# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5126 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.024 0.001 0.004 0.035 0.037 0.044 0.103 0.001 0.001 0.005 0.748 2 Y 0.045 0.001 0.004 0.054 0.030 0.035 0.087 0.001 0.001 0.007 0.737 3 V 0.038 0.001 0.002 0.114 0.069 0.111 0.178 0.001 0.001 0.008 0.478 4 A 0.027 0.003 0.001 0.246 0.122 0.163 0.137 0.001 0.001 0.007 0.294 5 T 0.021 0.006 0.001 0.147 0.062 0.125 0.175 0.001 0.001 0.006 0.457 6 G 0.059 0.009 0.002 0.207 0.117 0.176 0.099 0.001 0.001 0.015 0.315 7 H 0.030 0.012 0.002 0.123 0.105 0.186 0.205 0.001 0.001 0.013 0.323 8 Y 0.022 0.010 0.003 0.092 0.147 0.282 0.093 0.001 0.001 0.009 0.343 9 A 0.016 0.017 0.002 0.109 0.232 0.422 0.044 0.001 0.001 0.004 0.153 10 R 0.014 0.023 0.001 0.075 0.252 0.403 0.039 0.001 0.001 0.004 0.187 11 V 0.028 0.030 0.004 0.043 0.236 0.339 0.027 0.002 0.001 0.003 0.286 12 A 0.019 0.015 0.002 0.038 0.306 0.416 0.022 0.003 0.001 0.002 0.175 13 R 0.017 0.008 0.003 0.031 0.223 0.384 0.045 0.003 0.001 0.004 0.282 14 D 0.026 0.009 0.003 0.044 0.246 0.245 0.130 0.004 0.001 0.006 0.288 15 E 0.025 0.006 0.002 0.015 0.032 0.036 0.133 0.001 0.001 0.008 0.740 16 D 0.054 0.005 0.001 0.008 0.012 0.017 0.411 0.001 0.001 0.036 0.454 17 G 0.470 0.006 0.006 0.007 0.009 0.008 0.216 0.001 0.001 0.101 0.176 18 T 0.271 0.017 0.031 0.021 0.020 0.020 0.338 0.001 0.001 0.037 0.244 19 V 0.021 0.008 0.020 0.084 0.167 0.185 0.183 0.001 0.001 0.007 0.324 20 H 0.003 0.003 0.001 0.111 0.225 0.524 0.057 0.001 0.001 0.001 0.074 21 M 0.002 0.005 0.001 0.064 0.273 0.555 0.016 0.001 0.001 0.001 0.084 22 L 0.001 0.007 0.001 0.077 0.270 0.595 0.010 0.001 0.001 0.001 0.039 23 R 0.009 0.011 0.001 0.072 0.230 0.387 0.041 0.002 0.001 0.002 0.245 24 G 0.028 0.009 0.003 0.129 0.191 0.271 0.037 0.003 0.001 0.006 0.322 25 V 0.012 0.006 0.004 0.123 0.156 0.287 0.118 0.003 0.001 0.006 0.284 26 D 0.038 0.007 0.003 0.049 0.091 0.109 0.246 0.003 0.001 0.010 0.444 27 N 0.039 0.006 0.005 0.015 0.014 0.018 0.089 0.001 0.001 0.009 0.805 28 G 0.053 0.005 0.001 0.007 0.009 0.012 0.569 0.001 0.001 0.030 0.313 29 K 0.433 0.011 0.008 0.006 0.005 0.005 0.255 0.001 0.001 0.055 0.220 30 D 0.099 0.066 0.009 0.016 0.014 0.018 0.238 0.002 0.001 0.016 0.521 31 Q 0.086 0.050 0.008 0.032 0.068 0.082 0.233 0.002 0.001 0.026 0.412 32 T 0.128 0.081 0.010 0.044 0.089 0.177 0.147 0.002 0.001 0.014 0.308 33 Y 0.019 0.058 0.005 0.070 0.250 0.296 0.056 0.002 0.001 0.003 0.241 34 F 0.014 0.070 0.003 0.060 0.201 0.377 0.059 0.001 0.001 0.003 0.212 35 L 0.012 0.083 0.003 0.127 0.207 0.429 0.032 0.002 0.001 0.003 0.104 36 S 0.017 0.186 0.002 0.238 0.088 0.233 0.059 0.007 0.001 0.003 0.166 37 Q 0.129 0.183 0.008 0.091 