# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.617 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.002 0.001 0.004 0.006 0.011 0.011 0.965 2 G 0.006 0.011 0.024 0.025 0.018 0.084 0.832 3 H 0.011 0.012 0.108 0.038 0.133 0.183 0.514 4 L 0.012 0.008 0.037 0.031 0.192 0.105 0.616 5 E 0.009 0.018 0.022 0.058 0.160 0.070 0.663 6 K 0.004 0.003 0.006 0.353 0.176 0.010 0.448 7 P 0.001 0.001 0.005 0.972 0.002 0.007 0.013 8 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 9 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.002 10 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.025 0.001 16 A 0.001 0.001 0.002 0.437 0.003 0.554 0.002 17 G 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.957 0.020 18 L 0.004 0.003 0.001 0.002 0.023 0.003 0.964 19 S 0.078 0.031 0.019 0.007 0.048 0.008 0.807 20 T 0.237 0.070 0.088 0.019 0.084 0.034 0.469 21 A 0.207 0.022 0.075 0.013 0.192 0.084 0.407 22 K 0.169 0.038 0.047 0.014 0.190 0.078 0.464 23 K 0.113 0.025 0.028 0.011 0.255 0.019 0.549 24 K 0.061 0.017 0.155 0.025 0.170 0.275 0.297 25 D 0.068 0.017 0.166 0.012 0.163 0.361 0.213 26 S 0.171 0.040 0.148 0.008 0.089 0.146 0.399 27 T 0.250 0.018 0.056 0.005 0.224 0.160 0.287 28 G 0.533 0.004 0.025 0.003 0.178 0.067 0.190 29 I 0.838 0.012 0.004 0.003 0.008 0.004 0.130 30 C 0.950 0.012 0.002 0.002 0.003 0.001 0.029 31 F 0.934 0.012 0.002 0.002 0.005 0.003 0.043 32 I 0.650 0.022 0.006 0.002 0.053 0.032 0.235 33 G 0.137 0.009 0.011 0.002 0.286 0.098 0.456 34 E 0.027 0.011 0.074 0.036 0.246 0.271 0.335 35 K 0.012 0.011 0.077 0.131 0.400 0.246 0.123 36 N 0.019 0.032 0.084 0.222 0.194 0.156 0.293 37 F 0.002 0.001 0.052 0.899 0.003 0.020 0.023 38 K 0.001 0.001 0.030 0.952 0.003 0.008 0.005 39 N 0.001 0.001 0.026 0.962 0.001 0.007 0.003 40 F 0.001 0.001 0.027 0.961 0.002 0.006 0.003 41 L 0.002 0.001 0.031 0.944 0.003 0.016 0.002 42 S 0.002 0.001 0.068 0.853 0.003 0.072 0.002 43 N 0.002 0.001 0.076 0.513 0.005 0.398 0.005 44 Y 0.010 0.030 0.113 0.269 0.088 0.390 0.100 45 L 0.012 0.015 0.007 0.006 0.554 0.043 0.363 46 P 0.044 0.032 0.006 0.001 0.188 0.058 0.671 47 A 0.033 0.119 0.007 0.001 0.218 0.031 0.591 48 Q 0.071 0.017 0.006 0.001 0.245 0.063 0.598 49 P 0.028 0.006 0.025 0.001 0.253 0.384 0.303 50 G 0.162 0.005 0.041 0.002 0.420 0.180 0.191 51 R 0.542 0.017 0.018 0.004 0.031 0.006 0.383 52 M 0.973 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 53 M 0.950 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 54 T 0.632 0.009 0.001 0.001 0.005 0.002 0.351 55 V 0.143 0.003 0.014 0.003 0.149 0.493 0.195 56 D 0.008 0.001 0.007 0.001 0.072 0.895 0.016 57 G 0.045 0.001 0.018 0.002 0.405 0.470 0.059 58 R 0.310 0.037 0.010 0.007 0.097 0.031 0.508 59 D 0.783 0.099 0.008 0.005 0.028 0.008 0.070 60 M 0.742 0.017 0.026 0.011 0.048 0.026 0.130 61 G 0.520 0.009 0.036 0.018 0.095 0.080 0.241 62 E 0.471 0.014 0.053 0.029 0.117 0.072 0.244 63 H 0.397 0.042 0.046 0.057 0.116 0.074 0.268 64 A 0.146 0.006 0.038 0.045 0.185 0.445 0.134 65 G 0.181 0.006 0.024 0.028 0.205 0.400 0.156 66 L 0.535 0.021 0.013 0.046 0.097 0.039 0.248 67 M 0.852 0.014 