# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5126 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.077 0.060 0.033 0.043 0.103 0.061 0.125 0.154 0.145 0.145 0.055 2 Y 0.173 0.231 0.052 0.010 0.416 0.007 0.008 0.020 0.017 0.025 0.041 3 V 0.291 0.112 0.014 0.006 0.368 0.008 0.012 0.017 0.017 0.042 0.114 4 A 0.260 0.117 0.046 0.021 0.328 0.010 0.009 0.016 0.016 0.067 0.109 5 T 0.053 0.181 0.119 0.073 0.106 0.038 0.036 0.095 0.083 0.184 0.032 6 G 0.066 0.071 0.097 0.070 0.080 0.039 0.034 0.182 0.170 0.146 0.045 7 H 0.059 0.148 0.106 0.056 0.135 0.033 0.040 0.260 0.085 0.048 0.030 8 Y 0.188 0.096 0.028 0.013 0.216 0.010 0.020 0.139 0.081 0.142 0.066 9 A 0.246 0.137 0.036 0.006 0.384 0.008 0.010 0.063 0.035 0.031 0.043 10 R 0.270 0.108 0.020 0.003 0.430 0.004 0.018 0.037 0.028 0.030 0.051 11 V 0.284 0.154 0.037 0.004 0.371 0.006 0.019 0.034 0.013 0.031 0.046 12 A 0.158 0.281 0.046 0.003 0.431 0.004 0.010 0.014 0.006 0.019 0.029 13 R 0.057 0.304 0.059 0.011 0.389 0.019 0.017 0.058 0.031 0.039 0.016 14 D 0.059 0.140 0.541 0.022 0.060 0.005 0.014 0.101 0.033 0.009 0.015 15 E 0.005 0.009 0.015 0.043 0.005 0.073 0.168 0.521 0.132 0.024 0.005 16 D 0.001 0.676 0.208 0.069 0.017 0.007 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 17 G 0.013 0.007 0.009 0.014 0.004 0.003 0.001 0.003 0.006 0.556 0.383 18 T 0.066 0.418 0.062 0.006 0.329 0.006 0.017 0.047 0.019 0.021 0.011 19 V 0.400 0.058 0.006 0.002 0.488 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.031 20 H 0.172 0.199 0.027 0.015 0.523 0.013 0.015 0.013 0.004 0.004 0.015 21 M 0.383 0.081 0.014 0.004 0.445 0.003 0.003 0.013 0.003 0.007 0.044 22 L 0.341 0.086 0.030 0.013 0.351 0.016 0.023 0.030 0.007 0.020 0.081 23 R 0.142 0.225 0.078 0.035 0.265 0.030 0.034 0.045 0.020 0.060 0.065 24 G 0.150 0.197 0.120 0.035 0.284 0.018 0.017 0.065 0.024 0.044 0.047 25 V 0.081 0.154 0.066 0.058 0.132 0.089 0.093 0.119 0.080 0.079 0.050 26 D 0.230 0.126 0.096 0.042 0.265 0.021 0.033 0.054 0.029 0.036 0.068 27 N 0.019 0.106 0.071 0.056 0.046 0.055 0.068 0.202 0.223 0.134 0.019 28 G 0.027 0.045 0.051 0.069 0.031 0.041 0.053 0.117 0.136 0.370 0.059 29 K 0.049 0.157 0.080 0.030 0.110 0.045 0.119 0.173 0.111 0.092 0.034 30 D 0.173 0.126 0.037 0.005 0.255 0.004 0.014 0.078 0.053 0.142 0.114 31 Q 0.158 0.097 0.012 0.003 0.251 0.005 0.010 0.207 0.143 0.073 0.041 32 T 0.089 0.058 0.015 0.014 0.137 0.027 0.069 0.374 0.120 0.068 0.030 33 Y 0.123 0.118 0.033 0.015 0.299 0.009 0.020 0.290 0.050 0.024 0.018 34 F 0.099 0.107 0.013 0.004 0.299 0.004 0.013 0.386 0.038 0.015 0.022 35 L 0.136 0.039 0.006 0.004 0.148 0.007 0.019 0.360 0.127 0.082 0.072 36 S 0.022 0.046 0.018 0.007 