# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7818 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.024 0.001 0.004 0.035 0.037 0.044 0.103 0.001 0.001 0.005 0.747 2 Y 0.045 0.001 0.004 0.055 0.031 0.035 0.087 0.001 0.001 0.007 0.734 3 V 0.038 0.001 0.002 0.114 0.069 0.111 0.178 0.001 0.001 0.008 0.478 4 A 0.026 0.003 0.001 0.248 0.123 0.164 0.136 0.001 0.001 0.007 0.292 5 T 0.021 0.005 0.001 0.147 0.062 0.124 0.175 0.001 0.001 0.006 0.458 6 G 0.058 0.009 0.002 0.206 0.116 0.175 0.100 0.001 0.001 0.015 0.319 7 H 0.030 0.011 0.002 0.125 0.103 0.181 0.208 0.001 0.001 0.013 0.326 8 Y 0.022 0.010 0.003 0.087 0.138 0.267 0.099 0.001 0.001 0.009 0.365 9 A 0.018 0.019 0.002 0.110 0.227 0.405 0.048 0.001 0.001 0.005 0.166 10 R 0.016 0.027 0.002 0.069 0.223 0.387 0.044 0.001 0.001 0.004 0.226 11 V 0.032 0.032 0.004 0.040 0.219 0.324 0.029 0.002 0.001 0.003 0.313 12 A 0.023 0.017 0.003 0.036 0.266 0.373 0.025 0.003 0.001 0.002 0.251 13 R 0.021 0.009 0.003 0.029 0.210 0.365 0.049 0.003 0.001 0.004 0.307 14 D 0.034 0.011 0.003 0.040 0.211 0.212 0.133 0.004 0.001 0.006 0.345 15 E 0.034 0.010 0.003 0.016 0.037 0.041 0.142 0.002 0.001 0.009 0.705 16 D 0.062 0.008 0.002 0.008 0.013 0.018 0.386 0.002 0.001 0.033 0.468 17 G 0.419 0.008 0.007 0.008 0.011 0.010 0.234 0.002 0.001 0.093 0.209 18 T 0.290 0.018 0.032 0.021 0.021 0.021 0.315 0.001 0.001 0.038 0.243 19 V 0.025 0.009 0.024 0.080 0.158 0.167 0.180 0.001 0.001 0.008 0.350 20 H 0.003 0.003 0.001 0.115 0.233 0.512 0.058 0.001 0.001 0.001 0.073 21 M 0.002 0.005 0.001 0.071 0.266 0.552 0.017 0.001 0.001 0.001 0.085 22 L 0.001 0.007 0.001 0.093 0.274 0.575 0.010 0.001 0.001 0.001 0.040 23 R 0.009 0.010 0.001 0.079 0.225 0.379 0.043 0.002 0.001 0.002 0.250 24 G 0.028 0.008 0.004 0.139 0.189 0.268 0.038 0.003 0.001 0.006 0.318 25 V 0.011 0.005 0.004 0.130 0.153 0.283 0.120 0.003 0.001 0.006 0.285 26 D 0.037 0.006 0.002 0.049 0.091 0.108 0.261 0.003 0.001 0.011 0.432 27 N 0.036 0.005 0.004 0.015 0.013 0.017 0.084 0.001 0.001 0.008 0.816 28 G 0.045 0.004 0.001 0.007 0.009 0.012 0.588 0.001 0.001 0.029 0.305 29 K 0.440 0.010 0.007 0.006 0.004 0.005 0.257 0.001 0.001 0.058 0.210 30 D 0.110 0.075 0.009 0.016 0.014 0.018 0.231 0.002 0.001 0.016 0.508 31 Q 0.089 0.055 0.008 0.031 0.066 0.078 0.227 0.002 0.001 0.026 0.418 32 T 0.132 0.086 0.010 0.043 0.088 0.175 0.143 0.002 0.001 0.014 0.308 33 Y 0.020 0.061 0.005 0.069 0.250 0.297 0.056 0.002 0.001 0.003 0.238 34 F 0.014 0.074 0.003 0.058 0.201 0.376 0.058 0.001 0.001 0.003 0.211 35 L 0.012 0.085 0.002 0.123 0.209 0.434 0.031 0.002 0.001 0.002 0.099 36 S 0.017 0.193 0.002 0.237 0.088 0.233 0.058 0.007 0.001 0.003 0.163 37 Q 0.128 0.189 0.008 0.093 0.033 