0.002 0.084 0.047 0.119 0.052 0.006 0.087 0.211 102 L 0.374 0.003 0.015 0.007 0.001 0.001 0.250 0.149 0.060 0.003 0.001 0.027 0.111 103 Y 0.257 0.007 0.008 0.010 0.002 0.001 0.232 0.224 0.090 0.004 0.001 0.133 0.031 104 V 0.173 0.006 0.037 0.005 0.001 0.001 0.162 0.153 0.205 0.005 0.003 0.041 0.207 105 G 0.025 0.005 0.433 0.037 0.004 0.002 0.030 0.026 0.239 0.038 0.017 0.103 0.040 106 Q 0.005 0.014 0.392 0.011 0.007 0.003 0.006 0.003 0.065 0.326 0.106 0.006 0.060 107 G 0.001 0.013 0.374 0.006 0.014 0.004 0.001 0.001 0.009 0.273 0.294 0.006 0.005 108 F 0.001 0.023 0.201 0.001 0.020 0.016 0.001 0.001 0.003 0.317 0.406 0.007 0.004 109 Y 0.001 0.034 0.361 0.001 0.021 0.019 0.001 0.001 0.002 0.213 0.339 0.002 0.009 110 H 0.001 0.007 0.477 0.001 0.024 0.034 0.001 0.001 0.001 0.370 0.079 0.003 0.004 111 D 0.001 0.004 0.157 0.005 0.197 0.245 0.001 0.001 0.001 0.102 0.283 0.001 0.005 112 S 0.005 0.012 0.067 0.003 0.264 0.317 0.002 0.001 0.001 0.074 0.229 0.014 0.012 113 L 0.029 0.015 0.151 0.008 0.227 0.228 0.006 0.002 0.006 0.049 0.112 0.033 0.135 114 M 0.073 0.066 0.129 0.031 0.126 0.228 0.012 0.003 0.005 0.090 0.128 0.061 0.049 115 S 0.041 0.012 0.225 0.009 0.073 0.169 0.003 0.006 0.020 0.088 0.181 0.050 0.122 116 T 0.032 0.005 0.234 0.047 0.040 0.094 0.004 0.004 0.018 0.292 0.169 0.043 0.020 117 S 0.083 0.013 0.271 0.031 0.024 0.041 0.020 0.009 0.077 0.168 0.081 0.034 0.147 118 L 0.162 0.019 0.201 0.011 0.010 0.016 0.049 0.037 0.066 0.035 0.023 0.256 0.114 119 E 0.139 0.027 0.125 0.007 0.013 0.015 0.085 0.091 0.106 0.041 0.026 0.117 0.208 120 A 0.107 0.015 0.157 0.006 0.046 0.026 0.042 0.083 0.183 0.027 0.035 0.067 0.205 121 S 0.037 0.007 0.178 0.150 0.111 0.045 0.016 0.027 0.070 0.145 0.144 0.042 0.029 122 Q 0.026 0.008 0.291 0.055 0.133 0.032 0.008 0.005 0.052 0.216 0.082 0.028 0.062 123 V 0.048 0.025 0.311 0.013 0.061 0.031 0.013 0.017 0.116 0.101 0.041 0.036 0.187 124 H 0.043 0.068 0.198 0.017 0.052 0.043 0.013 0.032 0.093 0.107 0.061 0.223 0.050 125 F 0.037 0.020 0.212 0.012 0.105 0.050 0.013 0.054 0.061 0.058 0.134 0.020 0.225 126 T 0.053 0.026 0.242 0.043 0.114 0.064 0.013 0.025 0.067 0.101 0.147 0.064 0.042 127 R 0.009 0.011 0.242 0.018 0.107 0.048 0.006 0.003 0.038 0.245 0.195 0.039 0.040 128 E 0.005 0.023 0.419 0.004 0.041 0.016 0.002 0.001 0.013 0.265 0.153 0.008 0.050 129 M 0.001 0.034 0.669 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.005 0.229 0.009 0.033 0.006 130 P 0.001 0.010 0.887 0.001 0.013 0.010 0.001 0.001 0.002 0.047 0.014 0.001 0.016