# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 351 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.072 0.081 0.046 0.058 0.128 0.034 0.067 0.157 0.118 0.186 0.053 2 Y 0.250 0.128 0.020 0.006 0.417 0.005 0.010 0.060 0.033 0.033 0.039 3 V 0.232 0.101 0.022 0.011 0.444 0.021 0.031 0.076 0.020 0.010 0.032 4 A 0.301 0.040 0.018 0.014 0.276 0.015 0.015 0.061 0.030 0.108 0.122 5 T 0.039 0.194 0.148 0.136 0.127 0.035 0.074 0.109 0.043 0.079 0.017 6 G 0.125 0.101 0.090 0.064 0.155 0.016 0.017 0.101 0.046 0.138 0.146 7 H 0.080 0.139 0.036 0.030 0.173 0.059 0.083 0.234 0.074 0.057 0.036 8 Y 0.270 0.084 0.012 0.004 0.442 0.007 0.021 0.078 0.017 0.027 0.036 9 A 0.396 0.066 0.004 0.003 0.444 0.007 0.007 0.031 0.008 0.006 0.028 10 R 0.205 0.141 0.017 0.010 0.502 0.023 0.018 0.037 0.009 0.009 0.029 11 V 0.385 0.062 0.008 0.002 0.380 0.004 0.007 0.020 0.007 0.016 0.109 12 A 0.198 0.177 0.043 0.013 0.341 0.025 0.038 0.042 0.014 0.038 0.071 13 R 0.104 0.317 0.044 0.015 0.350 0.017 0.021 0.044 0.015 0.036 0.036 14 D 0.209 0.168 0.252 0.048 0.115 0.029 0.023 0.060 0.029 0.017 0.049 15 E 0.010 0.009 0.057 0.144 0.009 0.131 0.098 0.319 0.185 0.028 0.009 16 D 0.003 0.479 0.232 0.176 0.023 0.028 0.026 0.020 0.007 0.006 0.001 17 G 0.009 0.009 0.010 0.019 0.009 0.008 0.007 0.019 0.031 0.731 0.149 18 T 0.082 0.393 0.093 0.009 0.305 0.011 0.018 0.025 0.019 0.026 0.019 19 V 0.315 0.122 0.024 0.006 0.438 0.002 0.003 0.005 0.005 0.009 0.070 20 H 0.097 0.379 0.064 0.007 0.412 0.006 0.011 0.008 0.003 0.004 0.010 21 M 0.502 0.051 0.006 0.001 0.377 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.050 22 L 0.112 0.193 0.091 0.048 0.329 0.089 0.049 0.025 0.017 0.015 0.032 23 R 0.302 0.124 0.036 0.013 0.314 0.007 0.008 0.012 0.014 0.065 0.105 24 G 0.095 0.273 0.110 0.022 0.325 0.013 0.018 0.043 0.028 0.040 0.033 25 V 0.095 0.263 0.052 0.014 0.242 0.026 0.051 0.043 0.031 0.107 0.076 26 D 0.303 0.053 0.014 0.002 0.568 0.001 0.001 0.008 0.011 0.007 0.032 27 N 0.006 0.015 0.010 0.015 0.010 0.021 0.060 0.419 0.379 0.060 0.005 28 G 0.020 0.077 0.047 0.020 0.044 0.033 0.147 0.223 0.085 0.288 0.016 29 K 0.033 0.218 0.075 0.024 0.071 0.035 0.043 0.255 0.100 0.104 0.043 30 D 0.126 0.087 0.047 0.006 0.158 0.004 0.009 0.292 0.109 0.087 0.077 31 Q 0.015 0.035 0.015 0.002 0.027 0.002 0.006 0.667 0.184 0.041 0.006 32 T 0.014 0.018 0.003 0.001 0.026 0.002 0.017 0.816 0.091 0.010 0.003 33 Y 0.014 0.017 0.004 0.007 0.032 0.008 0.022 0.795 0.082 0.014 0.005 34 F 0.019 0.015 0.005 0.002 0.051 0.005 0.021 0.802 0.066 0.010 0.004 35 L 0.057 0.008 0.002 0.004 0.050 0.015 0.024 0.577 0.186 0.056 0.022 36 S 0.019 0.060 0.020 0.018 0.074 0.032 0.081 0.513 0.143 0.028 0.011 37 Q 0.078 0.055 0.006 0.002 0.060 0.004 