# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7818 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.061 0.103 0.050 0.044 0.110 0.040 0.127 0.197 0.125 0.105 0.039 2 Y 0.186 0.190 0.059 0.016 0.309 0.010 0.018 0.045 0.036 0.059 0.071 3 V 0.236 0.150 0.026 0.007 0.334 0.012 0.025 0.036 0.038 0.056 0.079 4 A 0.264 0.100 0.061 0.025 0.265 0.016 0.020 0.032 0.027 0.082 0.108 5 T 0.065 0.175 0.131 0.076 0.111 0.039 0.054 0.102 0.071 0.140 0.035 6 G 0.056 0.120 0.149 0.139 0.092 0.059 0.032 0.120 0.088 0.107 0.039 7 H 0.138 0.133 0.062 0.027 0.249 0.024 0.037 0.163 0.065 0.052 0.050 8 Y 0.204 0.116 0.031 0.015 0.232 0.012 0.020 0.104 0.065 0.121 0.080 9 A 0.261 0.130 0.026 0.005 0.441 0.005 0.009 0.036 0.021 0.024 0.042 10 R 0.253 0.163 0.027 0.003 0.424 0.007 0.021 0.040 0.020 0.018 0.024 11 V 0.307 0.134 0.024 0.005 0.400 0.008 0.013 0.024 0.010 0.020 0.054 12 A 0.171 0.248 0.051 0.007 0.428 0.008 0.011 0.022 0.008 0.017 0.027 13 R 0.080 0.294 0.035 0.020 0.409 0.017 0.014 0.046 0.025 0.042 0.017 14 D 0.052 0.104 0.595 0.030 0.046 0.005 0.010 0.095 0.034 0.008 0.020 15 E 0.002 0.005 0.011 0.034 0.002 0.078 0.178 0.564 0.112 0.012 0.002 16 D 0.001 0.694 0.213 0.065 0.015 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 17 G 0.018 0.005 0.005 0.008 0.004 0.004 0.001 0.004 0.008 0.615 0.330 18 T 0.055 0.426 0.090 0.007 0.319 0.006 0.011 0.044 0.017 0.015 0.009 19 V 0.426 0.053 0.007 0.001 0.451 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.046 20 H 0.183 0.237 0.049 0.010 0.445 0.009 0.012 0.016 0.006 0.010 0.022 21 M 0.354 0.136 0.036 0.006 0.386 0.003 0.005 0.018 0.003 0.009 0.044 22 L 0.225 0.134 0.052 0.028 0.296 0.041 0.054 0.064 0.015 0.027 0.064 23 R 0.146 0.218 0.109 0.031 0.261 0.018 0.021 0.039 0.025 0.063 0.068 24 G 0.156 0.214 0.090 0.025 0.301 0.014 0.019 0.082 0.028 0.034 0.035 25 V 0.093 0.135 0.078 0.060 0.120 0.084 0.072 0.112 0.079 0.090 0.078 26 D 0.198 0.138 0.075 0.037 0.293 0.018 0.033 0.056 0.034 0.044 0.074 27 N 0.017 0.107 0.086 0.070 0.041 0.049 0.065 0.207 0.218 0.120 0.018 28 G 0.032 0.058 0.049 0.034 0.042 0.019 0.038 0.121 0.112 0.436 0.060 29 K 0.052 0.211 0.101 0.037 0.126 0.067 0.105 0.147 0.067 0.059 0.028 30 D 0.214 0.138 0.039 0.009 0.276 0.007 0.016 0.074 0.025 0.076 0.125 31 Q 0.126 0.066 0.010 0.004 0.191 0.006 0.010 0.289 0.164 0.087 0.047 32 T 0.048 0.028 0.006 0.011 0.085 0.020 0.060 0.603 0.097 0.028 0.013 33 Y 0.098 0.077 0.016 0.006 0.239 0.005 0.014 0.438 0.063 0.030 0.014 34 F 0.101 0.062 0.011 0.005 0.197 0.006 0.024 0.494 0.049 0.025 0.028 35 L 0.098 0.049 0.009 0.005 0.114 0.006 0.018 0.391 0.143 0.109 0.057 36 S 0.013 0.092 0.030 