# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7818 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.022 0.023 0.003 0.034 0.026 0.051 0.126 0.002 0.001 0.159 0.553 2 Y 0.010 0.079 0.003 0.055 0.125 0.193 0.093 0.005 0.001 0.107 0.330 3 V 0.044 0.045 0.003 0.063 0.122 0.158 0.067 0.003 0.001 0.161 0.332 4 A 0.010 0.040 0.006 0.110 0.187 0.228 0.063 0.002 0.002 0.072 0.279 5 T 0.038 0.076 0.002 0.055 0.130 0.319 0.056 0.006 0.001 0.075 0.241 6 G 0.055 0.057 0.009 0.064 0.157 0.214 0.064 0.006 0.004 0.055 0.315 7 H 0.015 0.041 0.002 0.045 0.229 0.398 0.054 0.004 0.001 0.028 0.184 8 Y 0.025 0.045 0.003 0.037 0.170 0.351 0.062 0.004 0.001 0.048 0.255 9 A 0.017 0.014 0.005 0.060 0.352 0.291 0.045 0.003 0.002 0.034 0.177 10 R 0.035 0.023 0.003 0.047 0.166 0.347 0.061 0.005 0.001 0.048 0.266 11 V 0.028 0.008 0.001 0.044 0.190 0.275 0.047 0.002 0.001 0.046 0.359 12 A 0.018 0.013 0.007 0.048 0.132 0.258 0.083 0.001 0.003 0.056 0.379 13 R 0.013 0.005 0.012 0.020 0.074 0.130 0.077 0.004 0.007 0.030 0.626 14 D 0.559 0.003 0.003 0.005 0.023 0.027 0.034 0.007 0.004 0.062 0.273 15 E 0.138 0.003 0.001 0.005 0.006 0.009 0.067 0.004 0.001 0.051 0.715 16 D 0.009 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.097 0.001 0.001 0.011 0.861 17 G 0.004 0.007 0.001 0.028 0.119 0.155 0.119 0.002 0.001 0.033 0.531 18 T 0.005 0.007 0.001 0.036 0.213 0.285 0.075 0.002 0.001 0.063 0.313 19 V 0.002 0.012 0.001 0.073 0.320 0.306 0.030 0.001 0.001 0.036 0.218 20 H 0.005 0.009 0.001 0.082 0.290 0.395 0.032 0.001 0.001 0.051 0.132 21 M 0.012 0.010 0.001 0.101 0.263 0.304 0.036 0.002 0.001 0.061 0.208 22 L 0.023 0.007 0.001 0.131 0.214 0.299 0.044 0.002 0.001 0.071 0.207 23 R 0.024 0.006 0.002 0.089 0.215 0.250 0.074 0.002 0.001 0.053 0.285 24 G 0.023 0.008 0.003 0.082 0.134 0.199 0.101 0.003 0.003 0.035 0.408 25 V 0.112 0.025 0.003 0.038 0.083 0.070 0.099 0.010 0.003 0.051 0.506 26 D 0.231 0.025 0.003 0.032 0.033 0.039 0.117 0.008 0.002 0.059 0.452 27 N 0.036 0.043 0.002 0.030 0.009 0.028 0.119 0.004 0.001 0.035 0.693 28 G 0.146 0.016 0.005 0.028 0.024 0.039 0.116 0.002 0.002 0.112 0.508 29 K 0.023 0.068 0.002 0.047 0.059 0.083 0.148 0.007 0.001 0.080 0.482 30 D 0.078 0.147 0.002 0.021 0.021 0.042 0.130 0.005 0.001 0.056 0.497 31 Q 0.022 0.228 0.003 0.057 0.106 0.152 0.087 0.009 0.001 0.087 0.248 32 T 0.010 0.062 0.001 0.026 0.046 0.123 0.073 0.002 0.001 0.400 0.256 33 Y 0.007 0.204 0.009 0.046 0.188 0.179 0.038 0.004 0.002 0.146 0.179 34 F 0.054 0.294 0.009 0.045 0.060 0.109 0.046 0.013 0.002 0.106 0.263 35 L 0.037 0.060 0.006 0.025 0.088 0.090 0.034 0.005 0.002 0.508 0.145 36 S 0.046 0.208 0.003 0.032 0.034 0.057 0.080 0.006 0.002 0.130 0.402 37 Q 0.115 