# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5126 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.986 2 Y 0.316 0.068 0.010 0.014 0.013 0.017 0.562 3 V 0.612 0.036 0.014 0.019 0.049 0.023 0.246 4 A 0.614 0.020 0.012 0.013 0.056 0.024 0.261 5 T 0.554 0.015 0.012 0.026 0.098 0.034 0.261 6 G 0.474 0.006 0.014 0.022 0.229 0.066 0.189 7 H 0.637 0.007 0.018 0.039 0.093 0.059 0.147 8 Y 0.769 0.014 0.013 0.033 0.041 0.030 0.101 9 A 0.869 0.004 0.007 0.018 0.012 0.011 0.079 10 R 0.926 0.006 0.003 0.013 0.009 0.008 0.035 11 V 0.935 0.005 0.002 0.016 0.007 0.006 0.029 12 A 0.912 0.005 0.002 0.015 0.016 0.008 0.042 13 R 0.757 0.026 0.005 0.020 0.043 0.028 0.121 14 D 0.337 0.012 0.012 0.010 0.110 0.069 0.450 15 E 0.053 0.006 0.035 0.011 0.175 0.642 0.079 16 D 0.008 0.001 0.013 0.001 0.155 0.790 0.032 17 G 0.054 0.002 0.010 0.002 0.536 0.211 0.185 18 T 0.476 0.037 0.003 0.003 0.059 0.017 0.405 19 V 0.906 0.018 0.001 0.001 0.011 0.002 0.061 20 H 0.955 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.033 21 M 0.972 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.018 22 L 0.951 0.002 0.002 0.004 0.005 0.002 0.034 23 R 0.911 0.004 0.003 0.006 0.014 0.007 0.055 24 G 0.745 0.007 0.005 0.006 0.039 0.026 0.171 25 V 0.523 0.039 0.011 0.010 0.096 0.071 0.251 26 D 0.190 0.023 0.016 0.007 0.212 0.069 0.482 27 N 0.026 0.004 0.025 0.007 0.179 0.670 0.088 28 G 0.014 0.004 0.016 0.005 0.216 0.633 0.112 29 K 0.061 0.025 0.009 0.017 0.299 0.050 0.539 30 D 0.099 0.050 0.006 0.042 0.051 0.029 0.723 31 Q 0.175 0.024 0.021 0.324 0.064 0.039 0.353 32 T 0.256 0.011 0.026 0.497 0.051 0.022 0.137 33 Y 0.285 0.005 0.028 0.615 0.020 0.020 0.027 34 F 0.320 0.009 0.020 0.584 0.012 0.025 0.031 35 L 0.317 0.015 0.076 0.421 0.026 0.066 0.079 36 S 0.187 0.004 0.090 0.266 0.106 0.275 0.073 37 Q 0.149 0.011 0.063 0.165 0.157 0.264 0.192 38 L 0.084 0.039 0.005 0.043 0.297 0.020 0.513 39 S 0.016 0.013 0.002 0.018 0.036 0.006 0.909 40 Q 0.001 0.001 0.049 0.907 0.004 0.033 0.006 41 E 0.001 0.001 0.047 0.925 0.003 0.023 0.003 42 Q 0.001 0.001 0.076 0.902 0.002 0.015 0.005 43 L 0.001 0.001 0.026 0.943 0.003 0.022 0.005 44 Q 0.002 0.001 0.029 0.863 0.006 0.091 0.008 45 K 0.003 0.002 0.057 0.595 0.023 0.300 0.020 46 T 0.015 0.009 0.048 0.385 0.069 0.366 0.109 47 M 0.059 0.048 0.044 0.102 0.255 0.244 0.248 48 F 0.062 0.019 0.031 0.036 0.344 0.037 0.472 49 P 0.061 0.032 0.051 0.028 0.110 0.106 0.611 50 L 0.011 0.011 0.352 0.108 0.062 0.190 0.266 51 G 0.012 0.005 0.329 0.088 0.136 0.251 0.179 52 H 0.015 0.008 0.304 0.058 0.111 0.247 0.257 53 L 0.034 0.028 0.038 0.043 0.186 0.054 0.616 54 E 0.021 0.024 0.013 0.044 0.094 0.049 0.755 55 K 0.007 0.005 0.012 0.414 0.137 0.019 0.407 56 P 0.001 0.001 0.009 0.956 0.005 0.014 0.015 57 E 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.007 0.004 58 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.002 0.003 59 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 64 E 0.001 0.001 0.002 0.954 0.002 0.041 0.001 65 A 0.001 0.001 0.002 0.381 0.005 0.609 0.003 66 G 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.928 0.040 67 L 0.004 0.003 0.003 0.002 0.028 0.005 0.955 68 S 0.076 0.033 0.055 0.012 0.038 0.014 0.773 69 T 0.232 0.041 0.134 0.024 0.148 0.048 0.374 70 A 0.197 0.020 0.082 0.015 0.173 0.046 0.466 71 K 0.202 0.038 0.044 0.012 0.141 0.055 0.508 72 K 0.110 0.020 0.076 0.028 0.142 0.038 0.585 73 K 0.066 0.014 0.199 0.036 0.120 0.236 0.328 74 D 0.051 0.010 0.208 0.018 0.132 0.289 0.292 75 S 0.173 0.038 0.130 0.013 