# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0694 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.006 0.020 0.017 0.072 0.107 0.143 0.221 0.172 0.128 0.075 0.037 2 Y 0.004 0.010 0.009 0.037 0.069 0.133 0.220 0.185 0.145 0.108 0.080 3 V 0.004 0.002 0.002 0.008 0.010 0.016 0.069 0.143 0.214 0.264 0.267 4 A 0.002 0.003 0.003 0.010 0.017 0.032 0.116 0.175 0.253 0.222 0.168 5 T 0.001 0.003 0.004 0.011 0.009 0.013 0.058 0.112 0.223 0.293 0.274 6 G 0.002 0.005 0.004 0.027 0.050 0.089 0.155 0.173 0.193 0.174 0.128 7 H 0.006 0.013 0.015 0.050 0.068 0.110 0.237 0.199 0.156 0.100 0.046 8 Y 0.001 0.004 0.006 0.033 0.045 0.060 0.171 0.200 0.201 0.172 0.107 9 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.012 0.048 0.086 0.202 0.284 0.350 10 R 0.003 0.008 0.014 0.111 0.184 0.205 0.205 0.129 0.087 0.040 0.013 11 V 0.003 0.012 0.020 0.057 0.082 0.114 0.214 0.195 0.173 0.092 0.037 12 A 0.008 0.021 0.026 0.104 0.127 0.144 0.224 0.141 0.109 0.068 0.028 13 R 0.035 0.057 0.018 0.121 0.134 0.141 0.225 0.133 0.080 0.040 0.016 14 D 0.133 0.167 0.075 0.208 0.137 0.111 0.078 0.045 0.027 0.013 0.005 15 E 0.451 0.169 0.073 0.118 0.066 0.045 0.037 0.018 0.011 0.008 0.005 16 D 0.504 0.276 0.046 0.095 0.038 0.017 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 17 G 0.390 0.181 0.040 0.107 0.088 0.074 0.053 0.030 0.021 0.011 0.004 18 T 0.057 0.164 0.057 0.240 0.192 0.119 0.087 0.037 0.025 0.013 0.009 19 V 0.009 0.016 0.017 0.061 0.087 0.135 0.224 0.172 0.150 0.090 0.040 20 H 0.010 0.029 0.041 0.192 0.243 0.190 0.161 0.074 0.039 0.014 0.006 21 M 0.009 0.006 0.009 0.016 0.016 0.026 0.091 0.162 0.222 0.232 0.210 22 L 0.004 0.009 0.019 0.084 0.120 0.165 0.196 0.152 0.131 0.080 0.041 23 R 0.009 0.047 0.058 0.120 0.121 0.114 0.179 0.131 0.120 0.069 0.030 24 G 0.023 0.015 0.017 0.030 0.034 0.046 0.125 0.149 0.201 0.200 0.161 25 V 0.042 0.051 0.041 0.123 0.154 0.146 0.198 0.105 0.072 0.043 0.025 26 D 0.051 0.107 0.055 0.112 0.112 0.108 0.152 0.107 0.090 0.064 0.042 27 N 0.353 0.196 0.083 0.149 0.085 0.059 0.041 0.017 0.010 0.005 0.002 28 G 0.716 0.126 0.038 0.055 0.031 0.016 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 29 K 0.104 0.074 0.042 0.111 0.097 0.109 0.184 0.118 0.083 0.051 0.029 30 D 0.049 0.098 0.075 0.217 0.186 0.149 0.109 0.050 0.034 0.020 0.013 31 Q 0.005 0.016 0.020 0.047 0.068 0.101 0.232 0.200 0.165 0.097 0.049 32 T 0.057 0.063 0.107 0.234 0.186 0.136 0.099 0.054 0.033 0.021 0.012 33 Y 0.011 0.017 0.037 0.061 0.079 0.095 0.209 0.171 0.166 0.107 0.047 34 F 0.011 0.025 0.099 0.163 0.121 0.103 0.155 0.116 0.106 0.065 0.035 35 L 0.003 0.007 0.034 0.036 0.042 0.055 0.154 0.167 0.214 0.187 0.101 36 S 0.012 0.026 0.098 0.161 0.166 0.158 0.202 0.093 0.056 0.022 0.008 37 