# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.617 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.086 0.019 0.004 0.019 0.011 0.021 0.109 0.004 0.001 0.042 0.683 2 G 0.022 0.010 0.001 0.015 0.025 0.052 0.107 0.005 0.001 0.030 0.732 3 H 0.047 0.005 0.001 0.016 0.056 0.052 0.104 0.002 0.001 0.034 0.681 4 L 0.015 0.016 0.001 0.040 0.052 0.038 0.121 0.001 0.001 0.030 0.686 5 E 0.014 0.134 0.001 0.015 0.019 0.019 0.093 0.005 0.001 0.041 0.658 6 K 0.026 0.616 0.001 0.007 0.013 0.009 0.042 0.014 0.001 0.034 0.239 7 P 0.013 0.890 0.001 0.010 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.019 0.052 8 E 0.002 0.870 0.001 0.014 0.005 0.005 0.007 0.001 0.001 0.065 0.032 9 V 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 10 R 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 11 R 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 12 L 0.004 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.024 0.008 13 A 0.006 0.013 0.557 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.361 0.049 0.006 14 E 0.806 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.002 0.027 0.092 15 E 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.002 0.022 0.909 16 A 0.021 0.018 0.005 0.010 0.001 0.002 0.111 0.001 0.001 0.030 0.802 17 G 0.010 0.027 0.001 0.013 0.010 0.026 0.107 0.006 0.001 0.055 0.745 18 L 0.096 0.036 0.002 0.010 0.012 0.014 0.113 0.008 0.001 0.037 0.671 19 S 0.096 0.142 0.002 0.110 0.026 0.060 0.093 0.011 0.001 0.064 0.395 20 T 0.150 0.037 0.001 0.034 0.018 0.049 0.095 0.004 0.001 0.053 0.560 21 A 0.014 0.018 0.003 0.164 0.049 0.083 0.131 0.005 0.001 0.027 0.505 22 K 0.038 0.017 0.003 0.089 0.028 0.050 0.102 0.004 0.002 0.039 0.628 23 K 0.118 0.008 0.006 0.077 0.059 0.051 0.091 0.005 0.003 0.105 0.476 24 K 0.022 0.001 0.003 0.034 0.013 0.029 0.109 0.001 0.002 0.037 0.749 25 D 0.092 0.003 0.002 0.027 0.031 0.058 0.116 0.005 0.001 0.072 0.592 26 S 0.100 0.005 0.001 0.031 0.012 0.018 0.146 0.003 0.001 0.094 0.588 27 T 0.007 0.002 0.001 0.037 0.034 0.077 0.168 0.003 0.001 0.071 0.601 28 G 0.002 0.002 0.001 0.087 0.093 0.260 0.085 0.002 0.001 0.095 0.374 29 I 0.003 0.002 0.001 0.158 0.182 0.241 0.058 0.001 0.001 0.066 0.290 30 C 0.001 0.001 0.001 0.210 0.245 0.321 0.035 0.001 0.001 0.047 0.140 31 F 0.007 0.002 0.001 0.149 0.217 0.349 0.034 0.001 0.001 0.068 0.171 32 I 0.062 0.009 0.002 0.166 0.092 0.174 0.096 0.006 0.003 0.076 0.314 33 G 0.312 0.120 0.002 0.022 0.014 0.019 0.074 0.010 0.003 0.052 0.372 34 E 0.165 0.094 0.002 0.008 0.007 0.011 0.071 0.005 0.001 0.024 0.612 35 K 0.009 0.043 0.001 0.014 0.017 0.024 0.102 0.003 0.001 0.048 0.738 36 N 0.016 0.722 0.002 0.006 0.015 0.011 0.031 0.004 0.001 0.070 0.123 37 F 0.023 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.003 0.029 38 K 0.056 0.424 0.002 0.004 0.010 0.014 0.016 0.006 0.001 0.348 0.121 39 N 0.014 0.598 0.011 0.003 0.004 0.006 0.019 0.003 0.005 0.242 0.095 40 F 0.177 0.523 0.046 0.004 0.004 0.008 0.031 0.052 0.013 0.065 0.078 41 L 0.206 0.292 0.089 0.012 0.009 0.014 0.030 0.059 0.057 0.040 0.192 42 S 0.174 0.019 0.001 0.003 0.004 0.007 0.085 0.002 0.001 0.014 0.689 43 N 0.018 0.011 0.001 0.017 0.006 