# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5126 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.014 0.008 0.581 0.023 0.012 0.009 0.002 0.001 0.008 0.176 0.036 0.046 0.084 2 Y 0.159 0.032 0.167 0.009 0.014 0.014 0.037 0.010 0.039 0.049 0.020 0.128 0.321 3 V 0.438 0.012 0.045 0.012 0.004 0.009 0.078 0.021 0.028 0.008 0.008 0.124 0.214 4 A 0.443 0.007 0.035 0.012 0.002 0.007 0.055 0.007 0.014 0.008 0.006 0.273 0.130 5 T 0.260 0.006 0.093 0.053 0.003 0.011 0.028 0.005 0.021 0.039 0.034 0.148 0.299 6 G 0.178 0.003 0.140 0.038 0.008 0.023 0.009 0.001 0.012 0.101 0.111 0.164 0.211 7 H 0.262 0.006 0.089 0.030 0.020 0.078 0.014 0.001 0.009 0.103 0.120 0.113 0.155 8 Y 0.473 0.007 0.027 0.015 0.012 0.026 0.023 0.001 0.006 0.020 0.026 0.121 0.242 9 A 0.618 0.002 0.030 0.025 0.003 0.006 0.017 0.001 0.002 0.006 0.008 0.118 0.163 10 R 0.677 0.002 0.013 0.003 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.003 0.004 0.161 0.121 11 V 0.570 0.003 0.020 0.011 0.002 0.004 0.015 0.001 0.003 0.005 0.005 0.055 0.307 12 A 0.535 0.004 0.042 0.012 0.002 0.004 0.014 0.001 0.002 0.009 0.009 0.194 0.173 13 R 0.272 0.036 0.061 0.009 0.003 0.003 0.012 0.001 0.002 0.041 0.028 0.119 0.415 14 D 0.014 0.012 0.524 0.007 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.075 0.108 0.052 0.192 15 E 0.002 0.002 0.046 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.092 0.792 0.027 0.009 16 D 0.001 0.001 0.024 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.073 0.879 0.002 0.003 17 G 0.002 0.003 0.220 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.567 0.164 0.020 0.009 18 T 0.039 0.016 0.556 0.003 0.003 0.004 0.007 0.001 0.002 0.070 0.032 0.063 0.205 19 V 0.198 0.053 0.056 0.002 0.001 0.002 0.033 0.001 0.004 0.013 0.002 0.067 0.569 20 H 0.363 0.006 0.036 0.088 0.002 0.004 0.029 0.002 0.004 0.004 0.002 0.415 0.047 21 M 0.439 0.004 0.028 0.007 0.003 0.004 0.033 0.002 0.006 0.005 0.002 0.067 0.400 22 L 0.485 0.002 0.043 0.040 0.005 0.004 0.019 0.001 0.003 0.009 0.006 0.258 0.124 23 R 0.231 0.010 0.099 0.029 0.016 0.012 0.026 0.002 0.012 0.053 0.031 0.215 0.265 24 G 0.098 0.014 0.276 0.017 0.029 0.021 0.011 0.004 0.009 0.085 0.107 0.110 0.220 25 V 0.059 0.057 0.322 0.019 0.023 0.019 0.010 0.002 0.009 0.150 0.107 0.070 0.153 26 D 0.004 0.028 0.598 0.009 0.023 0.017 0.001 0.001 0.003 0.142 0.086 0.039 0.048 27 N 0.001 0.005 0.088 0.003 0.033 0.013 0.001 0.001 0.001 0.211 0.638 0.003 0.006 28 G 0.001 0.002 0.105 0.002 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.169 0.693 0.002 0.003 29 K 0.001 0.017 0.220 0.002 0.026 0.025 0.001 0.001 0.001 0.488 0.198 0.016 0.006 30 D 0.007 0.021 0.545 0.003 0.010 0.033 0.001 0.001 0.003 0.175 0.099 0.009 0.094 31 Q 0.117 0.046 0.253 0.011 0.018 0.145 0.019 0.003 0.008 0.058 0.043 0.140 0.139 32 T 0.493 0.019 0.075 0.009 0.009 0.121 0.030 0.002 0.005 0.012 0.010 0.057 0.159 33 Y 0.377 0.006 0.040 0.005 0.015 0.195 