0.258 0.019 0.019 0.019 0.030 0.074 0.016 0.007 0.113 0.331 38 L 0.021 0.334 0.008 0.021 0.017 0.015 0.080 0.011 0.005 0.049 0.439 39 S 0.018 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.003 0.062 40 Q 0.026 0.911 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.006 0.033 41 E 0.050 0.721 0.007 0.002 0.001 0.001 0.017 0.009 0.004 0.086 0.103 42 Q 0.076 0.158 0.018 0.003 0.001 0.002 0.037 0.006 0.007 0.555 0.136 43 L 0.135 0.310 0.029 0.010 0.002 0.004 0.063 0.036 0.010 0.221 0.180 44 Q 0.181 0.136 0.015 0.020 0.003 0.009 0.083 0.017 0.006 0.067 0.464 45 K 0.067 0.040 0.003 0.030 0.010 0.025 0.101 0.003 0.001 0.081 0.639 46 T 0.018 0.042 0.001 0.029 0.015 0.051 0.128 0.003 0.001 0.062 0.651 47 M 0.042 0.030 0.019 0.036 0.015 0.035 0.128 0.007 0.007 0.077 0.604 48 F 0.186 0.017 0.011 0.038 0.027 0.038 0.112 0.017 0.007 0.085 0.461 49 P 0.257 0.029 0.002 0.015 0.004 0.011 0.069 0.004 0.002 0.039 0.567 50 L 0.160 0.016 0.004 0.024 0.008 0.016 0.105 0.008 0.002 0.049 0.607 51 G 0.045 0.011 0.002 0.027 0.010 0.026 0.115 0.007 0.001 0.035 0.721 52 H 0.060 0.007 0.001 0.023 0.031 0.042 0.115 0.003 0.001 0.031 0.686 53 L 0.020 0.019 0.001 0.043 0.053 0.037 0.115 0.002 0.001 0.030 0.681 54 E 0.015 0.162 0.001 0.011 0.017 0.015 0.091 0.004 0.001 0.032 0.651 55 K 0.026 0.717 0.001 0.004 0.010 0.007 0.033 0.012 0.001 0.025 0.165 56 P 0.012 0.916 0.001 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.014 0.040 57 E 0.002 0.904 0.001 0.008 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.050 0.024 58 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 59 R 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 60 R 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 61 L 0.004 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.024 0.009 62 A 0.006 0.013 0.556 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.364 0.047 0.006 63 E 0.810 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.002 0.026 0.092 64 E 0.025 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.001 0.002 0.022 0.908 65 A 0.020 0.019 0.005 0.010 0.001 0.002 0.108 0.001 0.001 0.028 0.806 66 G 0.009 0.025 0.001 0.014 0.011 0.030 0.106 0.006 0.001 0.057 0.741 67 L 0.089 0.034 0.002 0.009 0.013 0.015 0.110 0.007 0.001 0.036 0.683 68 S 0.105 0.130 0.002 0.102 0.028 0.060 0.093 0.011 0.001 0.067 0.401 69 T 0.152 0.037 0.001 0.029 0.017 0.047 0.095 0.003 0.001 0.050 0.567 70 A 0.014 0.018 0.003 0.139 0.043 0.079 0.133 0.005 0.001 0.026 0.537 71 K 0.050 0.020 0.003 0.071 0.028 0.047 0.099 0.004 0.002 0.040 0.634 72 K 0.126 0.009 0.007 0.063 0.051 0.046 0.089 0.005 0.003 0.104 0.497 73 K 0.024 0.001 0.003 0.027 0.012 0.026 0.102 0.001 0.002 0.036 0.765 74 