# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0694 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.026 0.109 0.005 0.031 0.024 0.037 0.074 0.003 0.001 0.459 0.234 2 Y 0.033 0.405 0.007 0.035 0.040 0.058 0.066 0.010 0.001 0.136 0.208 3 V 0.084 0.225 0.008 0.047 0.049 0.072 0.057 0.007 0.002 0.176 0.274 4 A 0.027 0.130 0.015 0.073 0.076 0.132 0.078 0.004 0.006 0.139 0.320 5 T 0.075 0.224 0.004 0.034 0.057 0.146 0.071 0.010 0.002 0.079 0.297 6 G 0.084 0.135 0.022 0.042 0.076 0.125 0.081 0.011 0.009 0.070 0.344 7 H 0.033 0.113 0.003 0.039 0.134 0.257 0.092 0.007 0.001 0.040 0.281 8 Y 0.033 0.082 0.003 0.040 0.088 0.228 0.086 0.005 0.001 0.069 0.366 9 A 0.025 0.031 0.007 0.067 0.243 0.229 0.071 0.005 0.002 0.064 0.255 10 R 0.033 0.027 0.003 0.065 0.134 0.341 0.065 0.006 0.002 0.071 0.254 11 V 0.027 0.010 0.002 0.052 0.173 0.281 0.049 0.002 0.001 0.057 0.347 12 A 0.019 0.010 0.006 0.056 0.152 0.295 0.073 0.001 0.003 0.062 0.320 13 R 0.023 0.006 0.011 0.023 0.079 0.146 0.079 0.004 0.008 0.041 0.580 14 D 0.455 0.002 0.003 0.006 0.023 0.031 0.041 0.007 0.004 0.056 0.372 15 E 0.116 0.002 0.001 0.005 0.007 0.010 0.069 0.004 0.001 0.044 0.743 16 D 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.099 0.001 0.001 0.012 0.860 17 G 0.004 0.005 0.001 0.027 0.110 0.143 0.118 0.002 0.001 0.033 0.557 18 T 0.004 0.006 0.001 0.036 0.236 0.292 0.069 0.002 0.001 0.058 0.298 19 V 0.002 0.012 0.001 0.073 0.300 0.321 0.029 0.001 0.001 0.037 0.223 20 H 0.005 0.009 0.001 0.082 0.307 0.399 0.027 0.001 0.001 0.052 0.116 21 M 0.011 0.010 0.001 0.097 0.277 0.307 0.033 0.002 0.001 0.058 0.203 22 L 0.021 0.007 0.001 0.123 0.230 0.315 0.040 0.002 0.001 0.070 0.191 23 R 0.023 0.006 0.002 0.087 0.223 0.265 0.070 0.002 0.001 0.053 0.270 24 G 0.020 0.008 0.004 0.080 0.145 0.214 0.098 0.003 0.003 0.034 0.390 25 V 0.128 0.022 0.003 0.036 0.089 0.072 0.093 0.011 0.003 0.054 0.489 26 D 0.242 0.024 0.003 0.031 0.030 0.035 0.112 0.008 0.002 0.061 0.453 27 N 0.031 0.032 0.002 0.028 0.008 0.026 0.117 0.004 0.001 0.033 0.718 28 G 0.120 0.014 0.006 0.030 0.023 0.038 0.114 0.002 0.002 0.096 0.554 29 K 0.024 0.055 0.002 0.043 0.058 0.078 0.151 0.007 0.001 0.080 0.502 30 D 0.095 0.143 0.002 0.021 0.019 0.037 0.132 0.005 0.001 0.059 0.486 31 Q 0.024 0.215 0.003 0.058 0.092 0.140 0.099 0.009 0.001 0.091 0.268 32 T 0.010 0.062 0.001 0.026 0.046 0.120 0.081 0.002 0.001 0.390 0.262 33 Y 0.007 0.197 0.008 0.050 0.182 0.183 0.042 0.004 0.001 0.140 0.187 34 F 0.051 0.261 0.008 0.050 0.068 0.122 0.048 0.012 0.002 0.108 0.269 35 L 0.038 0.060 0.006 0.029 0.102 0.110 0.037 0.005 0.002 0.454 0.155 36 S 0.047 0.180 0.003 0.036 0.040 0.067 0.082 0.006 0.002 0.132 0.406 37 Q 0.112 0.221 0.017 