# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.617 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.044 0.011 0.004 0.015 0.019 0.030 0.037 0.002 0.001 0.003 0.835 2 G 0.069 0.009 0.004 0.033 0.035 0.040 0.121 0.002 0.001 0.006 0.682 3 H 0.224 0.006 0.006 0.019 0.013 0.017 0.125 0.001 0.001 0.010 0.577 4 L 0.071 0.008 0.010 0.045 0.019 0.033 0.083 0.001 0.001 0.003 0.727 5 E 0.040 0.006 0.004 0.072 0.025 0.066 0.148 0.001 0.001 0.003 0.635 6 K 0.065 0.005 0.003 0.042 0.008 0.032 0.086 0.001 0.001 0.003 0.755 7 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.984 8 E 0.008 0.004 0.001 0.011 0.003 0.006 0.287 0.001 0.001 0.001 0.681 9 V 0.097 0.161 0.001 0.013 0.003 0.010 0.114 0.001 0.001 0.003 0.598 10 R 0.023 0.836 0.001 0.006 0.003 0.006 0.022 0.001 0.001 0.001 0.102 11 R 0.021 0.846 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.114 12 L 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 13 A 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 E 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 15 E 0.043 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.013 16 A 0.088 0.818 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 0.018 17 G 0.554 0.206 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.142 0.001 0.002 0.073 18 L 0.004 0.008 0.924 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.061 19 S 0.002 0.014 0.002 0.055 0.007 0.008 0.069 0.003 0.001 0.001 0.840 20 T 0.148 0.040 0.004 0.036 0.002 0.004 0.046 0.001 0.001 0.003 0.715 21 A 0.099 0.389 0.003 0.070 0.012 0.029 0.104 0.002 0.001 0.005 0.286 22 K 0.090 0.206 0.003 0.047 0.018 0.046 0.212 0.005 0.001 0.009 0.364 23 K 0.239 0.232 0.003 0.023 0.011 0.014 0.020 0.005 0.001 0.002 0.451 24 K 0.089 0.416 0.004 0.017 0.027 0.035 0.025 0.007 0.001 0.002 0.377 25 D 0.076 0.378 0.003 0.015 0.038 0.050 0.058 0.022 0.001 0.005 0.355 26 S 0.252 0.347 0.007 0.009 0.020 0.028 0.038 0.027 0.001 0.005 0.267 27 T 0.262 0.312 0.016 0.014 0.025 0.028 0.055 0.026 0.001 0.009 0.253 28 G 0.232 0.078 0.041 0.025 0.045 0.056 0.137 0.016 0.001 0.022 0.347 29 I 0.125 0.043 0.159 0.083 0.118 0.137 0.111 0.005 0.001 0.011 0.208 30 C 0.012 0.024 0.011 0.230 0.213 0.257 0.062 0.002 0.001 0.002 0.186 31 F 0.011 0.015 0.004 0.170 0.162 0.242 0.037 0.001 0.001 0.002 0.356 32 I 0.010 0.011 0.001 0.166 0.198 0.352 0.041 0.001 0.001 0.002 0.217 33 G 0.009 0.005 0.002 0.055 0.062 0.129 0.061 0.001 0.001 0.002 0.673 34 E 0.031 0.006 0.002 0.057 0.031 0.076 0.137 0.001 0.001 0.010 0.649 35 K 0.075 0.009 0.004 0.032 0.013 0.029 0.212 0.001 0.001 0.017 0.608 36 N 0.064 0.018 0.002 0.014 0.011 0.011 0.243 0.001 0.001 0.007 0.629 37 F 0.077 0.061 0.006 0.013 0.011 0.022 0.158 0.001 0.001 0.009 0.643 38 K 0.027 0.187 0.002 0.012 0.010 0.025 0.167 0.001 0.001 0.005 0.564 39 N 0.044 0.215 0.001 0.002 0.005 0.007 0.147 0.002 0.001 0.004 0.573 40 F 0.081 0.696 0.002 0.002 0.006 0.009 0.048 0.002 0.001 0.003 0.153 41 L 0.019 0.896 0.001 0.003 0.007 0.012 0.017 0.002 0.001 0.001 0.043 42 S 0.024 0.868 0.001 0.002 0.004 0.006 0.007 0.008 0.001 0.001 0.079 43 N 0.117 0.783 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.017 