# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5126 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.325 0.183 0.078 0.153 0.097 0.062 0.047 0.024 0.016 0.009 0.005 2 Y 0.009 0.025 0.014 0.071 0.120 0.183 0.240 0.153 0.097 0.058 0.030 3 V 0.011 0.009 0.005 0.026 0.037 0.056 0.122 0.172 0.192 0.189 0.182 4 A 0.007 0.009 0.007 0.021 0.038 0.063 0.163 0.175 0.218 0.173 0.126 5 T 0.003 0.010 0.010 0.031 0.027 0.033 0.102 0.146 0.210 0.229 0.199 6 G 0.009 0.012 0.005 0.041 0.064 0.103 0.153 0.157 0.168 0.159 0.128 7 H 0.010 0.017 0.014 0.059 0.078 0.119 0.223 0.180 0.147 0.102 0.051 8 Y 0.001 0.004 0.005 0.027 0.034 0.048 0.150 0.188 0.209 0.198 0.136 9 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.013 0.051 0.087 0.201 0.288 0.343 10 R 0.002 0.007 0.014 0.114 0.178 0.197 0.204 0.133 0.090 0.044 0.016 11 V 0.002 0.010 0.019 0.050 0.074 0.107 0.207 0.194 0.181 0.108 0.048 12 A 0.006 0.017 0.024 0.101 0.125 0.144 0.223 0.146 0.113 0.073 0.029 13 R 0.024 0.040 0.015 0.106 0.131 0.146 0.239 0.148 0.091 0.044 0.017 14 D 0.113 0.161 0.083 0.218 0.141 0.114 0.081 0.046 0.026 0.013 0.005 15 E 0.444 0.169 0.073 0.122 0.067 0.045 0.038 0.018 0.011 0.008 0.005 16 D 0.557 0.258 0.040 0.081 0.031 0.014 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 17 G 0.392 0.185 0.037 0.105 0.086 0.071 0.053 0.032 0.023 0.013 0.005 18 T 0.050 0.146 0.048 0.219 0.191 0.130 0.104 0.047 0.034 0.018 0.012 19 V 0.009 0.017 0.017 0.062 0.090 0.138 0.218 0.170 0.149 0.090 0.039 20 H 0.010 0.027 0.038 0.184 0.240 0.192 0.166 0.079 0.042 0.016 0.007 21 M 0.010 0.006 0.010 0.016 0.015 0.024 0.084 0.157 0.221 0.235 0.222 22 L 0.005 0.008 0.016 0.076 0.111 0.158 0.196 0.158 0.140 0.087 0.045 23 R 0.009 0.045 0.057 0.114 0.117 0.114 0.183 0.135 0.124 0.070 0.031 24 G 0.023 0.014 0.017 0.029 0.033 0.046 0.125 0.147 0.199 0.201 0.164 25 V 0.038 0.047 0.035 0.113 0.146 0.142 0.203 0.112 0.081 0.050 0.031 26 D 0.051 0.106 0.052 0.109 0.113 0.110 0.155 0.108 0.091 0.063 0.042 27 N 0.352 0.194 0.079 0.150 0.088 0.062 0.042 0.017 0.009 0.005 0.002 28 G 0.678 0.132 0.041 0.065 0.040 0.022 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 29 K 0.074 0.058 0.033 0.100 0.095 0.113 0.202 0.136 0.096 0.060 0.033 30 D 0.059 0.113 0.083 0.246 0.196 0.139 0.086 0.035 0.022 0.012 0.008 31 Q 0.004 0.011 0.012 0.028 0.041 0.065 0.195 0.214 0.209 0.143 0.079 32 T 0.057 0.068 0.101 0.249 0.198 0.135 0.090 0.047 0.027 0.017 0.011 33 Y 0.014 0.020 0.039 0.058 0.072 0.088 0.199 0.164 0.174 0.116 0.055 34 F 0.012 0.029 0.094 0.198 0.152 0.125 0.156 0.096 0.076 0.042 0.022 35 L 0.003 0.007 0.027 0.026 0.030 0.041 0.133 0.159 0.230 0.217 0.127 36 S 0.012 0.025 0.085 0.164 0.172 0.167 0.201 0.090 0.053 0.022 0.008 37 Q 0.062 