0.021 0.024 0.036 0.081 0.014 0.007 0.116 0.351 38 L 0.019 0.298 0.007 0.024 0.019 0.017 0.085 0.010 0.004 0.050 0.467 39 S 0.018 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.003 0.058 40 Q 0.025 0.915 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.005 0.031 41 E 0.047 0.732 0.006 0.002 0.001 0.001 0.016 0.008 0.004 0.085 0.098 42 Q 0.074 0.160 0.017 0.003 0.001 0.002 0.034 0.006 0.007 0.570 0.125 43 L 0.133 0.315 0.030 0.010 0.002 0.004 0.059 0.037 0.011 0.228 0.170 44 Q 0.185 0.138 0.015 0.019 0.003 0.009 0.081 0.017 0.006 0.066 0.461 45 K 0.067 0.040 0.003 0.028 0.009 0.024 0.100 0.003 0.001 0.081 0.644 46 T 0.018 0.042 0.001 0.028 0.014 0.047 0.129 0.003 0.001 0.062 0.655 47 M 0.042 0.029 0.018 0.035 0.014 0.033 0.129 0.007 0.007 0.077 0.609 48 F 0.182 0.016 0.011 0.038 0.026 0.038 0.114 0.016 0.007 0.084 0.467 49 P 0.258 0.028 0.002 0.014 0.004 0.011 0.068 0.004 0.002 0.039 0.570 50 L 0.167 0.016 0.004 0.023 0.008 0.016 0.104 0.008 0.001 0.049 0.604 51 G 0.045 0.010 0.001 0.026 0.010 0.025 0.113 0.007 0.001 0.035 0.727 52 H 0.058 0.007 0.001 0.022 0.030 0.041 0.114 0.003 0.001 0.030 0.694 53 L 0.019 0.017 0.001 0.041 0.052 0.037 0.114 0.002 0.001 0.029 0.688 54 E 0.016 0.152 0.001 0.011 0.017 0.015 0.092 0.004 0.001 0.032 0.659 55 K 0.027 0.703 0.001 0.004 0.010 0.007 0.035 0.012 0.001 0.026 0.175 56 P 0.013 0.911 0.001 0.006 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.015 0.043 57 E 0.002 0.904 0.001 0.008 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.049 0.025 58 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 59 R 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 60 R 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 61 L 0.004 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.028 0.009 62 A 0.006 0.013 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.363 0.041 0.005 63 E 0.823 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.003 0.025 0.088 64 E 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.017 0.916 65 A 0.019 0.013 0.004 0.009 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 0.021 0.840 66 G 0.009 0.019 0.001 0.010 0.009 0.022 0.102 0.006 0.001 0.044 0.777 67 L 0.095 0.027 0.002 0.008 0.011 0.013 0.112 0.008 0.001 0.034 0.690 68 S 0.097 0.126 0.001 0.089 0.024 0.050 0.096 0.010 0.001 0.055 0.451 69 T 0.152 0.040 0.001 0.032 0.017 0.046 0.097 0.004 0.001 0.046 0.566 70 A 0.014 0.019 0.003 0.141 0.045 0.077 0.130 0.006 0.001 0.024 0.539 71 K 0.045 0.021 0.003 0.087 0.029 0.050 0.097 0.004 0.002 0.041 0.621 72 K 0.116 0.009 0.007 0.075 0.055 0.049 0.089 0.005 0.003 0.102 0.491 73 K 0.022 0.001 0.003 0.032 0.013 0.029 0.104 0.001 0.002 0.033 0.759 74 D 0.096 