0.001 0.001 0.071 44 Y 0.319 0.540 0.020 0.002 0.002 0.002 0.005 0.047 0.001 0.001 0.064 45 L 0.308 0.278 0.098 0.011 0.010 0.011 0.019 0.049 0.001 0.002 0.215 46 P 0.007 0.005 0.011 0.005 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.963 47 A 0.081 0.008 0.007 0.026 0.008 0.015 0.035 0.006 0.001 0.001 0.813 48 Q 0.409 0.005 0.004 0.030 0.010 0.010 0.044 0.004 0.001 0.003 0.482 49 P 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.984 50 G 0.013 0.001 0.001 0.181 0.047 0.083 0.205 0.001 0.001 0.004 0.466 51 R 0.297 0.001 0.002 0.152 0.027 0.038 0.071 0.001 0.001 0.013 0.399 52 M 0.027 0.003 0.002 0.195 0.128 0.150 0.054 0.001 0.001 0.002 0.439 53 M 0.006 0.001 0.001 0.266 0.204 0.284 0.049 0.001 0.001 0.002 0.186 54 T 0.013 0.001 0.001 0.240 0.206 0.228 0.079 0.001 0.001 0.003 0.228 55 V 0.005 0.001 0.001 0.072 0.090 0.122 0.078 0.001 0.001 0.004 0.627 56 D 0.006 0.001 0.001 0.022 0.029 0.065 0.466 0.001 0.001 0.013 0.398 57 G 0.356 0.003 0.001 0.017 0.009 0.012 0.195 0.001 0.001 0.149 0.256 58 R 0.279 0.018 0.011 0.018 0.019 0.014 0.405 0.001 0.001 0.045 0.191 59 D 0.040 0.014 0.008 0.022 0.048 0.054 0.358 0.001 0.001 0.010 0.445 60 M 0.022 0.020 0.004 0.048 0.128 0.242 0.105 0.001 0.001 0.004 0.427 61 G 0.016 0.015 0.001 0.020 0.159 0.293 0.121 0.001 0.001 0.004 0.371 62 E 0.036 0.020 0.002 0.007 0.102 0.177 0.080 0.001 0.001 0.005 0.570 63 H 0.047 0.031 0.002 0.019 0.109 0.210 0.108 0.002 0.001 0.008 0.464 64 A 0.052 0.022 0.005 0.028 0.055 0.106 0.111 0.003 0.001 0.013 0.605 65 G 0.100 0.025 0.006 0.060 0.096 0.095 0.121 0.006 0.001 0.018 0.472 66 L 0.149 0.042 0.041 0.070 0.071 0.131 0.096 0.002 0.001 0.015 0.384 67 M 0.013 0.030 0.004 0.128 0.190 0.259 0.067 0.001 0.001 0.002 0.306 68 Y 0.018 0.032 0.002 0.138 0.162 0.327 0.045 0.001 0.001 0.003 0.271 69 Y 0.020 0.056 0.003 0.167 0.186 0.319 0.042 0.002 0.001 0.003 0.202 70 T 0.014 0.066 0.003 0.146 0.170 0.272 0.071 0.001 0.001 0.002 0.254 71 I 0.009 0.048 0.002 0.077 0.132 0.190 0.050 0.002 0.001 0.002 0.489 72 G 0.021 0.064 0.001 0.066 0.109 0.262 0.135 0.003 0.001 0.008 0.330 73 Q 0.141 0.125 0.009 0.030 0.057 0.086 0.115 0.007 0.001 0.017 0.413 74 R 0.164 0.202 0.018 0.018 0.035 0.052 0.064 0.006 0.001 0.009 0.431 75 G 0.066 0.101 0.007 0.031 0.089 0.100 0.071 0.011 0.001 0.006 0.518 76 G 0.188 0.038 0.013 0.019 0.053 0.060 0.053 0.009 0.001 0.010 0.557 77 L 0.067 0.029 0.096 0.059 0.080 0.130 0.046 0.003 0.001 0.005 0.485 78 G 0.010 0.007 0.003 0.092 0.128 0.154 0.088 0.002 0.001 0.002 0.514 79 I 0.052 0.008 0.007 0.099 0.099 0.160 0.051 0.001 0.001 0.005 0.517 80 G 0.012 0.009 0.002 0.140 0.113 0.210 0.081 0.001 0.001 0.002 0.431 81 G 0.027 0.005 0.002 0.091 0.057 0.098 0.102 0.001 0.001 0.007 0.609 82 Q 0.081 0.010 0.004 0.081 0.058 0.091 0.109 0.001 0.001 0.009 0.555 83 H 0.015 0.006 0.001 0.033 0.047 0.067 0.089 0.001 0.001 0.003 0.737 84 G 0.038 0.006 0.001 0.030 0.031 0.045 0.101 0.001 0.001 0.006 0.740 85 G 0.193 0.011 0.003 0.016 0.024 0.032 0.121 0.002 0.001 0.015 0.584 86 D 0.119 0.014 0.006 0.016 0.019 0.028 0.122 0.001 0.001 0.008 0.666 87 N 0.055 0.007 0.004 