# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7818 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.986 2 Y 0.310 0.069 0.010 0.014 0.013 0.017 0.567 3 V 0.604 0.036 0.015 0.019 0.051 0.025 0.250 4 A 0.602 0.021 0.013 0.014 0.057 0.027 0.266 5 T 0.543 0.017 0.013 0.026 0.100 0.038 0.264 6 G 0.446 0.006 0.015 0.021 0.241 0.074 0.197 7 H 0.616 0.007 0.021 0.039 0.099 0.068 0.150 8 Y 0.748 0.017 0.016 0.032 0.045 0.034 0.108 9 A 0.853 0.005 0.008 0.017 0.014 0.012 0.090 10 R 0.915 0.007 0.004 0.013 0.010 0.009 0.042 11 V 0.927 0.007 0.002 0.014 0.008 0.007 0.035 12 A 0.890 0.006 0.002 0.012 0.021 0.010 0.060 13 R 0.730 0.033 0.005 0.017 0.050 0.034 0.131 14 D 0.306 0.014 0.012 0.008 0.102 0.074 0.484 15 E 0.043 0.006 0.033 0.008 0.149 0.698 0.063 16 D 0.007 0.001 0.012 0.001 0.130 0.820 0.029 17 G 0.048 0.002 0.010 0.002 0.538 0.203 0.196 18 T 0.419 0.039 0.003 0.003 0.062 0.018 0.455 19 V 0.892 0.022 0.001 0.001 0.012 0.002 0.070 20 H 0.953 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.036 21 M 0.973 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.018 22 L 0.953 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.034 23 R 0.915 0.004 0.003 0.005 0.014 0.007 0.052 24 G 0.765 0.006 0.005 0.006 0.036 0.025 0.158 25 V 0.554 0.039 0.010 0.009 0.089 0.067 0.233 26 D 0.207 0.024 0.016 0.007 0.189 0.063 0.494 27 N 0.028 0.005 0.026 0.007 0.171 0.679 0.085 28 G 0.014 0.004 0.017 0.005 0.199 0.657 0.104 29 K 0.062 0.025 0.010 0.018 0.301 0.054 0.531 30 D 0.095 0.047 0.006 0.042 0.050 0.030 0.729 31 Q 0.179 0.024 0.021 0.310 0.068 0.040 0.358 32 T 0.269 0.011 0.025 0.483 0.052 0.022 0.138 33 Y 0.302 0.006 0.026 0.600 0.020 0.020 0.027 34 F 0.340 0.009 0.019 0.567 0.012 0.023 0.030 35 L 0.335 0.015 0.071 0.413 0.025 0.063 0.078 36 S 0.200 0.004 0.087 0.262 0.106 0.266 0.075 37 Q 0.159 0.011 0.061 0.163 0.158 0.255 0.194 38 L 0.088 0.039 0.005 0.043 0.294 0.020 0.511 39 S 0.017 0.013 0.002 0.018 0.037 0.006 0.908 40 Q 0.001 0.001 0.047 0.909 0.004 0.032 0.006 41 E 0.001 0.001 0.046 0.926 0.003 0.022 0.003 42 Q 0.001 0.001 0.075 0.903 0.001 0.015 0.005 43 L 0.001 0.001 0.025 0.943 0.003 0.022 0.005 44 Q 0.002 0.001 0.029 0.863 0.006 0.091 0.007 45 K 0.003 0.002 0.056 0.593 0.023 0.304 0.019 46 T 0.014 0.009 0.048 0.383 0.068 0.369 0.109 47 M 0.058 0.048 0.044 0.101 0.256 0.244 0.248 48 F 0.060 0.019 0.031 0.036 0.346 0.037 0.472 49 P 0.061 0.033 0.051 0.028 0.110 0.106 0.611 50 L 0.011 0.011 0.354 0.107 0.061 0.189 0.266 51 G 0.012 0.005 0.330 0.088 0.135 0.251 0.179 52 H 0.014 0.008 0.306 0.058 0.110 0.250 0.254 53 L 0.033 0.028 0.038 0.043 0.190 0.054 0.614 54 E 0.021 0.023 0.013 0.044 0.094 0.048 0.757 55 K 0.006 0.005 0.012 0.420 0.134 0.019 0.403 56 P 0.001 0.001 0.009 0.956 0.005 0.014 0.015 57 E 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.007 0.004 58 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.002 0.003 59 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 64 E 0.001 0.001 0.002 0.953 0.002 0.042 0.001 65 A 0.001 0.001 0.002 0.378 0.005 0.611 0.003 66 G 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.929 0.039 67 L 0.004 0.003 0.003 0.002 0.028 0.005 0.955 68 S 0.079 0.033 0.055 0.012 0.037 0.014 0.770 69 T 0.241 0.040 0.133 0.024 0.147 0.047 0.368 70 A 0.206 0.020 0.080 0.015 0.170 0.044 0.465 71 K 0.210 0.039 0.043 0.013 0.138 0.051 0.506 72 K 0.110 0.020 0.072 0.028 0.144 0.037 0.589 73 K 0.065 0.014 0.194 0.036 0.121 0.242 0.327 74 D 0.051 0.010 0.202 0.018 0.133 0.291 0.295 75 S 0.172 0.038 