0.062 0.075 0.024 0.001 0.009 0.380 38 L 0.161 0.213 0.041 0.103 0.054 0.092 0.142 0.016 0.001 0.014 0.163 39 S 0.043 0.107 0.015 0.029 0.018 0.028 0.302 0.011 0.001 0.005 0.443 40 Q 0.007 0.052 0.006 0.008 0.004 0.004 0.049 0.002 0.001 0.002 0.867 41 E 0.012 0.086 0.002 0.001 0.002 0.003 0.394 0.001 0.001 0.010 0.490 42 Q 0.070 0.172 0.001 0.002 0.006 0.008 0.590 0.007 0.001 0.014 0.129 43 L 0.053 0.874 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.054 44 Q 0.024 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 45 K 0.082 0.783 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.036 0.001 0.001 0.087 46 T 0.293 0.498 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.137 0.001 0.001 0.059 47 M 0.248 0.435 0.135 0.006 0.005 0.005 0.008 0.051 0.001 0.001 0.105 48 F 0.061 0.150 0.081 0.076 0.065 0.107 0.050 0.024 0.001 0.001 0.384 49 P 0.003 0.002 0.002 0.008 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 50 L 0.033 0.010 0.003 0.087 0.033 0.087 0.115 0.001 0.001 0.003 0.628 51 G 0.271 0.019 0.002 0.062 0.018 0.026 0.074 0.002 0.001 0.008 0.517 52 H 0.232 0.034 0.003 0.045 0.013 0.014 0.079 0.002 0.001 0.004 0.575 53 L 0.105 0.017 0.008 0.073 0.020 0.040 0.075 0.001 0.001 0.004 0.658 54 E 0.076 0.015 0.004 0.071 0.024 0.065 0.131 0.002 0.001 0.004 0.608 55 K 0.073 0.011 0.008 0.026 0.007 0.031 0.075 0.001 0.001 0.003 0.766 56 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.985 57 E 0.012 0.006 0.001 0.008 0.003 0.005 0.227 0.001 0.001 0.001 0.738 58 V 0.097 0.205 0.001 0.008 0.003 0.011 0.109 0.001 0.001 0.003 0.563 59 R 0.021 0.852 0.001 0.004 0.002 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 0.094 60 R 0.021 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.106 61 L 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 62 A 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 63 E 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 64 E 0.045 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 65 A 0.085 0.822 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 0.019 66 G 0.520 0.217 0.020 0.001 0.001 0.001 0.004 0.156 0.001 0.002 0.080 67 L 0.004 0.008 0.926 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.057 68 S 0.003 0.018 0.002 0.068 0.010 0.012 0.078 0.004 0.001 0.001 0.804 69 T 0.142 0.038 0.005 0.038 0.003 0.005 0.046 0.002 0.001 0.004 0.719 70 A 0.100 0.328 0.004 0.081 0.016 0.034 0.113 0.003 0.001 0.005 0.317 71 K 0.096 0.155 0.003 0.051 0.021 0.048 0.228 0.006 0.001 0.010 0.381 72 K 0.245 0.175 0.004 0.030 0.014 0.020 0.028 0.005 0.001 0.003 0.475 73 K 0.084 0.280 0.005 0.022 0.033 0.041 0.036 0.007 0.001 0.003 0.489 74 D 0.089 0.261 0.004 0.018 0.042 0.051 0.080 0.020 