# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 351 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.135 0.007 0.009 0.004 0.408 0.437 2 Y 0.480 0.028 0.009 0.006 0.103 0.374 3 V 0.658 0.044 0.009 0.007 0.068 0.215 4 A 0.696 0.025 0.015 0.007 0.094 0.162 5 T 0.538 0.014 0.011 0.006 0.174 0.255 6 G 0.373 0.007 0.016 0.004 0.264 0.336 7 H 0.549 0.023 0.011 0.002 0.198 0.216 8 Y 0.756 0.023 0.007 0.001 0.091 0.123 9 A 0.863 0.003 0.004 0.001 0.051 0.079 10 R 0.911 0.006 0.002 0.001 0.026 0.054 11 V 0.909 0.006 0.002 0.001 0.023 0.060 12 A 0.907 0.005 0.003 0.001 0.034 0.049 13 R 0.876 0.023 0.001 0.001 0.040 0.059 14 D 0.342 0.018 0.002 0.001 0.611 0.026 15 E 0.027 0.002 0.007 0.002 0.946 0.016 16 D 0.019 0.002 0.005 0.001 0.958 0.015 17 G 0.065 0.009 0.005 0.002 0.885 0.035 18 T 0.465 0.010 0.001 0.001 0.093 0.429 19 V 0.932 0.020 0.001 0.001 0.010 0.037 20 H 0.968 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 21 M 0.969 0.002 0.001 0.001 0.007 0.021 22 L 0.899 0.005 0.002 0.001 0.024 0.069 23 R 0.793 0.005 0.003 0.001 0.045 0.152 24 G 0.490 0.012 0.008 0.002 0.174 0.315 25 V 0.258 0.063 0.006 0.001 0.233 0.438 26 D 0.079 0.034 0.011 0.002 0.689 0.185 27 N 0.011 0.004 0.136 0.013 0.781 0.054 28 G 0.022 0.008 0.100 0.008 0.804 0.058 29 K 0.096 0.015 0.059 0.006 0.761 0.063 30 D 0.277 0.027 0.010 0.004 0.292 0.390 31 Q 0.657 0.038 0.007 0.004 0.132 0.161 32 T 0.888 0.003 0.003 0.003 0.043 0.059 33 Y 0.955 0.003 0.001 0.004 0.014 0.022 34 F 0.927 0.007 0.003 0.008 0.020 0.035 35 L 0.869 0.009 0.017 0.016 0.039 0.050 36 S 0.633 0.003 0.044 0.016 0.146 0.158 37 Q 0.412 0.014 0.037 0.021 0.290 0.226 38 L 0.205 0.043 0.027 0.021 0.257 0.447 39 S 0.093 0.020 0.009 0.034 0.234 0.611 40 Q 0.003 0.001 0.114 0.732 0.125 0.026 41 E 0.001 0.001 0.069 0.796 0.111 0.022 42 Q 0.001 0.001 0.067 0.883 0.047 0.002 43 L 0.001 0.001 0.053 0.889 0.050 0.007 44 Q 0.002 0.001 0.066 0.846 0.074 0.011 45 K 0.002 0.001 0.074 0.743 0.142 0.038 46 T 0.005 0.001 0.039 0.500 0.241 0.214 47 M 0.011 0.021 0.020 0.264 0.279 0.406 48 F 0.025 0.020 0.012 0.049 0.279 0.615 49 P 0.039 0.009 0.039 0.027 0.481 0.406 50 L 0.029 0.005 0.526 0.041 0.338 0.061 51 G 0.012 0.002 0.559 0.029 0.344 0.054 52 H 0.021 0.005 0.516 0.041 0.331 0.087 53 L 0.032 0.015 0.117 0.053 0.374 0.409 54 E 0.013 0.013 0.008 0.025 0.154 0.786 55 K 0.006 0.004 0.059 0.634 0.149 0.149 56 P 0.002 0.001 0.036 0.869 0.062 0.030 57 E 0.001 0.001 0.018 0.963 0.010 0.007 58 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 63 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 64 E 0.001 0.001 0.006 0.975 0.011 0.007 65 A 0.001 0.001 0.005 0.927 0.017 0.050 66 G 0.001 0.001 0.001 0.018 0.042 0.938 67 L 0.010 0.003 0.012 0.027 0.127 0.821 68 S 0.127 0.018 0.075 0.044 0.258 0.478 69 T 0.146 0.047 0.312 0.066 0.287 0.142 70 A 0.173 0.008 0.208 0.057 0.286 0.268 71 K 0.155 0.015 0.085 0.023 0.354 0.369 72 K 0.126 0.035 0.044 0.016 0.343 0.436 73 K 0.127 0.037 0.066 0.016 0.358 0.396 74 D 0.143 0.036 0.080 0.017 0.368 0.356 75 S 0.233 0.025 0.054 0.012 0.381 0.295 