# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5126 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.022 0.024 0.003 0.034 0.026 0.051 0.127 0.002 0.001 0.154 0.557 2 Y 0.010 0.083 0.003 0.055 0.125 0.191 0.093 0.005 0.001 0.105 0.331 3 V 0.043 0.048 0.003 0.063 0.122 0.157 0.066 0.003 0.001 0.163 0.330 4 A 0.010 0.041 0.006 0.108 0.187 0.229 0.062 0.002 0.002 0.075 0.278 5 T 0.037 0.076 0.002 0.055 0.131 0.320 0.056 0.006 0.001 0.079 0.238 6 G 0.050 0.052 0.009 0.064 0.161 0.229 0.064 0.006 0.004 0.059 0.301 7 H 0.013 0.041 0.002 0.046 0.230 0.405 0.053 0.004 0.001 0.029 0.177 8 Y 0.022 0.040 0.002 0.038 0.177 0.365 0.060 0.003 0.001 0.053 0.239 9 A 0.013 0.013 0.004 0.062 0.357 0.305 0.041 0.003 0.001 0.038 0.162 10 R 0.027 0.021 0.002 0.049 0.177 0.386 0.053 0.005 0.001 0.052 0.226 11 V 0.020 0.007 0.001 0.050 0.220 0.310 0.041 0.001 0.001 0.047 0.302 12 A 0.014 0.010 0.006 0.053 0.161 0.314 0.073 0.001 0.003 0.058 0.307 13 R 0.012 0.005 0.011 0.025 0.089 0.158 0.077 0.003 0.007 0.031 0.580 14 D 0.595 0.003 0.003 0.005 0.024 0.030 0.032 0.008 0.004 0.061 0.236 15 E 0.143 0.004 0.001 0.005 0.005 0.008 0.066 0.004 0.001 0.054 0.709 16 D 0.009 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.095 0.001 0.001 0.011 0.863 17 G 0.004 0.008 0.001 0.031 0.131 0.171 0.114 0.002 0.001 0.034 0.504 18 T 0.005 0.007 0.001 0.033 0.223 0.301 0.068 0.002 0.001 0.064 0.297 19 V 0.002 0.013 0.001 0.068 0.338 0.306 0.027 0.001 0.001 0.036 0.209 20 H 0.005 0.009 0.002 0.074 0.295 0.402 0.031 0.001 0.001 0.050 0.131 21 M 0.013 0.011 0.001 0.090 0.273 0.314 0.034 0.002 0.001 0.063 0.197 22 L 0.024 0.008 0.001 0.120 0.216 0.305 0.043 0.002 0.001 0.074 0.207 23 R 0.024 0.006 0.002 0.080 0.222 0.259 0.073 0.002 0.001 0.053 0.278 24 G 0.023 0.009 0.004 0.075 0.133 0.200 0.100 0.003 0.003 0.034 0.416 25 V 0.134 0.026 0.003 0.033 0.080 0.066 0.093 0.011 0.003 0.051 0.500 26 D 0.226 0.023 0.003 0.027 0.031 0.036 0.113 0.007 0.002 0.057 0.475 27 N 0.031 0.037 0.002 0.026 0.008 0.026 0.114 0.004 0.001 0.031 0.721 28 G 0.152 0.016 0.006 0.026 0.024 0.038 0.112 0.002 0.002 0.108 0.513 29 K 0.023 0.063 0.002 0.044 0.061 0.081 0.146 0.007 0.001 0.078 0.495 30 D 0.072 0.132 0.002 0.021 0.022 0.043 0.131 0.004 0.001 0.055 0.517 31 Q 0.021 0.213 0.003 0.060 0.113 0.158 0.088 0.008 0.001 0.085 0.251 32 T 0.009 0.058 0.001 0.027 0.048 0.127 0.074 0.002 0.001 0.397 0.257 33 Y 0.007 0.189 0.009 0.048 0.196 0.185 0.037 0.004 0.002 0.145 0.180 34 F 0.053 0.278 0.008 0.048 0.063 0.116 0.047 0.012 0.002 0.107 0.265 35 L 0.037 0.058 0.006 0.026 0.093 0.094 0.034 0.005 0.002 0.498 0.146 36 S 0.046 0.199 0.003 0.033 0.036 0.060 0.081 0.006 0.002 0.128 0.407 37 Q 0.114 