0.001 0.007 0.427 75 S 0.265 0.266 0.008 0.012 0.025 0.034 0.053 0.023 0.001 0.007 0.307 76 T 0.236 0.243 0.017 0.018 0.032 0.036 0.082 0.021 0.001 0.012 0.304 77 G 0.213 0.065 0.033 0.029 0.049 0.063 0.146 0.012 0.001 0.023 0.367 78 I 0.132 0.044 0.111 0.091 0.128 0.152 0.111 0.005 0.001 0.012 0.215 79 C 0.012 0.025 0.009 0.221 0.218 0.268 0.065 0.002 0.001 0.002 0.178 80 F 0.010 0.017 0.003 0.170 0.174 0.270 0.036 0.001 0.001 0.002 0.316 81 I 0.010 0.013 0.001 0.164 0.200 0.369 0.039 0.001 0.001 0.002 0.201 82 G 0.010 0.007 0.002 0.057 0.072 0.150 0.065 0.001 0.001 0.003 0.634 83 E 0.038 0.009 0.003 0.056 0.034 0.080 0.135 0.002 0.001 0.011 0.632 84 K 0.073 0.011 0.005 0.034 0.015 0.032 0.197 0.002 0.001 0.016 0.615 85 N 0.056 0.018 0.003 0.015 0.013 0.014 0.237 0.002 0.001 0.007 0.637 86 F 0.076 0.057 0.006 0.014 0.012 0.023 0.145 0.001 0.001 0.009 0.657 87 K 0.029 0.178 0.002 0.013 0.011 0.027 0.165 0.001 0.001 0.005 0.568 88 N 0.048 0.198 0.001 0.002 0.006 0.008 0.154 0.002 0.001 0.004 0.577 89 F 0.089 0.665 0.002 0.003 0.007 0.011 0.053 0.002 0.001 0.003 0.165 90 L 0.023 0.876 0.001 0.004 0.009 0.016 0.020 0.003 0.001 0.001 0.048 91 S 0.029 0.847 0.001 0.002 0.006 0.008 0.008 0.008 0.001 0.001 0.089 92 N 0.134 0.744 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.021 0.001 0.001 0.086 93 Y 0.354 0.490 0.020 0.002 0.002 0.002 0.006 0.052 0.001 0.001 0.069 94 L 0.309 0.224 0.109 0.013 0.012 0.013 0.023 0.048 0.001 0.002 0.246 95 P 0.005 0.003 0.011 0.005 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.966 96 A 0.063 0.005 0.005 0.029 0.008 0.016 0.040 0.005 0.001 0.001 0.827 97 Q 0.414 0.005 0.003 0.028 0.009 0.010 0.046 0.003 0.001 0.003 0.479 98 P 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.984 99 G 0.016 0.001 0.001 0.134 0.038 0.076 0.210 0.001 0.001 0.004 0.520 100 R 0.373 0.001 0.002 0.103 0.022 0.032 0.068 0.001 0.001 0.014 0.384 101 M 0.044 0.007 0.002 0.138 0.111 0.130 0.060 0.001 0.001 0.003 0.504 102 M 0.012 0.002 0.001 0.213 0.203 0.290 0.057 0.001 0.001 0.002 0.219 103 T 0.020 0.003 0.001 0.201 0.190 0.225 0.090 0.001 0.001 0.004 0.266 104 V 0.008 0.003 0.001 0.068 0.098 0.135 0.083 0.001 0.001 0.004 0.599 105 D 0.010 0.002 0.001 0.021 0.029 0.063 0.442 0.001 0.001 0.013 0.420 106 G 0.337 0.004 0.002 0.019 0.012 0.015 0.204 0.001 0.001 0.119 0.288 107 R 0.249 0.020 0.014 0.017 0.018 0.015 0.418 0.001 0.001 0.040 0.209 108 D 0.036 0.016 0.007 0.020 0.044 0.050 0.341 0.001 0.001 0.009 0.476 109 M 0.027 0.023 0.004 0.045 0.107 0.193 0.106 0.001 0.001 0.005 0.490 110 G 0.025 0.018 0.001 0.017 0.128 0.214 0.143 0.001 0.001 0.006 0.447 111 E 0.052 0.023 0.002 0.007 0.087 0.148 0.094 0.001 0.001 0.007 0.578 