0.127 0.013 0.165 0.141 0.344 76 T 0.165 0.019 0.068 0.007 0.216 0.292 0.233 77 G 0.379 0.005 0.038 0.005 0.183 0.173 0.216 78 I 0.825 0.017 0.006 0.003 0.015 0.006 0.127 79 C 0.905 0.018 0.004 0.003 0.007 0.006 0.058 80 F 0.860 0.018 0.006 0.003 0.026 0.013 0.074 81 I 0.549 0.024 0.009 0.004 0.090 0.043 0.282 82 G 0.176 0.018 0.015 0.004 0.272 0.142 0.374 83 E 0.048 0.019 0.074 0.039 0.263 0.234 0.323 84 K 0.021 0.012 0.069 0.141 0.361 0.177 0.219 85 N 0.027 0.047 0.053 0.166 0.143 0.142 0.422 86 F 0.004 0.003 0.054 0.851 0.008 0.037 0.044 87 K 0.002 0.001 0.043 0.914 0.006 0.018 0.017 88 N 0.002 0.001 0.035 0.937 0.004 0.012 0.009 89 F 0.001 0.001 0.027 0.949 0.003 0.014 0.005 90 L 0.003 0.001 0.025 0.937 0.005 0.022 0.007 91 S 0.003 0.001 0.058 0.828 0.007 0.098 0.006 92 N 0.003 0.001 0.054 0.596 0.009 0.323 0.014 93 Y 0.008 0.007 0.075 0.338 0.077 0.406 0.089 94 L 0.019 0.015 0.012 0.035 0.489 0.040 0.390 95 P 0.055 0.031 0.013 0.006 0.140 0.069 0.686 96 A 0.073 0.057 0.011 0.005 0.240 0.053 0.561 97 Q 0.069 0.017 0.004 0.001 0.251 0.025 0.632 98 P 0.031 0.007 0.029 0.004 0.220 0.460 0.249 99 G 0.081 0.006 0.036 0.005 0.280 0.386 0.206 100 R 0.399 0.019 0.028 0.006 0.104 0.022 0.423 101 M 0.857 0.019 0.003 0.003 0.016 0.005 0.096 102 M 0.886 0.040 0.003 0.003 0.013 0.003 0.051 103 T 0.658 0.015 0.003 0.002 0.016 0.006 0.300 104 V 0.266 0.009 0.030 0.009 0.154 0.335 0.197 105 D 0.044 0.006 0.016 0.003 0.100 0.783 0.048 106 G 0.094 0.004 0.026 0.004 0.294 0.423 0.156 107 R 0.274 0.026 0.012 0.006 0.095 0.034 0.553 108 D 0.726 0.078 0.009 0.006 0.042 0.017 0.122 109 M 0.722 0.015 0.023 0.016 0.057 0.034 0.134 110 G 0.552 0.012 0.030 0.024 0.092 0.075 0.216 111 E 0.474 0.021 0.024 0.022 0.093 0.065 0.301 112 H 0.370 0.028 0.023 0.023 0.127 0.073 0.356 113 A 0.207 0.009 0.027 0.033 0.186 0.347 0.191 114 G 0.186 0.007 0.023 0.026 0.291 0.279 0.188 115 L 0.494 0.019 0.013 0.039 0.105 0.033 0.296 116 M 0.798 0.025 0.006 0.028 0.034 0.013 0.096 117 Y 0.815 0.010 0.007 0.040 0.029 0.020 0.079 118 Y 0.690 0.015 0.009 0.066 0.046 0.027 0.148 119 T 0.478 0.022 0.010 0.082 0.047 0.037 0.325 120 I 0.265 0.010 0.050 0.172 0.097 0.255 0.151 121 G 0.229 0.014 0.072 0.163 0.113 0.248 0.161 122 Q 0.174 0.025 0.105 0.204 0.112 0.144 0.236 123 R 0.146 0.044 0.095 0.204 0.115 0.233 0.162 124 G 0.077 0.015 0.076 0.150 0.081 0.509 0.092 125 G 0.070 0.014 0.076 0.073 0.127 0.414 0.225 126 L 0.106 0.040 0.078 0.057 0.170 0.217 0.332 127 G 0.131 0.051 0.049 0.031 0.159 0.196 0.383 128 I 0.121 0.073 0.062 0.028 0.164 0.158 0.395 129 G 0.084 0.038 0.046 0.017 0.180 0.273 0.362 130 G 0.044 0.028 0.058 0.010 0.226 0.243 0.391 131 Q 0.042 0.036 0.048 0.008 0.187 0.157 0.522 132 H 0.026 0.035 0.061 0.009 0.200 0.364 0.305 133 G 0.015 0.018 0.052 0.008 0.254 0.396 0.256 134 G 0.017 0.011 0.055 0.006 0.242 0.320 0.350 135 D 0.029 0.020 0.040 0.004 0.259 0.334 0.314 136 N 0.060 0.029 0.029 0.002 0.329 0.258 0.293 137 A 0.127 0.013 0.004 0.001 0.322 0.014 0.520 138 P 0.344 0.012 0.005 0.001 0.048 0.008 0.582 139 W 0.866 0.011 0.005 0.002 0.029 0.009 0.078 140 F 0.953 0.004 0.003 0.003 0.006 0.004 0.026 141 V 0.959 0.005 0.002 0.004 0.003 0.003 0.025 142 V 0.889 0.007 0.003 0.005 0.011 0.025 0.061 143 G 0.478 0.006 0.013 0.005 0.121 0.120 0.257 144 K 0.298 0.016 0.015 0.007 0.230 0.063 0.371 145 D 0.217 0.042 0.021 0.006 0.114 0.053 0.547 146 L 0.058 0.020 0.097 0.028 0.144 0.185 0.468 147 S 0.027 0.012 0.071 0.032 0.042 0.266 0.551 148 K 0.004 0.001 0.007 0.004 0.019 0.006 0.959