# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.617 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.716 0.154 0.058 0.040 0.021 0.009 0.001 2 G 0.584 0.211 0.099 0.063 0.032 0.011 0.001 3 H 0.678 0.202 0.074 0.034 0.010 0.002 0.001 4 L 0.433 0.268 0.167 0.086 0.036 0.008 0.001 5 E 0.376 0.413 0.160 0.041 0.009 0.001 0.001 6 K 0.093 0.185 0.267 0.310 0.128 0.016 0.001 7 P 0.478 0.361 0.119 0.032 0.008 0.001 0.001 8 E 0.065 0.313 0.376 0.203 0.038 0.005 0.001 9 V 0.005 0.009 0.030 0.216 0.516 0.217 0.007 10 R 0.027 0.204 0.427 0.276 0.060 0.005 0.001 11 R 0.328 0.577 0.080 0.013 0.002 0.001 0.001 12 L 0.038 0.098 0.288 0.409 0.149 0.017 0.001 13 A 0.056 0.061 0.147 0.364 0.320 0.052 0.001 14 E 0.530 0.370 0.086 0.012 0.001 0.001 0.001 15 E 0.639 0.286 0.060 0.013 0.001 0.001 0.001 16 A 0.249 0.245 0.265 0.170 0.061 0.011 0.001 17 G 0.365 0.384 0.169 0.064 0.016 0.003 0.001 18 L 0.173 0.118 0.176 0.258 0.220 0.053 0.003 19 S 0.343 0.331 0.191 0.098 0.030 0.006 0.001 20 T 0.396 0.295 0.153 0.101 0.041 0.013 0.001 21 A 0.261 0.162 0.197 0.226 0.129 0.023 0.002 22 K 0.518 0.317 0.114 0.039 0.010 0.002 0.001 23 K 0.197 0.214 0.214 0.221 0.113 0.036 0.004 24 K 0.210 0.229 0.192 0.176 0.131 0.056 0.006 25 D 0.285 0.318 0.203 0.122 0.049 0.019 0.004 26 S 0.088 0.137 0.184 0.244 0.188 0.124 0.035 27 T 0.033 0.083 0.129 0.182 0.228 0.260 0.086 28 G 0.029 0.067 0.139 0.240 0.250 0.205 0.069 29 I 0.014 0.032 0.050 0.088 0.188 0.438 0.190 30 C 0.009 0.037 0.080 0.172 0.310 0.318 0.074 31 F 0.005 0.010 0.029 0.107 0.319 0.454 0.075 32 I 0.015 0.056 0.135 0.286 0.351 0.147 0.011 33 G 0.056 0.230 0.304 0.274 0.113 0.021 0.001 34 E 0.166 0.404 0.283 0.116 0.027 0.004 0.001 35 K 0.534 0.321 0.106 0.032 0.007 0.001 0.001 36 N 0.225 0.408 0.238 0.103 0.023 0.003 0.001 37 F 0.016 0.037 0.112 0.332 0.389 0.111 0.003 38 K 0.105 0.347 0.350 0.154 0.038 0.006 0.001 39 N 0.194 0.519 0.222 0.055 0.009 0.001 0.001 40 F 0.007 0.021 0.084 0.312 0.425 0.147 0.004 41 L 0.012 0.036 0.123 0.328 0.373 0.123 0.004 42 S 0.159 0.446 0.280 0.095 0.017 0.002 0.001 43 N 0.146 0.377 0.302 0.138 0.032 0.005 0.001 44 Y 0.014 0.058 0.157 0.299 0.326 0.140 0.006 45 L 0.035 0.118 0.228 0.326 0.228 0.063 0.003 46 P 0.471 0.350 0.120 0.044 0.012 0.002 0.001 47 A 0.378 0.272 0.189 0.113 0.041 0.008 0.001 48 Q 0.435 0.320 0.155 0.068 0.018 0.004 0.001 49 P 0.480 0.326 0.127 0.050 0.013 0.002 0.001 50 G 0.183 0.214 0.250 0.204 0.118 0.029 0.002 51 R 0.125 0.280 0.285 0.197 0.086 0.024 0.002 52 M 0.025 0.036 0.079 0.235 0.384 0.222 0.019 53 M 0.044 0.166 0.283 0.300 0.157 0.045 0.004 54 T 0.134 0.305 0.268 0.182 0.084 0.025 0.002 55 V 0.206 0.259 0.253 0.188 0.078 0.015 0.001 56 D 0.605 0.252 0.094 0.036 0.010 0.002 0.001 57 G 0.460 0.253 0.163 0.088 0.030 0.006 0.001 58 R 0.424 0.347 0.155 0.056 0.015 0.003 0.001 59 D 0.217 0.301 0.218 0.167 0.078 0.018 0.001 60 M 0.067 0.121 0.196 0.300 0.222 0.086 0.008 61 G 0.084 0.209 0.273 0.258 0.131 0.042 0.004 62 E 0.109 0.355 0.331 0.150 0.043 0.010 0.001 63 H 0.017 0.021 0.054 0.207 0.410 0.265 0.025 64 A 0.109 0.308 0.296 0.177 0.080 0.025 0.004 65 G 0.074 