# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.617 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.058 0.047 0.026 0.066 0.078 0.100 0.155 0.138 0.133 0.109 0.088 2 G 0.180 0.141 0.070 0.118 0.103 0.100 0.106 0.067 0.061 0.033 0.022 3 H 0.163 0.118 0.095 0.215 0.141 0.090 0.078 0.040 0.030 0.018 0.010 4 L 0.153 0.070 0.061 0.079 0.078 0.101 0.141 0.104 0.093 0.069 0.050 5 E 0.057 0.264 0.061 0.170 0.117 0.100 0.090 0.064 0.045 0.020 0.012 6 K 0.019 0.027 0.020 0.068 0.090 0.147 0.257 0.139 0.111 0.072 0.049 7 P 0.509 0.093 0.162 0.141 0.050 0.021 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 8 E 0.045 0.114 0.061 0.284 0.206 0.153 0.099 0.026 0.008 0.002 0.001 9 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.006 0.030 0.082 0.240 0.326 0.308 10 R 0.003 0.009 0.021 0.089 0.231 0.297 0.255 0.060 0.021 0.010 0.003 11 R 0.035 0.029 0.814 0.087 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.010 0.028 0.044 0.112 0.421 0.208 0.099 0.052 0.023 13 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.031 0.080 0.231 0.343 0.307 14 E 0.002 0.022 0.296 0.268 0.205 0.111 0.074 0.013 0.005 0.003 0.001 15 E 0.017 0.044 0.666 0.121 0.063 0.050 0.025 0.010 0.003 0.001 0.001 16 A 0.015 0.009 0.020 0.030 0.034 0.077 0.285 0.182 0.158 0.115 0.075 17 G 0.456 0.249 0.081 0.097 0.057 0.032 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 18 L 0.011 0.007 0.015 0.015 0.028 0.052 0.109 0.160 0.206 0.208 0.190 19 S 0.205 0.276 0.124 0.182 0.102 0.058 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 20 T 0.095 0.084 0.073 0.169 0.116 0.087 0.112 0.083 0.081 0.066 0.034 21 A 0.094 0.059 0.032 0.052 0.075 0.091 0.141 0.141 0.120 0.105 0.089 22 K 0.193 0.270 0.053 0.234 0.115 0.064 0.036 0.019 0.012 0.004 0.002 23 K 0.087 0.051 0.037 0.075 0.092 0.114 0.147 0.111 0.117 0.103 0.066 24 K 0.354 0.186 0.100 0.175 0.084 0.044 0.030 0.011 0.009 0.005 0.003 25 D 0.065 0.110 0.040 0.154 0.123 0.123 0.168 0.100 0.058 0.039 0.019 26 S 0.035 0.043 0.019 0.040 0.054 0.076 0.128 0.185 0.153 0.143 0.125 27 T 0.192 0.178 0.060 0.185 0.133 0.098 0.064 0.039 0.028 0.014 0.009 28 G 0.214 0.146 0.087 0.182 0.160 0.093 0.048 0.027 0.024 0.013 0.005 29 I 0.011 0.008 0.005 0.023 0.034 0.052 0.128 0.125 0.202 0.205 0.208 30 C 0.012 0.016 0.013 0.057 0.070 0.090 0.193 0.165 0.165 0.123 0.098 31 F 0.008 0.013 0.039 0.057 0.049 0.052 0.114 0.147 0.166 0.191 0.166 32 I 0.013 0.020 0.031 0.042 0.056 0.080 0.143 0.159 0.162 0.144 0.150 33 G 0.065 0.130 0.050 0.124 0.112 0.108 0.132 0.100 0.094 0.053 0.033 34 E 0.202 0.126 0.041 0.172 0.156 0.109 0.097 0.043 0.029 0.016 0.008 35 K 0.663 0.116 0.046 0.072 0.039 0.025 0.018 0.009 0.007 0.003 0.001 36 N 0.135 0.237 0.051 0.204 0.141 0.097 0.076 0.033 0.016 0.006 0.003 37 F 0.005 0.012 0.010 0.016 0.024 0.055 0.149 0.166 0.198 0.193 0.172 38 K 0.063 0.075 0.123 0.262 0.221 0.140 0.077 0.021 0.011 0.005 0.002 39 N 0.102 0.067 0.336 0.236 0.127 0.071 0.037 0.015 0.006 0.002 0.001 40 F 0.001 0.001 0.004 0.009 0.013 0.025 0.119 0.169 0.212 0.235 0.212 41 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.021 0.089 0.175 0.264 0.242 0.189 42 S 0.010 0.027 0.379 0.183 0.168 0.099 0.066 0.026 