0.003 0.002 0.028 0.035 0.063 0.113 0.005 0.001 0.072 0.581 75 S 0.087 0.005 0.001 0.031 0.013 0.020 0.144 0.003 0.001 0.086 0.608 76 T 0.006 0.002 0.001 0.037 0.040 0.090 0.163 0.003 0.001 0.064 0.595 77 G 0.002 0.002 0.001 0.089 0.103 0.274 0.080 0.001 0.001 0.092 0.355 78 I 0.003 0.002 0.001 0.160 0.194 0.248 0.054 0.001 0.001 0.065 0.275 79 C 0.001 0.001 0.001 0.207 0.260 0.327 0.031 0.001 0.001 0.044 0.128 80 F 0.008 0.002 0.001 0.144 0.221 0.350 0.033 0.001 0.001 0.069 0.170 81 I 0.069 0.008 0.002 0.160 0.093 0.176 0.093 0.006 0.003 0.077 0.313 82 G 0.306 0.065 0.002 0.027 0.017 0.025 0.078 0.010 0.003 0.051 0.415 83 E 0.150 0.042 0.002 0.010 0.009 0.015 0.082 0.004 0.001 0.024 0.660 84 K 0.008 0.025 0.001 0.014 0.021 0.028 0.104 0.003 0.001 0.028 0.768 85 N 0.025 0.652 0.002 0.008 0.021 0.015 0.041 0.005 0.001 0.040 0.191 86 F 0.041 0.874 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.014 0.001 0.003 0.052 87 K 0.070 0.454 0.002 0.005 0.012 0.016 0.024 0.008 0.001 0.204 0.203 88 N 0.020 0.512 0.016 0.005 0.007 0.011 0.028 0.004 0.006 0.271 0.122 89 F 0.217 0.451 0.043 0.006 0.007 0.012 0.040 0.043 0.014 0.070 0.098 90 L 0.245 0.235 0.062 0.014 0.015 0.024 0.035 0.050 0.041 0.040 0.239 91 S 0.166 0.016 0.001 0.004 0.007 0.013 0.086 0.002 0.001 0.016 0.687 92 N 0.015 0.009 0.001 0.021 0.009 0.031 0.112 0.005 0.001 0.032 0.763 93 Y 0.029 0.015 0.003 0.022 0.006 0.017 0.165 0.003 0.001 0.035 0.704 94 L 0.059 0.002 0.002 0.027 0.054 0.072 0.119 0.005 0.001 0.068 0.591 95 P 0.011 0.001 0.002 0.024 0.014 0.030 0.119 0.001 0.001 0.034 0.762 96 A 0.070 0.002 0.003 0.025 0.025 0.043 0.126 0.005 0.002 0.053 0.646 97 Q 0.305 0.004 0.001 0.021 0.009 0.013 0.131 0.008 0.001 0.101 0.405 98 P 0.012 0.002 0.001 0.021 0.009 0.035 0.157 0.003 0.001 0.057 0.703 99 G 0.003 0.002 0.001 0.045 0.040 0.189 0.098 0.002 0.001 0.067 0.554 100 R 0.002 0.001 0.001 0.079 0.255 0.369 0.037 0.001 0.001 0.054 0.202 101 M 0.002 0.001 0.001 0.051 0.253 0.381 0.031 0.001 0.001 0.041 0.240 102 M 0.001 0.001 0.001 0.059 0.326 0.391 0.031 0.001 0.001 0.028 0.162 103 T 0.286 0.003 0.003 0.028 0.106 0.141 0.045 0.005 0.005 0.084 0.293 104 V 0.444 0.002 0.001 0.011 0.011 0.015 0.055 0.007 0.001 0.090 0.364 105 D 0.006 0.001 0.001 0.006 0.006 0.021 0.080 0.001 0.001 0.017 0.861 106 G 0.009 0.002 0.001 0.037 0.036 0.102 0.117 0.001 0.001 0.035 0.660 107 R 0.005 0.002 0.001 0.021 0.337 0.222 0.060 0.002 0.001 0.051 0.300 108 D 0.008 0.004 0.001 0.043 0.220 0.284 0.048 0.001 0.001 0.072 0.319 109 M 0.006 0.006 0.002 0.064 0.195 0.256 0.076 0.001 0.001 0.049 0.345 110 G 0.016 0.003 0.003 0.059 0.216 0.337 0.064 0.001 0.002 0.063 0.235 111 E 0.087 0.007 0.001 0.048 0.116 0.215 