0.089 0.182 0.142 0.117 0.124 0.165 0.065 0.034 0.014 0.004 38 L 0.005 0.011 0.020 0.026 0.038 0.056 0.130 0.154 0.187 0.215 0.159 39 S 0.044 0.475 0.160 0.157 0.068 0.037 0.031 0.013 0.008 0.004 0.002 40 Q 0.141 0.082 0.119 0.254 0.215 0.109 0.056 0.014 0.007 0.002 0.001 41 E 0.810 0.087 0.072 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.003 0.007 0.027 0.095 0.115 0.227 0.322 0.122 0.057 0.018 0.006 43 L 0.003 0.003 0.028 0.013 0.018 0.038 0.140 0.180 0.224 0.210 0.144 44 Q 0.005 0.019 0.548 0.179 0.121 0.080 0.036 0.009 0.003 0.001 0.001 45 K 0.017 0.049 0.506 0.233 0.116 0.052 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 46 T 0.011 0.012 0.019 0.029 0.046 0.090 0.235 0.176 0.171 0.134 0.079 47 M 0.021 0.037 0.056 0.088 0.106 0.141 0.239 0.137 0.100 0.051 0.025 48 F 0.015 0.040 0.094 0.070 0.087 0.086 0.134 0.130 0.141 0.123 0.081 49 P 0.146 0.124 0.126 0.183 0.124 0.094 0.099 0.046 0.032 0.018 0.008 50 L 0.056 0.039 0.023 0.046 0.058 0.067 0.160 0.145 0.169 0.138 0.098 51 G 0.164 0.150 0.075 0.147 0.109 0.095 0.094 0.062 0.053 0.033 0.019 52 H 0.278 0.117 0.082 0.182 0.115 0.090 0.072 0.030 0.019 0.010 0.004 53 L 0.074 0.041 0.033 0.049 0.057 0.072 0.175 0.164 0.152 0.117 0.066 54 E 0.111 0.401 0.099 0.180 0.088 0.049 0.035 0.017 0.011 0.006 0.003 55 K 0.056 0.072 0.041 0.097 0.129 0.163 0.177 0.100 0.080 0.055 0.031 56 P 0.674 0.149 0.094 0.052 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.049 0.084 0.122 0.359 0.224 0.095 0.048 0.012 0.004 0.001 0.001 58 V 0.002 0.007 0.017 0.011 0.012 0.022 0.102 0.165 0.246 0.245 0.170 59 R 0.003 0.003 0.076 0.146 0.218 0.273 0.183 0.057 0.028 0.010 0.003 60 R 0.009 0.024 0.854 0.080 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.003 0.018 0.046 0.094 0.259 0.361 0.133 0.054 0.023 0.009 62 A 0.001 0.001 0.012 0.002 0.003 0.006 0.054 0.118 0.261 0.309 0.232 63 E 0.010 0.024 0.604 0.179 0.113 0.046 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 64 E 0.009 0.037 0.788 0.104 0.043 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.014 0.010 0.017 0.029 0.058 0.150 0.295 0.156 0.126 0.093 0.051 66 G 0.593 0.222 0.073 0.063 0.024 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 67 L 0.005 0.010 0.023 0.022 0.026 0.035 0.095 0.127 0.217 0.219 0.220 68 S 0.171 0.309 0.165 0.182 0.089 0.046 0.025 0.007 0.004 0.002 0.001 69 T 0.185 0.104 0.055 0.114 0.097 0.099 0.139 0.076 0.066 0.038 0.028 70 A 0.094 0.034 0.024 0.046 0.061 0.103 0.175 0.134 0.145 0.108 0.077 71 K 0.256 0.224 0.111 0.183 0.099 0.055 0.035 0.016 0.011 0.006 0.004 72 K 0.133 0.112 0.060 0.136 0.110 0.107 0.118 0.081 0.062 0.050 0.031 73 K 0.319 0.173 0.090 0.127 0.093 0.067 0.056 0.030 0.021 0.014 0.009 74 D 0.121 0.105 0.076 0.184 0.146 0.110 