# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7818 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.480 0.263 0.138 0.071 0.032 0.013 0.003 2 Y 0.141 0.151 0.196 0.215 0.175 0.101 0.021 3 V 0.078 0.084 0.123 0.186 0.223 0.219 0.088 4 A 0.029 0.048 0.062 0.095 0.159 0.315 0.293 5 T 0.013 0.026 0.042 0.073 0.131 0.288 0.428 6 G 0.013 0.030 0.052 0.096 0.174 0.315 0.320 7 H 0.007 0.020 0.043 0.090 0.181 0.373 0.285 8 Y 0.003 0.011 0.031 0.088 0.201 0.408 0.258 9 A 0.003 0.007 0.013 0.044 0.168 0.505 0.261 10 R 0.011 0.048 0.119 0.250 0.319 0.221 0.031 11 V 0.018 0.066 0.141 0.272 0.317 0.170 0.017 12 A 0.048 0.179 0.284 0.292 0.152 0.042 0.003 13 R 0.168 0.309 0.279 0.180 0.055 0.010 0.001 14 D 0.609 0.269 0.082 0.030 0.008 0.002 0.001 15 E 0.742 0.180 0.053 0.019 0.005 0.001 0.001 16 D 0.735 0.198 0.049 0.014 0.003 0.001 0.001 17 G 0.286 0.350 0.235 0.104 0.023 0.003 0.001 18 T 0.191 0.309 0.257 0.162 0.067 0.013 0.001 19 V 0.032 0.063 0.127 0.265 0.333 0.168 0.011 20 H 0.030 0.082 0.194 0.294 0.251 0.136 0.014 21 M 0.034 0.040 0.052 0.102 0.220 0.422 0.131 22 L 0.032 0.066 0.111 0.210 0.260 0.257 0.065 23 R 0.040 0.123 0.177 0.205 0.191 0.188 0.076 24 G 0.028 0.046 0.077 0.173 0.266 0.303 0.107 25 V 0.045 0.133 0.193 0.251 0.201 0.145 0.032 26 D 0.084 0.139 0.169 0.213 0.202 0.150 0.043 27 N 0.324 0.288 0.173 0.116 0.060 0.030 0.009 28 G 0.336 0.263 0.176 0.126 0.063 0.028 0.008 29 K 0.106 0.158 0.186 0.218 0.186 0.122 0.025 30 D 0.072 0.102 0.118 0.170 0.228 0.239 0.071 31 Q 0.053 0.070 0.099 0.162 0.210 0.280 0.125 32 T 0.092 0.091 0.117 0.187 0.205 0.225 0.084 33 Y 0.076 0.067 0.083 0.132 0.197 0.288 0.156 34 F 0.091 0.064 0.071 0.116 0.189 0.327 0.143 35 L 0.065 0.054 0.067 0.105 0.182 0.361 0.166 36 S 0.088 0.113 0.140 0.197 0.214 0.198 0.050 37 Q 0.165 0.191 0.200 0.209 0.152 0.074 0.010 38 L 0.095 0.093 0.174 0.273 0.229 0.124 0.012 39 S 0.402 0.339 0.159 0.067 0.023 0.009 0.001 40 Q 0.429 0.304 0.160 0.079 0.023 0.004 0.001 41 E 0.668 0.242 0.059 0.021 0.007 0.002 0.001 42 Q 0.184 0.260 0.245 0.208 0.085 0.017 0.001 43 L 0.066 0.063 0.120 0.283 0.327 0.133 0.008 44 Q 0.342 0.358 0.193 0.084 0.020 0.003 0.001 45 K 0.333 0.331 0.204 0.094 0.029 0.009 0.001 46 T 0.120 0.113 0.147 0.221 0.235 0.152 0.014 47 M 0.155 0.139 0.166 0.221 0.187 0.115 0.017 48 F 0.198 0.143 0.145 0.169 0.157 0.148 0.039 49 P 0.263 0.212 0.174 0.156 0.105 0.076 