0.130 0.182 0.237 0.195 0.153 0.029 66 L 0.029 0.065 0.114 0.197 0.268 0.260 0.068 67 M 0.030 0.062 0.112 0.179 0.230 0.258 0.129 68 Y 0.086 0.096 0.131 0.192 0.184 0.188 0.123 69 Y 0.046 0.050 0.057 0.088 0.147 0.343 0.269 70 T 0.052 0.051 0.072 0.118 0.160 0.272 0.274 71 I 0.055 0.069 0.079 0.118 0.149 0.289 0.242 72 G 0.052 0.074 0.086 0.141 0.197 0.256 0.194 73 Q 0.014 0.039 0.060 0.139 0.221 0.341 0.186 74 R 0.027 0.117 0.165 0.228 0.218 0.164 0.081 75 G 0.015 0.083 0.132 0.194 0.232 0.254 0.091 76 G 0.016 0.111 0.229 0.292 0.196 0.107 0.048 77 L 0.005 0.018 0.048 0.138 0.276 0.385 0.131 78 G 0.013 0.081 0.215 0.322 0.236 0.106 0.026 79 I 0.014 0.031 0.058 0.153 0.312 0.358 0.075 80 G 0.046 0.132 0.222 0.309 0.210 0.074 0.006 81 G 0.212 0.262 0.219 0.179 0.092 0.033 0.004 82 Q 0.273 0.288 0.206 0.149 0.062 0.020 0.001 83 H 0.381 0.302 0.186 0.096 0.029 0.005 0.001 84 G 0.469 0.284 0.140 0.074 0.025 0.007 0.001 85 G 0.559 0.247 0.111 0.056 0.021 0.004 0.001 86 D 0.521 0.272 0.128 0.057 0.018 0.003 0.001 87 N 0.306 0.268 0.206 0.142 0.060 0.016 0.002 88 A 0.091 0.240 0.281 0.224 0.117 0.041 0.006 89 P 0.012 0.052 0.136 0.268 0.306 0.194 0.031 90 W 0.002 0.014 0.059 0.170 0.340 0.354 0.061 91 F 0.001 0.004 0.017 0.062 0.205 0.537 0.174 92 V 0.001 0.005 0.013 0.047 0.181 0.547 0.206 93 V 0.001 0.004 0.013 0.062 0.244 0.522 0.154 94 G 0.019 0.091 0.195 0.292 0.242 0.139 0.023 95 K 0.035 0.187 0.275 0.277 0.159 0.060 0.006 96 D 0.218 0.393 0.223 0.109 0.041 0.014 0.002 97 L 0.047 0.093 0.194 0.318 0.278 0.068 0.002 98 S 0.489 0.318 0.129 0.047 0.014 0.003 0.001 99 K 0.276 0.427 0.207 0.073 0.015 0.002 0.001 100 N 0.017 0.085 0.202 0.315 0.267 0.108 0.006 101 I 0.006 0.044 0.157 0.315 0.322 0.142 0.015 102 L 0.002 0.006 0.017 0.052 0.196 0.544 0.184 103 Y 0.002 0.016 0.047 0.144 0.298 0.386 0.107 104 V 0.002 0.006 0.017 0.071 0.227 0.487 0.191 105 G 0.004 0.016 0.038 0.134 0.315 0.389 0.103 106 Q 0.062 0.204 0.251 0.242 0.148 0.076 0.016 107 G 0.100 0.235 0.253 0.227 0.125 0.052 0.009 108 F 0.197 0.253 0.234 0.185 0.094 0.032 0.004 109 Y 0.287 0.267 0.199 0.137 0.074 0.031 0.005 110 H 0.216 0.195 0.198 0.196 0.132 0.057 0.007 111 D 0.345 0.288 0.177 0.102 0.052 0.028 0.008 112 S 0.184 0.208 0.202 0.195 0.126 0.072 0.013 113 L 0.063 0.086 0.122 0.205 0.262 0.216 0.046 114 M 0.067 0.116 0.175 0.239 0.218 0.151 0.035 115 S 0.098 0.169 0.202 0.221 0.183 0.105 0.022 116 T 0.082 0.168 0.213 0.229 0.179 0.106 0.023 117 S 0.041 0.138 0.223 0.263 0.195 0.117 0.023 118 L 0.006 0.013 0.035 0.125 0.314 0.422 0.085 119 E 0.059 0.223 0.277 0.237 0.132 0.061 0.011 120 A 0.035 0.054 0.104 0.232 0.313 0.233 0.029 121 S 0.209 0.311 0.235 0.150 0.065 0.025 0.005 122 Q 0.169 0.271 0.259 0.180 0.082 0.034 0.005 123 V 0.087 0.097 0.140 0.239 0.274 0.150 0.014 124 H 0.143 0.209 0.234 0.211 0.141 0.055 0.006 125 F 0.144 0.137 0.166 0.229 0.198 0.115 0.011 126 T 0.164 0.163 0.188 0.222 0.179 0.077 0.006 127 R 0.349 0.288 0.197 0.113 0.042 0.009 0.001 128 E 0.527 0.289 0.118 0.047 0.014 0.004 0.001 129 M 0.463 0.240 0.163 0.094 0.033 0.006 0.001 130 P 0.726 0.176 0.060 0.026 0.008 0.002 0.001