0.019 0.110 0.006 0.001 0.033 0.778 44 Y 0.034 0.016 0.004 0.021 0.004 0.012 0.173 0.004 0.001 0.039 0.693 45 L 0.060 0.002 0.002 0.028 0.041 0.057 0.128 0.005 0.001 0.069 0.607 46 P 0.011 0.001 0.002 0.023 0.013 0.026 0.124 0.001 0.001 0.034 0.764 47 A 0.069 0.001 0.003 0.025 0.022 0.039 0.131 0.006 0.002 0.056 0.646 48 Q 0.284 0.003 0.001 0.024 0.009 0.013 0.136 0.007 0.001 0.102 0.421 49 P 0.011 0.001 0.001 0.022 0.009 0.036 0.156 0.003 0.001 0.055 0.706 50 G 0.003 0.002 0.001 0.045 0.042 0.200 0.097 0.002 0.001 0.066 0.543 51 R 0.002 0.001 0.001 0.088 0.248 0.357 0.038 0.001 0.001 0.053 0.212 52 M 0.001 0.001 0.001 0.053 0.266 0.390 0.029 0.001 0.001 0.042 0.217 53 M 0.001 0.001 0.001 0.063 0.315 0.390 0.031 0.001 0.001 0.029 0.170 54 T 0.331 0.002 0.003 0.029 0.101 0.133 0.043 0.006 0.005 0.088 0.259 55 V 0.418 0.001 0.001 0.012 0.010 0.013 0.057 0.005 0.001 0.093 0.389 56 D 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.024 0.083 0.001 0.001 0.017 0.857 57 G 0.008 0.002 0.001 0.040 0.044 0.119 0.117 0.001 0.001 0.041 0.627 58 R 0.004 0.002 0.001 0.023 0.344 0.219 0.057 0.001 0.001 0.051 0.298 59 D 0.008 0.004 0.001 0.045 0.221 0.297 0.045 0.001 0.001 0.073 0.306 60 M 0.006 0.006 0.002 0.064 0.194 0.259 0.075 0.001 0.001 0.053 0.340 61 G 0.016 0.003 0.003 0.065 0.212 0.331 0.066 0.001 0.002 0.066 0.236 62 E 0.097 0.007 0.001 0.048 0.113 0.212 0.082 0.006 0.001 0.125 0.308 63 H 0.177 0.007 0.002 0.043 0.059 0.117 0.114 0.004 0.002 0.070 0.406 64 A 0.017 0.002 0.002 0.036 0.070 0.178 0.134 0.002 0.001 0.039 0.518 65 G 0.006 0.002 0.001 0.036 0.153 0.279 0.118 0.002 0.001 0.040 0.363 66 L 0.005 0.003 0.001 0.078 0.251 0.255 0.084 0.001 0.001 0.077 0.245 67 M 0.001 0.003 0.001 0.120 0.256 0.372 0.041 0.001 0.001 0.060 0.147 68 Y 0.003 0.003 0.001 0.077 0.247 0.446 0.030 0.001 0.001 0.045 0.148 69 Y 0.002 0.004 0.001 0.094 0.328 0.356 0.024 0.001 0.001 0.034 0.156 70 T 0.014 0.015 0.001 0.056 0.261 0.425 0.029 0.002 0.001 0.069 0.127 71 I 0.033 0.017 0.005 0.092 0.185 0.268 0.070 0.004 0.005 0.106 0.215 72 G 0.062 0.006 0.014 0.062 0.123 0.178 0.093 0.005 0.012 0.091 0.354 73 Q 0.301 0.010 0.002 0.032 0.084 0.099 0.082 0.010 0.001 0.093 0.286 74 R 0.085 0.005 0.002 0.042 0.024 0.047 0.131 0.003 0.001 0.051 0.609 75 G 0.013 0.006 0.001 0.067 0.025 0.061 0.139 0.003 0.001 0.040 0.644 76 G 0.021 0.005 0.001 0.056 0.090 0.116 0.155 0.004 0.001 0.104 0.448 77 L 0.012 0.004 0.001 0.119 0.079 0.085 0.155 0.002 0.001 0.068 0.476 78 G 0.022 0.010 0.001 0.215 0.069 0.152 0.124 0.004 0.001 0.122 0.281 79 I 0.054 0.007 0.001 0.165 0.043 0.094 0.126 0.002 0.001 0.151 0.355 80 G 0.014 0.006 0.002 0.207 0.045 0.139 0.163 0.002 0.001 0.093 0.327 81 G 0.040 0.004 0.004 0.074 0.039 0.109 0.140 0.003 0.003 0.096 0.488 82 Q 0.215 0.007 0.003 0.034 0.023 0.038 0.124 0.005 0.002 0.099 0.449 83 H 0.084 0.002 0.002 0.008 0.006 0.011 0.117 0.004 0.001 0.054 0.711 84 G 0.045 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.105 0.004 0.001 0.036 0.786 85 G 0.082 0.001 0.001 0.003 0.011 0.012 0.116 0.003 0.001 0.030 0.742 86 D 0.014 0.001 0.001 0.009 0.033 0.046 0.145 0.003 0.001 0.023 0.727 87 N 0.015 