# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 336 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.027 0.010 0.042 0.019 0.324 0.579 2 S 0.074 0.012 0.115 0.030 0.324 0.445 3 Q 0.200 0.019 0.159 0.032 0.313 0.276 4 V 0.402 0.027 0.064 0.022 0.229 0.257 5 H 0.524 0.010 0.019 0.017 0.161 0.268 6 F 0.749 0.017 0.008 0.018 0.071 0.137 7 T 0.713 0.034 0.005 0.012 0.071 0.165 8 R 0.611 0.013 0.004 0.011 0.118 0.242 9 E 0.214 0.008 0.012 0.014 0.273 0.479 10 M 0.068 0.026 0.007 0.008 0.244 0.647 11 P 0.035 0.013 0.015 0.009 0.385 0.543 12 E 0.021 0.011 0.030 0.013 0.449 0.475 13 E 0.025 0.015 0.048 0.013 0.500 0.400 14 F 0.065 0.047 0.045 0.007 0.504 0.332 15 T 0.126 0.013 0.027 0.004 0.296 0.534 16 L 0.501 0.021 0.014 0.002 0.146 0.315 17 E 0.854 0.005 0.002 0.001 0.033 0.105 18 C 0.955 0.002 0.001 0.001 0.006 0.036 19 T 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 20 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 21 K 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 22 F 0.943 0.002 0.001 0.001 0.009 0.045 23 R 0.861 0.005 0.002 0.002 0.033 0.098 24 Y 0.696 0.013 0.006 0.003 0.093 0.189 25 R 0.293 0.015 0.011 0.005 0.277 0.399 26 Q 0.134 0.019 0.010 0.002 0.556 0.279 27 P 0.063 0.020 0.007 0.001 0.544 0.365 28 D 0.036 0.010 0.006 0.001 0.435 0.513 29 S 0.167 0.016 0.004 0.001 0.280 0.532 30 K 0.421 0.007 0.002 0.001 0.082 0.486 31 V 0.903 0.003 0.001 0.001 0.016 0.077 32 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 33 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 34 H 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 35 V 0.969 0.002 0.001 0.001 0.009 0.019 36 K 0.824 0.007 0.002 0.001 0.099 0.067 37 G 0.106 0.005 0.012 0.002 0.827 0.047 38 E 0.015 0.001 0.029 0.007 0.912 0.037 39 K 0.127 0.006 0.015 0.006 0.763 0.084 40 T 0.809 0.007 0.002 0.003 0.096 0.084 41 E 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 42 V 0.989 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 43 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 44 F 0.878 0.003 0.001 0.001 0.040 0.077 45 A 0.379 0.005 0.004 0.004 0.211 0.396 46 E 0.320 0.017 0.007 0.002 0.298 0.356 47 P 0.289 0.006 0.021 0.005 0.329 0.351 48 Q 0.403 0.031 0.036 0.007 0.221 0.302 49 R 0.629 0.037 0.019 0.006 0.124 0.185 50 A 0.514 0.017 0.015 0.007 0.151 0.296 51 I 0.356 0.058 0.007 0.005 0.157 0.417 52 T 0.140 0.069 0.007 0.004 0.699 0.081 53 P 0.064 0.003 0.014 0.005 0.849 0.065 54 G 0.081 0.003 0.007 0.001 0.863 0.046 55 Q 0.511 0.024 0.004 0.001 0.422 0.040 56 A 0.857 0.010 0.001 0.001 0.042 0.089 57 V 0.947 0.010 0.002 0.001 0.015 0.024 58 V 0.970 0.002 0.001 0.001 0.013 0.013 59 F 0.975 0.002 0.001 0.001 0.012 0.010 60 Y 0.926 0.004 0.001 0.001 0.044 0.025 61 D 0.445 0.007 0.002 0.003 0.472 0.071 62 G 0.046 0.001 0.006 0.006 0.891 0.050 63 E 0.168 0.003 0.014 0.013 0.727 0.073 64 E 0.848 0.019 0.003 0.007 0.092 0.030 65 C 0.942 0.006 0.001 0.004 0.014 0.034 66 L 0.931 0.005 0.001 0.005 0.016 0.041 67 G 0.789 0.006 0.002 0.018 0.060 0.125 68 G 0.723 0.005 0.004 0.075 0.063 0.130 69 G 0.690 0.006 0.006 0.106 0.057 0.136 70 L 0.556 0.007 0.017 0.267 0.057 0.097 71 I 0.372 0.007 0.060 0.450 0.065 0.045 72 D 0.278 0.004 0.075 0.514 0.079 0.050 73 N 0.280 0.006 0.075 0.519 0.085 0.034 74 A 0.265 0.010 0.041 0.485 0.141 0.059 75 Y 0.274 0.023 0.016 0.422 0.213 0.053 76 R 0.168 0.009 0.017 0.345 0.395 0.066 77 D 0.038 0.002 0.035 0.182 0.662 0.082 78 G 0.073 0.007 0.017 0.023 0.714 0.166 79 Q 0.343 0.032 0.019 0.010 0.314 0.283 80 V 0.642 0.018 0.005 0.004 0.100 0.231 81 C 0.561 0.014 0.007 0.005 0.098 0.315 82 Q 0.416 0.046 0.004 0.006 0.092 0.437 83 Y 0.230 0.035 0.004 0.013 0.076 0.642 84 I 0.005 0.002 0.001 0.001 0.013 0.978