0.046 0.002 0.010 0.017 0.008 0.158 0.121 34 F 0.266 0.004 0.078 0.007 0.019 0.316 0.020 0.002 0.010 0.009 0.022 0.108 0.139 35 L 0.236 0.004 0.056 0.005 0.079 0.271 0.013 0.001 0.004 0.014 0.093 0.064 0.160 36 S 0.134 0.004 0.041 0.012 0.110 0.206 0.006 0.001 0.001 0.053 0.328 0.044 0.059 37 Q 0.035 0.013 0.099 0.003 0.118 0.161 0.002 0.001 0.002 0.091 0.403 0.019 0.052 38 L 0.001 0.032 0.375 0.001 0.011 0.043 0.001 0.001 0.001 0.445 0.065 0.014 0.010 39 S 0.001 0.005 0.794 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.113 0.025 0.001 0.013 40 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.010 0.001 0.051 0.864 0.001 0.001 0.001 0.006 0.066 0.001 0.001 45 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.054 0.702 0.001 0.001 0.001 0.011 0.220 0.001 0.001 46 T 0.001 0.003 0.042 0.001 0.037 0.607 0.001 0.001 0.002 0.048 0.255 0.001 0.003 47 M 0.001 0.066 0.269 0.003 0.022 0.219 0.001 0.002 0.020 0.177 0.204 0.003 0.013 48 F 0.001 0.026 0.672 0.003 0.005 0.024 0.001 0.001 0.026 0.183 0.017 0.035 0.007 49 P 0.001 0.035 0.616 0.007 0.022 0.028 0.001 0.002 0.019 0.089 0.144 0.005 0.030 50 L 0.002 0.036 0.294 0.004 0.130 0.046 0.001 0.003 0.012 0.135 0.313 0.009 0.014 51 G 0.001 0.009 0.144 0.004 0.162 0.031 0.001 0.001 0.005 0.237 0.391 0.005 0.008 52 H 0.001 0.009 0.360 0.002 0.153 0.025 0.001 0.001 0.003 0.182 0.243 0.004 0.017 53 L 0.001 0.042 0.524 0.001 0.041 0.024 0.001 0.001 0.002 0.232 0.110 0.013 0.011 54 E 0.001 0.029 0.767 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.121 0.029 0.002 0.017 55 K 0.001 0.001 0.065 0.001 0.005 0.896 0.001 0.001 0.001 0.026 0.007 0.001 0.001 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.434 0.001 0.001 0.001 0.002 0.559 0.001 0.001 66 G 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.013 0.949 0.001 0.001 67 L 0.001 0.006 0.904 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.003 0.055 0.018 0.001 0.002 68 S 0.001 0.032 0.748 0.001 0.026 0.010 0.001 0.001 0.027 0.089 0.047 0.014 0.005 69 T 0.001 0.035 0.476 0.003 0.176 0.030 0.002 0.007 0.049 0.057 0.099 0.005 0.060 70 A 0.001 0.017 0.397 0.019 0.169 0.036 0.003 0.008 0.036 0.175 0.098 0.021 0.018 71 K 0.001 0.017 0.384 0.011 0.117 0.047 0.002 0.005 0.030 0.251 0.098 0.014 0.023 72 K 0.001 0.014 0.513 0.004 0.032 0.037 0.001 0.001 0.012 0.334 0.032 0.008 0.012 73 K 0.001 0.007 0.130 0.005 0.097 0.042 0.001 0.001 0.003 0.114 0.593 0.003 0.004 74 D 0.001 0.012 0.142 0.007 0.069 0.013 0.001 0.002 0.007 0.139 0.595 0.004 0.009 75 S 0.004 0.025 0.552 0.010 0.056 0.008 0.002 0.002 0.017 0.188 0.096 0.014 0.025 76 T 0.015 0.023 0.379 0.015 0.044 0.008 0.004 0.003 0.027 0.262 0.121 0.055 0.045 77 G 0.080 0.014 0.278 0.063 0.039 0.005 0.013 0.013 0.035 0.191 0.106 0.045 0.117 78 I 0.213 0.016 0.177 0.018 0.020 0.006 0.066 0.073 0.099 0.038 0.013 0.109 0.151 79 C 0.299 0.012 0.057 0.008 0.006 0.005 0.153 0.144 0.123 0.013 0.013 0.081 