0.053 0.021 0.103 0.532 0.138 0.041 0.017 37 Q 0.070 0.072 0.030 0.004 0.057 0.007 0.032 0.270 0.095 0.306 0.057 38 L 0.056 0.411 0.112 0.020 0.179 0.015 0.022 0.061 0.021 0.071 0.032 39 S 0.012 0.621 0.296 0.004 0.049 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 0.002 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.765 0.227 0.004 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.057 0.003 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.901 0.078 0.019 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.876 0.112 0.008 0.001 44 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.818 0.146 0.013 0.001 45 K 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.003 0.059 0.584 0.181 0.153 0.002 46 T 0.032 0.055 0.010 0.004 0.072 0.007 0.062 0.488 0.136 0.113 0.021 47 M 0.094 0.048 0.011 0.012 0.115 0.021 0.077 0.156 0.120 0.261 0.084 48 F 0.066 0.275 0.248 0.035 0.173 0.011 0.029 0.076 0.034 0.027 0.027 49 P 0.054 0.215 0.148 0.026 0.134 0.025 0.063 0.207 0.070 0.040 0.019 50 L 0.032 0.135 0.047 0.027 0.073 0.029 0.083 0.196 0.210 0.142 0.026 51 G 0.011 0.063 0.086 0.163 0.024 0.094 0.068 0.158 0.139 0.165 0.028 52 H 0.073 0.091 0.054 0.011 0.148 0.021 0.049 0.127 0.131 0.217 0.077 53 L 0.076 0.152 0.041 0.003 0.160 0.004 0.020 0.182 0.173 0.143 0.046 54 E 0.027 0.295 0.203 0.013 0.067 0.011 0.031 0.088 0.072 0.164 0.028 55 K 0.024 0.191 0.112 0.011 0.088 0.003 0.009 0.477 0.074 0.005 0.006 56 P 0.001 0.010 0.004 0.001 0.004 0.004 0.007 0.870 0.093 0.004 0.002 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.054 0.013 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.051 0.011 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.006 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.002 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.893 0.100 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.909 0.042 0.004 0.001 65 A 0.001 0.676 0.291 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 66 G 0.109 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.002 0.008 0.006 0.328 0.532 67 L 0.135 0.322 0.063 0.004 0.353 0.004 0.005 0.030 0.024 0.025 0.034 68 S 0.065 0.104 0.044 0.028 0.188 0.059 0.106 0.243 0.087 0.032 0.043 69 T 0.187 0.130 0.068 0.013 0.223 0.009 0.021 0.072 0.096 0.120 0.063 70 A 0.131 0.186 0.058 0.013 0.321 0.018 0.031 0.107 0.057 0.038 0.040 71 K 0.074 0.186 0.162 0.047 0.135 0.020 0.025 0.066 0.048 0.179 0.059 72 K 0.074 0.241 0.127 0.058 0.182 0.028 0.030 0.109 0.060 0.046 0.043 73 K 0.047 0.160 0.049 0.024 0.109 0.037 0.048 0.187 0.201 0.109 0.031 74 D 0.126 0.071 0.038 0.009 0.110 0.009 0.063 0.127 0.141 0.217 0.089 75 S 0.249 0.122 0.041 0.010 