Q 0.052 0.081 0.158 0.137 0.122 0.134 0.186 0.073 0.037 0.015 0.004 38 L 0.005 0.010 0.018 0.022 0.033 0.049 0.122 0.152 0.193 0.226 0.171 39 S 0.045 0.487 0.164 0.160 0.066 0.033 0.025 0.009 0.006 0.003 0.001 40 Q 0.164 0.093 0.126 0.253 0.200 0.097 0.048 0.012 0.006 0.002 0.001 41 E 0.813 0.087 0.067 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.004 0.008 0.030 0.100 0.116 0.226 0.317 0.119 0.056 0.018 0.006 43 L 0.003 0.003 0.034 0.015 0.021 0.043 0.152 0.184 0.217 0.198 0.131 44 Q 0.005 0.019 0.545 0.176 0.121 0.083 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 45 K 0.018 0.049 0.499 0.236 0.118 0.053 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 46 T 0.012 0.014 0.023 0.032 0.050 0.095 0.237 0.172 0.165 0.127 0.074 47 M 0.021 0.039 0.065 0.094 0.111 0.140 0.232 0.131 0.095 0.048 0.024 48 F 0.016 0.044 0.102 0.073 0.091 0.087 0.134 0.127 0.135 0.115 0.075 49 P 0.155 0.130 0.135 0.186 0.122 0.088 0.091 0.042 0.028 0.015 0.007 50 L 0.064 0.043 0.026 0.048 0.061 0.068 0.161 0.141 0.164 0.132 0.094 51 G 0.172 0.158 0.080 0.150 0.110 0.093 0.089 0.057 0.047 0.028 0.016 52 H 0.304 0.120 0.083 0.176 0.108 0.084 0.067 0.027 0.017 0.009 0.004 53 L 0.076 0.042 0.034 0.049 0.058 0.073 0.180 0.164 0.149 0.112 0.063 54 E 0.112 0.399 0.101 0.182 0.087 0.049 0.034 0.017 0.011 0.006 0.003 55 K 0.058 0.078 0.049 0.106 0.137 0.168 0.172 0.091 0.070 0.046 0.025 56 P 0.697 0.138 0.093 0.046 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.045 0.079 0.131 0.364 0.225 0.093 0.046 0.011 0.004 0.001 0.001 58 V 0.002 0.007 0.022 0.012 0.013 0.024 0.109 0.170 0.244 0.238 0.158 59 R 0.003 0.003 0.088 0.155 0.224 0.267 0.174 0.051 0.024 0.008 0.003 60 R 0.009 0.023 0.863 0.075 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.003 0.022 0.047 0.097 0.257 0.356 0.132 0.054 0.023 0.008 62 A 0.001 0.001 0.017 0.003 0.004 0.007 0.065 0.129 0.271 0.292 0.209 63 E 0.010 0.024 0.626 0.177 0.104 0.039 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 64 E 0.010 0.044 0.797 0.093 0.040 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.017 0.011 0.021 0.031 0.057 0.142 0.279 0.152 0.132 0.100 0.058 66 G 0.664 0.193 0.056 0.046 0.018 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 67 L 0.013 0.029 0.059 0.055 0.063 0.074 0.140 0.139 0.177 0.143 0.108 68 S 0.261 0.317 0.133 0.138 0.071 0.039 0.024 0.008 0.005 0.003 0.002 69 T 0.241 0.102 0.057 0.114 0.094 0.094 0.120 0.064 0.056 0.034 0.025 70 A 0.130 0.040 0.030 0.049 0.064 0.101 0.172 0.128 0.133 0.094 0.059 71 K 0.248 0.222 0.124 0.189 0.096 0.053 0.033 0.015 0.010 0.005 0.003 72 K 0.139 0.118 0.068 0.132 0.109 0.107 0.113 0.079 0.059 0.048 0.028 73 K 0.312 0.168 0.092 0.125 0.095 0.069 0.060 0.032 0.023 0.015 0.009 