0.057 0.088 0.050 0.517 0.081 38 L 0.008 0.570 0.275 0.009 0.104 0.005 0.011 0.005 0.003 0.007 0.002 39 S 0.026 0.719 0.210 0.002 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.702 0.283 0.005 0.001 41 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.101 0.002 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.767 0.142 0.083 0.001 43 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.812 0.159 0.016 0.001 44 Q 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.023 0.773 0.185 0.007 0.001 45 K 0.002 0.003 0.002 0.005 0.005 0.017 0.068 0.616 0.185 0.094 0.003 46 T 0.048 0.030 0.005 0.003 0.087 0.003 0.050 0.474 0.175 0.097 0.028 47 M 0.052 0.017 0.003 0.003 0.069 0.010 0.068 0.233 0.199 0.309 0.037 48 F 0.055 0.273 0.138 0.028 0.239 0.016 0.038 0.104 0.038 0.047 0.023 49 P 0.081 0.094 0.082 0.035 0.122 0.036 0.103 0.259 0.100 0.054 0.035 50 L 0.018 0.046 0.032 0.073 0.032 0.077 0.139 0.188 0.192 0.182 0.021 51 G 0.011 0.152 0.150 0.183 0.054 0.062 0.047 0.097 0.090 0.135 0.017 52 H 0.074 0.063 0.028 0.008 0.093 0.010 0.023 0.074 0.137 0.391 0.100 53 L 0.058 0.245 0.097 0.011 0.166 0.014 0.025 0.092 0.102 0.138 0.052 54 E 0.039 0.442 0.231 0.012 0.108 0.003 0.007 0.033 0.022 0.078 0.025 55 K 0.037 0.217 0.085 0.009 0.123 0.004 0.006 0.330 0.147 0.031 0.011 56 P 0.002 0.007 0.003 0.002 0.005 0.006 0.013 0.823 0.133 0.004 0.002 57 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.920 0.057 0.009 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.060 0.025 0.001 59 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.952 0.038 0.003 0.001 60 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.031 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.038 0.002 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.059 0.005 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.848 0.125 0.005 0.001 64 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.034 0.796 0.131 0.027 0.001 65 A 0.001 0.691 0.289 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 G 0.046 0.005 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.004 0.007 0.551 0.369 67 L 0.067 0.385 0.110 0.011 0.252 0.009 0.007 0.035 0.029 0.063 0.034 68 S 0.127 0.181 0.039 0.023 0.309 0.012 0.021 0.105 0.057 0.040 0.086 69 T 0.171 0.161 0.082 0.018 0.237 0.018 0.020 0.083 0.099 0.074 0.036 70 A 0.075 0.211 0.053 0.016 0.213 0.013 0.063 0.191 0.099 0.043 0.022 71 K 0.100 0.202 0.135 0.022 0.166 0.010 0.024 0.041 0.044 0.180 0.076 72 K 0.052 0.420 0.242 0.022 0.186 0.004 0.005 0.026 0.020 0.012 0.012 73 K 0.014 0.039 0.024 0.029 0.029 0.067 0.115 0.350 0.293 0.030 0.010 74 D 0.046 0.049 0.024 0.015 0.048 0.015 0.042 0.130 0.262 0.312 0.055 75 S 0.182 0.057 0.012 0.008 0.163 0.011 0.026 