0.254 0.018 0.019 0.020 0.031 0.074 0.016 0.007 0.111 0.336 38 L 0.021 0.330 0.008 0.021 0.017 0.015 0.080 0.011 0.005 0.049 0.442 39 S 0.018 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.003 0.061 40 Q 0.026 0.912 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.006 0.033 41 E 0.050 0.721 0.007 0.002 0.001 0.001 0.017 0.009 0.004 0.086 0.103 42 Q 0.075 0.159 0.017 0.003 0.001 0.002 0.037 0.006 0.007 0.556 0.135 43 L 0.135 0.310 0.029 0.010 0.002 0.004 0.063 0.036 0.010 0.222 0.179 44 Q 0.180 0.136 0.015 0.020 0.003 0.009 0.083 0.017 0.006 0.067 0.464 45 K 0.067 0.040 0.003 0.030 0.010 0.026 0.101 0.003 0.001 0.081 0.639 46 T 0.018 0.042 0.001 0.029 0.015 0.051 0.128 0.003 0.001 0.062 0.650 47 M 0.042 0.030 0.019 0.036 0.015 0.035 0.128 0.007 0.007 0.077 0.605 48 F 0.186 0.017 0.011 0.038 0.027 0.038 0.112 0.017 0.007 0.084 0.462 49 P 0.257 0.029 0.002 0.015 0.004 0.011 0.069 0.004 0.002 0.039 0.568 50 L 0.159 0.016 0.004 0.024 0.008 0.017 0.105 0.008 0.002 0.049 0.608 51 G 0.045 0.011 0.002 0.027 0.010 0.026 0.115 0.007 0.001 0.035 0.720 52 H 0.061 0.007 0.001 0.023 0.032 0.042 0.115 0.003 0.001 0.031 0.686 53 L 0.019 0.018 0.001 0.043 0.053 0.038 0.114 0.002 0.001 0.030 0.681 54 E 0.015 0.161 0.001 0.011 0.017 0.015 0.091 0.004 0.001 0.032 0.652 55 K 0.026 0.717 0.001 0.004 0.010 0.007 0.033 0.012 0.001 0.025 0.165 56 P 0.012 0.915 0.001 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.014 0.041 57 E 0.002 0.904 0.001 0.007 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.049 0.024 58 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 59 R 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 60 R 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 61 L 0.004 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.024 0.009 62 A 0.006 0.013 0.556 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.362 0.048 0.006 63 E 0.806 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.002 0.026 0.093 64 E 0.025 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.001 0.002 0.022 0.906 65 A 0.021 0.019 0.005 0.011 0.001 0.002 0.109 0.001 0.001 0.029 0.804 66 G 0.009 0.026 0.001 0.014 0.011 0.030 0.106 0.006 0.001 0.057 0.739 67 L 0.092 0.035 0.002 0.009 0.012 0.014 0.109 0.008 0.001 0.036 0.681 68 S 0.108 0.132 0.002 0.097 0.028 0.057 0.094 0.011 0.001 0.066 0.405 69 T 0.157 0.038 0.001 0.028 0.017 0.045 0.095 0.003 0.001 0.049 0.565 70 A 0.015 0.019 0.003 0.134 0.041 0.076 0.135 0.006 0.001 0.026 0.544 71 K 0.053 0.022 0.003 0.068 0.028 0.046 0.099 0.005 0.002 0.041 0.633 72 K 0.128 0.010 0.007 0.062 0.050 0.045 0.088 0.005 0.003 0.104 0.498 73 K 0.024 0.001 0.003 0.027 0.012 0.027 0.103 0.001 0.002 0.036 0.764 74 