0.285 0.009 0.020 0.046 0.052 0.086 0.080 76 T 0.032 0.168 0.056 0.097 0.099 0.104 0.143 0.105 0.087 0.085 0.023 77 G 0.138 0.031 0.032 0.063 0.098 0.037 0.023 0.026 0.051 0.339 0.161 78 I 0.214 0.139 0.020 0.004 0.590 0.002 0.002 0.004 0.003 0.004 0.018 79 C 0.215 0.107 0.009 0.002 0.605 0.002 0.004 0.006 0.003 0.007 0.041 80 F 0.279 0.144 0.066 0.011 0.327 0.006 0.006 0.008 0.005 0.036 0.113 81 I 0.104 0.149 0.070 0.089 0.148 0.074 0.091 0.056 0.034 0.106 0.080 82 G 0.027 0.142 0.294 0.185 0.047 0.064 0.021 0.041 0.040 0.100 0.040 83 E 0.060 0.137 0.072 0.030 0.141 0.023 0.027 0.207 0.121 0.129 0.053 84 K 0.016 0.113 0.073 0.031 0.063 0.083 0.092 0.302 0.131 0.077 0.018 85 N 0.108 0.101 0.059 0.007 0.081 0.004 0.012 0.236 0.053 0.245 0.095 86 F 0.007 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.747 0.180 0.048 0.006 87 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.059 0.002 0.001 88 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.031 0.002 0.001 89 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.041 0.006 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.729 0.216 0.047 0.001 91 S 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.012 0.053 0.679 0.232 0.009 0.001 92 N 0.002 0.008 0.006 0.007 0.005 0.011 0.243 0.502 0.125 0.086 0.004 93 Y 0.017 0.009 0.006 0.007 0.016 0.020 0.180 0.194 0.160 0.368 0.024 94 L 0.105 0.349 0.096 0.011 0.236 0.007 0.020 0.069 0.041 0.027 0.039 95 P 0.044 0.238 0.131 0.035 0.142 0.029 0.025 0.142 0.114 0.079 0.022 96 A 0.121 0.254 0.139 0.007 0.252 0.006 0.026 0.040 0.030 0.078 0.046 97 Q 0.026 0.341 0.420 0.023 0.138 0.011 0.012 0.013 0.004 0.005 0.006 98 P 0.019 0.051 0.049 0.067 0.037 0.096 0.474 0.102 0.053 0.036 0.016 99 G 0.026 0.069 0.159 0.171 0.046 0.046 0.009 0.013 0.055 0.330 0.075 100 R 0.149 0.206 0.041 0.003 0.485 0.004 0.012 0.017 0.020 0.026 0.036 101 M 0.212 0.160 0.025 0.001 0.518 0.001 0.003 0.005 0.007 0.022 0.045 102 M 0.128 0.312 0.035 0.002 0.475 0.002 0.004 0.006 0.004 0.011 0.022 103 T 0.211 0.230 0.203 0.006 0.281 0.002 0.003 0.012 0.005 0.012 0.035 104 V 0.020 0.026 0.026 0.104 0.021 0.169 0.082 0.343 0.162 0.033 0.014 105 D 0.003 0.213 0.168 0.294 0.024 0.060 0.118 0.075 0.025 0.015 0.004 106 G 0.028 0.015 0.019 0.019 0.017 0.004 0.002 0.012 0.029 0.653 0.200 107 R 0.034 0.449 0.142 0.004 0.248 0.003 0.015 0.051 0.034 0.014 0.005 108 D 0.356 0.106 0.034 0.005 0.321 0.008 0.020 0.036 0.015 0.018 0.082 109 M 0.058 0.139 0.061 0.140 0.094 0.107 0.137 0.072 0.067 0.086 0.038 110 G 0.049 0.131 0.165 0.226 0.093 0.065 0.014 0.041 0.032 0.133 0.050 111 E 0.217 0.101 0.045 0.025 0.206 0.031 0.043 0.073 0.061 0.119 0.079 112 