# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 351 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.010 0.007 0.418 0.045 0.017 0.061 0.006 0.009 0.024 0.254 0.072 0.015 0.062 2 Y 0.122 0.025 0.183 0.003 0.015 0.059 0.075 0.170 0.107 0.032 0.033 0.084 0.093 3 V 0.200 0.023 0.055 0.005 0.007 0.040 0.133 0.263 0.077 0.020 0.014 0.039 0.126 4 A 0.132 0.016 0.134 0.010 0.009 0.043 0.056 0.147 0.122 0.033 0.034 0.172 0.093 5 T 0.057 0.020 0.289 0.066 0.008 0.030 0.012 0.052 0.071 0.090 0.088 0.050 0.166 6 G 0.020 0.012 0.404 0.089 0.026 0.017 0.002 0.001 0.008 0.184 0.150 0.035 0.052 7 H 0.078 0.016 0.248 0.050 0.047 0.017 0.003 0.001 0.007 0.263 0.124 0.043 0.103 8 Y 0.306 0.007 0.112 0.020 0.027 0.015 0.008 0.001 0.005 0.062 0.046 0.208 0.185 9 A 0.464 0.003 0.063 0.025 0.013 0.010 0.019 0.001 0.003 0.020 0.009 0.091 0.280 10 R 0.699 0.001 0.015 0.003 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.180 0.074 11 V 0.735 0.001 0.007 0.005 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.216 12 A 0.722 0.002 0.011 0.004 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.051 13 R 0.407 0.009 0.032 0.006 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.018 0.006 0.032 0.477 14 D 0.018 0.005 0.427 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.125 0.094 0.047 0.268 15 E 0.001 0.001 0.014 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.118 0.836 0.014 0.006 16 D 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.910 0.001 0.002 17 G 0.004 0.001 0.187 0.030 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.482 0.237 0.015 0.039 18 T 0.115 0.010 0.370 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.043 0.006 0.150 0.290 19 V 0.149 0.009 0.017 0.007 0.001 0.001 0.021 0.001 0.002 0.003 0.001 0.016 0.773 20 H 0.200 0.001 0.008 0.015 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.727 0.021 21 M 0.206 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.049 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.713 22 L 0.244 0.001 0.018 0.153 0.002 0.001 0.018 0.001 0.002 0.004 0.001 0.521 0.036 23 R 0.257 0.003 0.035 0.051 0.004 0.004 0.020 0.001 0.004 0.014 0.003 0.047 0.556 24 G 0.150 0.006 0.133 0.022 0.012 0.008 0.014 0.001 0.007 0.041 0.010 0.392 0.205 25 V 0.086 0.020 0.202 0.048 0.018 0.016 0.017 0.002 0.008 0.120 0.035 0.082 0.347 26 D 0.015 0.050 0.382 0.014 0.024 0.013 0.004 0.001 0.007 0.173 0.035 0.155 0.127 27 N 0.004 0.005 0.134 0.012 0.114 0.033 0.001 0.001 0.001 0.189 0.447 0.008 0.052 28 G 0.004 0.011 0.130 0.007 0.099 0.023 0.001 0.001 0.001 0.234 0.444 0.026 0.019 29 K 0.006 0.026 0.234 0.006 0.118 0.036 0.001 0.001 0.003 0.259 0.248 0.017 0.047 30 D 0.019 0.024 0.344 0.008 0.038 0.033 0.001 0.001 0.004 0.261 0.179 0.030 0.057 31 Q 0.134 0.032 0.273 0.012 0.028 0.041 0.005 0.001 0.019 0.125 0.070 0.084 0.177 32 T 0.283 0.016 0.160 0.027 0.019 0.059 0.011 0.003 0.016 0.089 0.030 0.112 0.176 33 Y 0.434 0.007 0.086 0.014 0.017 0.080 0.024 0.005 0.024 0.036 0.021 0.121 0.132 34 F 0.434 0.008 0.068 0.007 0.041 0.080 