0.006 0.024 0.026 0.011 0.067 68 Y 0.875 0.007 0.006 0.029 0.021 0.013 0.048 69 Y 0.833 0.009 0.005 0.061 0.018 0.017 0.057 70 T 0.669 0.017 0.004 0.079 0.021 0.016 0.192 71 I 0.324 0.010 0.032 0.248 0.066 0.198 0.123 72 G 0.262 0.007 0.056 0.185 0.097 0.274 0.119 73 Q 0.301 0.026 0.084 0.217 0.086 0.093 0.194 74 R 0.242 0.045 0.097 0.181 0.112 0.165 0.158 75 G 0.086 0.015 0.104 0.115 0.085 0.466 0.128 76 G 0.070 0.013 0.103 0.060 0.116 0.330 0.307 77 L 0.107 0.027 0.086 0.059 0.162 0.198 0.361 78 G 0.173 0.048 0.069 0.033 0.125 0.199 0.353 79 I 0.161 0.050 0.095 0.037 0.136 0.113 0.408 80 G 0.152 0.049 0.075 0.027 0.161 0.179 0.357 81 G 0.075 0.026 0.113 0.024 0.191 0.190 0.381 82 Q 0.062 0.035 0.094 0.017 0.203 0.135 0.454 83 H 0.035 0.037 0.099 0.014 0.174 0.353 0.290 84 G 0.013 0.012 0.051 0.006 0.207 0.416 0.294 85 G 0.018 0.015 0.056 0.006 0.200 0.276 0.430 86 D 0.035 0.027 0.039 0.005 0.288 0.385 0.221 87 N 0.054 0.016 0.022 0.003 0.462 0.178 0.264 88 A 0.105 0.011 0.004 0.001 0.322 0.010 0.548 89 P 0.300 0.019 0.009 0.002 0.058 0.013 0.599 90 W 0.727 0.019 0.012 0.004 0.087 0.013 0.139 91 F 0.937 0.007 0.004 0.004 0.008 0.005 0.035 92 V 0.966 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.022 93 V 0.960 0.006 0.001 0.004 0.005 0.005 0.019 94 G 0.850 0.002 0.002 0.004 0.030 0.023 0.089 95 K 0.705 0.019 0.005 0.007 0.115 0.029 0.120 96 D 0.460 0.047 0.025 0.004 0.082 0.027 0.354 97 L 0.032 0.003 0.302 0.021 0.034 0.590 0.019 98 S 0.022 0.004 0.244 0.007 0.032 0.663 0.027 99 K 0.053 0.006 0.207 0.003 0.153 0.490 0.089 100 N 0.119 0.002 0.020 0.001 0.283 0.400 0.175 101 I 0.878 0.015 0.003 0.001 0.011 0.005 0.087 102 L 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 103 Y 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 104 V 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 105 G 0.672 0.006 0.002 0.002 0.054 0.028 0.236 106 Q 0.228 0.009 0.014 0.007 0.230 0.232 0.280 107 G 0.061 0.007 0.040 0.013 0.317 0.367 0.195 108 F 0.060 0.021 0.072 0.039 0.288 0.232 0.288 109 Y 0.062 0.052 0.071 0.060 0.218 0.189 0.348 110 H 0.043 0.016 0.126 0.108 0.152 0.122 0.433 111 D 0.022 0.005 0.241 0.282 0.101 0.220 0.129 112 S 0.026 0.008 0.272 0.363 0.060 0.205 0.066 113 L 0.082 0.015 0.155 0.365 0.073 0.211 0.099 114 M 0.166 0.024 0.082 0.243 0.074 0.190 0.220 115 S 0.216 0.019 0.095 0.171 0.151 0.137 0.212 116 T 0.310 0.007 0.068 0.100 0.195 0.152 0.167 117 S 0.588 0.017 0.038 0.061 0.072 0.092 0.132 118 L 0.748 0.019 0.005 0.022 0.032 0.011 0.165 119 E 0.819 0.010 0.004 0.017 0.013 0.009 0.128 120 A 0.704 0.020 0.029 0.051 0.018 0.030 0.149 121 S 0.481 0.007 0.052 0.056 0.107 0.121 0.177 122 Q 0.498 0.004 0.074 0.048 0.126 0.099 0.151 123 V 0.630 0.017 0.032 0.040 0.049 0.029 0.203 124 H 0.670 0.021 0.030 0.045 0.052 0.040 0.143 125 F 0.567 0.017 0.039 0.051 0.058 0.071 0.196 126 T 0.457 0.017 0.047 0.046 0.076 0.078 0.281 127 R 0.233 0.014 0.046 0.031 0.247 0.105 0.323 128 E 0.100 0.023 0.050 0.027 0.284 0.135 0.381 129 M 0.028 0.011 0.003 0.004 0.221 0.007 0.727 130 P 0.009 0.005 0.004 0.002 0.015 0.008 0.957