0.057 0.082 0.290 0.111 76 T 0.085 0.224 0.073 0.039 0.188 0.039 0.035 0.067 0.089 0.113 0.049 77 G 0.098 0.068 0.107 0.166 0.130 0.015 0.007 0.039 0.055 0.198 0.119 78 I 0.203 0.195 0.022 0.005 0.470 0.003 0.006 0.030 0.016 0.022 0.028 79 C 0.114 0.149 0.028 0.004 0.609 0.004 0.015 0.025 0.012 0.017 0.023 80 F 0.262 0.143 0.038 0.006 0.433 0.002 0.002 0.008 0.005 0.022 0.081 81 I 0.089 0.248 0.127 0.054 0.215 0.034 0.040 0.039 0.028 0.072 0.054 82 G 0.023 0.272 0.292 0.109 0.097 0.042 0.041 0.048 0.026 0.038 0.011 83 E 0.037 0.078 0.047 0.047 0.068 0.060 0.134 0.186 0.150 0.153 0.041 84 K 0.013 0.154 0.128 0.089 0.052 0.096 0.065 0.134 0.105 0.132 0.031 85 N 0.085 0.232 0.081 0.009 0.141 0.006 0.014 0.147 0.082 0.134 0.068 86 F 0.025 0.041 0.020 0.002 0.032 0.002 0.002 0.541 0.245 0.076 0.015 87 K 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.002 0.006 0.844 0.122 0.006 0.002 88 N 0.002 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.009 0.874 0.088 0.010 0.001 89 F 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 0.868 0.094 0.014 0.001 90 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.719 0.225 0.032 0.003 91 S 0.002 0.010 0.002 0.003 0.005 0.009 0.048 0.712 0.195 0.012 0.002 92 N 0.009 0.009 0.002 0.003 0.018 0.007 0.111 0.574 0.138 0.119 0.009 93 Y 0.037 0.022 0.012 0.009 0.037 0.008 0.031 0.116 0.104 0.570 0.054 94 L 0.052 0.259 0.141 0.035 0.164 0.012 0.028 0.098 0.086 0.098 0.028 95 P 0.036 0.371 0.308 0.013 0.158 0.003 0.004 0.033 0.038 0.025 0.011 96 A 0.127 0.198 0.055 0.004 0.242 0.008 0.041 0.123 0.093 0.070 0.037 97 Q 0.060 0.198 0.180 0.044 0.178 0.052 0.155 0.067 0.020 0.027 0.020 98 P 0.130 0.063 0.031 0.118 0.113 0.172 0.071 0.018 0.035 0.121 0.127 99 G 0.020 0.151 0.159 0.319 0.073 0.128 0.023 0.010 0.014 0.085 0.017 100 R 0.257 0.161 0.013 0.001 0.536 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 101 M 0.317 0.147 0.010 0.001 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 102 M 0.045 0.226 0.011 0.002 0.678 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 103 T 0.019 0.182 0.743 0.037 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 104 V 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.031 0.046 0.545 0.362 0.003 0.001 105 D 0.001 0.702 0.254 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.005 0.006 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.006 0.606 0.363 107 R 0.016 0.641 0.046 0.001 0.271 0.003 0.008 0.007 0.002 0.003 0.002 108 D 0.683 0.010 0.001 0.001 0.235 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 109 M 0.030 0.089 0.066 0.264 0.076 0.277 0.150 0.023 0.008 0.008 0.008 110 G 0.150 0.253 0.130 0.071 0.240 0.017 0.012 0.029 0.027 0.026 0.047 111 E 0.202 0.079 