0.048 0.008 0.027 0.019 0.015 0.054 0.191 35 L 0.540 0.008 0.048 0.013 0.056 0.066 0.058 0.005 0.016 0.014 0.029 0.059 0.088 36 S 0.382 0.004 0.100 0.015 0.038 0.064 0.034 0.004 0.030 0.054 0.069 0.087 0.118 37 Q 0.166 0.019 0.173 0.014 0.013 0.047 0.013 0.001 0.016 0.135 0.074 0.046 0.285 38 L 0.011 0.041 0.453 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.005 0.255 0.013 0.167 0.038 39 S 0.001 0.009 0.801 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.093 0.003 0.001 0.077 40 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 0.927 0.001 0.001 0.001 0.008 0.035 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.049 0.898 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.011 0.001 0.054 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 43 L 0.001 0.002 0.011 0.001 0.057 0.906 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.003 44 Q 0.001 0.002 0.006 0.001 0.059 0.841 0.001 0.001 0.001 0.007 0.078 0.002 0.001 45 K 0.003 0.002 0.015 0.001 0.084 0.652 0.001 0.001 0.001 0.012 0.224 0.001 0.004 46 T 0.007 0.008 0.104 0.001 0.068 0.479 0.001 0.001 0.007 0.094 0.196 0.008 0.026 47 M 0.012 0.036 0.171 0.004 0.059 0.279 0.004 0.003 0.021 0.132 0.207 0.031 0.038 48 F 0.003 0.014 0.406 0.001 0.029 0.072 0.001 0.001 0.012 0.342 0.044 0.061 0.016 49 P 0.001 0.023 0.531 0.005 0.103 0.040 0.001 0.001 0.013 0.147 0.098 0.003 0.035 50 L 0.002 0.012 0.095 0.003 0.462 0.036 0.001 0.001 0.007 0.064 0.308 0.004 0.006 51 G 0.002 0.006 0.063 0.001 0.506 0.026 0.001 0.001 0.007 0.066 0.315 0.003 0.004 52 H 0.001 0.013 0.151 0.001 0.480 0.031 0.001 0.001 0.008 0.135 0.174 0.001 0.005 53 L 0.001 0.017 0.350 0.001 0.108 0.045 0.001 0.001 0.008 0.318 0.137 0.009 0.007 54 E 0.001 0.030 0.549 0.001 0.027 0.115 0.001 0.001 0.005 0.176 0.086 0.001 0.011 55 K 0.001 0.001 0.197 0.001 0.018 0.587 0.001 0.001 0.001 0.159 0.037 0.001 0.001 56 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.199 0.001 0.001 0.001 0.010 0.778 0.001 0.001 66 G 0.001 0.001 0.047 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.023 0.916 0.001 0.001 67 L 0.001 0.005 0.898 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.074 0.003 0.004 0.003 68 S 0.001 0.051 0.613 0.005 0.014 0.007 0.001 0.001 0.132 0.064 0.016 0.016 0.080 69 T 0.001 0.043 0.462 0.019 0.047 0.014 0.013 0.004 0.160 0.062 0.057 0.046 0.073 70 A 0.002 0.046 0.534 0.013 0.025 0.011 0.014 0.004 0.135 0.084 0.036 0.034 0.063 71 K 0.001 0.009 0.424 0.020 0.014 0.006 0.004 0.004 0.083 0.319 0.042 0.024 0.051 72 K 0.001 0.015 0.516 0.007 0.016 0.012 0.001 0.002 0.067 0.309 0.027 0.012 0.014 73 K 0.001 0.021 0.556 0.009 0.064 0.022 0.003 0.003 0.040 0.125 0.114 0.009 0.034 74 D 0.003 0.042 0.486 0.012 0.084 0.020 0.001 0.003 0.021 0.148 0.128 0.020 0.032 75 S 0.005 0.070 0.403 0.007 0.128 0.016 0.001 0.001 0.009 0.156 0.139 0.025 0.040 76 T 0.002 0.016 0.295 0.018 0.071 0.012 0.001 0.001 0.004 0.255 0.286 0.016 0.023 77 G 0.003 0.008 0.252 0.016 0.067 0.014 0.001 0.001 0.003 0.284 0.326 0.008 0.019 78 I 0.019 0.065 0.443 0.008 0.061 