0.015 50 L 0.197 0.128 0.134 0.175 0.172 0.143 0.052 51 G 0.293 0.216 0.169 0.149 0.098 0.061 0.013 52 H 0.312 0.298 0.182 0.119 0.058 0.026 0.005 53 L 0.188 0.195 0.200 0.209 0.141 0.058 0.009 54 E 0.183 0.416 0.253 0.110 0.030 0.007 0.001 55 K 0.027 0.125 0.258 0.333 0.194 0.058 0.004 56 P 0.450 0.375 0.115 0.041 0.014 0.004 0.001 57 E 0.054 0.410 0.367 0.144 0.022 0.002 0.001 58 V 0.001 0.004 0.019 0.167 0.517 0.283 0.009 59 R 0.014 0.205 0.453 0.275 0.051 0.004 0.001 60 R 0.244 0.644 0.100 0.011 0.001 0.001 0.001 61 L 0.011 0.088 0.339 0.442 0.112 0.008 0.001 62 A 0.008 0.015 0.057 0.295 0.506 0.119 0.001 63 E 0.325 0.507 0.141 0.024 0.002 0.001 0.001 64 E 0.699 0.257 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 65 A 0.106 0.240 0.375 0.225 0.048 0.006 0.001 66 G 0.300 0.332 0.231 0.106 0.027 0.003 0.001 67 L 0.161 0.144 0.173 0.253 0.203 0.063 0.003 68 S 0.353 0.318 0.193 0.094 0.031 0.010 0.001 69 T 0.366 0.278 0.164 0.112 0.056 0.023 0.002 70 A 0.264 0.160 0.165 0.211 0.141 0.055 0.005 71 K 0.394 0.332 0.154 0.082 0.030 0.008 0.001 72 K 0.226 0.263 0.224 0.175 0.079 0.029 0.004 73 K 0.371 0.257 0.154 0.117 0.066 0.029 0.006 74 D 0.297 0.259 0.196 0.142 0.070 0.029 0.005 75 S 0.161 0.166 0.178 0.192 0.165 0.118 0.020 76 T 0.156 0.203 0.195 0.198 0.143 0.082 0.021 77 G 0.073 0.145 0.189 0.213 0.191 0.148 0.041 78 I 0.015 0.026 0.048 0.120 0.254 0.408 0.129 79 C 0.016 0.045 0.101 0.190 0.248 0.300 0.100 80 F 0.021 0.039 0.067 0.138 0.245 0.379 0.112 81 I 0.046 0.090 0.153 0.274 0.276 0.144 0.017 82 G 0.092 0.246 0.293 0.248 0.102 0.019 0.001 83 E 0.289 0.392 0.203 0.089 0.023 0.004 0.001 84 K 0.454 0.347 0.132 0.052 0.014 0.003 0.001 85 N 0.231 0.386 0.246 0.107 0.025 0.004 0.001 86 F 0.020 0.051 0.143 0.341 0.344 0.100 0.002 87 K 0.078 0.295 0.343 0.205 0.065 0.012 0.001 88 N 0.203 0.480 0.228 0.071 0.015 0.002 0.001 89 F 0.012 0.036 0.106 0.309 0.380 0.152 0.005 90 L 0.021 0.046 0.113 0.289 0.381 0.145 0.004 91 S 0.206 0.436 0.256 0.087 0.013 0.001 0.001 92 N 0.232 0.424 0.234 0.091 0.016 0.002 0.001 93 Y 0.020 0.068 0.171 0.337 0.296 0.105 0.003 94 L 0.051 0.130 0.230 0.303 0.213 0.070 0.003 95 P 0.513 0.329 0.109 0.039 0.008 0.001 0.001 96 A 0.421 0.293 0.162 0.092 0.027 0.005 0.001 97 Q 0.414 0.340 0.166 0.062 0.015 0.003 0.001 98 P 0.402 0.317 0.169 0.081 0.025 0.005 0.001 99 G 0.168 0.191 0.226 0.235 0.141 0.036 0.002 100 R 0.225 