76 T 0.326 0.015 0.025 0.012 0.340 0.282 77 G 0.442 0.007 0.014 0.009 0.260 0.268 78 I 0.694 0.022 0.007 0.009 0.113 0.156 79 C 0.788 0.009 0.006 0.007 0.070 0.121 80 F 0.807 0.011 0.005 0.005 0.072 0.100 81 I 0.591 0.022 0.005 0.003 0.170 0.209 82 G 0.164 0.011 0.006 0.004 0.471 0.344 83 E 0.018 0.006 0.038 0.023 0.748 0.166 84 K 0.011 0.007 0.071 0.073 0.667 0.171 85 N 0.022 0.036 0.062 0.207 0.442 0.231 86 F 0.001 0.001 0.017 0.942 0.026 0.014 87 K 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.002 88 N 0.001 0.001 0.010 0.982 0.007 0.001 89 F 0.001 0.001 0.007 0.981 0.010 0.001 90 L 0.001 0.001 0.006 0.974 0.015 0.003 91 S 0.001 0.001 0.018 0.937 0.036 0.007 92 N 0.001 0.001 0.021 0.850 0.087 0.042 93 Y 0.004 0.008 0.020 0.549 0.193 0.226 94 L 0.005 0.013 0.039 0.093 0.304 0.544 95 P 0.012 0.006 0.034 0.019 0.318 0.611 96 A 0.040 0.015 0.046 0.013 0.323 0.563 97 Q 0.055 0.017 0.017 0.004 0.300 0.606 98 P 0.202 0.006 0.021 0.004 0.237 0.531 99 G 0.368 0.014 0.020 0.003 0.178 0.416 100 R 0.687 0.017 0.010 0.002 0.083 0.202 101 M 0.849 0.013 0.005 0.002 0.036 0.095 102 M 0.914 0.024 0.001 0.001 0.020 0.041 103 T 0.693 0.019 0.002 0.001 0.270 0.016 104 V 0.154 0.004 0.004 0.001 0.822 0.015 105 D 0.016 0.001 0.001 0.001 0.975 0.007 106 G 0.042 0.002 0.002 0.001 0.935 0.018 107 R 0.623 0.013 0.001 0.001 0.109 0.253 108 D 0.937 0.027 0.001 0.001 0.012 0.023 109 M 0.922 0.004 0.001 0.001 0.012 0.061 110 G 0.903 0.016 0.001 0.001 0.021 0.058 111 E 0.723 0.010 0.006 0.003 0.084 0.173 112 H 0.570 0.013 0.039 0.010 0.157 0.211 113 A 0.300 0.010 0.087 0.015 0.338 0.249 114 G 0.252 0.009 0.124 0.019 0.401 0.196 115 L 0.449 0.018 0.043 0.024 0.300 0.166 116 M 0.492 0.025 0.027 0.047 0.179 0.229 117 Y 0.555 0.022 0.050 0.084 0.175 0.114 118 Y 0.481 0.008 0.048 0.103 0.177 0.183 119 T 0.450 0.016 0.024 0.121 0.147 0.242 120 I 0.426 0.022 0.037 0.139 0.200 0.176 121 G 0.286 0.013 0.066 0.211 0.256 0.169 122 Q 0.202 0.021 0.148 0.253 0.273 0.105 123 R 0.125 0.012 0.213 0.290 0.295 0.064 124 G 0.062 0.008 0.179 0.313 0.319 0.119 125 G 0.073 0.006 0.159 0.173 0.383 0.206 126 L 0.114 0.017 0.064 0.125 0.313 0.369 127 G 0.105 0.017 0.017 0.023 0.224 0.613 128 I 0.199 0.044 0.020 0.018 0.253 0.466 129 G 0.188 0.018 0.038 0.020 0.290 0.446 130 G 0.186 0.022 0.051 0.019 0.344 0.378 131 Q 0.131 0.018 0.056 0.024 0.377 0.395 132 H 0.115 0.016 0.039 0.017 0.351 0.461 133 G 0.141 0.029 0.048 0.014 0.428 0.339 134 G 0.162 0.016 0.046 0.014 0.417 0.345 135 D 0.332 0.014 0.036 0.025 0.275 0.318 136 N 0.614 0.024 0.014 0.024 0.123 0.200 137 A 0.655 0.016 0.008 0.030 0.092 0.199 138 P 0.676 0.022 0.007 0.044 0.080 0.171 139 W 0.434 0.012 0.011 0.055 0.137 0.351 140 F 0.312 0.017 0.012 0.044 0.190 0.424 141 V 0.148 0.011 0.086 0.118 0.324 0.313 142 V 0.075 0.011 0.142 0.143 0.331 0.297 143 G 0.054 0.014 0.316 0.126 0.342 0.149 144 K 0.057 0.005 0.154 0.129 0.406 0.249 145 D 0.056 0.026 0.094 0.116 0.322 0.385 146 L 0.030 0.028 0.027 0.084 0.259 0.571 147 S 0.010 0.005 0.011 0.047 0.138 0.788 148 K 0.001 0.002 0.003 0.012 0.052 0.930