0.079 0.006 0.001 0.124 0.316 112 H 0.164 0.008 0.002 0.043 0.067 0.132 0.110 0.004 0.002 0.072 0.396 113 A 0.018 0.003 0.002 0.038 0.077 0.189 0.130 0.002 0.001 0.040 0.500 114 G 0.006 0.003 0.001 0.036 0.163 0.292 0.112 0.002 0.001 0.039 0.347 115 L 0.005 0.003 0.001 0.075 0.255 0.266 0.080 0.001 0.001 0.075 0.239 116 M 0.001 0.003 0.001 0.114 0.260 0.374 0.041 0.001 0.001 0.058 0.148 117 Y 0.003 0.003 0.001 0.076 0.248 0.438 0.032 0.001 0.001 0.044 0.154 118 Y 0.003 0.004 0.001 0.090 0.326 0.352 0.025 0.001 0.001 0.035 0.163 119 T 0.017 0.018 0.001 0.052 0.257 0.416 0.031 0.002 0.001 0.069 0.136 120 I 0.036 0.020 0.006 0.083 0.176 0.264 0.073 0.004 0.005 0.102 0.230 121 G 0.067 0.007 0.016 0.054 0.116 0.174 0.092 0.005 0.014 0.087 0.369 122 Q 0.298 0.009 0.002 0.029 0.085 0.100 0.080 0.011 0.001 0.091 0.294 123 R 0.083 0.005 0.002 0.038 0.024 0.048 0.127 0.003 0.001 0.050 0.619 124 G 0.012 0.005 0.002 0.068 0.027 0.066 0.136 0.003 0.001 0.041 0.640 125 G 0.017 0.005 0.001 0.055 0.094 0.127 0.145 0.004 0.001 0.094 0.458 126 L 0.011 0.004 0.001 0.111 0.099 0.108 0.134 0.002 0.001 0.062 0.466 127 G 0.023 0.009 0.001 0.202 0.082 0.162 0.112 0.003 0.001 0.107 0.299 128 I 0.046 0.007 0.001 0.156 0.056 0.118 0.116 0.003 0.001 0.128 0.367 129 G 0.032 0.008 0.003 0.172 0.046 0.116 0.149 0.002 0.002 0.091 0.380 130 G 0.047 0.004 0.004 0.066 0.051 0.115 0.136 0.004 0.003 0.081 0.490 131 Q 0.131 0.006 0.002 0.038 0.022 0.043 0.135 0.005 0.002 0.069 0.547 132 H 0.135 0.004 0.002 0.019 0.015 0.025 0.128 0.006 0.001 0.062 0.603 133 G 0.034 0.004 0.001 0.014 0.013 0.030 0.129 0.005 0.001 0.039 0.733 134 G 0.032 0.002 0.001 0.011 0.035 0.042 0.123 0.002 0.001 0.026 0.728 135 D 0.010 0.002 0.001 0.028 0.107 0.107 0.118 0.002 0.001 0.025 0.600 136 N 0.012 0.012 0.001 0.024 0.039 0.053 0.102 0.003 0.001 0.020 0.733 137 A 0.102 0.023 0.001 0.026 0.140 0.101 0.109 0.022 0.001 0.044 0.433 138 P 0.036 0.047 0.001 0.043 0.052 0.081 0.099 0.004 0.001 0.028 0.608 139 W 0.024 0.079 0.005 0.036 0.070 0.148 0.083 0.004 0.002 0.029 0.520 140 F 0.128 0.118 0.018 0.030 0.083 0.089 0.065 0.011 0.009 0.055 0.394 141 V 0.255 0.065 0.012 0.013 0.031 0.043 0.063 0.012 0.007 0.053 0.445 142 V 0.194 0.046 0.003 0.011 0.017 0.032 0.049 0.008 0.002 0.040 0.599 143 G 0.076 0.020 0.003 0.011 0.010 0.020 0.062 0.002 0.001 0.031 0.764 144 K 0.012 0.007 0.002 0.014 0.054 0.075 0.095 0.003 0.001 0.037 0.701 145 D 0.032 0.007 0.001 0.014 0.037 0.043 0.092 0.002 0.001 0.042 0.730 146 L 0.048 0.006 0.001 0.017 0.064 0.042 0.102 0.005 0.001 0.046 0.669 147 S 0.058 0.010 0.001 0.015 0.021 0.027 0.127 0.003 0.001 0.032 0.706 148 K 0.032 0.005 0.001 0.016 0.021 0.033 0.131 0.009 0.001 0.032 0.720