# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 351 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.535 0.238 0.127 0.068 0.025 0.007 0.001 2 Y 0.189 0.199 0.168 0.223 0.157 0.056 0.008 3 V 0.147 0.127 0.142 0.178 0.195 0.155 0.057 4 A 0.115 0.070 0.060 0.104 0.178 0.290 0.182 5 T 0.077 0.120 0.143 0.178 0.152 0.184 0.146 6 G 0.056 0.067 0.105 0.158 0.152 0.219 0.242 7 H 0.064 0.083 0.111 0.174 0.234 0.234 0.100 8 Y 0.031 0.042 0.084 0.171 0.278 0.310 0.085 9 A 0.019 0.022 0.047 0.123 0.235 0.423 0.130 10 R 0.032 0.090 0.171 0.290 0.304 0.106 0.007 11 V 0.067 0.176 0.212 0.244 0.223 0.074 0.004 12 A 0.115 0.222 0.245 0.244 0.135 0.037 0.002 13 R 0.145 0.233 0.267 0.254 0.085 0.015 0.001 14 D 0.681 0.238 0.059 0.018 0.004 0.001 0.001 15 E 0.815 0.121 0.044 0.016 0.003 0.001 0.001 16 D 0.898 0.080 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 17 G 0.728 0.206 0.051 0.013 0.002 0.001 0.001 18 T 0.448 0.368 0.131 0.044 0.008 0.001 0.001 19 V 0.077 0.183 0.221 0.293 0.182 0.042 0.002 20 H 0.046 0.164 0.289 0.324 0.146 0.030 0.001 21 M 0.022 0.025 0.057 0.169 0.327 0.357 0.043 22 L 0.041 0.093 0.143 0.260 0.291 0.157 0.017 23 R 0.065 0.130 0.177 0.234 0.212 0.151 0.032 24 G 0.098 0.152 0.157 0.218 0.213 0.136 0.026 25 V 0.178 0.302 0.225 0.159 0.088 0.041 0.008 26 D 0.124 0.154 0.182 0.246 0.197 0.086 0.011 27 N 0.239 0.259 0.185 0.151 0.102 0.056 0.009 28 G 0.332 0.250 0.175 0.129 0.072 0.035 0.008 29 K 0.089 0.132 0.155 0.207 0.228 0.152 0.038 30 D 0.034 0.062 0.101 0.176 0.287 0.271 0.068 31 Q 0.026 0.045 0.071 0.155 0.245 0.334 0.123 32 T 0.054 0.090 0.111 0.162 0.198 0.273 0.112 33 Y 0.037 0.045 0.074 0.141 0.210 0.307 0.186 34 F 0.019 0.024 0.031 0.076 0.204 0.406 0.238 35 L 0.038 0.037 0.067 0.149 0.225 0.353 0.131 36 S 0.061 0.137 0.142 0.197 0.199 0.203 0.062 37 Q 0.074 0.149 0.215 0.252 0.184 0.110 0.017 38 L 0.022 0.050 0.100 0.243 0.374 0.194 0.017 39 S 0.275 0.384 0.209 0.102 0.026 0.004 0.001 40 Q 0.499 0.328 0.123 0.041 0.008 0.001 0.001 41 E 0.494 0.354 0.112 0.031 0.008 0.002 0.001 42 Q 0.091 0.149 0.207 0.292 0.206 0.052 0.003 43 L 0.054 0.101 0.197 0.288 0.269 0.086 0.005 44 Q 0.185 0.339 0.225 0.149 0.073 0.025 0.003 45 K 0.091 0.190 0.244 0.249 0.148 0.067 0.010 46 T 0.033 0.054 0.084 0.167 0.270 0.320 0.073 47 M 0.054 0.093 0.140 0.227 0.248 0.181 0.057 48 F 0.211 0.142 0.132 0.146 0.165 0.148 0.057 49 P 