112 H 0.054 0.035 0.002 0.019 0.098 0.176 0.113 0.003 0.001 0.008 0.492 113 A 0.062 0.026 0.005 0.029 0.051 0.090 0.108 0.003 0.001 0.013 0.613 114 G 0.108 0.028 0.007 0.056 0.093 0.097 0.121 0.006 0.001 0.018 0.465 115 L 0.151 0.040 0.039 0.071 0.071 0.128 0.094 0.002 0.001 0.014 0.389 116 M 0.014 0.027 0.004 0.127 0.193 0.261 0.068 0.001 0.001 0.002 0.302 117 Y 0.018 0.027 0.003 0.141 0.168 0.334 0.044 0.001 0.001 0.003 0.261 118 Y 0.018 0.045 0.003 0.172 0.192 0.325 0.042 0.001 0.001 0.003 0.198 119 T 0.014 0.053 0.003 0.146 0.175 0.274 0.074 0.001 0.001 0.002 0.257 120 I 0.008 0.038 0.001 0.075 0.121 0.178 0.053 0.001 0.001 0.002 0.523 121 G 0.019 0.049 0.001 0.067 0.103 0.255 0.148 0.003 0.001 0.009 0.346 122 Q 0.143 0.108 0.008 0.032 0.057 0.090 0.124 0.006 0.001 0.019 0.413 123 R 0.156 0.196 0.015 0.019 0.037 0.056 0.065 0.006 0.001 0.009 0.442 124 G 0.069 0.101 0.007 0.032 0.087 0.103 0.066 0.010 0.001 0.006 0.518 125 G 0.191 0.040 0.012 0.018 0.055 0.058 0.053 0.010 0.001 0.009 0.554 126 L 0.070 0.032 0.089 0.049 0.068 0.120 0.046 0.003 0.001 0.005 0.518 127 G 0.010 0.008 0.003 0.080 0.115 0.144 0.098 0.002 0.001 0.002 0.538 128 I 0.063 0.009 0.006 0.073 0.075 0.116 0.061 0.001 0.001 0.006 0.590 129 G 0.012 0.008 0.002 0.076 0.053 0.107 0.090 0.001 0.001 0.002 0.648 130 G 0.041 0.005 0.002 0.074 0.041 0.066 0.155 0.002 0.001 0.011 0.603 131 Q 0.154 0.010 0.006 0.042 0.023 0.036 0.128 0.001 0.001 0.012 0.588 132 H 0.018 0.008 0.002 0.029 0.034 0.044 0.092 0.001 0.001 0.003 0.769 133 G 0.051 0.007 0.001 0.031 0.023 0.036 0.099 0.001 0.001 0.007 0.744 134 G 0.267 0.010 0.004 0.014 0.018 0.023 0.111 0.002 0.001 0.014 0.537 135 D 0.076 0.007 0.008 0.013 0.011 0.016 0.072 0.001 0.001 0.004 0.790 136 N 0.029 0.003 0.003 0.020 0.019 0.035 0.081 0.001 0.001 0.005 0.803 137 A 0.170 0.006 0.004 0.060 0.056 0.083 0.138 0.001 0.001 0.014 0.468 138 P 0.009 0.002 0.002 0.014 0.008 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 0.937 139 W 0.021 0.003 0.001 0.177 0.153 0.311 0.113 0.001 0.001 0.006 0.215 140 F 0.063 0.008 0.002 0.274 0.156 0.228 0.058 0.001 0.001 0.005 0.206 141 V 0.011 0.020 0.001 0.292 0.209 0.283 0.024 0.001 0.001 0.001 0.158 142 V 0.006 0.011 0.001 0.239 0.198 0.382 0.032 0.001 0.001 0.001 0.127 143 G 0.021 0.012 0.001 0.175 0.168 0.294 0.052 0.002 0.001 0.004 0.270 144 K 0.016 0.009 0.006 0.104 0.099 0.180 0.072 0.002 0.001 0.005 0.506 145 D 0.019 0.005 0.002 0.036 0.055 0.084 0.264 0.002 0.001 0.008 0.524 146 L 0.082 0.009 0.005 0.032 0.028 0.037 0.126 0.001 0.001 0.021 0.659 147 S 0.064 0.022 0.003 0.017 0.024 0.031 0.417 0.002 0.001 0.018 0.402 148 K 0.168 0.028 0.004 0.009 0.012 0.016 0.209 0.002 0.001 0.024 0.529