# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5126 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.080 0.006 0.022 0.015 0.354 0.523 2 Y 0.443 0.037 0.021 0.024 0.181 0.293 3 V 0.558 0.052 0.011 0.018 0.140 0.222 4 A 0.545 0.033 0.009 0.011 0.145 0.255 5 T 0.505 0.010 0.010 0.014 0.185 0.276 6 G 0.474 0.005 0.020 0.014 0.228 0.260 7 H 0.610 0.009 0.023 0.018 0.161 0.179 8 Y 0.724 0.007 0.019 0.013 0.101 0.136 9 A 0.807 0.004 0.014 0.019 0.064 0.091 10 R 0.840 0.005 0.010 0.020 0.051 0.076 11 V 0.887 0.008 0.006 0.014 0.030 0.055 12 A 0.875 0.007 0.003 0.010 0.043 0.062 13 R 0.770 0.025 0.006 0.007 0.067 0.125 14 D 0.320 0.020 0.010 0.005 0.614 0.031 15 E 0.077 0.005 0.021 0.006 0.860 0.031 16 D 0.017 0.001 0.015 0.003 0.931 0.033 17 G 0.141 0.012 0.007 0.002 0.772 0.065 18 T 0.473 0.023 0.003 0.006 0.114 0.381 19 V 0.841 0.018 0.003 0.005 0.037 0.094 20 H 0.914 0.005 0.004 0.007 0.023 0.047 21 M 0.931 0.005 0.004 0.008 0.016 0.036 22 L 0.870 0.004 0.007 0.012 0.042 0.064 23 R 0.667 0.009 0.011 0.019 0.121 0.172 24 G 0.347 0.015 0.021 0.017 0.258 0.343 25 V 0.160 0.041 0.025 0.024 0.285 0.466 26 D 0.042 0.025 0.024 0.030 0.651 0.228 27 N 0.008 0.007 0.027 0.108 0.633 0.217 28 G 0.004 0.005 0.044 0.159 0.525 0.262 29 K 0.018 0.031 0.037 0.359 0.380 0.174 30 D 0.015 0.025 0.020 0.459 0.106 0.374 31 Q 0.006 0.005 0.014 0.906 0.027 0.042 32 T 0.009 0.002 0.015 0.927 0.027 0.021 33 Y 0.010 0.001 0.022 0.928 0.028 0.011 34 F 0.006 0.001 0.013 0.948 0.022 0.010 35 L 0.008 0.002 0.065 0.861 0.052 0.012 36 S 0.011 0.002 0.091 0.719 0.132 0.045 37 Q 0.021 0.005 0.098 0.304 0.262 0.311 38 L 0.017 0.025 0.013 0.115 0.209 0.621 39 S 0.011 0.008 0.002 0.040 0.041 0.898 40 Q 0.001 0.001 0.009 0.984 0.003 0.004 41 E 0.001 0.001 0.008 0.989 0.002 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 43 L 0.002 0.001 0.004 0.983 0.006 0.004 44 Q 0.002 0.001 0.005 0.970 0.012 0.012 45 K 0.012 0.002 0.009 0.883 0.041 0.053 46 T 0.026 0.005 0.007 0.758 0.064 0.141 47 M 0.091 0.023 0.021 0.335 0.142 0.388 48 F 0.103 0.024 0.034 0.052 0.247 0.540 49 P 0.079 0.015 0.044 0.032 0.379 0.450 50 L 0.032 0.014 0.139 0.045 0.562 0.208 51 G 0.015 0.010 0.135 0.024 0.619 0.197 52 H 0.008 0.009 0.140 0.034 0.628 0.181 53 L 0.010 0.031 0.037 0.054 0.439 0.429 54 E 0.008 0.016 0.008 0.064 0.126 0.779 55 K 0.002 0.002 0.014 0.857 0.042 0.083 56 P 0.001 0.001 0.009 0.967 0.012 0.011 57 E 0.001 0.001 0.010 0.982 0.004 0.002 58 V 0.002 0.001 0.006 0.986 0.003 0.003 59 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 63 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 64 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 65 A 0.001 0.001 0.004 0.953 0.006 0.036 66 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.972 67 L 0.006 0.004 0.005 0.003 0.060 0.922 68 S 0.069 0.013 0.032 0.007 0.158 0.723 69 T 0.095 0.022 0.223 0.021 0.286 0.354 70 A 0.125 0.021 0.241 0.024 0.320 0.268 71 K 0.166 0.016 0.221 0.026 0.327 0.245 72 K 0.116 0.035 0.212 0.050 0.446 0.142 73 K 0.093 0.018 0.203 0.042 0.506 0.139 74 D 0.062 0.013 0.288 0.028 0.509 0.100 