0.235 0.230 0.177 0.152 0.108 0.077 0.021 50 L 0.228 0.158 0.165 0.202 0.140 0.089 0.018 51 G 0.265 0.229 0.171 0.177 0.110 0.040 0.007 52 H 0.496 0.322 0.122 0.043 0.012 0.003 0.001 53 L 0.097 0.154 0.224 0.281 0.183 0.056 0.005 54 E 0.228 0.416 0.210 0.108 0.032 0.006 0.001 55 K 0.050 0.168 0.321 0.317 0.122 0.020 0.001 56 P 0.532 0.372 0.082 0.011 0.002 0.001 0.001 57 E 0.062 0.269 0.306 0.246 0.102 0.014 0.001 58 V 0.009 0.025 0.074 0.229 0.434 0.220 0.008 59 R 0.042 0.244 0.335 0.287 0.082 0.009 0.001 60 R 0.194 0.606 0.163 0.032 0.005 0.001 0.001 61 L 0.009 0.049 0.235 0.496 0.195 0.017 0.001 62 A 0.046 0.088 0.116 0.307 0.366 0.077 0.001 63 E 0.333 0.443 0.175 0.044 0.005 0.001 0.001 64 E 0.481 0.388 0.100 0.026 0.004 0.001 0.001 65 A 0.120 0.258 0.304 0.221 0.084 0.013 0.001 66 G 0.328 0.396 0.187 0.068 0.018 0.003 0.001 67 L 0.225 0.179 0.214 0.229 0.119 0.031 0.002 68 S 0.355 0.323 0.166 0.105 0.043 0.008 0.001 69 T 0.226 0.269 0.244 0.171 0.072 0.016 0.001 70 A 0.187 0.176 0.183 0.241 0.165 0.045 0.004 71 K 0.375 0.369 0.161 0.071 0.019 0.004 0.001 72 K 0.201 0.252 0.199 0.200 0.114 0.030 0.005 73 K 0.253 0.326 0.219 0.135 0.049 0.015 0.002 74 D 0.227 0.282 0.208 0.158 0.089 0.031 0.004 75 S 0.071 0.108 0.164 0.252 0.250 0.139 0.016 76 T 0.098 0.187 0.201 0.240 0.184 0.082 0.008 77 G 0.076 0.223 0.277 0.230 0.125 0.059 0.010 78 I 0.010 0.029 0.058 0.159 0.343 0.351 0.049 79 C 0.009 0.037 0.105 0.243 0.299 0.260 0.047 80 F 0.007 0.019 0.040 0.114 0.244 0.469 0.106 81 I 0.009 0.024 0.052 0.127 0.317 0.407 0.063 82 G 0.056 0.190 0.263 0.315 0.138 0.035 0.003 83 E 0.234 0.429 0.235 0.078 0.019 0.004 0.001 84 K 0.430 0.348 0.151 0.052 0.015 0.004 0.001 85 N 0.150 0.476 0.260 0.091 0.020 0.003 0.001 86 F 0.014 0.044 0.149 0.319 0.382 0.089 0.003 87 K 0.159 0.434 0.282 0.101 0.021 0.003 0.001 88 N 0.165 0.587 0.208 0.035 0.004 0.001 0.001 89 F 0.009 0.047 0.159 0.362 0.363 0.059 0.001 90 L 0.016 0.045 0.140 0.344 0.351 0.102 0.003 91 S 0.308 0.463 0.167 0.051 0.009 0.002 0.001 92 N 0.232 0.470 0.230 0.055 0.011 0.002 0.001 93 Y 0.030 0.096 0.207 0.331 0.258 0.075 0.004 94 L 0.067 0.137 0.244 0.305 0.190 0.054 0.003 95 P 0.489 0.336 0.116 0.046 0.011 0.001 0.001 96 A 0.219 0.294 0.247 0.172 0.058 0.009 0.001 97 Q 0.384 0.330 0.176 0.086 0.021 0.003 0.001 98 P 0.339 0.330 0.184 0.103 0.037 0.007 0.001 99 G 0.114 0.154 0.194 0.277 0.212 0.045 