# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0694 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.034 0.001 0.006 0.070 0.077 0.078 0.135 0.001 0.001 0.007 0.590 2 Y 0.033 0.001 0.007 0.142 0.065 0.073 0.084 0.001 0.001 0.007 0.588 3 V 0.014 0.002 0.002 0.210 0.119 0.201 0.167 0.001 0.001 0.005 0.281 4 A 0.016 0.002 0.001 0.370 0.143 0.186 0.087 0.001 0.001 0.006 0.190 5 T 0.013 0.007 0.001 0.195 0.072 0.153 0.179 0.001 0.001 0.006 0.374 6 G 0.053 0.008 0.003 0.259 0.125 0.181 0.086 0.001 0.001 0.016 0.267 7 H 0.023 0.012 0.002 0.145 0.098 0.187 0.219 0.001 0.001 0.013 0.301 8 Y 0.021 0.010 0.003 0.088 0.144 0.280 0.093 0.001 0.001 0.010 0.350 9 A 0.021 0.024 0.003 0.109 0.223 0.399 0.048 0.001 0.001 0.005 0.168 10 R 0.016 0.031 0.002 0.068 0.223 0.384 0.043 0.002 0.001 0.004 0.227 11 V 0.036 0.037 0.005 0.038 0.226 0.319 0.029 0.003 0.001 0.003 0.303 12 A 0.023 0.021 0.003 0.038 0.276 0.386 0.023 0.004 0.001 0.002 0.223 13 R 0.021 0.011 0.003 0.031 0.231 0.399 0.046 0.004 0.001 0.004 0.251 14 D 0.033 0.013 0.004 0.042 0.235 0.234 0.117 0.004 0.001 0.006 0.313 15 E 0.026 0.009 0.002 0.016 0.039 0.044 0.132 0.002 0.001 0.008 0.721 16 D 0.063 0.007 0.002 0.008 0.014 0.019 0.388 0.002 0.001 0.036 0.462 17 G 0.440 0.008 0.007 0.007 0.010 0.008 0.228 0.002 0.001 0.092 0.197 18 T 0.258 0.018 0.031 0.020 0.019 0.020 0.335 0.001 0.001 0.036 0.262 19 V 0.027 0.009 0.023 0.079 0.153 0.168 0.189 0.001 0.001 0.009 0.343 20 H 0.003 0.004 0.001 0.112 0.231 0.507 0.064 0.001 0.001 0.001 0.075 21 M 0.002 0.006 0.001 0.062 0.266 0.557 0.017 0.001 0.001 0.001 0.089 22 L 0.001 0.007 0.001 0.081 0.271 0.596 0.009 0.001 0.001 0.001 0.034 23 R 0.010 0.012 0.001 0.070 0.226 0.374 0.042 0.002 0.001 0.002 0.261 24 G 0.028 0.009 0.004 0.132 0.197 0.278 0.034 0.003 0.001 0.005 0.309 25 V 0.012 0.006 0.004 0.129 0.158 0.294 0.115 0.003 0.001 0.006 0.274 26 D 0.040 0.007 0.003 0.051 0.099 0.118 0.238 0.004 0.001 0.011 0.430 27 N 0.033 0.006 0.005 0.015 0.013 0.018 0.082 0.001 0.001 0.007 0.821 28 G 0.049 0.004 0.001 0.007 0.009 0.012 0.566 0.001 0.001 0.029 0.322 29 K 0.472 0.009 0.009 0.006 0.004 0.005 0.236 0.001 0.001 0.059 0.198 30 D 0.102 0.063 0.009 0.017 0.014 0.017 0.254 0.002 0.001 0.015 0.508 31 Q 0.077 0.050 0.009 0.033 0.056 0.071 0.216 0.002 0.001 0.023 0.463 32 T 0.108 0.087 0.008 0.047 0.089 0.175 0.162 0.002 0.001 0.014 0.307 33 Y 0.022 0.071 0.004 0.065 0.227 0.275 0.072 0.002 0.001 0.004 0.259 34 F 0.016 0.107 0.003 0.055 0.186 0.360 0.059 0.001 0.001 0.004 0.210 35 L 0.013 0.120 0.002 0.113 0.200 0.424 0.032 0.002 0.001 0.003 0.092 36 S 0.020 0.263 0.002 0.190 0.082 0.215 0.051 0.009 0.001 0.003 0.164 37 Q 0.157 0.245 0.008 0.072 