# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.617 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.065 0.183 0.054 0.052 0.109 0.038 0.062 0.141 0.131 0.120 0.045 2 G 0.009 0.055 0.101 0.380 0.018 0.104 0.033 0.092 0.082 0.108 0.019 3 H 0.099 0.122 0.054 0.007 0.202 0.012 0.041 0.126 0.115 0.152 0.070 4 L 0.093 0.218 0.056 0.003 0.202 0.003 0.014 0.163 0.120 0.087 0.043 5 E 0.032 0.343 0.231 0.013 0.078 0.009 0.027 0.095 0.059 0.092 0.022 6 K 0.020 0.182 0.114 0.009 0.069 0.003 0.008 0.514 0.073 0.005 0.005 7 P 0.001 0.011 0.005 0.001 0.004 0.004 0.006 0.875 0.088 0.004 0.002 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.053 0.011 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.051 0.011 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.006 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.002 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.893 0.101 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.908 0.043 0.004 0.001 16 A 0.001 0.674 0.294 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 17 G 0.100 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.002 0.008 0.007 0.360 0.507 18 L 0.118 0.350 0.072 0.004 0.344 0.004 0.005 0.030 0.023 0.022 0.028 19 S 0.077 0.118 0.048 0.027 0.220 0.049 0.089 0.216 0.076 0.031 0.050 20 T 0.182 0.130 0.070 0.014 0.218 0.011 0.023 0.072 0.097 0.121 0.063 21 A 0.120 0.201 0.069 0.013 0.313 0.019 0.033 0.105 0.056 0.035 0.035 22 K 0.072 0.204 0.174 0.043 0.135 0.017 0.025 0.060 0.043 0.171 0.057 23 K 0.063 0.260 0.159 0.063 0.169 0.029 0.029 0.097 0.054 0.039 0.037 24 K 0.044 0.180 0.054 0.025 0.111 0.045 0.057 0.187 0.187 0.083 0.027 25 D 0.114 0.078 0.043 0.010 0.110 0.009 0.063 0.116 0.135 0.231 0.089 26 S 0.260 0.120 0.037 0.008 0.299 0.007 0.017 0.041 0.049 0.081 0.081 27 T 0.043 0.172 0.046 0.065 0.125 0.082 0.114 0.116 0.116 0.094 0.027 28 G 0.126 0.024 0.022 0.053 0.088 0.040 0.037 0.035 0.067 0.365 0.145 29 I 0.202 0.149 0.023 0.004 0.588 0.002 0.003 0.004 0.003 0.005 0.017 30 C 0.213 0.106 0.009 0.002 0.607 0.002 0.004 0.007 0.003 0.007 0.040 31 F 0.273 0.138 0.064 0.010 0.327 0.006 0.006 0.009 0.005 0.039 0.122 32 I 0.102 0.161 0.075 0.082 0.154 0.066 0.085 0.052 0.033 0.106 0.083 33 G 0.031 0.160 0.311 0.160 0.055 0.053 0.019 0.039 0.037 0.094 0.041 34 E 0.057 0.133 0.066 0.025 0.132 0.021 0.025 0.233 0.134 0.124 0.050 35 K 0.014 0.104 0.070 0.031 0.057 0.090 0.096 0.319 0.128 0.076 0.016 36 N 0.111 0.102 0.057 0.006 0.082 0.003 0.009 0.245 0.051 0.246 0.089 37 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.773 0.172 0.038 0.004 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.051 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.027 0.001 0.001 40 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.037 0.004 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.735 0.216 0.043 0.001 42 S 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.010 0.051 0.686 0.232 0.009 0.001 43 N 0.002 0.007 0.005 0.007 0.004 0.011 0.248 0.494 0.127 0.090 0.004 44 Y 0.015 0.008 0.005 0.007 0.014 0.020 0.184 0.182 0.162 0.379 0.024 45 L 0.115 0.350 