0.002 100 R 0.094 0.326 0.359 0.169 0.046 0.006 0.001 101 M 0.016 0.039 0.093 0.293 0.392 0.161 0.006 102 M 0.112 0.298 0.301 0.209 0.071 0.010 0.001 103 T 0.292 0.316 0.212 0.128 0.044 0.008 0.001 104 V 0.333 0.271 0.197 0.143 0.048 0.008 0.001 105 D 0.688 0.215 0.060 0.025 0.009 0.002 0.001 106 G 0.578 0.246 0.108 0.052 0.014 0.002 0.001 107 R 0.512 0.354 0.100 0.029 0.005 0.001 0.001 108 D 0.207 0.286 0.217 0.186 0.086 0.017 0.001 109 M 0.103 0.157 0.244 0.300 0.157 0.037 0.001 110 G 0.279 0.285 0.168 0.148 0.093 0.026 0.002 111 E 0.198 0.299 0.269 0.181 0.043 0.009 0.001 112 H 0.077 0.092 0.113 0.213 0.325 0.163 0.017 113 A 0.191 0.299 0.253 0.165 0.068 0.021 0.003 114 G 0.271 0.184 0.162 0.174 0.117 0.078 0.014 115 L 0.229 0.119 0.114 0.145 0.176 0.182 0.035 116 M 0.265 0.158 0.127 0.151 0.166 0.114 0.019 117 Y 0.216 0.173 0.146 0.160 0.153 0.112 0.040 118 Y 0.102 0.088 0.098 0.154 0.178 0.242 0.137 119 T 0.071 0.073 0.068 0.145 0.192 0.274 0.176 120 I 0.116 0.092 0.132 0.177 0.207 0.188 0.089 121 G 0.237 0.132 0.122 0.145 0.172 0.137 0.056 122 Q 0.168 0.091 0.091 0.130 0.170 0.252 0.097 123 R 0.095 0.075 0.105 0.205 0.235 0.211 0.074 124 G 0.188 0.212 0.204 0.164 0.119 0.085 0.029 125 G 0.208 0.158 0.122 0.161 0.166 0.135 0.049 126 L 0.096 0.092 0.103 0.152 0.202 0.255 0.101 127 G 0.254 0.187 0.133 0.157 0.135 0.108 0.026 128 I 0.207 0.104 0.114 0.137 0.165 0.195 0.080 129 G 0.232 0.195 0.153 0.173 0.140 0.089 0.018 130 G 0.275 0.195 0.170 0.175 0.120 0.055 0.009 131 Q 0.324 0.220 0.171 0.153 0.092 0.036 0.005 132 H 0.360 0.321 0.178 0.094 0.035 0.010 0.001 133 G 0.294 0.289 0.207 0.136 0.055 0.018 0.002 134 G 0.153 0.172 0.191 0.229 0.168 0.077 0.009 135 D 0.090 0.110 0.161 0.238 0.235 0.148 0.018 136 N 0.102 0.105 0.149 0.222 0.237 0.162 0.023 137 A 0.081 0.106 0.142 0.218 0.257 0.170 0.026 138 P 0.114 0.181 0.217 0.219 0.161 0.093 0.015 139 W 0.105 0.116 0.158 0.246 0.241 0.121 0.012 140 F 0.247 0.285 0.241 0.153 0.059 0.014 0.001 141 V 0.357 0.230 0.200 0.139 0.059 0.013 0.001 142 V 0.463 0.218 0.145 0.113 0.050 0.010 0.001 143 G 0.754 0.179 0.050 0.014 0.003 0.001 0.001 144 K 0.673 0.216 0.078 0.026 0.005 0.001 0.001 145 D 0.646 0.229 0.082 0.034 0.008 0.001 0.001 146 L 0.450 0.226 0.171 0.116 0.033 0.004 0.001 147 S 0.804 0.146 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 148 K 0.792 0.142 0.042 0.017 0.005 0.001 0.001