0.033 0.061 0.077 0.023 0.001 0.009 0.386 38 L 0.163 0.209 0.041 0.103 0.053 0.091 0.144 0.016 0.001 0.015 0.166 39 S 0.043 0.105 0.014 0.028 0.018 0.028 0.301 0.011 0.001 0.005 0.448 40 Q 0.007 0.052 0.006 0.008 0.004 0.004 0.049 0.001 0.001 0.002 0.868 41 E 0.012 0.086 0.002 0.001 0.002 0.003 0.391 0.001 0.001 0.010 0.492 42 Q 0.069 0.174 0.001 0.002 0.006 0.008 0.587 0.007 0.001 0.014 0.131 43 L 0.053 0.873 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.055 44 Q 0.025 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 45 K 0.082 0.784 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.036 0.001 0.001 0.087 46 T 0.293 0.498 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.138 0.001 0.001 0.059 47 M 0.248 0.434 0.136 0.006 0.005 0.006 0.008 0.051 0.001 0.001 0.105 48 F 0.061 0.150 0.081 0.077 0.065 0.108 0.050 0.024 0.001 0.001 0.382 49 P 0.003 0.002 0.002 0.008 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 50 L 0.033 0.010 0.003 0.086 0.033 0.088 0.116 0.001 0.001 0.003 0.627 51 G 0.272 0.019 0.002 0.062 0.018 0.026 0.074 0.002 0.001 0.008 0.517 52 H 0.233 0.034 0.003 0.045 0.013 0.014 0.080 0.002 0.001 0.004 0.573 53 L 0.104 0.016 0.008 0.073 0.020 0.041 0.075 0.001 0.001 0.004 0.659 54 E 0.076 0.015 0.004 0.071 0.024 0.066 0.131 0.002 0.001 0.004 0.606 55 K 0.073 0.011 0.007 0.027 0.007 0.031 0.075 0.001 0.001 0.003 0.765 56 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.985 57 E 0.012 0.006 0.001 0.008 0.003 0.005 0.227 0.001 0.001 0.001 0.737 58 V 0.099 0.203 0.001 0.009 0.003 0.011 0.109 0.001 0.001 0.003 0.563 59 R 0.021 0.850 0.001 0.004 0.002 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 0.095 60 R 0.021 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.108 61 L 0.010 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 62 A 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 63 E 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 64 E 0.045 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 65 A 0.085 0.823 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.019 66 G 0.516 0.222 0.020 0.001 0.001 0.001 0.004 0.152 0.001 0.002 0.082 67 L 0.004 0.009 0.923 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 68 S 0.003 0.019 0.002 0.069 0.011 0.013 0.078 0.004 0.001 0.001 0.801 69 T 0.148 0.039 0.005 0.038 0.003 0.005 0.047 0.002 0.001 0.004 0.710 70 A 0.101 0.329 0.004 0.079 0.016 0.033 0.110 0.003 0.001 0.005 0.321 71 K 0.096 0.151 0.003 0.050 0.021 0.048 0.230 0.006 0.001 0.010 0.384 72 K 0.244 0.168 0.004 0.029 0.014 0.019 0.029 0.005 0.001 0.003 0.484 73 K 0.082 0.271 0.005 0.022 0.033 0.041 0.037 0.007 0.001 0.003 0.499 74 D 0.089 0.256 0.004 0.018 0.042 0.051 