0.084 80 F 0.251 0.015 0.093 0.004 0.003 0.005 0.139 0.152 0.144 0.013 0.015 0.057 0.109 81 I 0.107 0.027 0.304 0.017 0.009 0.008 0.039 0.044 0.126 0.068 0.066 0.105 0.081 82 G 0.008 0.007 0.392 0.005 0.013 0.007 0.002 0.003 0.032 0.280 0.180 0.021 0.049 83 E 0.002 0.007 0.208 0.002 0.067 0.048 0.001 0.001 0.011 0.287 0.335 0.008 0.024 84 K 0.001 0.017 0.105 0.001 0.187 0.152 0.001 0.001 0.003 0.223 0.287 0.017 0.007 85 N 0.001 0.039 0.258 0.001 0.127 0.236 0.001 0.001 0.005 0.156 0.152 0.004 0.021 86 F 0.001 0.005 0.061 0.001 0.051 0.807 0.001 0.001 0.001 0.021 0.048 0.001 0.004 87 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 88 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 89 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 90 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 91 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 92 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 0.819 0.001 0.001 0.001 0.008 0.126 0.001 0.001 93 Y 0.001 0.005 0.056 0.001 0.069 0.691 0.001 0.001 0.001 0.041 0.134 0.001 0.001 94 L 0.001 0.023 0.507 0.001 0.017 0.087 0.001 0.001 0.004 0.321 0.034 0.002 0.002 95 P 0.001 0.012 0.640 0.004 0.025 0.020 0.001 0.001 0.002 0.125 0.168 0.001 0.003 96 A 0.001 0.012 0.541 0.003 0.036 0.011 0.001 0.001 0.003 0.249 0.141 0.001 0.003 97 Q 0.001 0.011 0.577 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.375 0.019 0.005 0.001 98 P 0.001 0.007 0.282 0.012 0.022 0.003 0.001 0.001 0.002 0.194 0.470 0.001 0.007 99 G 0.001 0.006 0.339 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 0.008 0.211 0.361 0.021 0.016 100 R 0.017 0.039 0.483 0.002 0.003 0.001 0.005 0.001 0.082 0.062 0.007 0.116 0.182 101 M 0.044 0.065 0.115 0.002 0.001 0.001 0.021 0.002 0.147 0.006 0.001 0.100 0.495 102 M 0.122 0.052 0.087 0.087 0.001 0.001 0.035 0.006 0.084 0.009 0.003 0.395 0.117 103 T 0.035 0.016 0.244 0.003 0.002 0.001 0.011 0.003 0.057 0.016 0.009 0.052 0.550 104 V 0.020 0.007 0.142 0.015 0.036 0.019 0.006 0.001 0.011 0.074 0.433 0.169 0.069 105 D 0.001 0.002 0.025 0.009 0.012 0.007 0.001 0.001 0.002 0.059 0.862 0.010 0.011 106 G 0.002 0.002 0.152 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.239 0.542 0.016 0.015 107 R 0.020 0.022 0.551 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.004 0.079 0.021 0.137 0.154 108 D 0.044 0.144 0.094 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.004 0.013 0.003 0.061 0.624 109 M 0.084 0.029 0.139 0.397 0.014 0.008 0.014 0.001 0.003 0.014 0.017 0.119 0.160 110 G 0.122 0.009 0.141 0.016 0.025 0.012 0.011 0.001 0.005 0.056 0.060 0.387 0.155 111 E 0.100 0.014 0.160 0.019 0.037 0.012 0.011 0.001 0.005 0.102 0.095 0.042 0.403 112 H 0.042 0.011 0.290 0.023 0.028 0.017 0.005 0.001 0.005 0.128 0.055 0.322 0.073 113 A 0.025 0.011 0.146 0.060 0.028 0.012 0.004 0.001 0.003 0.236 0.335 0.030 0.108 114 G 0.069 0.008 0.176 0.033 0.017 0.006 0.009 0.001 0.008 0.207 0.271 