H 0.151 0.156 0.116 0.073 0.196 0.043 0.029 0.075 0.034 0.069 0.058 113 A 0.033 0.047 0.034 0.132 0.037 0.097 0.291 0.156 0.077 0.071 0.026 114 G 0.045 0.122 0.185 0.248 0.085 0.069 0.017 0.031 0.032 0.130 0.037 115 L 0.139 0.221 0.018 0.007 0.438 0.008 0.010 0.050 0.037 0.044 0.028 116 M 0.355 0.053 0.010 0.005 0.436 0.007 0.013 0.022 0.012 0.017 0.071 117 Y 0.223 0.123 0.022 0.011 0.473 0.022 0.036 0.022 0.012 0.020 0.033 118 Y 0.203 0.173 0.033 0.011 0.479 0.005 0.009 0.022 0.009 0.015 0.040 119 T 0.230 0.182 0.059 0.017 0.330 0.012 0.010 0.047 0.014 0.027 0.071 120 I 0.050 0.089 0.030 0.040 0.086 0.054 0.116 0.148 0.163 0.163 0.062 121 G 0.066 0.134 0.142 0.115 0.105 0.035 0.021 0.081 0.069 0.174 0.058 122 Q 0.089 0.155 0.078 0.019 0.144 0.016 0.034 0.197 0.115 0.111 0.043 123 R 0.056 0.130 0.087 0.059 0.105 0.062 0.121 0.214 0.097 0.042 0.027 124 G 0.011 0.063 0.094 0.153 0.019 0.109 0.149 0.197 0.122 0.065 0.018 125 G 0.040 0.052 0.075 0.060 0.055 0.031 0.034 0.116 0.110 0.360 0.068 126 L 0.071 0.438 0.088 0.017 0.193 0.018 0.024 0.045 0.036 0.036 0.035 127 G 0.225 0.072 0.072 0.033 0.198 0.016 0.018 0.027 0.021 0.114 0.205 128 I 0.189 0.081 0.035 0.031 0.178 0.036 0.049 0.096 0.121 0.113 0.071 129 G 0.030 0.098 0.089 0.176 0.055 0.090 0.138 0.099 0.088 0.103 0.034 130 G 0.039 0.086 0.135 0.126 0.058 0.046 0.022 0.065 0.088 0.291 0.044 131 Q 0.106 0.186 0.115 0.032 0.190 0.038 0.067 0.096 0.068 0.066 0.038 132 H 0.041 0.151 0.167 0.140 0.083 0.128 0.080 0.062 0.039 0.070 0.037 133 G 0.042 0.099 0.149 0.316 0.054 0.097 0.047 0.034 0.028 0.086 0.047 134 G 0.032 0.043 0.085 0.161 0.035 0.061 0.022 0.047 0.092 0.359 0.063 135 D 0.029 0.200 0.117 0.092 0.104 0.075 0.121 0.112 0.074 0.059 0.018 136 N 0.053 0.022 0.034 0.025 0.032 0.016 0.024 0.032 0.092 0.541 0.129 137 A 0.020 0.435 0.350 0.018 0.127 0.005 0.008 0.014 0.008 0.009 0.005 138 P 0.289 0.175 0.027 0.002 0.411 0.002 0.005 0.011 0.010 0.013 0.055 139 W 0.192 0.180 0.024 0.006 0.477 0.015 0.019 0.016 0.021 0.017 0.032 140 F 0.154 0.202 0.025 0.001 0.584 0.001 0.002 0.006 0.004 0.006 0.015 141 V 0.463 0.063 0.017 0.003 0.367 0.002 0.003 0.005 0.002 0.009 0.067 142 V 0.072 0.128 0.065 0.098 0.151 0.118 0.156 0.083 0.036 0.051 0.040 143 G 0.139 0.170 0.130 0.031 0.236 0.014 0.009 0.041 0.046 0.102 0.081 144 K 0.061 0.222 0.115 0.042 0.194 0.043 0.041 0.100 0.079 0.067 0.036 145 D 0.308 0.097 0.032 0.003 0.447 0.001 0.005 0.015 0.007 0.015 0.070 146 L 0.055 0.040 0.008 0.003 0.061 0.004 0.010 0.231 0.417 0.136 0.034 147 S 0.014 0.038 0.020 0.013 0.030 0.036 0.119 0.412 0.224 0.084 0.009 148 K 0.077 0.091 0.042 0.014 0.106 0.010 0.038 0.224 0.147 0.203 0.046