# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 351 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.215 0.013 0.044 0.032 0.163 0.030 0.503 2 Y 0.769 0.025 0.011 0.020 0.033 0.017 0.126 3 V 0.880 0.011 0.007 0.010 0.014 0.018 0.061 4 A 0.873 0.009 0.005 0.009 0.016 0.019 0.069 5 T 0.723 0.011 0.007 0.010 0.054 0.055 0.141 6 G 0.474 0.007 0.015 0.007 0.235 0.078 0.184 7 H 0.530 0.009 0.020 0.005 0.162 0.045 0.230 8 Y 0.769 0.010 0.018 0.003 0.060 0.036 0.103 9 A 0.917 0.003 0.006 0.001 0.016 0.017 0.040 10 R 0.937 0.004 0.002 0.001 0.013 0.005 0.038 11 V 0.937 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.043 12 A 0.919 0.004 0.001 0.001 0.010 0.002 0.063 13 R 0.854 0.031 0.001 0.001 0.017 0.006 0.090 14 D 0.427 0.010 0.007 0.001 0.043 0.072 0.439 15 E 0.044 0.003 0.009 0.001 0.104 0.796 0.043 16 D 0.012 0.003 0.010 0.001 0.180 0.766 0.027 17 G 0.039 0.002 0.003 0.001 0.685 0.153 0.118 18 T 0.397 0.022 0.002 0.001 0.076 0.026 0.477 19 V 0.880 0.036 0.001 0.001 0.005 0.002 0.077 20 H 0.959 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 21 M 0.960 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.028 22 L 0.907 0.005 0.004 0.001 0.012 0.003 0.068 23 R 0.836 0.008 0.005 0.002 0.025 0.003 0.121 24 G 0.550 0.010 0.018 0.006 0.058 0.029 0.330 25 V 0.233 0.026 0.023 0.010 0.240 0.088 0.379 26 D 0.075 0.009 0.029 0.008 0.201 0.077 0.602 27 N 0.015 0.004 0.059 0.023 0.186 0.617 0.097 28 G 0.020 0.006 0.053 0.025 0.224 0.554 0.118 29 K 0.068 0.027 0.050 0.074 0.378 0.083 0.322 30 D 0.216 0.071 0.020 0.088 0.060 0.044 0.500 31 Q 0.319 0.018 0.055 0.247 0.100 0.060 0.200 32 T 0.472 0.013 0.041 0.303 0.023 0.043 0.105 33 Y 0.250 0.004 0.062 0.512 0.021 0.116 0.036 34 F 0.185 0.007 0.054 0.558 0.031 0.128 0.037 35 L 0.073 0.005 0.258 0.304 0.048 0.150 0.161 36 S 0.065 0.001 0.354 0.125 0.073 0.319 0.062 37 Q 0.067 0.011 0.314 0.082 0.097 0.363 0.067 38 L 0.057 0.124 0.012 0.011 0.527 0.023 0.247 39 S 0.023 0.035 0.001 0.008 0.108 0.009 0.815 40 Q 0.001 0.001 0.047 0.915 0.009 0.021 0.006 41 E 0.001 0.001 0.068 0.904 0.005 0.019 0.003 42 Q 0.001 0.001 0.107 0.867 0.004 0.017 0.004 43 L 0.002 0.001 0.042 0.922 0.007 0.018 0.009 44 Q 0.003 0.002 0.064 0.823 0.007 0.091 0.010 45 K 0.004 0.001 0.063 0.705 0.009 0.210 0.008 46 T 0.005 0.002 0.076 0.562 0.041 0.271 0.043 47 M 0.030 0.023 0.047 0.246 0.160 0.295 0.199 48 F 0.062 0.025 0.032 0.075 0.216 0.064 0.526 49 P 0.078 0.048 0.027 0.038 0.111 0.054 0.644 50 L 0.038 0.017 0.121 0.078 0.096 0.171 0.478 51 G 0.021 0.008 0.112 0.102 0.287 0.254 0.217 52 H 0.009 0.003 0.211 0.250 0.155 0.269 0.102 53 L 0.009 0.011 0.122 0.324 0.158 0.202 0.175 54 E 0.007 0.013 0.026 0.341 0.177 0.152 0.284 55 K 0.005 0.003 0.004 0.608 0.127 0.025 0.227 56 P 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.005 0.002 57 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.007 0.001 64 E 0.001 0.001 0.003 0.952 0.001 0.044 0.001 65 A 0.001 0.001 0.004 0.354 0.006 0.635 0.001 66 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.951 0.022 67 L 0.006 0.006 0.003 0.003 0.026 0.008 0.948 68 S 0.164 0.053 0.021 0.010 0.038 0.019 0.695 69 T 0.280 0.021 0.120 0.020 0.091 0.061 0.407 70 A 0.317 0.024 0.091 0.027 0.133 0.088 0.322 71 K 0.263 0.016 0.032 0.019 0.248 0.059 0.364 72 K 0.151 0.023 0.043 0.034 0.245 0.037 0.466 73 K 0.061 0.012 0.196 0.067 0.135 0.287 0.243 74 D 0.051 0.016 0.176 0.034 0.101 0.502 0.119 75 S 0.109 0.051 0.118 0.024 0.144 0.145 0.408 76 T 0.095 0.025 0.045 