0.027 0.051 0.062 0.032 0.001 0.008 0.337 38 L 0.184 0.258 0.052 0.082 0.044 0.074 0.124 0.020 0.001 0.013 0.148 39 S 0.048 0.116 0.017 0.025 0.015 0.024 0.290 0.013 0.001 0.005 0.447 40 Q 0.007 0.052 0.008 0.007 0.003 0.003 0.048 0.002 0.001 0.002 0.868 41 E 0.011 0.084 0.002 0.001 0.001 0.003 0.381 0.001 0.001 0.009 0.507 42 Q 0.069 0.163 0.001 0.002 0.005 0.007 0.605 0.006 0.001 0.014 0.128 43 L 0.051 0.880 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.052 44 Q 0.023 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.030 45 K 0.078 0.798 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.034 0.001 0.001 0.080 46 T 0.282 0.515 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.139 0.001 0.001 0.054 47 M 0.252 0.458 0.123 0.005 0.004 0.004 0.006 0.052 0.001 0.001 0.094 48 F 0.063 0.157 0.087 0.069 0.058 0.096 0.048 0.026 0.001 0.001 0.394 49 P 0.002 0.002 0.002 0.008 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.978 50 L 0.033 0.010 0.003 0.085 0.030 0.083 0.118 0.001 0.001 0.003 0.634 51 G 0.278 0.019 0.002 0.060 0.017 0.025 0.072 0.002 0.001 0.008 0.517 52 H 0.241 0.034 0.003 0.043 0.012 0.012 0.079 0.002 0.001 0.004 0.570 53 L 0.109 0.016 0.008 0.071 0.019 0.038 0.073 0.001 0.001 0.004 0.661 54 E 0.079 0.015 0.004 0.072 0.024 0.064 0.136 0.002 0.001 0.004 0.600 55 K 0.075 0.010 0.008 0.026 0.007 0.030 0.075 0.001 0.001 0.003 0.766 56 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.986 57 E 0.012 0.006 0.001 0.008 0.003 0.005 0.236 0.001 0.001 0.001 0.729 58 V 0.103 0.198 0.001 0.009 0.003 0.011 0.108 0.001 0.001 0.003 0.564 59 R 0.022 0.851 0.001 0.005 0.002 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.093 60 R 0.022 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.111 61 L 0.010 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 62 A 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 63 E 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 64 E 0.043 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 65 A 0.086 0.825 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 0.019 66 G 0.520 0.229 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.145 0.001 0.002 0.079 67 L 0.004 0.010 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 68 S 0.003 0.020 0.002 0.057 0.009 0.011 0.073 0.004 0.001 0.001 0.821 69 T 0.152 0.044 0.005 0.034 0.003 0.004 0.045 0.002 0.001 0.004 0.709 70 A 0.096 0.333 0.004 0.062 0.014 0.029 0.111 0.003 0.001 0.005 0.343 71 K 0.103 0.169 0.004 0.041 0.018 0.043 0.229 0.006 0.001 0.010 0.378 72 K 0.255 0.195 0.004 0.024 0.012 0.017 0.027 0.005 0.001 0.003 0.459 73 K 0.087 0.335 0.005 0.019 0.032 0.039 0.033 0.007 0.001 0.003 0.440 74 D 0.086 0.309 