74 D 0.126 0.109 0.088 0.187 0.143 0.106 0.119 0.056 0.037 0.019 0.011 75 S 0.027 0.027 0.024 0.053 0.068 0.080 0.162 0.158 0.153 0.130 0.116 76 T 0.102 0.112 0.094 0.207 0.164 0.106 0.097 0.056 0.035 0.018 0.009 77 G 0.149 0.108 0.066 0.172 0.142 0.125 0.117 0.055 0.035 0.021 0.010 78 I 0.004 0.007 0.009 0.023 0.028 0.047 0.119 0.154 0.218 0.217 0.174 79 C 0.006 0.017 0.019 0.061 0.080 0.103 0.201 0.175 0.156 0.110 0.072 80 F 0.007 0.016 0.017 0.043 0.054 0.071 0.168 0.171 0.184 0.157 0.112 81 I 0.005 0.011 0.013 0.039 0.062 0.080 0.163 0.167 0.191 0.155 0.114 82 G 0.043 0.110 0.053 0.173 0.186 0.142 0.143 0.071 0.045 0.023 0.010 83 E 0.209 0.208 0.071 0.227 0.136 0.070 0.048 0.017 0.009 0.004 0.002 84 K 0.555 0.139 0.065 0.105 0.059 0.033 0.025 0.010 0.005 0.003 0.001 85 N 0.148 0.326 0.082 0.168 0.103 0.075 0.055 0.020 0.012 0.007 0.005 86 F 0.005 0.012 0.006 0.023 0.046 0.099 0.218 0.193 0.191 0.128 0.079 87 K 0.220 0.154 0.106 0.232 0.146 0.081 0.041 0.011 0.006 0.002 0.001 88 N 0.126 0.171 0.302 0.239 0.095 0.041 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 89 F 0.003 0.004 0.009 0.021 0.028 0.056 0.155 0.189 0.219 0.187 0.130 90 L 0.002 0.003 0.011 0.021 0.042 0.089 0.227 0.197 0.182 0.137 0.088 91 S 0.007 0.040 0.531 0.225 0.118 0.049 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 92 N 0.092 0.106 0.284 0.191 0.133 0.104 0.063 0.016 0.006 0.003 0.001 93 Y 0.012 0.020 0.012 0.043 0.067 0.105 0.239 0.189 0.160 0.100 0.052 94 L 0.023 0.041 0.020 0.048 0.070 0.112 0.206 0.156 0.145 0.108 0.071 95 P 0.383 0.208 0.105 0.142 0.077 0.039 0.026 0.009 0.006 0.003 0.002 96 A 0.177 0.066 0.040 0.105 0.106 0.108 0.146 0.101 0.074 0.049 0.029 97 Q 0.304 0.236 0.065 0.164 0.092 0.060 0.039 0.018 0.011 0.006 0.004 98 P 0.265 0.182 0.064 0.183 0.127 0.085 0.053 0.021 0.012 0.006 0.004 99 G 0.051 0.030 0.013 0.043 0.059 0.099 0.173 0.162 0.162 0.130 0.079 100 R 0.053 0.207 0.111 0.297 0.183 0.080 0.046 0.012 0.006 0.003 0.002 101 M 0.002 0.002 0.001 0.005 0.007 0.011 0.047 0.095 0.215 0.278 0.337 102 M 0.013 0.044 0.040 0.160 0.204 0.199 0.185 0.074 0.041 0.022 0.017 103 T 0.043 0.151 0.078 0.235 0.164 0.109 0.110 0.053 0.034 0.015 0.008 104 V 0.053 0.038 0.023 0.074 0.102 0.146 0.196 0.123 0.106 0.075 0.065 105 D 0.441 0.348 0.076 0.092 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.372 0.123 0.031 0.113 0.110 0.086 0.083 0.035 0.024 0.014 0.009 107 R 0.278 0.277 0.094 0.194 0.089 0.038 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 108 D 0.034 0.117 0.058 0.206 0.208 0.187 0.127 0.035 0.017 0.007 0.003 109 M 0.008 0.012 0.008 0.035 0.056 0.088 0.162 0.186 0.185 0.148 0.112 110 G 0.177 0.104 0.026 0.094 0.110 0.114 0.141 0.088 0.063 0.047 0.035 111 E 0.130 