D 0.090 0.003 0.002 0.027 0.032 0.058 0.115 0.005 0.001 0.073 0.593 75 S 0.082 0.006 0.001 0.030 0.014 0.022 0.148 0.003 0.001 0.086 0.607 76 T 0.006 0.002 0.001 0.038 0.041 0.092 0.162 0.003 0.001 0.065 0.590 77 G 0.002 0.002 0.001 0.093 0.103 0.267 0.082 0.001 0.001 0.090 0.358 78 I 0.003 0.002 0.001 0.164 0.187 0.240 0.057 0.001 0.001 0.066 0.279 79 C 0.002 0.001 0.001 0.222 0.249 0.308 0.035 0.001 0.001 0.046 0.137 80 F 0.011 0.002 0.001 0.151 0.207 0.328 0.037 0.001 0.001 0.071 0.190 81 I 0.074 0.010 0.002 0.159 0.086 0.161 0.097 0.006 0.002 0.080 0.323 82 G 0.226 0.092 0.002 0.027 0.016 0.024 0.088 0.009 0.003 0.053 0.461 83 E 0.152 0.081 0.002 0.011 0.009 0.015 0.080 0.004 0.001 0.026 0.620 84 K 0.010 0.040 0.001 0.016 0.020 0.026 0.107 0.003 0.001 0.049 0.726 85 N 0.019 0.694 0.002 0.007 0.015 0.012 0.035 0.004 0.001 0.069 0.143 86 F 0.025 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.003 0.033 87 K 0.059 0.435 0.002 0.004 0.009 0.013 0.018 0.006 0.001 0.314 0.138 88 N 0.015 0.575 0.012 0.004 0.004 0.007 0.021 0.003 0.005 0.252 0.102 89 F 0.186 0.512 0.042 0.005 0.004 0.008 0.033 0.049 0.013 0.064 0.083 90 L 0.207 0.282 0.087 0.013 0.010 0.016 0.031 0.059 0.056 0.040 0.201 91 S 0.178 0.019 0.001 0.003 0.005 0.008 0.086 0.002 0.001 0.015 0.683 92 N 0.018 0.011 0.001 0.018 0.007 0.022 0.112 0.006 0.001 0.033 0.772 93 Y 0.032 0.017 0.004 0.022 0.004 0.013 0.172 0.003 0.001 0.036 0.697 94 L 0.060 0.003 0.001 0.026 0.046 0.061 0.123 0.004 0.001 0.065 0.610 95 P 0.008 0.002 0.002 0.021 0.012 0.025 0.126 0.001 0.001 0.030 0.772 96 A 0.081 0.003 0.004 0.021 0.021 0.034 0.118 0.007 0.003 0.050 0.659 97 Q 0.418 0.005 0.002 0.015 0.006 0.008 0.100 0.009 0.001 0.094 0.342 98 P 0.019 0.002 0.001 0.015 0.006 0.021 0.136 0.003 0.001 0.049 0.747 99 G 0.008 0.003 0.001 0.036 0.021 0.095 0.100 0.002 0.001 0.053 0.681 100 R 0.004 0.001 0.001 0.061 0.243 0.305 0.051 0.001 0.001 0.053 0.280 101 M 0.003 0.001 0.001 0.043 0.182 0.289 0.050 0.001 0.001 0.043 0.389 102 M 0.001 0.001 0.001 0.056 0.295 0.322 0.050 0.001 0.001 0.028 0.246 103 T 0.347 0.003 0.003 0.023 0.077 0.098 0.051 0.006 0.005 0.076 0.311 104 V 0.412 0.002 0.001 0.011 0.010 0.013 0.060 0.007 0.001 0.083 0.401 105 D 0.005 0.001 0.001 0.007 0.006 0.022 0.085 0.001 0.001 0.018 0.855 106 G 0.010 0.003 0.002 0.040 0.036 0.100 0.117 0.001 0.001 0.041 0.651 107 R 0.006 0.003 0.001 0.022 0.316 0.202 0.064 0.002 0.001 0.054 0.331 108 D 0.010 0.005 0.001 0.043 0.199 0.263 0.053 0.001 0.001 0.071 0.354 109 M 0.008 0.008 0.002 0.065 0.163 0.229 0.088 0.001 0.001 0.055 0.380 110 G 0.021 0.004 0.003 0.059 0.201 0.299 0.076 0.002 0.002 0.068 0.267 111 E 0.097 0.007 0.002 0.044 0.101 0.188 0.088 