0.020 0.015 0.007 43 N 0.035 0.060 0.305 0.214 0.142 0.118 0.085 0.024 0.011 0.005 0.002 44 Y 0.024 0.017 0.015 0.040 0.046 0.073 0.216 0.206 0.179 0.125 0.059 45 L 0.059 0.035 0.019 0.037 0.047 0.081 0.187 0.184 0.147 0.112 0.093 46 P 0.241 0.269 0.174 0.181 0.080 0.031 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 47 A 0.163 0.115 0.060 0.101 0.111 0.104 0.123 0.082 0.059 0.045 0.035 48 Q 0.342 0.257 0.026 0.110 0.086 0.058 0.051 0.032 0.021 0.011 0.007 49 P 0.365 0.219 0.038 0.155 0.106 0.058 0.027 0.016 0.010 0.004 0.001 50 G 0.112 0.047 0.028 0.056 0.086 0.107 0.127 0.130 0.136 0.101 0.071 51 R 0.088 0.116 0.039 0.249 0.189 0.121 0.097 0.056 0.027 0.011 0.006 52 M 0.002 0.002 0.005 0.006 0.008 0.013 0.047 0.083 0.194 0.296 0.345 53 M 0.032 0.057 0.082 0.144 0.136 0.122 0.158 0.099 0.073 0.053 0.044 54 T 0.043 0.093 0.101 0.189 0.142 0.112 0.122 0.081 0.059 0.040 0.019 55 V 0.079 0.061 0.024 0.064 0.084 0.117 0.165 0.161 0.109 0.081 0.054 56 D 0.418 0.302 0.037 0.113 0.066 0.032 0.015 0.010 0.006 0.002 0.001 57 G 0.219 0.090 0.031 0.084 0.096 0.105 0.110 0.080 0.089 0.059 0.036 58 R 0.236 0.143 0.060 0.159 0.139 0.095 0.074 0.036 0.029 0.017 0.012 59 D 0.033 0.052 0.037 0.128 0.119 0.131 0.203 0.124 0.087 0.056 0.031 60 M 0.013 0.016 0.031 0.047 0.046 0.055 0.112 0.140 0.159 0.187 0.193 61 G 0.041 0.037 0.051 0.069 0.080 0.107 0.153 0.138 0.142 0.106 0.077 62 E 0.066 0.134 0.098 0.219 0.162 0.112 0.084 0.050 0.038 0.023 0.013 63 H 0.020 0.022 0.010 0.031 0.045 0.081 0.172 0.156 0.173 0.157 0.132 64 A 0.209 0.174 0.045 0.182 0.127 0.088 0.069 0.043 0.033 0.018 0.011 65 G 0.131 0.096 0.064 0.129 0.112 0.108 0.112 0.079 0.082 0.056 0.032 66 L 0.020 0.027 0.018 0.063 0.084 0.106 0.174 0.137 0.138 0.121 0.113 67 M 0.015 0.022 0.024 0.067 0.070 0.089 0.171 0.128 0.167 0.137 0.111 68 Y 0.017 0.023 0.059 0.105 0.100 0.103 0.158 0.113 0.119 0.117 0.087 69 Y 0.006 0.013 0.023 0.048 0.064 0.092 0.185 0.162 0.158 0.142 0.108 70 T 0.006 0.010 0.014 0.030 0.037 0.053 0.122 0.158 0.209 0.198 0.163 71 I 0.019 0.018 0.022 0.048 0.067 0.090 0.161 0.152 0.170 0.143 0.111 72 G 0.076 0.079 0.094 0.148 0.127 0.105 0.115 0.075 0.081 0.058 0.043 73 Q 0.020 0.034 0.019 0.077 0.084 0.104 0.205 0.133 0.132 0.107 0.084 74 R 0.029 0.030 0.022 0.057 0.060 0.072 0.153 0.122 0.146 0.157 0.153 75 G 0.085 0.101 0.063 0.212 0.148 0.112 0.128 0.058 0.043 0.031 0.019 76 G 0.141 0.110 0.082 0.152 0.142 0.109 0.088 0.068 0.054 0.036 0.017 77 L 0.010 0.008 0.004 0.014 0.026 0.052 0.130 0.153 0.201 0.203 0.198 78 G 0.123 0.176 0.053 0.196 0.152 0.096 0.074 0.057 0.038 0.021 0.013 79 I 0.007 0.006 0.005 0.014 0.023 0.036 0.086 0.124 0.194 0.247 0.258 80 G 0.166 0.142 0.051 0.153 0.135 0.100 0.088 0.061 0.049 0.030 0.025 81 G 0.047 0.051 0.020 0.108 0.090 0.085 0.144 0.108 0.132 0.121 0.094 82 Q 0.097 0.062 0.023 0.068 0.083 0.086 0.133 0.112 0.123 0.114 0.100 83 H 0.231 0.183 0.044 0.184 0.107 0.073 0.072 0.040 0.033 0.020 0.014 84 G 0.254 0.166 0.051 0.128 0.108 0.084 0.082 0.050 0.038 0.026 0.015 85 G 0.356 0.175 0.036 0.093 0.078 0.061 0.063 0.050 0.041 0.027 0.020 86 D 0.384 0.243 0.036 0.110 0.085 0.058 0.037 0.022 0.015 0.007 0.004 87 N 0.304 0.185 