0.089 0.011 0.248 0.007 0.018 0.059 0.037 0.026 0.040 46 P 0.048 0.242 0.127 0.037 0.151 0.027 0.021 0.124 0.114 0.085 0.023 47 A 0.143 0.239 0.140 0.006 0.276 0.005 0.022 0.030 0.024 0.067 0.048 48 Q 0.026 0.355 0.392 0.024 0.145 0.014 0.016 0.014 0.004 0.005 0.006 49 P 0.031 0.048 0.046 0.067 0.050 0.085 0.440 0.094 0.059 0.054 0.026 50 G 0.035 0.116 0.255 0.186 0.084 0.055 0.007 0.009 0.033 0.161 0.059 51 R 0.166 0.155 0.022 0.002 0.586 0.002 0.006 0.008 0.008 0.013 0.033 52 M 0.216 0.145 0.021 0.001 0.566 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.036 53 M 0.120 0.327 0.030 0.001 0.484 0.001 0.003 0.003 0.002 0.008 0.021 54 T 0.197 0.230 0.218 0.007 0.291 0.001 0.002 0.010 0.004 0.009 0.031 55 V 0.011 0.019 0.021 0.094 0.013 0.189 0.094 0.354 0.170 0.026 0.009 56 D 0.003 0.210 0.170 0.288 0.023 0.054 0.131 0.071 0.025 0.019 0.005 57 G 0.029 0.016 0.020 0.018 0.018 0.004 0.002 0.008 0.024 0.649 0.213 58 R 0.030 0.470 0.145 0.003 0.250 0.002 0.013 0.041 0.031 0.011 0.004 59 D 0.373 0.108 0.031 0.003 0.332 0.006 0.016 0.029 0.012 0.013 0.078 60 M 0.058 0.136 0.057 0.138 0.096 0.109 0.141 0.069 0.070 0.087 0.039 61 G 0.051 0.134 0.167 0.211 0.099 0.065 0.015 0.039 0.032 0.134 0.053 62 E 0.229 0.101 0.047 0.026 0.210 0.029 0.038 0.061 0.054 0.120 0.085 63 H 0.149 0.159 0.120 0.078 0.201 0.044 0.028 0.069 0.032 0.064 0.056 64 A 0.031 0.042 0.030 0.124 0.035 0.096 0.309 0.160 0.079 0.068 0.025 65 G 0.046 0.129 0.186 0.241 0.092 0.070 0.018 0.032 0.032 0.120 0.035 66 L 0.143 0.211 0.017 0.007 0.446 0.008 0.009 0.049 0.037 0.045 0.030 67 M 0.353 0.052 0.010 0.005 0.433 0.007 0.013 0.023 0.012 0.018 0.073 68 Y 0.221 0.124 0.022 0.011 0.476 0.021 0.036 0.022 0.013 0.020 0.034 69 Y 0.197 0.179 0.034 0.011 0.483 0.005 0.009 0.022 0.008 0.014 0.038 70 T 0.234 0.179 0.054 0.015 0.339 0.010 0.010 0.046 0.014 0.026 0.073 71 I 0.051 0.088 0.028 0.036 0.087 0.051 0.112 0.150 0.172 0.162 0.064 72 G 0.066 0.133 0.138 0.110 0.106 0.033 0.021 0.082 0.073 0.180 0.058 73 Q 0.084 0.159 0.077 0.019 0.142 0.015 0.034 0.200 0.117 0.110 0.042 74 R 0.052 0.129 0.087 0.059 0.101 0.062 0.124 0.219 0.100 0.041 0.026 75 G 0.011 0.058 0.089 0.145 0.018 0.105 0.149 0.209 0.131 0.067 0.018 76 G 0.039 0.057 0.077 0.057 0.057 0.030 0.036 0.125 0.117 0.343 0.063 77 L 0.065 0.445 0.092 0.018 0.182 0.019 0.026 0.046 0.037 0.036 0.034 78 G 0.223 0.065 0.066 0.034 0.185 0.016 0.018 0.026 0.022 0.122 0.223 79 I 0.187 0.082 0.037 0.031 0.181 0.037 0.049 0.092 0.119 0.115 0.071 80 G 0.032 0.101 0.087 0.170 0.059 0.087 0.143 0.097 0.086 0.102 0.036 81 G 0.038 0.082 0.130 0.127 0.055 0.046 0.021 0.060 0.086 0.310 0.045 82 Q 0.099 0.203 0.123 0.032 0.196 0.036 0.062 0.087 0.062 0.063 0.036 83 H 0.041 0.165 0.181 0.128 0.092 0.118 0.073 0.060 0.039 0.068 0.036 84 G 0.045 0.103 0.167 0.291 0.056 0.089 0.049 0.040 0.032 0.080 0.047 85 G 0.030 0.043 0.085 0.155 0.032 0.065 0.025 0.053 0.099 0.353 0.060 86 D 0.025 0.245 0.133 0.095 0.108 0.068 0.109 0.093 0.059 0.048 0.016 87 N 0.049 0.017 0.026 0.020 0.025 0.013 0.018 0.027 0.087 0.576 0.143 88 A 0.016 0.452 0.355 0.015 0.117 0.004 