0.006 0.001 0.115 0.351 112 H 0.174 0.008 0.002 0.039 0.058 0.115 0.114 0.004 0.002 0.069 0.413 113 A 0.018 0.003 0.002 0.036 0.067 0.172 0.136 0.002 0.001 0.040 0.523 114 G 0.006 0.003 0.001 0.035 0.150 0.281 0.118 0.002 0.001 0.040 0.365 115 L 0.005 0.003 0.001 0.073 0.253 0.267 0.081 0.001 0.001 0.074 0.242 116 M 0.001 0.003 0.001 0.109 0.259 0.383 0.041 0.001 0.001 0.055 0.149 117 Y 0.003 0.003 0.001 0.072 0.253 0.443 0.031 0.001 0.001 0.043 0.152 118 Y 0.003 0.004 0.001 0.086 0.333 0.351 0.025 0.001 0.001 0.032 0.165 119 T 0.017 0.018 0.001 0.047 0.265 0.423 0.029 0.002 0.001 0.065 0.132 120 I 0.034 0.020 0.006 0.081 0.182 0.267 0.072 0.004 0.005 0.099 0.230 121 G 0.066 0.007 0.017 0.052 0.120 0.176 0.088 0.006 0.015 0.087 0.366 122 Q 0.323 0.010 0.002 0.027 0.082 0.094 0.076 0.011 0.001 0.090 0.285 123 R 0.084 0.005 0.002 0.037 0.023 0.046 0.124 0.003 0.001 0.048 0.627 124 G 0.011 0.006 0.002 0.067 0.025 0.063 0.133 0.003 0.001 0.038 0.651 125 G 0.017 0.005 0.001 0.052 0.100 0.127 0.146 0.004 0.001 0.097 0.451 126 L 0.011 0.004 0.001 0.111 0.088 0.089 0.144 0.002 0.001 0.063 0.487 127 G 0.024 0.012 0.001 0.204 0.075 0.159 0.120 0.004 0.001 0.119 0.283 128 I 0.058 0.007 0.001 0.152 0.044 0.096 0.122 0.002 0.001 0.150 0.366 129 G 0.015 0.007 0.002 0.202 0.045 0.136 0.162 0.002 0.001 0.092 0.336 130 G 0.041 0.005 0.004 0.071 0.041 0.109 0.137 0.003 0.003 0.091 0.495 131 Q 0.228 0.008 0.003 0.032 0.024 0.038 0.118 0.005 0.002 0.094 0.449 132 H 0.086 0.002 0.002 0.009 0.006 0.011 0.115 0.004 0.001 0.052 0.712 133 G 0.043 0.002 0.001 0.005 0.005 0.012 0.103 0.004 0.001 0.036 0.789 134 G 0.081 0.001 0.001 0.003 0.012 0.014 0.114 0.003 0.001 0.031 0.739 135 D 0.014 0.001 0.001 0.010 0.036 0.048 0.142 0.003 0.001 0.023 0.724 136 N 0.015 0.002 0.001 0.016 0.020 0.036 0.126 0.001 0.001 0.029 0.753 137 A 0.009 0.001 0.001 0.042 0.154 0.114 0.164 0.006 0.001 0.047 0.461 138 P 0.004 0.003 0.001 0.158 0.079 0.135 0.120 0.001 0.001 0.033 0.467 139 W 0.001 0.001 0.001 0.247 0.183 0.346 0.033 0.001 0.001 0.042 0.145 140 F 0.003 0.001 0.001 0.318 0.186 0.232 0.033 0.001 0.001 0.052 0.173 141 V 0.007 0.002 0.001 0.292 0.205 0.244 0.040 0.001 0.001 0.042 0.166 142 V 0.031 0.003 0.001 0.222 0.116 0.197 0.066 0.002 0.001 0.073 0.290 143 G 0.042 0.003 0.002 0.097 0.069 0.110 0.111 0.001 0.001 0.063 0.500 144 K 0.008 0.001 0.001 0.045 0.054 0.108 0.141 0.004 0.001 0.031 0.606 145 D 0.232 0.012 0.003 0.028 0.035 0.043 0.109 0.005 0.002 0.069 0.461 146 L 0.134 0.007 0.003 0.018 0.020 0.023 0.097 0.006 0.001 0.071 0.620 147 S 0.034 0.005 0.001 0.006 0.009 0.016 0.098 0.003 0.001 0.022 0.805 148 K 0.045 0.008 0.001 0.012 0.024 0.034 0.127 0.007 0.001 0.034 0.709