0.083 0.031 0.172 0.021 0.040 0.066 0.080 0.105 0.122 112 H 0.137 0.190 0.097 0.046 0.222 0.059 0.067 0.063 0.032 0.057 0.031 113 A 0.117 0.117 0.051 0.039 0.158 0.022 0.039 0.133 0.097 0.145 0.082 114 G 0.058 0.095 0.181 0.243 0.106 0.038 0.016 0.071 0.035 0.106 0.051 115 L 0.140 0.162 0.030 0.017 0.336 0.011 0.019 0.182 0.052 0.027 0.024 116 M 0.170 0.097 0.025 0.009 0.347 0.010 0.035 0.214 0.049 0.016 0.028 117 Y 0.212 0.113 0.033 0.011 0.307 0.007 0.022 0.173 0.030 0.044 0.049 118 Y 0.125 0.232 0.052 0.005 0.412 0.007 0.021 0.099 0.009 0.014 0.023 119 T 0.144 0.240 0.263 0.041 0.139 0.015 0.006 0.059 0.014 0.030 0.050 120 I 0.007 0.051 0.021 0.040 0.023 0.150 0.177 0.385 0.124 0.016 0.004 121 G 0.099 0.062 0.029 0.012 0.072 0.003 0.006 0.101 0.081 0.361 0.174 122 Q 0.173 0.119 0.026 0.008 0.190 0.019 0.032 0.172 0.078 0.101 0.082 123 R 0.191 0.088 0.033 0.026 0.223 0.031 0.041 0.191 0.069 0.047 0.061 124 G 0.035 0.108 0.084 0.216 0.056 0.063 0.099 0.186 0.089 0.043 0.020 125 G 0.028 0.057 0.065 0.143 0.045 0.067 0.074 0.143 0.072 0.275 0.030 126 L 0.089 0.212 0.102 0.064 0.160 0.035 0.054 0.080 0.053 0.089 0.061 127 G 0.103 0.094 0.128 0.124 0.138 0.043 0.031 0.039 0.032 0.144 0.124 128 I 0.141 0.148 0.077 0.059 0.167 0.046 0.051 0.091 0.063 0.098 0.060 129 G 0.053 0.118 0.114 0.094 0.099 0.063 0.084 0.088 0.073 0.165 0.048 130 G 0.050 0.116 0.147 0.177 0.086 0.045 0.043 0.064 0.068 0.152 0.051 131 Q 0.051 0.184 0.184 0.075 0.126 0.028 0.047 0.096 0.083 0.097 0.028 132 H 0.035 0.242 0.239 0.059 0.090 0.039 0.089 0.088 0.059 0.043 0.017 133 G 0.070 0.292 0.154 0.021 0.216 0.011 0.026 0.057 0.063 0.053 0.037 134 G 0.091 0.141 0.046 0.021 0.167 0.039 0.072 0.113 0.137 0.111 0.062 135 D 0.112 0.152 0.032 0.005 0.325 0.005 0.018 0.049 0.058 0.186 0.058 136 N 0.345 0.082 0.013 0.002 0.394 0.003 0.008 0.027 0.019 0.040 0.068 137 A 0.062 0.437 0.127 0.015 0.294 0.009 0.006 0.018 0.007 0.011 0.013 138 P 0.197 0.156 0.036 0.006 0.385 0.004 0.011 0.104 0.033 0.021 0.048 139 W 0.062 0.089 0.046 0.027 0.108 0.036 0.048 0.312 0.133 0.098 0.041 140 F 0.041 0.270 0.153 0.030 0.155 0.012 0.017 0.240 0.034 0.026 0.022 141 V 0.127 0.069 0.038 0.007 0.064 0.008 0.015 0.426 0.112 0.068 0.065 142 V 0.010 0.054 0.042 0.032 0.025 0.032 0.060 0.542 0.172 0.027 0.005 143 G 0.021 0.290 0.085 0.041 0.066 0.020 0.040 0.267 0.095 0.063 0.012 144 K 0.037 0.096 0.050 0.023 0.066 0.019 0.033 0.134 0.083 0.367 0.093 145 D 0.161 0.075 0.025 0.014 0.141 0.017 0.038 0.148 0.091 0.159 0.132 146 L 0.096 0.238 0.110 0.022 0.230 0.009 0.014 0.109 0.077 0.056 0.039 147 S 0.060 0.255 0.097 0.023 0.165 0.022 0.054 0.201 0.076 0.029 0.019 148 K 0.065 0.130 0.087 0.028 0.117 0.025 0.050 0.229 0.136 0.099 0.033