0.010 0.044 0.028 0.107 0.441 0.175 0.049 0.010 37 Q 0.091 0.055 0.017 0.002 0.062 0.003 0.031 0.124 0.094 0.438 0.082 38 L 0.049 0.532 0.142 0.008 0.212 0.003 0.004 0.010 0.006 0.019 0.016 39 S 0.012 0.583 0.320 0.004 0.069 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.003 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.659 0.332 0.003 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.862 0.123 0.009 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.816 0.133 0.046 0.001 43 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.785 0.171 0.027 0.002 44 Q 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.009 0.046 0.730 0.180 0.024 0.001 45 K 0.009 0.010 0.003 0.001 0.014 0.004 0.068 0.412 0.206 0.264 0.008 46 T 0.105 0.155 0.017 0.003 0.273 0.005 0.033 0.168 0.082 0.121 0.038 47 M 0.184 0.072 0.017 0.010 0.219 0.014 0.048 0.117 0.088 0.143 0.090 48 F 0.093 0.300 0.185 0.031 0.232 0.012 0.031 0.059 0.017 0.015 0.025 49 P 0.114 0.256 0.157 0.028 0.225 0.016 0.029 0.073 0.025 0.034 0.043 50 L 0.034 0.079 0.038 0.040 0.056 0.046 0.097 0.229 0.222 0.134 0.026 51 G 0.008 0.063 0.134 0.293 0.019 0.087 0.032 0.152 0.121 0.081 0.012 52 H 0.061 0.047 0.040 0.011 0.080 0.035 0.083 0.149 0.150 0.275 0.069 53 L 0.043 0.101 0.036 0.009 0.097 0.006 0.050 0.338 0.177 0.098 0.046 54 E 0.017 0.183 0.110 0.012 0.048 0.007 0.017 0.066 0.101 0.423 0.016 55 K 0.017 0.088 0.086 0.011 0.051 0.003 0.005 0.629 0.101 0.004 0.006 56 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.912 0.071 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.032 0.010 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.038 0.008 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.008 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.876 0.119 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.885 0.053 0.003 0.001 65 A 0.001 0.731 0.237 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 G 0.073 0.003 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.007 0.371 0.526 67 L 0.116 0.365 0.096 0.005 0.312 0.004 0.006 0.026 0.017 0.022 0.031 68 S 0.095 0.107 0.043 0.036 0.198 0.046 0.071 0.195 0.089 0.057 0.062 69 T 0.145 0.169 0.082 0.015 0.197 0.015 0.029 0.092 0.110 0.093 0.055 70 A 0.129 0.131 0.037 0.015 0.227 0.018 0.041 0.180 0.099 0.072 0.051 71 K 0.076 0.150 0.089 0.040 0.143 0.022 0.038 0.113 0.084 0.177 0.068 72 K 0.068 0.266 0.136 0.043 0.194 0.015 0.021 0.099 0.066 0.055 0.037 73 K 0.059 0.144 0.048 0.027 0.110 0.061 0.099 0.216 0.158 0.055 0.023 74 D 0.135 0.051 0.031 0.015 0.089 0.016 0.058 0.118 0.111 0.243 0.133 75 S 0.262 0.082 0.037 0.023 0.234 0.026 0.039 0.047 0.045 0.095 0.109 