0.023 0.203 0.208 0.401 77 G 0.133 0.009 0.039 0.020 0.290 0.289 0.220 78 I 0.464 0.102 0.026 0.020 0.082 0.054 0.251 79 C 0.579 0.044 0.014 0.017 0.041 0.035 0.271 80 F 0.531 0.058 0.014 0.011 0.093 0.058 0.235 81 I 0.285 0.038 0.009 0.008 0.272 0.065 0.323 82 G 0.104 0.013 0.007 0.007 0.264 0.094 0.510 83 E 0.021 0.012 0.096 0.070 0.291 0.295 0.215 84 K 0.014 0.024 0.092 0.119 0.399 0.171 0.181 85 N 0.026 0.055 0.043 0.209 0.157 0.078 0.433 86 F 0.001 0.001 0.044 0.930 0.005 0.012 0.007 87 K 0.001 0.001 0.027 0.959 0.002 0.010 0.002 88 N 0.001 0.001 0.047 0.937 0.002 0.012 0.001 89 F 0.001 0.001 0.024 0.955 0.002 0.016 0.002 90 L 0.001 0.001 0.034 0.912 0.002 0.045 0.004 91 S 0.001 0.001 0.095 0.701 0.007 0.188 0.007 92 N 0.001 0.001 0.122 0.622 0.024 0.208 0.021 93 Y 0.008 0.021 0.136 0.412 0.113 0.202 0.108 94 L 0.015 0.019 0.022 0.033 0.179 0.097 0.636 95 P 0.024 0.014 0.014 0.007 0.153 0.118 0.671 96 A 0.069 0.020 0.014 0.005 0.284 0.063 0.545 97 Q 0.141 0.010 0.010 0.002 0.320 0.024 0.494 98 P 0.359 0.009 0.017 0.001 0.133 0.143 0.337 99 G 0.566 0.004 0.009 0.001 0.139 0.082 0.200 100 R 0.844 0.022 0.001 0.001 0.016 0.002 0.116 101 M 0.877 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.104 102 M 0.862 0.052 0.001 0.001 0.012 0.001 0.073 103 T 0.278 0.016 0.002 0.001 0.011 0.006 0.688 104 V 0.053 0.002 0.006 0.001 0.113 0.734 0.091 105 D 0.006 0.002 0.004 0.001 0.107 0.871 0.010 106 G 0.027 0.002 0.002 0.001 0.738 0.131 0.100 107 R 0.256 0.035 0.001 0.002 0.075 0.014 0.617 108 D 0.764 0.162 0.001 0.001 0.005 0.002 0.065 109 M 0.916 0.005 0.002 0.001 0.011 0.007 0.059 110 G 0.888 0.004 0.003 0.001 0.035 0.014 0.056 111 E 0.766 0.017 0.009 0.004 0.065 0.030 0.108 112 H 0.660 0.013 0.008 0.002 0.075 0.026 0.217 113 A 0.465 0.012 0.018 0.004 0.180 0.115 0.205 114 G 0.471 0.008 0.028 0.007 0.157 0.188 0.141 115 L 0.716 0.013 0.018 0.014 0.039 0.065 0.135 116 M 0.737 0.015 0.033 0.022 0.032 0.048 0.112 117 Y 0.720 0.019 0.023 0.017 0.047 0.049 0.126 118 Y 0.589 0.039 0.021 0.019 0.078 0.038 0.216 119 T 0.451 0.023 0.014 0.015 0.110 0.026 0.360 120 I 0.297 0.014 0.086 0.078 0.096 0.213 0.216 121 G 0.166 0.019 0.161 0.109 0.091 0.259 0.194 122 Q 0.163 0.022 0.180 0.129 0.095 0.208 0.203 123 R 0.121 0.053 0.092 0.142 0.136 0.189 0.266 124 G 0.082 0.012 0.054 0.135 0.137 0.448 0.132 125 G 0.083 0.016 0.047 0.080 0.095 0.573 0.106 126 L 0.188 0.028 0.031 0.052 0.149 0.144 0.409 127 G 0.297 0.076 0.034 0.023 0.150 0.106 0.314 128 I 0.332 0.089 0.035 0.021 0.152 0.093 0.279 129 G 0.149 0.026 0.042 0.015 0.178 0.198 0.392 130 G 0.082 0.018 0.037 0.019 0.283 0.268 0.293 131 Q 0.062 0.020 0.029 0.012 0.372 0.169 0.336 132 H 0.072 0.022 0.028 0.016 0.381 0.078 0.403 133 G 0.114 0.031 0.039 0.018 0.198 0.092 0.508 134 G 0.213 0.022 0.055 0.014 0.129 0.116 0.450 135 D 0.479 0.023 0.032 0.012 0.105 0.040 0.310 136 N 0.750 0.023 0.009 0.009 0.030 0.010 0.169 137 A 0.795 0.008 0.004 0.008 0.018 0.006 0.162 138 P 0.810 0.007 0.003 0.007 0.021 0.006 0.145 139 W 0.724 0.019 0.004 0.010 0.032 0.006 0.206 140 F 0.551 0.024 0.009 0.017 0.046 0.011 0.342 141 V 0.273 0.014 0.055 0.065 0.061 0.089 0.443 142 V 0.105 0.012 0.123 0.069 0.123 0.283 0.286 143 G 0.074 0.009 0.131 0.070 0.224 0.282 0.210 144 K 0.066 0.007 0.084 0.061 0.313 0.178 0.290 145 D 0.066 0.024 0.051 0.045 0.264 0.132 0.417 146 L 0.085 0.037 0.031 0.045 0.186 0.101 0.515 147 S 0.037 0.017 0.012 0.027 0.011 0.087 0.808 148 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994