0.004 0.017 0.041 0.050 0.069 0.021 0.001 0.006 0.397 75 S 0.262 0.304 0.008 0.010 0.023 0.031 0.045 0.024 0.001 0.006 0.288 76 T 0.245 0.261 0.016 0.016 0.031 0.035 0.072 0.024 0.001 0.011 0.289 77 G 0.223 0.066 0.037 0.028 0.051 0.065 0.141 0.014 0.001 0.024 0.352 78 I 0.126 0.041 0.130 0.092 0.131 0.153 0.107 0.005 0.001 0.011 0.204 79 C 0.011 0.022 0.010 0.232 0.222 0.265 0.061 0.002 0.001 0.002 0.174 80 F 0.009 0.014 0.003 0.175 0.176 0.267 0.035 0.001 0.001 0.001 0.318 81 I 0.009 0.011 0.001 0.169 0.206 0.371 0.037 0.001 0.001 0.002 0.193 82 G 0.009 0.006 0.001 0.060 0.074 0.157 0.063 0.001 0.001 0.003 0.626 83 E 0.032 0.007 0.002 0.061 0.040 0.094 0.133 0.002 0.001 0.010 0.619 84 K 0.070 0.010 0.004 0.032 0.016 0.035 0.199 0.001 0.001 0.016 0.615 85 N 0.061 0.017 0.003 0.016 0.015 0.016 0.223 0.002 0.001 0.008 0.641 86 F 0.084 0.051 0.006 0.015 0.014 0.028 0.152 0.001 0.001 0.010 0.639 87 K 0.034 0.144 0.002 0.014 0.015 0.031 0.179 0.001 0.001 0.006 0.572 88 N 0.054 0.155 0.001 0.003 0.008 0.009 0.141 0.002 0.001 0.005 0.623 89 F 0.099 0.549 0.003 0.004 0.012 0.018 0.083 0.003 0.001 0.005 0.225 90 L 0.034 0.771 0.002 0.008 0.019 0.032 0.044 0.004 0.001 0.002 0.083 91 S 0.043 0.772 0.001 0.004 0.010 0.015 0.018 0.010 0.001 0.001 0.125 92 N 0.157 0.671 0.002 0.002 0.004 0.006 0.009 0.026 0.001 0.001 0.122 93 Y 0.394 0.429 0.027 0.004 0.003 0.004 0.009 0.043 0.001 0.002 0.085 94 L 0.269 0.186 0.109 0.018 0.021 0.023 0.037 0.043 0.001 0.003 0.290 95 P 0.005 0.003 0.009 0.006 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.968 96 A 0.057 0.005 0.005 0.034 0.012 0.023 0.050 0.004 0.001 0.001 0.808 97 Q 0.399 0.004 0.003 0.031 0.012 0.013 0.052 0.003 0.001 0.005 0.479 98 P 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.981 99 G 0.016 0.001 0.001 0.163 0.051 0.092 0.191 0.001 0.001 0.005 0.481 100 R 0.306 0.001 0.002 0.139 0.032 0.044 0.074 0.001 0.001 0.013 0.389 101 M 0.031 0.004 0.002 0.160 0.137 0.161 0.054 0.001 0.001 0.003 0.447 102 M 0.007 0.001 0.001 0.237 0.214 0.309 0.049 0.001 0.001 0.002 0.180 103 T 0.014 0.002 0.001 0.210 0.204 0.234 0.081 0.001 0.001 0.003 0.250 104 V 0.006 0.002 0.001 0.074 0.099 0.138 0.080 0.001 0.001 0.004 0.595 105 D 0.007 0.001 0.001 0.021 0.029 0.065 0.454 0.001 0.001 0.012 0.408 106 G 0.321 0.003 0.002 0.018 0.010 0.013 0.206 0.001 0.001 0.133 0.291 107 R 0.254 0.018 0.011 0.016 0.018 0.014 0.425 0.001 0.001 0.043 0.201 108 D 0.042 0.016 0.008 0.020 0.043 0.048 0.369 0.001 0.001 0.010 0.444 109 M 0.026 0.025 0.004 0.045 0.115 0.206 0.111 0.001 0.001 0.004 0.463 110 G 0.021 0.019 0.001 0.017 0.140 0.248 0.140 0.001 0.001 0.005 0.408 111 E 0.047 0.025 0.002 0.007 0.091 0.160 0.087 0.001 