0.104 0.090 115 L 0.201 0.016 0.255 0.016 0.011 0.010 0.028 0.005 0.019 0.058 0.022 0.109 0.251 116 M 0.362 0.010 0.078 0.016 0.005 0.011 0.073 0.019 0.046 0.036 0.009 0.192 0.144 117 Y 0.406 0.008 0.051 0.021 0.003 0.015 0.122 0.043 0.045 0.009 0.005 0.058 0.214 118 Y 0.272 0.010 0.064 0.005 0.002 0.031 0.087 0.030 0.053 0.015 0.006 0.328 0.096 119 T 0.134 0.014 0.169 0.024 0.005 0.089 0.042 0.025 0.077 0.031 0.016 0.048 0.327 120 I 0.083 0.023 0.180 0.076 0.019 0.223 0.019 0.018 0.039 0.057 0.055 0.087 0.120 121 G 0.037 0.014 0.173 0.019 0.065 0.306 0.004 0.007 0.014 0.076 0.154 0.065 0.065 122 Q 0.017 0.012 0.181 0.012 0.136 0.291 0.003 0.002 0.008 0.106 0.170 0.009 0.054 123 R 0.017 0.018 0.124 0.004 0.164 0.338 0.003 0.004 0.004 0.057 0.207 0.040 0.020 124 G 0.013 0.017 0.049 0.005 0.074 0.160 0.002 0.004 0.003 0.073 0.569 0.009 0.021 125 G 0.017 0.018 0.130 0.015 0.046 0.062 0.002 0.002 0.003 0.115 0.550 0.017 0.023 126 L 0.025 0.041 0.402 0.013 0.037 0.024 0.004 0.003 0.004 0.161 0.184 0.045 0.058 127 G 0.026 0.038 0.357 0.007 0.042 0.013 0.004 0.004 0.013 0.156 0.228 0.052 0.059 128 I 0.032 0.043 0.371 0.009 0.048 0.010 0.006 0.006 0.018 0.145 0.136 0.070 0.106 129 G 0.034 0.029 0.289 0.019 0.051 0.010 0.007 0.006 0.015 0.162 0.223 0.082 0.073 130 G 0.023 0.033 0.356 0.014 0.051 0.008 0.004 0.004 0.016 0.202 0.137 0.049 0.103 131 Q 0.016 0.047 0.479 0.013 0.035 0.009 0.003 0.001 0.007 0.167 0.072 0.055 0.097 132 H 0.006 0.080 0.330 0.012 0.047 0.012 0.002 0.001 0.006 0.203 0.210 0.040 0.052 133 G 0.002 0.017 0.248 0.004 0.053 0.008 0.001 0.001 0.003 0.160 0.472 0.012 0.021 134 G 0.001 0.014 0.161 0.003 0.045 0.005 0.001 0.001 0.002 0.260 0.484 0.010 0.015 135 D 0.002 0.017 0.223 0.005 0.041 0.005 0.001 0.001 0.002 0.281 0.378 0.018 0.028 136 N 0.003 0.013 0.278 0.007 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.491 0.153 0.011 0.022 137 A 0.005 0.024 0.458 0.007 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.345 0.051 0.061 0.034 138 P 0.017 0.023 0.503 0.040 0.023 0.007 0.004 0.001 0.006 0.110 0.064 0.023 0.180 139 W 0.253 0.013 0.198 0.117 0.010 0.006 0.045 0.008 0.021 0.052 0.021 0.130 0.128 140 F 0.538 0.008 0.022 0.001 0.001 0.002 0.079 0.004 0.014 0.003 0.001 0.228 0.098 141 V 0.508 0.007 0.022 0.003 0.001 0.003 0.084 0.004 0.015 0.002 0.001 0.058 0.293 142 V 0.214 0.004 0.091 0.110 0.002 0.005 0.051 0.004 0.030 0.010 0.008 0.369 0.101 143 G 0.119 0.005 0.145 0.033 0.008 0.004 0.019 0.001 0.020 0.069 0.039 0.079 0.458 144 K 0.038 0.009 0.237 0.015 0.019 0.006 0.005 0.001 0.006 0.234 0.035 0.311 0.086 145 D 0.007 0.029 0.600 0.008 0.031 0.010 0.002 0.001 0.006 0.093 0.025 0.027 0.161 146 L 0.001 0.027 0.461 0.008 0.152 0.031 0.001 0.001 0.002 0.083 0.195 0.011 0.028 147 S 0.001 0.010 0.502 0.005 0.099 0.027 0.001 0.001 0.001 0.111 0.223 0.009 0.011 148 K 0.001 0.005 0.701 0.001 0.063 0.018 0.001 0.001 0.001 0.157 0.046 0.003 0.005