D 0.090 0.003 0.002 0.026 0.032 0.057 0.114 0.005 0.001 0.073 0.597 75 S 0.083 0.006 0.001 0.030 0.014 0.022 0.147 0.003 0.001 0.086 0.608 76 T 0.006 0.002 0.001 0.037 0.041 0.091 0.162 0.003 0.001 0.065 0.592 77 G 0.002 0.002 0.001 0.092 0.104 0.267 0.082 0.001 0.001 0.090 0.359 78 I 0.003 0.002 0.001 0.163 0.189 0.240 0.057 0.001 0.001 0.066 0.278 79 C 0.002 0.001 0.001 0.222 0.248 0.307 0.036 0.001 0.001 0.046 0.137 80 F 0.011 0.002 0.001 0.151 0.207 0.329 0.037 0.001 0.001 0.071 0.190 81 I 0.078 0.010 0.002 0.156 0.085 0.159 0.098 0.006 0.002 0.081 0.323 82 G 0.220 0.090 0.002 0.027 0.016 0.024 0.088 0.009 0.003 0.053 0.469 83 E 0.149 0.079 0.002 0.011 0.009 0.015 0.081 0.004 0.001 0.026 0.623 84 K 0.010 0.039 0.001 0.017 0.021 0.026 0.108 0.003 0.001 0.049 0.725 85 N 0.019 0.696 0.002 0.007 0.015 0.012 0.034 0.004 0.001 0.068 0.142 86 F 0.026 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.003 0.033 87 K 0.059 0.435 0.002 0.004 0.009 0.013 0.018 0.006 0.001 0.315 0.138 88 N 0.016 0.572 0.012 0.004 0.004 0.007 0.021 0.003 0.005 0.255 0.102 89 F 0.188 0.508 0.043 0.005 0.004 0.008 0.033 0.050 0.013 0.064 0.084 90 L 0.209 0.278 0.087 0.013 0.010 0.016 0.031 0.058 0.056 0.040 0.203 91 S 0.175 0.018 0.001 0.003 0.005 0.008 0.086 0.002 0.001 0.015 0.687 92 N 0.018 0.011 0.001 0.018 0.007 0.022 0.112 0.006 0.001 0.033 0.772 93 Y 0.032 0.016 0.003 0.022 0.004 0.012 0.172 0.003 0.001 0.036 0.698 94 L 0.060 0.003 0.001 0.026 0.045 0.061 0.123 0.004 0.001 0.065 0.611 95 P 0.008 0.002 0.002 0.021 0.012 0.024 0.127 0.001 0.001 0.030 0.773 96 A 0.082 0.003 0.004 0.021 0.021 0.034 0.118 0.007 0.003 0.050 0.658 97 Q 0.426 0.005 0.002 0.014 0.006 0.008 0.098 0.009 0.001 0.094 0.337 98 P 0.020 0.002 0.001 0.015 0.005 0.021 0.135 0.003 0.001 0.049 0.749 99 G 0.008 0.003 0.001 0.035 0.021 0.092 0.100 0.002 0.001 0.053 0.685 100 R 0.004 0.001 0.001 0.059 0.242 0.303 0.052 0.001 0.001 0.054 0.284 101 M 0.003 0.001 0.001 0.042 0.179 0.283 0.051 0.001 0.001 0.043 0.396 102 M 0.001 0.001 0.001 0.055 0.293 0.319 0.050 0.001 0.001 0.028 0.251 103 T 0.350 0.004 0.003 0.023 0.075 0.096 0.051 0.006 0.004 0.075 0.312 104 V 0.405 0.002 0.001 0.011 0.010 0.013 0.061 0.007 0.001 0.083 0.407 105 D 0.005 0.001 0.001 0.007 0.006 0.022 0.086 0.001 0.001 0.018 0.854 106 G 0.011 0.003 0.002 0.040 0.037 0.102 0.116 0.001 0.001 0.041 0.648 107 R 0.007 0.003 0.001 0.022 0.315 0.201 0.064 0.002 0.001 0.053 0.333 108 D 0.010 0.005 0.001 0.043 0.199 0.264 0.053 0.001 0.001 0.071 0.354 109 M 0.008 0.008 0.002 0.065 0.162 0.228 0.088 0.001 0.001 0.056 0.381 110 G 0.021 0.004 0.003 0.059 0.200 0.298 0.076 0.002 0.002 0.067 0.269 111 E 0.098 0.007 0.001 0.043 0.101 0.187 0.088 