0.007 0.013 0.008 0.008 0.004 89 P 0.298 0.170 0.025 0.002 0.416 0.001 0.004 0.009 0.007 0.011 0.056 90 W 0.187 0.187 0.024 0.005 0.488 0.013 0.016 0.014 0.019 0.015 0.031 91 F 0.140 0.216 0.026 0.001 0.587 0.001 0.002 0.005 0.003 0.005 0.013 92 V 0.475 0.060 0.017 0.002 0.362 0.002 0.003 0.004 0.002 0.008 0.066 93 V 0.079 0.113 0.059 0.100 0.161 0.112 0.163 0.085 0.039 0.045 0.042 94 G 0.165 0.152 0.108 0.028 0.252 0.013 0.009 0.038 0.045 0.108 0.081 95 K 0.065 0.288 0.125 0.035 0.244 0.038 0.023 0.055 0.044 0.052 0.031 96 D 0.363 0.052 0.015 0.001 0.475 0.001 0.002 0.005 0.003 0.010 0.072 97 L 0.107 0.037 0.014 0.005 0.058 0.005 0.012 0.171 0.415 0.111 0.064 98 S 0.007 0.019 0.018 0.024 0.013 0.062 0.260 0.311 0.208 0.073 0.005 99 K 0.043 0.293 0.048 0.023 0.123 0.015 0.047 0.077 0.087 0.200 0.043 100 N 0.138 0.039 0.022 0.012 0.108 0.007 0.005 0.008 0.026 0.358 0.277 101 I 0.119 0.217 0.032 0.002 0.616 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 102 L 0.206 0.096 0.005 0.001 0.676 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 103 Y 0.368 0.071 0.014 0.002 0.464 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.070 104 V 0.179 0.165 0.090 0.053 0.208 0.032 0.035 0.027 0.015 0.078 0.118 105 G 0.030 0.204 0.383 0.182 0.089 0.047 0.013 0.010 0.009 0.021 0.013 106 Q 0.046 0.091 0.082 0.095 0.075 0.105 0.149 0.126 0.093 0.095 0.044 107 G 0.030 0.070 0.132 0.148 0.061 0.078 0.038 0.075 0.096 0.221 0.051 108 F 0.081 0.117 0.056 0.043 0.139 0.053 0.082 0.147 0.096 0.134 0.051 109 Y 0.066 0.081 0.062 0.029 0.080 0.028 0.043 0.109 0.095 0.326 0.081 110 H 0.078 0.210 0.109 0.031 0.201 0.015 0.019 0.161 0.081 0.056 0.039 111 D 0.023 0.025 0.013 0.006 0.031 0.011 0.023 0.372 0.325 0.147 0.022 112 S 0.030 0.051 0.020 0.007 0.060 0.009 0.052 0.516 0.165 0.075 0.015 113 L 0.089 0.065 0.019 0.007 0.111 0.011 0.034 0.429 0.128 0.085 0.024 114 M 0.099 0.078 0.032 0.016 0.122 0.016 0.036 0.274 0.125 0.148 0.054 115 S 0.161 0.113 0.024 0.015 0.231 0.019 0.037 0.198 0.089 0.057 0.057 116 T 0.047 0.076 0.025 0.026 0.128 0.052 0.121 0.283 0.123 0.089 0.028 117 S 0.197 0.113 0.028 0.005 0.310 0.004 0.018 0.073 0.053 0.143 0.056 118 L 0.274 0.153 0.019 0.001 0.498 0.002 0.002 0.008 0.005 0.008 0.031 119 E 0.324 0.088 0.015 0.002 0.418 0.001 0.003 0.004 0.003 0.018 0.124 120 A 0.367 0.087 0.021 0.008 0.310 0.004 0.003 0.011 0.019 0.032 0.137 121 S 0.005 0.016 0.011 0.042 0.013 0.231 0.408 0.185 0.072 0.015 0.003 122 Q 0.216 0.112 0.035 0.004 0.286 0.002 0.006 0.042 0.049 0.151 0.096 123 V 0.267 0.120 0.015 0.005 0.399 0.007 0.007 0.029 0.034 0.034 0.084 124 H 0.170 0.132 0.056 0.018 0.353 0.019 0.027 0.049 0.038 0.060 0.079 125 F 0.227 0.130 0.026 0.008 0.268 0.006 0.013 0.064 0.048 0.096 0.113 126 T 0.114 0.147 0.068 0.035 0.192 0.025 0.043 0.088 0.091 0.144 0.053 127 R 0.050 0.175 0.120 0.040 0.133 0.037 0.075 0.191 0.102 0.054 0.023 128 E 0.101 0.126 0.091 0.024 0.135 0.017 0.049 0.092 0.090 0.201 0.072 129 M 0.051 0.383 0.271 0.027 0.150 0.010 0.019 0.046 0.016 0.010 0.017 130 P 0.038 0.382 0.154 0.021 0.128 0.022 0.035 0.112 0.060 0.028 0.019