0.022 0.003 0.001 0.014 0.129 0.085 0.039 0.113 79 C 0.066 0.036 0.296 0.019 0.097 0.028 0.013 0.003 0.019 0.115 0.106 0.100 0.100 80 F 0.119 0.062 0.224 0.006 0.075 0.027 0.013 0.005 0.024 0.083 0.082 0.091 0.189 81 I 0.039 0.069 0.445 0.002 0.049 0.013 0.004 0.001 0.010 0.110 0.054 0.067 0.137 82 G 0.009 0.018 0.270 0.003 0.036 0.014 0.001 0.001 0.003 0.235 0.355 0.022 0.034 83 E 0.003 0.009 0.170 0.004 0.031 0.012 0.001 0.001 0.001 0.262 0.489 0.004 0.014 84 K 0.003 0.027 0.251 0.001 0.018 0.020 0.001 0.001 0.001 0.401 0.243 0.025 0.010 85 N 0.001 0.024 0.635 0.001 0.006 0.044 0.001 0.001 0.001 0.163 0.076 0.001 0.049 86 F 0.001 0.003 0.128 0.001 0.012 0.766 0.001 0.001 0.001 0.037 0.050 0.002 0.002 87 K 0.001 0.001 0.027 0.001 0.009 0.927 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.001 0.001 88 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.015 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 89 F 0.001 0.002 0.013 0.001 0.014 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 90 L 0.001 0.002 0.010 0.001 0.031 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.003 91 S 0.004 0.001 0.011 0.002 0.049 0.805 0.001 0.001 0.001 0.006 0.109 0.006 0.005 92 N 0.002 0.001 0.018 0.001 0.028 0.757 0.001 0.001 0.001 0.024 0.154 0.004 0.010 93 Y 0.002 0.016 0.117 0.001 0.014 0.493 0.001 0.001 0.002 0.098 0.221 0.004 0.031 94 L 0.001 0.004 0.492 0.002 0.006 0.075 0.001 0.001 0.002 0.334 0.055 0.019 0.010 95 P 0.001 0.008 0.605 0.004 0.018 0.036 0.001 0.001 0.004 0.162 0.138 0.004 0.022 96 A 0.001 0.021 0.569 0.008 0.031 0.021 0.001 0.001 0.006 0.161 0.151 0.012 0.020 97 Q 0.001 0.014 0.730 0.005 0.022 0.005 0.001 0.001 0.009 0.127 0.052 0.025 0.011 98 P 0.001 0.007 0.544 0.028 0.051 0.003 0.001 0.001 0.018 0.173 0.123 0.003 0.048 99 G 0.005 0.008 0.339 0.019 0.027 0.006 0.002 0.001 0.037 0.311 0.131 0.093 0.021 100 R 0.012 0.014 0.453 0.037 0.013 0.004 0.013 0.002 0.070 0.054 0.016 0.015 0.297 101 M 0.052 0.038 0.259 0.002 0.003 0.002 0.062 0.007 0.189 0.012 0.003 0.267 0.103 102 M 0.087 0.182 0.112 0.006 0.001 0.002 0.086 0.005 0.113 0.015 0.002 0.048 0.342 103 T 0.003 0.020 0.725 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.045 0.021 0.008 0.024 0.146 104 V 0.001 0.001 0.023 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.050 0.910 0.003 0.002 105 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.971 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.131 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.481 0.354 0.013 0.012 107 R 0.025 0.036 0.714 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.069 0.008 0.049 0.090 108 D 0.014 0.130 0.047 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.010 0.003 0.001 0.008 0.775 109 M 0.003 0.001 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.004 110 G 0.051 0.005 0.065 0.014 0.005 0.004 0.029 0.001 0.004 0.039 0.008 0.496 0.280 111 E 0.084 0.007 0.088 0.019 0.023 0.004 0.037 0.001 0.003 0.022 0.014 0.028 0.670 112 H 0.081 0.015 0.139 0.010 0.004 0.002 0.021 0.001 0.007 0.020 0.006 