0.081 0.019 0.001 0.008 0.432 75 S 0.262 0.267 0.008 0.012 0.025 0.034 0.053 0.022 0.001 0.007 0.309 76 T 0.236 0.245 0.016 0.018 0.032 0.037 0.081 0.021 0.001 0.011 0.304 77 G 0.215 0.066 0.032 0.029 0.049 0.064 0.144 0.012 0.001 0.023 0.365 78 I 0.132 0.045 0.111 0.091 0.129 0.153 0.110 0.005 0.001 0.012 0.214 79 C 0.012 0.026 0.010 0.220 0.219 0.268 0.065 0.002 0.001 0.002 0.178 80 F 0.010 0.018 0.003 0.170 0.175 0.269 0.036 0.001 0.001 0.002 0.317 81 I 0.010 0.013 0.001 0.163 0.200 0.369 0.039 0.001 0.001 0.002 0.202 82 G 0.011 0.008 0.002 0.057 0.073 0.152 0.065 0.001 0.001 0.003 0.629 83 E 0.038 0.009 0.003 0.056 0.035 0.080 0.133 0.002 0.001 0.010 0.634 84 K 0.071 0.011 0.005 0.034 0.015 0.032 0.198 0.002 0.001 0.015 0.616 85 N 0.056 0.018 0.003 0.015 0.013 0.014 0.237 0.002 0.001 0.007 0.636 86 F 0.076 0.058 0.006 0.014 0.012 0.024 0.145 0.001 0.001 0.009 0.654 87 K 0.029 0.180 0.002 0.013 0.011 0.027 0.165 0.001 0.001 0.005 0.566 88 N 0.048 0.200 0.001 0.003 0.006 0.008 0.150 0.002 0.001 0.004 0.578 89 F 0.090 0.665 0.002 0.003 0.007 0.011 0.052 0.002 0.001 0.003 0.166 90 L 0.022 0.876 0.001 0.004 0.009 0.016 0.020 0.003 0.001 0.001 0.048 91 S 0.029 0.846 0.001 0.003 0.006 0.009 0.009 0.008 0.001 0.001 0.090 92 N 0.134 0.746 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 0.020 0.001 0.001 0.086 93 Y 0.350 0.494 0.021 0.002 0.002 0.002 0.006 0.051 0.001 0.001 0.070 94 L 0.310 0.228 0.108 0.013 0.012 0.013 0.023 0.048 0.001 0.002 0.243 95 P 0.005 0.004 0.011 0.005 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.966 96 A 0.064 0.005 0.005 0.028 0.008 0.015 0.039 0.005 0.001 0.001 0.829 97 Q 0.413 0.005 0.003 0.028 0.009 0.009 0.046 0.003 0.001 0.003 0.482 98 P 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.984 99 G 0.016 0.001 0.001 0.135 0.038 0.075 0.210 0.001 0.001 0.004 0.520 100 R 0.370 0.001 0.002 0.106 0.022 0.033 0.069 0.001 0.001 0.014 0.383 101 M 0.043 0.006 0.002 0.141 0.110 0.130 0.060 0.001 0.001 0.003 0.504 102 M 0.011 0.002 0.001 0.220 0.203 0.289 0.057 0.001 0.001 0.002 0.214 103 T 0.019 0.003 0.001 0.206 0.189 0.224 0.089 0.001 0.001 0.004 0.265 104 V 0.008 0.003 0.001 0.070 0.099 0.136 0.083 0.001 0.001 0.004 0.594 105 D 0.010 0.002 0.001 0.021 0.029 0.063 0.442 0.001 0.001 0.012 0.420 106 G 0.333 0.004 0.002 0.019 0.012 0.015 0.205 0.001 0.001 0.120 0.290 107 R 0.250 0.019 0.014 0.017 0.018 0.015 0.418 0.001 0.001 0.040 0.208 108 D 0.037 0.016 0.007 0.020 0.044 0.050 0.342 0.001 0.001 0.009 0.475 109 M 0.027 0.023 0.004 0.045 0.108 0.193 0.106 0.001 0.001 0.005 0.489 110 G 0.025 0.018 0.001 0.017 0.129 0.216 0.144 0.001 0.001 0.006 0.444 111 E 0.052 0.023 0.002 0.007 0.086 0.148 0.093 0.001 