75 S 0.094 0.032 0.103 0.019 0.580 0.172 76 T 0.141 0.011 0.037 0.008 0.459 0.343 77 G 0.282 0.005 0.007 0.002 0.254 0.450 78 I 0.836 0.013 0.002 0.002 0.051 0.096 79 C 0.937 0.011 0.001 0.001 0.017 0.034 80 F 0.930 0.007 0.001 0.001 0.025 0.036 81 I 0.666 0.015 0.002 0.003 0.103 0.211 82 G 0.216 0.010 0.006 0.005 0.396 0.367 83 E 0.057 0.009 0.037 0.018 0.576 0.304 84 K 0.021 0.014 0.070 0.032 0.538 0.325 85 N 0.021 0.022 0.053 0.114 0.428 0.361 86 F 0.002 0.002 0.042 0.906 0.028 0.020 87 K 0.004 0.001 0.030 0.925 0.026 0.014 88 N 0.002 0.001 0.035 0.922 0.032 0.008 89 F 0.003 0.002 0.035 0.930 0.023 0.008 90 L 0.003 0.002 0.046 0.925 0.017 0.008 91 S 0.002 0.001 0.081 0.888 0.018 0.010 92 N 0.002 0.002 0.073 0.846 0.033 0.045 93 Y 0.010 0.018 0.099 0.385 0.185 0.303 94 L 0.017 0.017 0.018 0.025 0.424 0.499 95 P 0.021 0.005 0.029 0.013 0.485 0.446 96 A 0.042 0.024 0.032 0.009 0.431 0.462 97 Q 0.065 0.027 0.016 0.005 0.534 0.354 98 P 0.093 0.013 0.011 0.007 0.496 0.380 99 G 0.157 0.011 0.010 0.007 0.396 0.419 100 R 0.616 0.021 0.006 0.009 0.175 0.174 101 M 0.889 0.005 0.003 0.006 0.029 0.068 102 M 0.949 0.007 0.001 0.003 0.010 0.030 103 T 0.928 0.009 0.001 0.002 0.054 0.007 104 V 0.441 0.005 0.002 0.003 0.544 0.004 105 D 0.038 0.001 0.002 0.002 0.952 0.005 106 G 0.065 0.003 0.002 0.001 0.919 0.009 107 R 0.680 0.055 0.001 0.003 0.188 0.073 108 D 0.810 0.047 0.002 0.003 0.037 0.101 109 M 0.772 0.019 0.012 0.009 0.087 0.102 110 G 0.712 0.005 0.029 0.007 0.106 0.141 111 E 0.640 0.010 0.059 0.013 0.135 0.144 112 H 0.503 0.020 0.045 0.022 0.224 0.186 113 A 0.331 0.007 0.026 0.015 0.339 0.282 114 G 0.370 0.006 0.015 0.009 0.292 0.308 115 L 0.682 0.015 0.011 0.008 0.131 0.153 116 M 0.867 0.008 0.006 0.005 0.045 0.068 117 Y 0.934 0.003 0.004 0.004 0.019 0.037 118 Y 0.932 0.005 0.004 0.006 0.015 0.039 119 T 0.906 0.006 0.005 0.007 0.036 0.040 120 I 0.818 0.006 0.010 0.014 0.081 0.072 121 G 0.540 0.008 0.019 0.014 0.261 0.158 122 Q 0.584 0.022 0.015 0.012 0.257 0.110 123 R 0.439 0.024 0.018 0.011 0.292 0.216 124 G 0.304 0.023 0.029 0.013 0.392 0.240 125 G 0.331 0.023 0.035 0.009 0.336 0.266 126 L 0.466 0.027 0.042 0.011 0.220 0.233 127 G 0.421 0.036 0.029 0.011 0.260 0.243 128 I 0.334 0.046 0.029 0.015 0.270 0.306 129 G 0.254 0.038 0.024 0.010 0.364 0.310 130 G 0.207 0.036 0.034 0.011 0.432 0.281 131 Q 0.128 0.073 0.048 0.015 0.567 0.169 132 H 0.107 0.061 0.036 0.008 0.578 0.209 133 G 0.043 0.016 0.027 0.005 0.736 0.174 134 G 0.030 0.009 0.032 0.003 0.760 0.166 135 D 0.045 0.011 0.042 0.004 0.572 0.326 136 N 0.079 0.034 0.026 0.005 0.448 0.408 137 A 0.086 0.016 0.006 0.001 0.303 0.588 138 P 0.159 0.010 0.003 0.001 0.180 0.647 139 W 0.751 0.015 0.002 0.001 0.049 0.182 140 F 0.957 0.005 0.001 0.001 0.011 0.025 141 V 0.973 0.002 0.001 0.001 0.008 0.016 142 V 0.944 0.002 0.001 0.001 0.015 0.037 143 G 0.762 0.003 0.002 0.005 0.076 0.152 144 K 0.413 0.011 0.014 0.013 0.215 0.334 145 D 0.124 0.020 0.022 0.013 0.388 0.433 146 L 0.029 0.011 0.192 0.073 0.474 0.221 147 S 0.027 0.010 0.094 0.074 0.401 0.394 148 K 0.027 0.007 0.042 0.037 0.316 0.570