0.001 0.001 0.016 0.019 0.036 0.128 0.001 0.001 0.029 0.754 88 A 0.009 0.001 0.001 0.046 0.155 0.113 0.162 0.006 0.001 0.046 0.463 89 P 0.004 0.003 0.001 0.175 0.077 0.123 0.116 0.001 0.001 0.032 0.468 90 W 0.001 0.001 0.001 0.271 0.184 0.324 0.033 0.001 0.001 0.041 0.143 91 F 0.003 0.001 0.001 0.345 0.173 0.214 0.034 0.001 0.001 0.048 0.181 92 V 0.006 0.003 0.001 0.289 0.209 0.267 0.038 0.001 0.001 0.039 0.147 93 V 0.029 0.003 0.001 0.208 0.101 0.171 0.071 0.002 0.001 0.071 0.342 94 G 0.039 0.003 0.002 0.080 0.072 0.097 0.117 0.001 0.002 0.079 0.509 95 K 0.007 0.001 0.001 0.033 0.032 0.054 0.138 0.003 0.001 0.033 0.696 96 D 0.403 0.011 0.004 0.021 0.021 0.028 0.106 0.006 0.004 0.097 0.298 97 L 0.180 0.003 0.010 0.025 0.011 0.014 0.108 0.003 0.004 0.114 0.529 98 S 0.018 0.002 0.001 0.014 0.012 0.021 0.137 0.002 0.001 0.020 0.774 99 K 0.012 0.002 0.001 0.065 0.041 0.051 0.155 0.002 0.001 0.045 0.627 100 N 0.001 0.002 0.001 0.305 0.096 0.136 0.087 0.001 0.001 0.101 0.270 101 I 0.001 0.001 0.001 0.375 0.121 0.254 0.026 0.001 0.001 0.078 0.143 102 L 0.001 0.001 0.001 0.734 0.096 0.065 0.011 0.001 0.001 0.021 0.072 103 Y 0.001 0.001 0.001 0.711 0.104 0.112 0.009 0.001 0.001 0.032 0.031 104 V 0.004 0.001 0.001 0.580 0.058 0.133 0.034 0.001 0.001 0.045 0.144 105 G 0.133 0.009 0.002 0.265 0.039 0.093 0.107 0.005 0.004 0.058 0.284 106 Q 0.126 0.011 0.002 0.045 0.014 0.035 0.135 0.008 0.002 0.078 0.544 107 G 0.078 0.011 0.001 0.018 0.014 0.023 0.131 0.002 0.001 0.028 0.693 108 F 0.018 0.007 0.002 0.017 0.034 0.041 0.117 0.003 0.001 0.029 0.732 109 Y 0.070 0.207 0.002 0.009 0.023 0.021 0.107 0.011 0.001 0.048 0.501 110 H 0.185 0.358 0.005 0.005 0.014 0.016 0.057 0.026 0.001 0.041 0.292 111 D 0.088 0.266 0.004 0.008 0.014 0.027 0.072 0.009 0.001 0.071 0.439 112 S 0.042 0.132 0.004 0.009 0.039 0.071 0.081 0.005 0.001 0.331 0.286 113 L 0.063 0.143 0.010 0.023 0.046 0.073 0.086 0.009 0.003 0.252 0.292 114 M 0.060 0.345 0.009 0.031 0.049 0.074 0.066 0.011 0.003 0.056 0.296 115 S 0.055 0.242 0.005 0.024 0.059 0.100 0.077 0.008 0.002 0.050 0.378 116 T 0.040 0.323 0.003 0.033 0.053 0.113 0.061 0.015 0.001 0.049 0.309 117 S 0.049 0.103 0.009 0.038 0.054 0.094 0.069 0.007 0.003 0.246 0.327 118 L 0.028 0.132 0.020 0.071 0.073 0.086 0.093 0.006 0.008 0.130 0.353 119 E 0.156 0.148 0.015 0.041 0.043 0.063 0.081 0.014 0.006 0.081 0.352 120 A 0.147 0.076 0.014 0.052 0.048 0.050 0.085 0.017 0.006 0.070 0.436 121 S 0.100 0.052 0.002 0.048 0.030 0.064 0.113 0.010 0.002 0.051 0.527 122 Q 0.062 0.031 0.006 0.051 0.026 0.066 0.106 0.007 0.002 0.070 0.573 123 V 0.036 0.023 0.007 0.057 0.054 0.079 0.131 0.006 0.003 0.061 0.543 124 H 0.094 0.022 0.007 0.070 0.049 0.084 0.112 0.006 0.003 0.065 0.488 125 F 0.066 0.012 0.003 0.056 0.044 0.077 0.098 0.009 0.001 0.066 0.567 126 T 0.099 0.005 0.001 0.031 0.026 0.042 0.113 0.003 0.001 0.047 0.633 127 R 0.016 0.002 0.001 0.035 0.029 0.055 0.127 0.003 0.001 0.033 0.700 128 E 0.014 0.004 0.001 0.021 0.013 0.021 0.112 0.001 0.001 0.020 0.792 129 M 0.060 0.005 0.002 0.019 0.047 0.040 0.138 0.015 0.001 0.054 0.620 130 P 0.118 0.015 0.002 0.015 0.010 0.012 0.114 0.006 0.001 0.048 0.661