# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5126 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.210 0.131 0.141 0.310 0.026 0.052 0.085 0.006 0.035 0.002 0.002 2 Y 0.064 0.521 0.203 0.027 0.124 0.019 0.013 0.005 0.019 0.004 0.001 3 V 0.056 0.652 0.204 0.013 0.019 0.027 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 4 A 0.076 0.446 0.235 0.026 0.115 0.056 0.007 0.004 0.027 0.007 0.001 5 T 0.087 0.550 0.098 0.062 0.137 0.020 0.006 0.001 0.035 0.004 0.001 6 G 0.174 0.071 0.131 0.064 0.211 0.017 0.088 0.103 0.009 0.130 0.002 7 H 0.189 0.367 0.189 0.078 0.097 0.039 0.017 0.004 0.014 0.002 0.002 8 Y 0.178 0.467 0.151 0.062 0.061 0.033 0.017 0.003 0.025 0.002 0.001 9 A 0.134 0.485 0.173 0.031 0.138 0.014 0.007 0.002 0.011 0.004 0.001 10 R 0.101 0.563 0.161 0.028 0.093 0.024 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 11 V 0.119 0.582 0.170 0.037 0.039 0.026 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 12 A 0.060 0.573 0.202 0.034 0.068 0.031 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 13 R 0.054 0.507 0.259 0.053 0.063 0.031 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 14 D 0.045 0.133 0.549 0.039 0.072 0.081 0.021 0.004 0.046 0.009 0.001 15 E 0.755 0.050 0.027 0.120 0.007 0.014 0.007 0.004 0.011 0.004 0.001 16 D 0.046 0.007 0.027 0.505 0.002 0.008 0.382 0.004 0.018 0.001 0.001 17 G 0.004 0.001 0.014 0.008 0.013 0.001 0.090 0.839 0.001 0.032 0.001 18 T 0.067 0.526 0.312 0.043 0.027 0.015 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 19 V 0.018 0.520 0.379 0.009 0.026 0.024 0.002 0.001 0.021 0.002 0.001 20 H 0.026 0.695 0.169 0.009 0.042 0.031 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 21 M 0.035 0.340 0.520 0.008 0.019 0.058 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 22 L 0.088 0.575 0.184 0.026 0.056 0.038 0.003 0.001 0.026 0.001 0.002 23 R 0.052 0.546 0.190 0.030 0.109 0.019 0.007 0.002 0.043 0.001 0.001 24 G 0.099 0.165 0.369 0.038 0.188 0.022 0.018 0.044 0.007 0.049 0.002 25 V 0.200 0.433 0.157 0.101 0.059 0.026 0.003 0.001 0.017 0.003 0.001 26 D 0.088 0.152 0.304 0.108 0.076 0.119 0.044 0.003 0.096 0.009 0.001 27 N 0.555 0.013 0.123 0.229 0.006 0.010 0.050 0.005 0.004 0.004 0.001 28 G 0.167 0.006 0.027 0.243 0.010 0.004 0.108 0.417 0.003 0.015 0.001 29 K 0.149 0.147 0.542 0.065 0.023 0.033 0.018 0.004 0.017 0.002 0.001 30 D 0.069 0.150 0.508 0.055 0.021 0.122 0.026 0.003 0.042 0.002 0.002 31 Q 0.457 0.210 0.152 0.082 0.019 0.053 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 32 T 0.530 0.243 0.105 0.069 0.025 0.016 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 33 Y 0.617 0.191 0.064 0.051 0.051 0.009 0.004 0.002 0.010 0.001 0.001 34 F 0.615 0.179 0.109 0.020 0.023 0.034 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 35 L 0.629 0.121 0.109 0.105 0.009 0.018 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 36 S 0.659 0.087 0.158 0.059 0.017 0.007 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 37 Q 0.273 0.074 0.066 0.421 0.028 0.026 0.066 0.025 0.018 0.002 0.001 38 L 0.016 0.263 0.633 0.017 0.010 0.039 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 39 S 0.009 0.116 0.764 0.002 0.031 0.054 0.001 0.001 0.018 0.004 0.001 40 Q 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.942 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.957 0.002 0.011 0.023 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.966 0.003 0.007 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 K 0.776 0.025 0.015 0.156 0.014 0.003 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 46 T 0.406 0.194 0.098 0.254 0.019 0.012 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 47 M 0.311 