0.055 0.120 0.098 0.071 0.057 0.040 0.034 0.021 0.014 88 A 0.169 0.136 0.041 0.154 0.141 0.114 0.101 0.056 0.043 0.026 0.018 89 P 0.096 0.082 0.059 0.136 0.128 0.123 0.119 0.081 0.090 0.055 0.031 90 W 0.012 0.015 0.023 0.071 0.084 0.114 0.204 0.136 0.131 0.116 0.093 91 F 0.009 0.015 0.028 0.069 0.075 0.089 0.182 0.162 0.147 0.130 0.094 92 V 0.004 0.006 0.016 0.022 0.024 0.034 0.090 0.136 0.198 0.236 0.235 93 V 0.016 0.032 0.035 0.066 0.080 0.097 0.167 0.159 0.145 0.112 0.091 94 G 0.086 0.082 0.064 0.142 0.143 0.119 0.130 0.081 0.076 0.048 0.028 95 K 0.322 0.122 0.067 0.135 0.109 0.084 0.073 0.035 0.030 0.016 0.008 96 D 0.296 0.207 0.054 0.147 0.101 0.071 0.058 0.032 0.021 0.009 0.004 97 L 0.028 0.032 0.014 0.038 0.046 0.075 0.182 0.166 0.148 0.138 0.133 98 S 0.138 0.215 0.100 0.191 0.138 0.086 0.063 0.033 0.019 0.011 0.007 99 K 0.164 0.131 0.148 0.221 0.145 0.092 0.050 0.022 0.015 0.008 0.003 100 N 0.054 0.045 0.044 0.101 0.122 0.140 0.183 0.106 0.096 0.069 0.041 101 I 0.012 0.021 0.015 0.092 0.109 0.136 0.221 0.159 0.119 0.075 0.040 102 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.019 0.060 0.118 0.223 0.285 0.272 103 Y 0.005 0.012 0.038 0.072 0.102 0.120 0.190 0.181 0.118 0.088 0.074 104 V 0.002 0.004 0.012 0.016 0.019 0.025 0.072 0.118 0.214 0.257 0.263 105 G 0.013 0.013 0.013 0.029 0.051 0.074 0.149 0.166 0.193 0.160 0.140 106 Q 0.133 0.126 0.066 0.199 0.140 0.099 0.100 0.052 0.047 0.024 0.014 107 G 0.210 0.119 0.063 0.141 0.117 0.103 0.107 0.054 0.045 0.027 0.015 108 F 0.138 0.122 0.032 0.110 0.095 0.098 0.154 0.095 0.074 0.048 0.035 109 Y 0.192 0.224 0.067 0.154 0.103 0.081 0.081 0.046 0.028 0.016 0.009 110 H 0.159 0.128 0.078 0.153 0.139 0.117 0.100 0.054 0.037 0.022 0.013 111 D 0.404 0.151 0.125 0.136 0.089 0.049 0.025 0.010 0.007 0.003 0.001 112 S 0.102 0.056 0.056 0.144 0.125 0.122 0.169 0.094 0.069 0.041 0.020 113 L 0.014 0.021 0.035 0.043 0.052 0.072 0.167 0.159 0.165 0.144 0.127 114 M 0.018 0.063 0.081 0.152 0.110 0.110 0.172 0.125 0.080 0.055 0.035 115 S 0.047 0.069 0.163 0.165 0.167 0.137 0.109 0.058 0.040 0.029 0.016 116 T 0.190 0.123 0.135 0.192 0.123 0.089 0.076 0.031 0.023 0.012 0.004 117 S 0.197 0.123 0.057 0.193 0.168 0.109 0.074 0.046 0.022 0.009 0.002 118 L 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.020 0.071 0.178 0.255 0.250 0.212 119 E 0.058 0.261 0.105 0.293 0.159 0.073 0.029 0.014 0.005 0.002 0.001 120 A 0.006 0.008 0.020 0.018 0.024 0.040 0.099 0.115 0.179 0.256 0.235 121 S 0.182 0.169 0.073 0.224 0.160 0.086 0.060 0.023 0.013 0.007 0.004 122 Q 0.139 0.145 0.060 0.210 0.137 0.113 0.088 0.049 0.038 0.017 0.005 123 V 0.020 0.013 0.013 0.029 0.044 0.075 0.148 0.148 0.186 0.183 0.142 124 H 0.092 0.112 0.084 0.208 0.139 0.110 0.118 0.062 0.041 0.022 0.013 125 F 0.011 0.018 0.037 0.058 0.063 0.081 0.171 0.160 0.149 0.149 0.103 126 T 0.064 0.062 0.074 0.087 0.084 0.089 0.136 0.118 0.110 0.089 0.086 127 R 0.158 0.138 0.071 0.178 0.132 0.104 0.100 0.048 0.039 0.021 0.012 128 E 0.300 0.194 0.086 0.146 0.100 0.060 0.048 0.027 0.020 0.012 0.006 129 M 0.245 0.131 0.029 0.104 0.098 0.098 0.123 0.074 0.052 0.027 0.017 130 P 0.434 0.217 0.069 0.110 0.068 0.041 0.026 0.016 0.011 0.005 0.002