0.001 0.006 0.575 112 H 0.051 0.036 0.002 0.019 0.104 0.191 0.108 0.003 0.001 0.008 0.478 113 A 0.056 0.025 0.005 0.028 0.053 0.098 0.107 0.003 0.001 0.013 0.611 114 G 0.103 0.028 0.007 0.060 0.096 0.097 0.119 0.007 0.001 0.018 0.466 115 L 0.152 0.045 0.041 0.073 0.071 0.131 0.095 0.002 0.001 0.014 0.376 116 M 0.014 0.032 0.004 0.133 0.191 0.260 0.067 0.001 0.001 0.002 0.295 117 Y 0.018 0.033 0.003 0.147 0.165 0.328 0.044 0.001 0.001 0.003 0.257 118 Y 0.020 0.056 0.003 0.173 0.184 0.315 0.043 0.002 0.001 0.003 0.202 119 T 0.014 0.065 0.003 0.146 0.168 0.270 0.075 0.001 0.001 0.002 0.257 120 I 0.009 0.046 0.002 0.074 0.124 0.178 0.052 0.002 0.001 0.002 0.513 121 G 0.021 0.061 0.001 0.063 0.106 0.250 0.144 0.003 0.001 0.009 0.341 122 Q 0.149 0.120 0.009 0.029 0.055 0.082 0.123 0.007 0.001 0.018 0.408 123 R 0.167 0.204 0.017 0.018 0.033 0.050 0.066 0.006 0.001 0.009 0.429 124 G 0.070 0.105 0.007 0.031 0.090 0.100 0.069 0.011 0.001 0.006 0.510 125 G 0.175 0.040 0.013 0.019 0.056 0.063 0.055 0.009 0.001 0.010 0.560 126 L 0.068 0.029 0.087 0.058 0.080 0.125 0.048 0.003 0.001 0.005 0.496 127 G 0.011 0.007 0.003 0.088 0.123 0.148 0.092 0.002 0.001 0.002 0.524 128 I 0.054 0.008 0.007 0.100 0.101 0.161 0.051 0.001 0.001 0.005 0.510 129 G 0.014 0.009 0.002 0.149 0.118 0.222 0.083 0.001 0.001 0.003 0.398 130 G 0.031 0.005 0.002 0.089 0.057 0.091 0.088 0.001 0.001 0.006 0.630 131 Q 0.055 0.005 0.004 0.064 0.041 0.068 0.073 0.001 0.001 0.007 0.683 132 H 0.017 0.003 0.002 0.036 0.049 0.076 0.096 0.001 0.001 0.004 0.717 133 G 0.035 0.003 0.001 0.032 0.027 0.039 0.071 0.001 0.001 0.005 0.787 134 G 0.098 0.006 0.002 0.024 0.027 0.044 0.120 0.001 0.001 0.010 0.668 135 D 0.091 0.009 0.003 0.032 0.029 0.041 0.133 0.001 0.001 0.006 0.655 136 N 0.101 0.012 0.005 0.039 0.029 0.056 0.102 0.001 0.001 0.010 0.644 137 A 0.122 0.017 0.006 0.085 0.103 0.143 0.161 0.001 0.001 0.008 0.354 138 P 0.004 0.002 0.001 0.009 0.007 0.013 0.013 0.001 0.001 0.001 0.951 139 W 0.020 0.009 0.001 0.093 0.122 0.307 0.106 0.001 0.001 0.004 0.337 140 F 0.117 0.030 0.002 0.056 0.046 0.101 0.067 0.001 0.001 0.005 0.575 141 V 0.047 0.090 0.002 0.077 0.111 0.156 0.037 0.002 0.001 0.002 0.477 142 V 0.035 0.061 0.002 0.048 0.071 0.174 0.057 0.002 0.001 0.003 0.549 143 G 0.095 0.080 0.002 0.048 0.060 0.150 0.078 0.006 0.001 0.007 0.474 144 K 0.116 0.091 0.008 0.018 0.025 0.043 0.089 0.006 0.001 0.005 0.600 145 D 0.149 0.087 0.005 0.014 0.027 0.025 0.115 0.008 0.001 0.005 0.564 146 L 0.195 0.134 0.018 0.024 0.031 0.048 0.098 0.005 0.001 0.013 0.435 147 S 0.070 0.117 0.009 0.025 0.054 0.074 0.219 0.005 0.001 0.007 0.419 148 K 0.067 0.059 0.007 0.011 0.015 0.026 0.076 0.003 0.001 0.005 0.732