76 T 0.015 0.082 0.048 0.161 0.039 0.126 0.174 0.146 0.096 0.096 0.017 77 G 0.070 0.064 0.098 0.112 0.079 0.032 0.014 0.024 0.044 0.374 0.090 78 I 0.257 0.133 0.022 0.003 0.524 0.003 0.003 0.008 0.006 0.008 0.033 79 C 0.199 0.141 0.029 0.005 0.503 0.004 0.007 0.013 0.009 0.020 0.070 80 F 0.206 0.191 0.147 0.023 0.268 0.008 0.010 0.011 0.009 0.049 0.076 81 I 0.078 0.217 0.169 0.131 0.141 0.053 0.059 0.052 0.024 0.040 0.035 82 G 0.025 0.205 0.295 0.135 0.058 0.053 0.029 0.062 0.042 0.065 0.031 83 E 0.047 0.070 0.044 0.025 0.091 0.024 0.035 0.316 0.177 0.126 0.044 84 K 0.018 0.103 0.063 0.039 0.066 0.062 0.076 0.354 0.100 0.094 0.023 85 N 0.110 0.096 0.044 0.007 0.086 0.004 0.012 0.299 0.055 0.188 0.099 86 F 0.008 0.005 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 0.745 0.177 0.044 0.007 87 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.903 0.076 0.004 0.001 88 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.939 0.042 0.005 0.001 89 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.925 0.052 0.009 0.001 90 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.717 0.211 0.059 0.003 91 S 0.002 0.009 0.003 0.003 0.003 0.015 0.056 0.685 0.214 0.009 0.001 92 N 0.003 0.005 0.004 0.004 0.005 0.010 0.201 0.582 0.115 0.067 0.005 93 Y 0.027 0.013 0.008 0.007 0.025 0.032 0.193 0.167 0.139 0.356 0.032 94 L 0.103 0.313 0.102 0.008 0.244 0.005 0.020 0.097 0.043 0.033 0.031 95 P 0.036 0.200 0.150 0.066 0.109 0.048 0.039 0.167 0.095 0.069 0.021 96 A 0.115 0.164 0.096 0.013 0.211 0.010 0.037 0.084 0.067 0.145 0.057 97 Q 0.022 0.352 0.426 0.034 0.111 0.010 0.010 0.018 0.005 0.006 0.005 98 P 0.069 0.097 0.046 0.054 0.088 0.056 0.272 0.105 0.072 0.093 0.048 99 G 0.037 0.122 0.208 0.225 0.068 0.067 0.017 0.013 0.037 0.153 0.053 100 R 0.157 0.205 0.042 0.004 0.473 0.006 0.009 0.015 0.021 0.034 0.035 101 M 0.263 0.158 0.029 0.001 0.469 0.001 0.003 0.005 0.005 0.016 0.051 102 M 0.087 0.371 0.035 0.003 0.470 0.003 0.003 0.005 0.004 0.006 0.013 103 T 0.273 0.197 0.157 0.003 0.320 0.001 0.002 0.008 0.004 0.005 0.031 104 V 0.028 0.019 0.021 0.162 0.019 0.247 0.121 0.257 0.087 0.021 0.017 105 D 0.002 0.243 0.203 0.390 0.017 0.043 0.059 0.025 0.010 0.008 0.001 106 G 0.027 0.017 0.035 0.062 0.013 0.011 0.003 0.010 0.026 0.596 0.201 107 R 0.023 0.465 0.133 0.012 0.189 0.009 0.022 0.074 0.052 0.019 0.004 108 D 0.465 0.081 0.020 0.003 0.279 0.004 0.009 0.023 0.011 0.017 0.089 109 M 0.055 0.139 0.089 0.141 0.101 0.103 0.098 0.073 0.079 0.086 0.036 110 G 0.101 0.151 0.160 0.126 0.148 0.048 0.021 0.048 0.034 0.098 0.065 111 E 0.234 0.140 0.064 0.022 0.248 0.022 0.032 0.077 0.036 0.062 0.063 112 H 0.175 0.145 