0.018 0.022 0.039 0.075 0.001 0.001 0.006 0.771 88 A 0.144 0.010 0.006 0.053 0.076 0.116 0.136 0.001 0.001 0.012 0.447 89 P 0.010 0.002 0.003 0.013 0.012 0.017 0.016 0.001 0.001 0.001 0.926 90 W 0.018 0.003 0.002 0.127 0.168 0.344 0.086 0.001 0.001 0.004 0.248 91 F 0.048 0.007 0.002 0.213 0.187 0.270 0.054 0.001 0.001 0.005 0.214 92 V 0.011 0.014 0.001 0.267 0.211 0.297 0.028 0.001 0.001 0.001 0.169 93 V 0.006 0.008 0.001 0.223 0.203 0.390 0.035 0.001 0.001 0.001 0.131 94 G 0.016 0.007 0.001 0.159 0.211 0.343 0.042 0.002 0.001 0.003 0.216 95 K 0.015 0.005 0.004 0.080 0.167 0.253 0.060 0.002 0.001 0.005 0.408 96 D 0.018 0.003 0.001 0.033 0.173 0.178 0.200 0.001 0.001 0.008 0.385 97 L 0.042 0.005 0.002 0.032 0.081 0.077 0.139 0.001 0.001 0.018 0.603 98 S 0.030 0.012 0.001 0.012 0.054 0.052 0.503 0.001 0.001 0.024 0.311 99 K 0.320 0.013 0.003 0.010 0.015 0.025 0.166 0.004 0.001 0.082 0.363 100 N 0.521 0.010 0.017 0.029 0.057 0.047 0.142 0.004 0.001 0.053 0.120 101 I 0.090 0.002 0.088 0.112 0.183 0.122 0.163 0.001 0.001 0.016 0.223 102 L 0.001 0.001 0.010 0.158 0.321 0.389 0.035 0.001 0.001 0.001 0.086 103 Y 0.001 0.001 0.001 0.224 0.284 0.463 0.010 0.001 0.001 0.001 0.018 104 V 0.001 0.001 0.001 0.220 0.213 0.389 0.018 0.001 0.001 0.001 0.160 105 G 0.001 0.001 0.001 0.315 0.235 0.353 0.023 0.001 0.001 0.001 0.072 106 Q 0.001 0.001 0.001 0.090 0.032 0.090 0.061 0.001 0.001 0.002 0.724 107 G 0.005 0.001 0.001 0.114 0.033 0.074 0.178 0.001 0.001 0.011 0.585 108 F 0.063 0.001 0.001 0.026 0.010 0.023 0.230 0.001 0.001 0.023 0.622 109 Y 0.049 0.007 0.001 0.011 0.010 0.012 0.177 0.001 0.001 0.006 0.726 110 H 0.099 0.023 0.002 0.009 0.010 0.020 0.109 0.001 0.001 0.008 0.719 111 D 0.049 0.060 0.001 0.003 0.007 0.011 0.084 0.001 0.001 0.003 0.782 112 S 0.112 0.169 0.001 0.004 0.025 0.033 0.118 0.003 0.001 0.007 0.527 113 L 0.146 0.367 0.003 0.005 0.023 0.033 0.075 0.006 0.001 0.006 0.337 114 M 0.089 0.602 0.005 0.009 0.029 0.050 0.048 0.011 0.001 0.006 0.151 115 S 0.091 0.613 0.010 0.010 0.018 0.049 0.028 0.015 0.001 0.004 0.160 116 T 0.089 0.520 0.010 0.016 0.028 0.028 0.026 0.026 0.001 0.002 0.253 117 S 0.154 0.409 0.023 0.021 0.024 0.032 0.044 0.025 0.001 0.006 0.262 118 L 0.078 0.306 0.041 0.075 0.120 0.125 0.071 0.014 0.001 0.006 0.163 119 E 0.041 0.301 0.014 0.094 0.100 0.151 0.096 0.008 0.001 0.005 0.190 120 A 0.039 0.315 0.011 0.093 0.113 0.205 0.039 0.006 0.001 0.003 0.175 121 S 0.030 0.261 0.004 0.104 0.153 0.218 0.058 0.008 0.001 0.004 0.159 122 Q 0.062 0.119 0.009 0.046 0.065 0.103 0.111 0.014 0.001 0.012 0.457 123 V 0.108 0.123 0.030 0.094 0.102 0.141 0.099 0.013 0.001 0.013 0.276 124 H 0.063 0.082 0.013 0.095 0.121 0.144 0.156 0.010 0.001 0.013 0.302 125 F 0.061 0.098 0.019 0.088 0.114 0.125 0.084 0.004 0.001 0.006 0.401 126 T 0.061 0.082 0.006 0.097 0.143 0.238 0.084 0.006 0.001 0.005 0.277 127 R 0.052 0.041 0.006 0.054 0.056 0.109 0.075 0.005 0.001 0.004 0.597 128 E 0.083 0.023 0.009 0.044 0.039 0.075 0.089 0.007 0.001 0.008 0.623 129 M 0.142 0.014 0.023 0.044 0.041 0.071 0.136 0.003 0.001 0.008 0.519 130 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.977