0.006 0.001 0.114 0.352 112 H 0.173 0.008 0.002 0.039 0.058 0.114 0.115 0.004 0.002 0.068 0.417 113 A 0.018 0.003 0.002 0.036 0.067 0.172 0.136 0.002 0.001 0.040 0.523 114 G 0.006 0.003 0.001 0.035 0.151 0.282 0.118 0.002 0.001 0.040 0.363 115 L 0.005 0.003 0.001 0.072 0.254 0.267 0.081 0.001 0.001 0.074 0.242 116 M 0.001 0.003 0.001 0.109 0.259 0.380 0.041 0.001 0.001 0.055 0.151 117 Y 0.003 0.003 0.001 0.073 0.252 0.441 0.031 0.001 0.001 0.043 0.153 118 Y 0.003 0.004 0.001 0.087 0.329 0.352 0.025 0.001 0.001 0.033 0.166 119 T 0.017 0.017 0.001 0.046 0.264 0.431 0.029 0.002 0.001 0.063 0.129 120 I 0.030 0.020 0.006 0.083 0.181 0.277 0.072 0.004 0.005 0.097 0.226 121 G 0.065 0.007 0.019 0.057 0.120 0.178 0.087 0.006 0.015 0.087 0.359 122 Q 0.328 0.009 0.002 0.029 0.081 0.094 0.071 0.011 0.001 0.098 0.276 123 R 0.086 0.005 0.001 0.034 0.021 0.042 0.116 0.003 0.001 0.047 0.644 124 G 0.010 0.004 0.001 0.058 0.023 0.059 0.122 0.002 0.001 0.035 0.685 125 G 0.018 0.003 0.001 0.037 0.090 0.109 0.144 0.003 0.001 0.092 0.503 126 L 0.009 0.002 0.001 0.063 0.064 0.068 0.157 0.002 0.001 0.042 0.591 127 G 0.073 0.013 0.001 0.101 0.050 0.095 0.148 0.006 0.001 0.113 0.398 128 I 0.117 0.010 0.001 0.060 0.020 0.042 0.138 0.002 0.001 0.132 0.476 129 G 0.012 0.006 0.002 0.065 0.018 0.068 0.200 0.002 0.001 0.060 0.564 130 G 0.076 0.006 0.006 0.028 0.028 0.058 0.130 0.004 0.004 0.081 0.578 131 Q 0.299 0.005 0.002 0.014 0.016 0.021 0.098 0.008 0.001 0.105 0.433 132 H 0.089 0.002 0.001 0.007 0.004 0.008 0.104 0.002 0.001 0.047 0.734 133 G 0.021 0.001 0.001 0.006 0.006 0.017 0.102 0.002 0.001 0.031 0.813 134 G 0.033 0.001 0.001 0.004 0.018 0.018 0.122 0.002 0.001 0.026 0.776 135 D 0.010 0.001 0.001 0.012 0.057 0.058 0.135 0.003 0.001 0.021 0.705 136 N 0.027 0.002 0.001 0.022 0.021 0.034 0.128 0.001 0.001 0.032 0.733 137 A 0.012 0.001 0.001 0.033 0.113 0.098 0.181 0.010 0.001 0.047 0.506 138 P 0.006 0.003 0.001 0.150 0.064 0.107 0.137 0.002 0.001 0.030 0.500 139 W 0.002 0.002 0.001 0.255 0.160 0.338 0.040 0.001 0.001 0.040 0.162 140 F 0.004 0.001 0.001 0.304 0.179 0.233 0.037 0.001 0.001 0.053 0.189 141 V 0.008 0.003 0.001 0.267 0.200 0.252 0.045 0.001 0.001 0.040 0.183 142 V 0.031 0.004 0.001 0.191 0.126 0.208 0.065 0.002 0.001 0.075 0.297 143 G 0.038 0.003 0.002 0.093 0.072 0.114 0.110 0.001 0.001 0.065 0.499 144 K 0.007 0.001 0.001 0.043 0.056 0.111 0.140 0.004 0.001 0.031 0.606 145 D 0.251 0.012 0.003 0.026 0.034 0.041 0.104 0.006 0.003 0.070 0.451 146 L 0.143 0.007 0.003 0.017 0.018 0.020 0.094 0.006 0.001 0.072 0.618 147 S 0.032 0.004 0.001 0.005 0.008 0.015 0.097 0.003 0.001 0.021 0.813 148 K 0.043 0.007 0.001 0.012 0.023 0.033 0.126 0.006 0.001 0.033 0.715