0.338 0.253 0.133 0.043 0.008 0.001 101 M 0.095 0.112 0.180 0.290 0.242 0.077 0.004 102 M 0.163 0.254 0.272 0.207 0.084 0.019 0.001 103 T 0.307 0.342 0.217 0.101 0.028 0.005 0.001 104 V 0.315 0.258 0.211 0.152 0.053 0.010 0.001 105 D 0.703 0.200 0.060 0.026 0.008 0.002 0.001 106 G 0.637 0.210 0.090 0.045 0.014 0.003 0.001 107 R 0.587 0.272 0.098 0.034 0.007 0.001 0.001 108 D 0.390 0.304 0.180 0.093 0.028 0.005 0.001 109 M 0.223 0.254 0.223 0.174 0.092 0.032 0.003 110 G 0.199 0.199 0.213 0.217 0.132 0.038 0.003 111 E 0.227 0.337 0.260 0.132 0.037 0.006 0.001 112 H 0.117 0.107 0.153 0.259 0.258 0.097 0.009 113 A 0.336 0.345 0.201 0.085 0.025 0.007 0.001 114 G 0.227 0.197 0.176 0.180 0.133 0.076 0.011 115 L 0.136 0.157 0.159 0.217 0.192 0.119 0.020 116 M 0.074 0.119 0.155 0.215 0.210 0.175 0.052 117 Y 0.089 0.097 0.137 0.188 0.203 0.210 0.075 118 Y 0.052 0.065 0.095 0.154 0.205 0.287 0.142 119 T 0.067 0.080 0.107 0.144 0.179 0.276 0.148 120 I 0.059 0.085 0.113 0.184 0.210 0.251 0.097 121 G 0.044 0.063 0.065 0.120 0.208 0.316 0.184 122 Q 0.079 0.141 0.169 0.227 0.204 0.147 0.034 123 R 0.047 0.138 0.220 0.246 0.207 0.117 0.025 124 G 0.164 0.254 0.231 0.172 0.101 0.057 0.021 125 G 0.138 0.255 0.220 0.171 0.118 0.077 0.021 126 L 0.041 0.080 0.141 0.246 0.287 0.183 0.023 127 G 0.109 0.219 0.255 0.219 0.133 0.055 0.009 128 I 0.068 0.065 0.091 0.188 0.278 0.264 0.047 129 G 0.247 0.243 0.222 0.167 0.085 0.033 0.004 130 G 0.501 0.235 0.132 0.086 0.036 0.009 0.001 131 Q 0.547 0.260 0.118 0.052 0.018 0.005 0.001 132 H 0.569 0.244 0.113 0.054 0.017 0.004 0.001 133 G 0.628 0.237 0.087 0.035 0.010 0.002 0.001 134 G 0.618 0.233 0.093 0.041 0.012 0.002 0.001 135 D 0.563 0.225 0.114 0.065 0.025 0.007 0.001 136 N 0.408 0.286 0.158 0.094 0.039 0.013 0.002 137 A 0.077 0.156 0.225 0.263 0.177 0.087 0.014 138 P 0.023 0.073 0.133 0.235 0.278 0.218 0.041 139 W 0.009 0.030 0.074 0.185 0.294 0.342 0.065 140 F 0.005 0.017 0.043 0.114 0.242 0.459 0.120 141 V 0.005 0.010 0.025 0.080 0.225 0.501 0.155 142 V 0.015 0.033 0.075 0.180 0.316 0.331 0.051 143 G 0.089 0.220 0.268 0.249 0.130 0.040 0.004 144 K 0.133 0.238 0.285 0.229 0.093 0.020 0.002 145 D 0.506 0.319 0.117 0.045 0.011 0.003 0.001 146 L 0.301 0.198 0.215 0.191 0.077 0.017 0.001 147 S 0.834 0.126 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 148 K 0.829 0.135 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001