0.162 0.141 0.343 76 T 0.168 0.019 0.069 0.007 0.215 0.288 0.233 77 G 0.381 0.005 0.038 0.005 0.183 0.172 0.215 78 I 0.827 0.017 0.006 0.003 0.015 0.006 0.125 79 C 0.905 0.018 0.004 0.003 0.007 0.006 0.058 80 F 0.862 0.017 0.006 0.003 0.026 0.013 0.073 81 I 0.554 0.023 0.009 0.004 0.090 0.043 0.276 82 G 0.181 0.018 0.014 0.004 0.272 0.136 0.375 83 E 0.048 0.019 0.077 0.042 0.260 0.233 0.321 84 K 0.021 0.012 0.072 0.146 0.353 0.182 0.214 85 N 0.026 0.046 0.056 0.170 0.142 0.145 0.414 86 F 0.004 0.003 0.054 0.851 0.008 0.037 0.044 87 K 0.002 0.001 0.043 0.914 0.006 0.018 0.017 88 N 0.002 0.001 0.035 0.937 0.004 0.012 0.009 89 F 0.001 0.001 0.027 0.949 0.003 0.014 0.005 90 L 0.003 0.001 0.025 0.936 0.006 0.022 0.007 91 S 0.003 0.001 0.058 0.828 0.007 0.098 0.006 92 N 0.003 0.001 0.054 0.597 0.009 0.322 0.014 93 Y 0.008 0.007 0.075 0.337 0.078 0.405 0.089 94 L 0.019 0.015 0.011 0.035 0.491 0.039 0.388 95 P 0.056 0.031 0.013 0.006 0.138 0.066 0.690 96 A 0.072 0.056 0.011 0.005 0.239 0.052 0.564 97 Q 0.068 0.017 0.004 0.001 0.253 0.026 0.632 98 P 0.030 0.006 0.029 0.004 0.221 0.461 0.247 99 G 0.081 0.005 0.036 0.005 0.280 0.387 0.206 100 R 0.402 0.019 0.028 0.006 0.102 0.021 0.421 101 M 0.859 0.019 0.003 0.003 0.016 0.005 0.095 102 M 0.887 0.040 0.003 0.003 0.013 0.003 0.051 103 T 0.657 0.015 0.003 0.002 0.016 0.006 0.301 104 V 0.265 0.009 0.031 0.009 0.155 0.334 0.197 105 D 0.044 0.006 0.016 0.002 0.099 0.785 0.048 106 G 0.092 0.004 0.026 0.004 0.290 0.430 0.154 107 R 0.269 0.026 0.012 0.005 0.096 0.034 0.557 108 D 0.725 0.078 0.009 0.005 0.042 0.017 0.124 109 M 0.722 0.015 0.024 0.016 0.057 0.034 0.133 110 G 0.550 0.012 0.031 0.024 0.092 0.075 0.217 111 E 0.473 0.021 0.024 0.022 0.093 0.065 0.301 112 H 0.366 0.027 0.023 0.024 0.126 0.073 0.360 113 A 0.199 0.008 0.027 0.034 0.187 0.353 0.191 114 G 0.181 0.006 0.022 0.027 0.293 0.282 0.189 115 L 0.491 0.019 0.013 0.040 0.107 0.033 0.298 116 M 0.799 0.025 0.006 0.028 0.034 0.012 0.096 117 Y 0.820 0.010 0.006 0.040 0.028 0.019 0.077 118 Y 0.700 0.014 0.008 0.066 0.044 0.025 0.142 119 T 0.486 0.021 0.010 0.080 0.046 0.035 0.322 120 I 0.263 0.009 0.055 0.169 0.097 0.257 0.150 121 G 0.224 0.015 0.079 0.153 0.112 0.261 0.157 122 Q 0.162 0.024 0.120 0.188 0.118 0.151 0.236 123 R 0.146 0.042 0.103 0.184 0.127 0.247 0.151 124 G 0.078 0.014 0.076 0.128 0.082 0.541 0.081 125 G 0.077 0.013 0.075 0.059 0.133 0.421 0.222 126 L 0.136 0.031 0.064 0.044 0.169 0.165 0.392 127 G 0.226 0.060 0.039 0.026 0.138 0.141 0.371 128 I 0.207 0.072 0.066 0.031 0.115 0.108 0.400 129 G 0.172 0.041 0.056 0.024 0.146 0.156 0.406 130 G 0.102 0.033 0.079 0.018 0.176 0.163 0.429 131 Q 0.072 0.034 0.060 0.012 0.169 0.150 0.502 132 H 0.037 0.028 0.062 0.012 0.214 0.325 0.321 133 G 0.019 0.016 0.047 0.008 0.267 0.329 0.313 134 G 0.020 0.012 0.051 0.006 0.269 0.288 0.353 135 D 0.026 0.014 0.033 0.002 0.291 0.375 0.258 136 N 0.057 0.023 0.023 0.001 0.386 0.210 0.300 137 A 0.136 0.015 0.004 0.001 0.266 0.015 0.564 138 P 0.400 0.013 0.005 0.001 0.050 0.007 0.524 139 W 0.884 0.009 0.004 0.002 0.025 0.007 0.070 140 F 0.960 0.004 0.002 0.003 0.006 0.003 0.022 141 V 0.963 0.005 0.001 0.003 0.002 0.002 0.023 142 V 0.890 0.006 0.002 0.004 0.011 0.023 0.063 143 G 0.485 0.006 0.013 0.004 0.119 0.119 0.255 144 K 0.300 0.015 0.016 0.006 0.230 0.064 0.369 145 D 0.219 0.041 0.023 0.007 0.117 0.056 0.537 146 L 0.059 0.020 0.100 0.028 0.145 0.184 0.464 147 S 0.027 0.012 0.069 0.031 0.039 0.251 0.570 148 K 0.003 0.001 0.005 0.004 0.015 0.005 0.966