0.215 0.151 0.137 0.013 0.081 0.038 0.003 0.049 0.003 0.001 48 F 0.040 0.457 0.250 0.007 0.045 0.025 0.010 0.001 0.162 0.003 0.001 49 P 0.137 0.013 0.727 0.006 0.001 0.072 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 50 L 0.354 0.064 0.334 0.182 0.006 0.038 0.005 0.002 0.011 0.001 0.003 51 G 0.110 0.015 0.053 0.045 0.090 0.002 0.088 0.330 0.002 0.264 0.001 52 H 0.171 0.076 0.182 0.347 0.033 0.062 0.091 0.012 0.020 0.003 0.002 53 L 0.046 0.264 0.549 0.032 0.035 0.032 0.022 0.002 0.018 0.001 0.001 54 E 0.040 0.103 0.720 0.032 0.007 0.081 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 55 K 0.160 0.119 0.623 0.003 0.037 0.012 0.001 0.001 0.035 0.009 0.001 56 P 0.990 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.976 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.160 0.001 0.005 0.832 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 G 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.601 0.379 0.002 0.005 0.001 67 L 0.024 0.226 0.639 0.018 0.016 0.062 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 68 S 0.186 0.162 0.391 0.116 0.044 0.076 0.011 0.003 0.007 0.003 0.001 69 T 0.139 0.439 0.151 0.105 0.110 0.023 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 70 A 0.159 0.316 0.277 0.095 0.086 0.026 0.010 0.003 0.024 0.003 0.001 71 K 0.057 0.210 0.406 0.082 0.042 0.126 0.027 0.003 0.044 0.002 0.001 72 K 0.097 0.235 0.495 0.037 0.027 0.048 0.009 0.002 0.049 0.001 0.001 73 K 0.502 0.074 0.332 0.026 0.020 0.014 0.006 0.006 0.006 0.013 0.001 74 D 0.226 0.036 0.090 0.541 0.026 0.017 0.038 0.010 0.013 0.002 0.001 75 S 0.053 0.105 0.600 0.041 0.138 0.025 0.007 0.014 0.005 0.012 0.001 76 T 0.145 0.270 0.079 0.431 0.056 0.006 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 77 G 0.010 0.113 0.084 0.013 0.613 0.002 0.018 0.026 0.006 0.114 0.001 78 I 0.004 0.771 0.149 0.003 0.051 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 79 C 0.011 0.729 0.121 0.006 0.022 0.052 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 80 F 0.010 0.607 0.216 0.009 0.051 0.068 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 81 I 0.037 0.466 0.230 0.066 0.045 0.062 0.008 0.001 0.083 0.001 0.001 82 G 0.012 0.041 0.187 0.010 0.338 0.015 0.014 0.026 0.005 0.352 0.001 83 E 0.595 0.053 0.064 0.197 0.029 0.024 0.013 0.005 0.012 0.007 0.001 84 K 0.660 0.025 0.049 0.196 0.021 0.010 0.017 0.010 0.004 0.006 0.001 85 N 0.352 0.030 0.124 0.158 0.025 0.144 0.049 0.005 0.111 0.003 0.002 86 F 0.886 0.002 0.003 0.099 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.977 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.894 0.001 0.004 0.082 0.002 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 89 F 0.941 0.001 0.003 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.962 0.002 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 S 0.973 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.643 0.003 0.006 0.334 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 93 Y 0.524 0.023 0.098 0.318 0.002 0.014 0.014 0.002 0.006 0.001 0.001 94 L 0.071 0.238 0.337 0.005 0.019 0.014 0.017 0.002 0.291 0.005 0.001 95 P 0.228 0.003 0.697 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 96 A 0.277 0.055 0.403 0.186 0.015 0.028 0.011 0.012 0.008 0.002 0.002 97 Q 0.014 0.290 0.383 0.001 0.026 0.015 0.009 0.001 0.261 0.001 0.001 98 P 0.097 0.003 0.762 0.016 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 99 G 0.029 0.024 0.091 0.026 0.177 0.004 0.046 0.473 0.004 0.126 0.001 100 R 0.078 0.267 0.421 0.081 0.045 0.071 0.008 0.001 0.025 0.001 0.003 101 M 0.012 0.555 0.346 0.010 0.019 0.039 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 102 M 0.027 0.663 0.150 0.084 