0.126 0.065 0.178 0.035 0.031 0.068 0.028 0.074 0.075 113 A 0.047 0.095 0.070 0.122 0.067 0.083 0.165 0.131 0.085 0.098 0.037 114 G 0.049 0.095 0.155 0.233 0.072 0.071 0.019 0.040 0.044 0.170 0.052 115 L 0.131 0.277 0.029 0.008 0.360 0.009 0.015 0.061 0.039 0.042 0.028 116 M 0.340 0.074 0.010 0.005 0.444 0.005 0.011 0.026 0.012 0.015 0.058 117 Y 0.201 0.110 0.024 0.017 0.469 0.020 0.034 0.042 0.025 0.029 0.030 118 Y 0.188 0.223 0.048 0.013 0.412 0.008 0.016 0.037 0.011 0.012 0.031 119 T 0.241 0.185 0.057 0.012 0.358 0.007 0.011 0.034 0.009 0.023 0.063 120 I 0.053 0.057 0.018 0.043 0.078 0.088 0.154 0.163 0.183 0.120 0.043 121 G 0.089 0.164 0.124 0.094 0.139 0.033 0.026 0.077 0.078 0.115 0.062 122 Q 0.117 0.141 0.067 0.031 0.171 0.028 0.051 0.159 0.093 0.084 0.058 123 R 0.101 0.110 0.051 0.080 0.149 0.073 0.103 0.155 0.080 0.057 0.041 124 G 0.018 0.077 0.116 0.215 0.027 0.123 0.115 0.120 0.091 0.072 0.025 125 G 0.035 0.061 0.092 0.147 0.044 0.054 0.055 0.116 0.087 0.251 0.057 126 L 0.070 0.297 0.096 0.042 0.148 0.053 0.077 0.063 0.061 0.052 0.041 127 G 0.116 0.102 0.113 0.085 0.122 0.034 0.024 0.043 0.035 0.181 0.145 128 I 0.162 0.087 0.043 0.026 0.163 0.036 0.049 0.088 0.113 0.141 0.091 129 G 0.030 0.083 0.106 0.177 0.051 0.086 0.090 0.093 0.102 0.140 0.042 130 G 0.036 0.076 0.142 0.172 0.050 0.044 0.028 0.072 0.090 0.241 0.049 131 Q 0.107 0.136 0.093 0.044 0.148 0.042 0.071 0.128 0.089 0.093 0.050 132 H 0.046 0.138 0.140 0.114 0.088 0.085 0.079 0.077 0.062 0.118 0.053 133 G 0.042 0.081 0.144 0.280 0.046 0.093 0.075 0.048 0.041 0.098 0.050 134 G 0.046 0.054 0.095 0.115 0.042 0.056 0.031 0.056 0.090 0.332 0.083 135 D 0.071 0.144 0.061 0.052 0.134 0.067 0.130 0.125 0.097 0.080 0.039 136 N 0.053 0.031 0.037 0.031 0.040 0.019 0.024 0.046 0.099 0.514 0.106 137 A 0.028 0.361 0.320 0.050 0.137 0.013 0.012 0.026 0.017 0.025 0.009 138 P 0.263 0.183 0.030 0.003 0.422 0.002 0.004 0.014 0.013 0.019 0.046 139 W 0.230 0.123 0.021 0.009 0.510 0.014 0.014 0.018 0.013 0.012 0.036 140 F 0.169 0.198 0.028 0.002 0.572 0.001 0.003 0.007 0.002 0.005 0.014 141 V 0.438 0.076 0.019 0.005 0.364 0.004 0.007 0.011 0.002 0.008 0.065 142 V 0.083 0.108 0.047 0.089 0.152 0.093 0.142 0.114 0.049 0.076 0.048 143 G 0.148 0.148 0.107 0.049 0.226 0.021 0.015 0.045 0.038 0.124 0.077 144 K 0.075 0.278 0.084 0.027 0.239 0.032 0.039 0.082 0.058 0.051 0.034 145 D 0.368 0.065 0.019 0.001 0.421 0.001 0.003 0.008 0.004 0.015 0.094 146 L 0.046 0.040 0.009 0.006 0.051 0.007 0.012 0.214 0.439 0.146 0.031 147 S 0.014 0.041 0.026 0.025 0.031 0.058 0.154 0.358 0.202 0.082 0.009 148 K 0.062 0.123 0.074 0.027 0.098 0.018 0.043 0.206 0.127 0.179 0.045