0.001 0.007 0.580 112 H 0.052 0.034 0.002 0.020 0.099 0.178 0.114 0.003 0.001 0.008 0.492 113 A 0.061 0.025 0.005 0.029 0.051 0.090 0.108 0.003 0.001 0.013 0.616 114 G 0.107 0.027 0.007 0.057 0.093 0.098 0.122 0.006 0.001 0.018 0.464 115 L 0.151 0.040 0.038 0.072 0.071 0.128 0.094 0.002 0.001 0.014 0.389 116 M 0.014 0.027 0.004 0.128 0.191 0.260 0.068 0.001 0.001 0.002 0.303 117 Y 0.018 0.027 0.003 0.142 0.168 0.334 0.044 0.001 0.001 0.003 0.260 118 Y 0.018 0.046 0.003 0.174 0.190 0.323 0.043 0.001 0.001 0.003 0.199 119 T 0.013 0.054 0.003 0.146 0.171 0.271 0.075 0.001 0.001 0.002 0.262 120 I 0.008 0.039 0.001 0.075 0.121 0.178 0.053 0.001 0.001 0.002 0.522 121 G 0.020 0.051 0.001 0.065 0.102 0.250 0.152 0.003 0.001 0.009 0.348 122 Q 0.144 0.111 0.008 0.031 0.056 0.084 0.123 0.006 0.001 0.018 0.417 123 R 0.160 0.200 0.015 0.017 0.034 0.050 0.067 0.006 0.001 0.009 0.443 124 G 0.070 0.106 0.007 0.028 0.085 0.098 0.071 0.011 0.001 0.006 0.517 125 G 0.195 0.041 0.013 0.018 0.051 0.058 0.052 0.010 0.001 0.010 0.552 126 L 0.072 0.032 0.106 0.053 0.077 0.127 0.046 0.003 0.001 0.005 0.478 127 G 0.010 0.008 0.003 0.085 0.130 0.158 0.088 0.002 0.001 0.002 0.516 128 I 0.051 0.009 0.007 0.097 0.098 0.160 0.050 0.001 0.001 0.005 0.523 129 G 0.014 0.011 0.002 0.140 0.114 0.211 0.087 0.001 0.001 0.003 0.419 130 G 0.030 0.007 0.002 0.090 0.057 0.095 0.106 0.001 0.001 0.007 0.605 131 Q 0.080 0.012 0.004 0.082 0.057 0.090 0.113 0.001 0.001 0.009 0.551 132 H 0.017 0.008 0.002 0.035 0.049 0.070 0.100 0.001 0.001 0.004 0.714 133 G 0.045 0.008 0.001 0.029 0.031 0.043 0.104 0.001 0.001 0.007 0.731 134 G 0.204 0.012 0.004 0.015 0.024 0.031 0.125 0.002 0.001 0.015 0.568 135 D 0.115 0.015 0.007 0.016 0.018 0.027 0.118 0.001 0.001 0.008 0.675 136 N 0.048 0.007 0.004 0.018 0.022 0.039 0.075 0.001 0.001 0.006 0.780 137 A 0.139 0.010 0.005 0.053 0.074 0.115 0.136 0.001 0.001 0.012 0.454 138 P 0.010 0.002 0.002 0.012 0.011 0.016 0.015 0.001 0.001 0.001 0.929 139 W 0.019 0.003 0.002 0.136 0.170 0.338 0.089 0.001 0.001 0.005 0.238 140 F 0.049 0.008 0.002 0.217 0.181 0.263 0.057 0.001 0.001 0.005 0.218 141 V 0.012 0.017 0.001 0.261 0.214 0.305 0.026 0.001 0.001 0.001 0.161 142 V 0.006 0.010 0.001 0.236 0.198 0.390 0.034 0.001 0.001 0.001 0.122 143 G 0.019 0.012 0.001 0.175 0.163 0.290 0.054 0.002 0.001 0.004 0.280 144 K 0.016 0.009 0.006 0.102 0.098 0.179 0.073 0.002 0.001 0.005 0.511 145 D 0.019 0.006 0.002 0.035 0.053 0.081 0.260 0.002 0.001 0.008 0.535 146 L 0.082 0.010 0.005 0.032 0.028 0.038 0.127 0.001 0.001 0.021 0.657 147 S 0.065 0.025 0.003 0.018 0.026 0.033 0.402 0.002 0.001 0.018 0.409 148 K 0.163 0.032 0.004 0.009 0.012 0.017 0.204 0.002 0.001 0.022 0.533