0.035 0.028 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 103 T 0.004 0.398 0.448 0.003 0.118 0.019 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 104 V 0.396 0.353 0.058 0.066 0.024 0.030 0.003 0.002 0.067 0.002 0.001 105 D 0.057 0.036 0.142 0.283 0.007 0.018 0.382 0.003 0.067 0.004 0.001 106 G 0.007 0.001 0.009 0.005 0.009 0.001 0.037 0.880 0.001 0.053 0.001 107 R 0.120 0.383 0.414 0.041 0.021 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 108 D 0.041 0.161 0.684 0.008 0.009 0.064 0.006 0.001 0.022 0.003 0.001 109 M 0.225 0.313 0.216 0.158 0.028 0.034 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 110 G 0.082 0.066 0.126 0.016 0.406 0.003 0.012 0.042 0.005 0.241 0.001 111 E 0.199 0.193 0.354 0.124 0.061 0.037 0.003 0.002 0.009 0.003 0.016 112 H 0.078 0.317 0.261 0.081 0.065 0.059 0.036 0.005 0.092 0.004 0.001 113 A 0.181 0.101 0.447 0.132 0.026 0.024 0.060 0.008 0.012 0.005 0.002 114 G 0.063 0.010 0.046 0.019 0.092 0.001 0.026 0.313 0.002 0.429 0.001 115 L 0.177 0.267 0.394 0.050 0.055 0.035 0.004 0.001 0.011 0.002 0.004 116 M 0.188 0.365 0.286 0.058 0.020 0.048 0.007 0.002 0.025 0.001 0.001 117 Y 0.084 0.572 0.166 0.045 0.077 0.030 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 118 Y 0.070 0.577 0.166 0.024 0.098 0.029 0.009 0.001 0.024 0.001 0.001 119 T 0.058 0.566 0.230 0.019 0.063 0.034 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 120 I 0.203 0.242 0.343 0.086 0.025 0.039 0.016 0.002 0.042 0.001 0.001 121 G 0.108 0.010 0.059 0.020 0.061 0.005 0.058 0.293 0.002 0.383 0.001 122 Q 0.339 0.200 0.218 0.135 0.027 0.050 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 123 R 0.260 0.195 0.264 0.161 0.028 0.032 0.029 0.007 0.018 0.006 0.001 124 G 0.122 0.059 0.166 0.175 0.116 0.007 0.187 0.113 0.010 0.044 0.001 125 G 0.050 0.010 0.065 0.025 0.078 0.005 0.137 0.365 0.003 0.261 0.002 126 L 0.158 0.275 0.289 0.182 0.061 0.016 0.004 0.002 0.007 0.003 0.002 127 G 0.065 0.131 0.242 0.061 0.213 0.038 0.087 0.063 0.018 0.082 0.001 128 I 0.114 0.432 0.221 0.139 0.041 0.022 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 129 G 0.096 0.098 0.186 0.105 0.204 0.013 0.075 0.077 0.017 0.128 0.001 130 G 0.092 0.061 0.249 0.047 0.210 0.010 0.031 0.123 0.005 0.171 0.004 131 Q 0.190 0.290 0.325 0.074 0.060 0.023 0.007 0.004 0.021 0.004 0.003 132 H 0.129 0.186 0.345 0.141 0.047 0.048 0.042 0.011 0.037 0.010 0.004 133 G 0.087 0.050 0.189 0.074 0.127 0.005 0.062 0.220 0.006 0.178 0.002 134 G 0.147 0.054 0.138 0.052 0.110 0.008 0.032 0.184 0.008 0.264 0.002 135 D 0.148 0.110 0.222 0.264 0.036 0.052 0.123 0.006 0.025 0.011 0.002 136 N 0.109 0.036 0.108 0.269 0.052 0.026 0.275 0.096 0.009 0.015 0.004 137 A 0.025 0.458 0.361 0.003 0.027 0.012 0.006 0.001 0.106 0.001 0.001 138 P 0.028 0.014 0.883 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 139 W 0.093 0.450 0.271 0.057 0.078 0.024 0.005 0.002 0.019 0.001 0.001 140 F 0.014 0.575 0.275 0.007 0.073 0.031 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 141 V 0.019 0.603 0.285 0.004 0.006 0.062 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 142 V 0.086 0.559 0.108 0.138 0.034 0.034 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 143 G 0.015 0.199 0.190 0.009 0.467 0.011 0.034 0.035 0.006 0.032 0.001 144 K 0.106 0.592 0.137 0.043 0.078 0.015 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 145 D 0.051 0.111 0.384 0.044 0.040 0.197 0.044 0.002 0.121 0.004 0.002 146 L 0.592 0.069 0.134 0.163 0.009 0.020 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 147 S 0.385 0.088 0.174 0.269 0.020 0.023 0.014 0.009 0.013 0.006 0.001 148 K 0.291 0.117 0.184 0.165 0.078 0.013 0.075 0.034 0.018 0.023 0.001