0.601 0.093 113 A 0.045 0.008 0.127 0.058 0.006 0.004 0.007 0.001 0.010 0.094 0.157 0.115 0.370 114 G 0.048 0.005 0.192 0.125 0.005 0.005 0.005 0.001 0.018 0.166 0.262 0.072 0.095 115 L 0.134 0.024 0.253 0.024 0.004 0.005 0.025 0.002 0.017 0.042 0.012 0.262 0.196 116 M 0.183 0.020 0.158 0.050 0.006 0.006 0.034 0.010 0.022 0.039 0.013 0.151 0.307 117 Y 0.251 0.009 0.042 0.034 0.013 0.005 0.172 0.022 0.009 0.023 0.015 0.176 0.230 118 Y 0.372 0.005 0.049 0.006 0.008 0.013 0.154 0.013 0.020 0.010 0.008 0.087 0.254 119 T 0.312 0.012 0.094 0.010 0.007 0.022 0.059 0.006 0.019 0.019 0.010 0.242 0.187 120 I 0.229 0.023 0.117 0.039 0.015 0.086 0.018 0.005 0.026 0.044 0.070 0.076 0.252 121 G 0.208 0.009 0.136 0.048 0.049 0.087 0.007 0.003 0.011 0.074 0.212 0.063 0.093 122 Q 0.300 0.017 0.164 0.007 0.040 0.105 0.009 0.002 0.006 0.064 0.058 0.112 0.117 123 R 0.174 0.035 0.093 0.003 0.030 0.113 0.006 0.001 0.004 0.043 0.043 0.056 0.401 124 G 0.016 0.014 0.109 0.056 0.043 0.100 0.001 0.001 0.002 0.195 0.374 0.060 0.030 125 G 0.006 0.004 0.116 0.034 0.018 0.028 0.001 0.001 0.001 0.218 0.535 0.010 0.030 126 L 0.015 0.021 0.363 0.007 0.030 0.028 0.003 0.001 0.004 0.198 0.178 0.075 0.080 127 G 0.017 0.062 0.572 0.007 0.022 0.009 0.005 0.001 0.008 0.065 0.059 0.051 0.123 128 I 0.026 0.062 0.503 0.006 0.046 0.012 0.007 0.001 0.011 0.086 0.059 0.065 0.115 129 G 0.022 0.047 0.351 0.005 0.064 0.017 0.003 0.001 0.007 0.159 0.166 0.048 0.110 130 G 0.004 0.025 0.313 0.013 0.070 0.019 0.001 0.001 0.005 0.255 0.228 0.023 0.044 131 Q 0.003 0.021 0.353 0.014 0.037 0.013 0.001 0.001 0.003 0.344 0.143 0.013 0.055 132 H 0.001 0.024 0.374 0.025 0.030 0.010 0.001 0.001 0.003 0.399 0.084 0.029 0.020 133 G 0.002 0.024 0.568 0.017 0.033 0.008 0.001 0.001 0.006 0.187 0.079 0.017 0.058 134 G 0.019 0.014 0.456 0.034 0.037 0.010 0.002 0.001 0.009 0.162 0.119 0.028 0.110 135 D 0.106 0.027 0.227 0.005 0.017 0.010 0.021 0.002 0.056 0.056 0.041 0.305 0.127 136 N 0.181 0.013 0.120 0.010 0.005 0.008 0.045 0.003 0.038 0.033 0.008 0.039 0.496 137 A 0.104 0.005 0.077 0.021 0.001 0.005 0.025 0.001 0.035 0.012 0.002 0.663 0.048 138 P 0.098 0.007 0.150 0.006 0.001 0.005 0.028 0.003 0.043 0.007 0.004 0.045 0.604 139 W 0.143 0.024 0.266 0.041 0.006 0.022 0.039 0.005 0.048 0.026 0.010 0.166 0.203 140 F 0.056 0.012 0.331 0.014 0.007 0.039 0.011 0.002 0.038 0.062 0.006 0.244 0.180 141 V 0.013 0.015 0.237 0.014 0.084 0.133 0.005 0.001 0.020 0.060 0.096 0.013 0.309 142 V 0.020 0.011 0.180 0.043 0.070 0.199 0.007 0.001 0.010 0.136 0.169 0.100 0.054 143 G 0.030 0.015 0.167 0.007 0.085 0.171 0.005 0.001 0.007 0.141 0.161 0.060 0.149 144 K 0.010 0.007 0.256 0.004 0.048 0.177 0.002 0.001 0.007 0.249 0.121 0.062 0.058 145 D 0.008 0.020 0.392 0.009 0.032 0.147 0.002 0.001 0.003 0.181 0.082 0.031 0.092 146 L 0.004 0.042 0.408 0.001 0.017 0.134 0.002 0.001 0.005 0.199 0.059 0.056 0.073 147 S 0.001 0.010 0.894 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.003 0.010 0.025 0.005 0.023 148 K 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003