0.174 0.112 0.256 0.144 0.077 0.052 0.024 0.016 0.008 0.006 112 H 0.014 0.012 0.006 0.029 0.041 0.076 0.168 0.163 0.177 0.168 0.146 113 A 0.135 0.180 0.098 0.253 0.156 0.081 0.053 0.021 0.012 0.006 0.004 114 G 0.135 0.076 0.038 0.111 0.108 0.111 0.163 0.095 0.080 0.054 0.029 115 L 0.030 0.054 0.049 0.125 0.122 0.129 0.160 0.110 0.100 0.071 0.050 116 M 0.019 0.029 0.021 0.070 0.078 0.106 0.201 0.157 0.140 0.106 0.073 117 Y 0.029 0.040 0.035 0.119 0.133 0.135 0.171 0.130 0.097 0.068 0.041 118 Y 0.013 0.015 0.015 0.036 0.043 0.063 0.151 0.169 0.200 0.172 0.123 119 T 0.017 0.042 0.047 0.104 0.092 0.092 0.130 0.124 0.142 0.120 0.091 120 I 0.044 0.062 0.047 0.126 0.115 0.112 0.149 0.113 0.104 0.079 0.048 121 G 0.082 0.074 0.053 0.121 0.121 0.107 0.134 0.109 0.095 0.063 0.040 122 Q 0.021 0.044 0.028 0.102 0.113 0.112 0.173 0.137 0.119 0.086 0.065 123 R 0.044 0.055 0.037 0.113 0.143 0.133 0.150 0.114 0.094 0.066 0.050 124 G 0.128 0.113 0.060 0.161 0.145 0.121 0.117 0.067 0.046 0.028 0.015 125 G 0.208 0.093 0.056 0.132 0.107 0.101 0.109 0.069 0.054 0.043 0.028 126 L 0.017 0.023 0.015 0.040 0.043 0.060 0.124 0.142 0.180 0.185 0.172 127 G 0.106 0.166 0.093 0.170 0.115 0.091 0.097 0.055 0.044 0.033 0.030 128 I 0.018 0.014 0.009 0.021 0.022 0.032 0.078 0.109 0.176 0.232 0.288 129 G 0.098 0.148 0.052 0.156 0.146 0.107 0.113 0.064 0.050 0.035 0.031 130 G 0.119 0.103 0.039 0.122 0.111 0.091 0.110 0.081 0.080 0.073 0.070 131 Q 0.157 0.113 0.053 0.144 0.122 0.103 0.109 0.061 0.052 0.044 0.042 132 H 0.242 0.146 0.072 0.143 0.104 0.083 0.080 0.044 0.038 0.028 0.020 133 G 0.324 0.146 0.053 0.117 0.084 0.069 0.072 0.044 0.039 0.031 0.022 134 G 0.308 0.141 0.056 0.111 0.078 0.062 0.075 0.049 0.047 0.040 0.033 135 D 0.183 0.144 0.058 0.131 0.109 0.097 0.105 0.060 0.052 0.036 0.025 136 N 0.094 0.099 0.041 0.123 0.115 0.107 0.122 0.091 0.088 0.067 0.054 137 A 0.141 0.092 0.044 0.108 0.105 0.097 0.115 0.091 0.089 0.068 0.051 138 P 0.249 0.127 0.071 0.151 0.120 0.083 0.082 0.046 0.036 0.021 0.011 139 W 0.094 0.067 0.048 0.103 0.103 0.112 0.155 0.111 0.101 0.068 0.038 140 F 0.050 0.061 0.049 0.118 0.120 0.125 0.165 0.115 0.093 0.063 0.042 141 V 0.051 0.063 0.061 0.084 0.101 0.118 0.151 0.115 0.107 0.085 0.064 142 V 0.072 0.090 0.074 0.114 0.110 0.106 0.148 0.106 0.083 0.061 0.037 143 G 0.416 0.146 0.072 0.128 0.092 0.053 0.047 0.022 0.013 0.007 0.003 144 K 0.188 0.172 0.129 0.182 0.119 0.080 0.067 0.030 0.018 0.010 0.006 145 D 0.218 0.218 0.129 0.193 0.108 0.061 0.040 0.015 0.009 0.005 0.003 146 L 0.030 0.015 0.016 0.025 0.033 0.057 0.139 0.152 0.192 0.186 0.154 147 S 0.222 0.278 0.145 0.161 0.087 0.044 0.035 0.013 0.008 0.004 0.002 148 K 0.431 0.182 0.097 0.127 0.066 0.038 0.027 0.013 0.009 0.006 0.004