0.124 0.060 0.040 0.021 0.013 75 S 0.029 0.028 0.023 0.053 0.067 0.079 0.158 0.157 0.156 0.132 0.118 76 T 0.096 0.106 0.084 0.204 0.168 0.112 0.105 0.059 0.037 0.019 0.009 77 G 0.129 0.103 0.064 0.175 0.146 0.130 0.122 0.058 0.038 0.022 0.011 78 I 0.003 0.006 0.007 0.019 0.025 0.043 0.112 0.153 0.222 0.226 0.185 79 C 0.006 0.015 0.017 0.058 0.076 0.100 0.198 0.178 0.161 0.114 0.076 80 F 0.006 0.014 0.015 0.039 0.049 0.065 0.161 0.172 0.192 0.166 0.121 81 I 0.004 0.010 0.012 0.038 0.060 0.079 0.163 0.169 0.193 0.157 0.115 82 G 0.039 0.101 0.048 0.166 0.184 0.146 0.150 0.077 0.051 0.026 0.012 83 E 0.205 0.207 0.069 0.224 0.136 0.073 0.052 0.018 0.009 0.004 0.002 84 K 0.500 0.139 0.069 0.118 0.071 0.042 0.034 0.014 0.008 0.004 0.002 85 N 0.150 0.348 0.082 0.171 0.100 0.068 0.046 0.016 0.010 0.005 0.004 86 F 0.003 0.008 0.004 0.017 0.036 0.085 0.210 0.201 0.205 0.142 0.090 87 K 0.116 0.111 0.076 0.241 0.212 0.140 0.072 0.018 0.009 0.004 0.002 88 N 0.102 0.162 0.303 0.259 0.103 0.044 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 89 F 0.001 0.002 0.006 0.021 0.031 0.059 0.162 0.198 0.216 0.181 0.122 90 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.028 0.119 0.170 0.226 0.233 0.201 91 S 0.003 0.022 0.386 0.276 0.188 0.080 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 92 N 0.067 0.098 0.378 0.191 0.118 0.087 0.045 0.010 0.004 0.002 0.001 93 Y 0.006 0.011 0.006 0.030 0.055 0.101 0.280 0.214 0.162 0.092 0.043 94 L 0.016 0.027 0.011 0.033 0.053 0.098 0.221 0.179 0.162 0.122 0.078 95 P 0.361 0.247 0.124 0.141 0.067 0.030 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 96 A 0.187 0.066 0.041 0.102 0.108 0.114 0.154 0.097 0.067 0.042 0.023 97 Q 0.363 0.241 0.059 0.131 0.075 0.051 0.038 0.019 0.012 0.007 0.005 98 P 0.302 0.189 0.055 0.156 0.110 0.082 0.056 0.022 0.014 0.008 0.004 99 G 0.114 0.046 0.019 0.051 0.064 0.098 0.149 0.136 0.136 0.115 0.073 100 R 0.100 0.251 0.112 0.244 0.143 0.067 0.049 0.017 0.010 0.005 0.003 101 M 0.016 0.018 0.014 0.046 0.055 0.063 0.140 0.148 0.193 0.172 0.135 102 M 0.036 0.059 0.040 0.132 0.161 0.160 0.175 0.094 0.065 0.044 0.034 103 T 0.075 0.171 0.108 0.259 0.161 0.091 0.074 0.031 0.018 0.008 0.004 104 V 0.078 0.052 0.033 0.080 0.103 0.137 0.183 0.115 0.099 0.068 0.053 105 D 0.414 0.355 0.084 0.096 0.031 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 106 G 0.394 0.110 0.029 0.097 0.098 0.083 0.088 0.041 0.030 0.019 0.012 107 R 0.273 0.270 0.098 0.194 0.092 0.038 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 108 D 0.039 0.112 0.064 0.201 0.195 0.180 0.133 0.041 0.022 0.009 0.005 109 M 0.013 0.021 0.014 0.063 0.089 0.118 0.183 0.176 0.147 0.106 0.071 110 G 0.180 0.095 0.026 0.084 0.101 0.108 0.139 0.097 0.073 0.056 0.040 111 E 0.124 0.174 0.116 0.261 0.148 0.077 0.051 0.023 0.015 0.007 0.005 112 H 0.013 0.012 0.006 0.029 0.041 0.074 0.167 0.163 0.180 0.169 0.144 113 A 0.137 0.186 0.102 0.253 0.152 0.077 0.051 0.020 0.012 0.006 0.004 114 G 0.135 0.074 0.035 0.107 0.106 0.110 0.166 0.098 0.082 0.056 0.031 115 L 0.029 0.054 0.046 0.123 0.122 0.127 0.158 0.111 0.103 0.074 0.053 116 M 0.017 0.028 0.020 0.069 0.079 0.108 0.202 0.156 0.140 0.107 0.074 117 Y 0.026 0.037 0.032 0.115 0.132 0.136 0.177 0.136 0.100 0.069 0.041 118 Y 0.010 0.012 0.012 0.031 0.039 0.059 0.148 0.172 0.208 0.180 0.128 119 T 0.013 0.034 0.039 0.091 0.084 0.089 0.132 0.130 0.153 0.132 0.101 120 I 0.036 0.052 0.038 0.115 0.111 0.111 0.156 0.124 0.114 0.088 0.054 121 G 0.065 0.062 0.043 0.110 0.117 0.109 0.146 0.124 0.108 0.072 0.046 122 Q 0.016 0.034 0.022 0.086 0.102 0.110 0.179 0.149 0.132 0.098 0.072 123 R 0.034 0.045 0.029 0.102 0.138 0.134 0.155 0.125 0.104 0.076 0.058 124 G 0.098 0.094 0.048 0.143 0.139 0.126 0.139 0.088 0.063 0.041 0.022 125 G 0.116 0.060 0.041 0.108 0.098 0.109 0.143 0.106 0.089 0.079 0.053 126 L 0.010 0.013 0.009 0.027 0.031 0.049 0.114 0.140 0.187 0.211 0.210 127 G 0.067 0.110 0.074 0.153 0.110 0.101 0.129 0.083 0.069 0.056 0.049 128 I 0.013 0.012 0.010 0.023 0.026 0.039 0.094 0.116 0.171 0.231 0.267 129 G 0.081 0.135 0.054 0.163 0.146 0.109 0.118 0.068 0.054 0.041 0.032 130 G 0.085 0.099 0.039 0.142 0.134 0.104 0.123 0.081 0.075 0.064 0.055 131 Q 0.110 0.106 0.061 0.170 0.133 0.105 0.116 0.060 0.052 0.046 0.040 132 H 0.257 0.162 0.067 0.159 0.107 0.077 0.072 0.035 0.030 0.020 0.013 133 G 0.405 0.154 0.054 0.124 0.076 0.060 0.053 0.027 0.023 0.015 0.009 134 G 0.493 0.161 0.057 0.089 0.050 0.040 0.041 0.021 0.019 0.015 0.013 135 D 0.306 0.222 0.076 0.135 0.083 0.061 0.054 0.024 0.019 0.012 0.008 136 N 0.199 0.167 0.057 0.178 0.135 0.099 0.075 0.039 0.027 0.016 0.009 137 A 0.070 0.124 0.047 0.166 0.164 0.120 0.119 0.075 0.055 0.036 0.022 138 P 0.013 0.025 0.019 0.094 0.149 0.156 0.203 0.146 0.103 0.063 0.028 139 W 0.004 0.012 0.011 0.063 0.123 0.168 0.238 0.173 0.117 0.065 0.027 140 F 0.002 0.006 0.007 0.034 0.059 0.092 0.207 0.214 0.184 0.125 0.070 141 V 0.001 0.002 0.002 0.008 0.016 0.028 0.089 0.158 0.224 0.254 0.218 142 V 0.006 0.018 0.016 0.060 0.080 0.091 0.192 0.185 0.172 0.114 0.066 143 G 0.171 0.111 0.061 0.188 0.132 0.095 0.110 0.064 0.039 0.021 0.009 144 K 0.082 0.082 0.053 0.145 0.146 0.128 0.162 0.091 0.057 0.037 0.017 145 D 0.175 0.253 0.094 0.206 0.104 0.058 0.050 0.025 0.018 0.011 0.006 146 L 0.081 0.042 0.028 0.059 0.067 0.088 0.152 0.132 0.143 0.123 0.085 147 S 0.381 0.276 0.093 0.116 0.056 0.031 0.024 0.011 0.007 0.004 0.002 148 K 0.430 0.183 0.061 0.116 0.074 0.047 0.039 0.021 0.015 0.008 0.004